85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_2051 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_2051  PucR family transcriptional regulator  100 
 
 
526 aa  1004    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.4241 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3449  transcriptional regulator, CdaR  58.62 
 
 
398 aa  150  8e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00146797  hitchhiker  0.00488503 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4866  CdaR family transcriptional regulator  56.34 
 
 
466 aa  149  1.0000000000000001e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7392  putative transcriptional regulator, PucR family  54.93 
 
 
362 aa  144  4e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2940  transcriptional regulator, CdaR  55.63 
 
 
405 aa  144  4e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.837438  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1896  transcriptional regulator, CdaR  42.24 
 
 
434 aa  134  5e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.612834  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2867  transcriptional regulator, CdaR  51.41 
 
 
407 aa  130  5.0000000000000004e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  35.9 
 
 
558 aa  63.5  0.000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000326759  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09330  hypothetical protein  42.57 
 
 
400 aa  63.2  0.00000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.484292  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2149  transcriptional regulator, CdaR  41.58 
 
 
408 aa  62.8  0.00000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2052  putative transcriptional regulator, PucR family  42.72 
 
 
429 aa  62.4  0.00000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.171524  decreased coverage  0.00281905 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3374  hypothetical protein  44.12 
 
 
428 aa  62  0.00000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.238884  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3363  hypothetical protein  44.12 
 
 
428 aa  62  0.00000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.20255  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3425  hypothetical protein  44.12 
 
 
428 aa  62  0.00000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.435185  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3120  Regulator of polyketide synthase expression- like protein  39.6 
 
 
418 aa  60.8  0.00000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.550646  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3342  putative transcriptional regulator, PucR family  40.59 
 
 
425 aa  61.2  0.00000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.455149  normal  0.209688 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12271  hypothetical protein  43.75 
 
 
414 aa  60.1  0.00000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000339947  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2125  CdaR family transcriptional regulator  32.59 
 
 
553 aa  59.7  0.0000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2780  hypothetical protein  42.16 
 
 
428 aa  58.9  0.0000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.311956  normal  0.906979 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3753  hypothetical protein  43.14 
 
 
428 aa  59.3  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.144369  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2204  putative transcriptional regulator, PucR family  38.83 
 
 
414 aa  58.9  0.0000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000832377 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4823  CdaR family transcriptional regulator  33.57 
 
 
563 aa  59.3  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1808  putative transcriptional regulator, PucR family  41.58 
 
 
397 aa  58.2  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.583872  normal  0.0100346 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2134  putative transcriptional regulator, PucR family  38.54 
 
 
394 aa  57  0.0000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2368  putative PucR family transcriptional regulator  36.63 
 
 
425 aa  57  0.0000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00862332 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2465  hypothetical protein  37.62 
 
 
426 aa  57  0.0000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00557093  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1182  transcriptional regulator, CdaR  25.34 
 
 
555 aa  55.5  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000261051  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1514  putative transcriptional regulator, PucR family  37.62 
 
 
419 aa  55.5  0.000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0197746 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2723  putative transcriptional regulator, PucR family  37.62 
 
 
429 aa  55.8  0.000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1203  hypothetical protein  33.01 
 
 
453 aa  56.2  0.000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000129823 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5661  CdaR family transcriptional regulator  30.41 
 
 
494 aa  54.3  0.000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1394  transcriptional regulator, CdaR  47.89 
 
 
393 aa  53.9  0.000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.684667  hitchhiker  0.0014878 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4276  CdaR family transcriptional regulator  31.78 
 
 
552 aa  53.9  0.000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.416478  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0879  hypothetical protein  36.63 
 
 
384 aa  53.5  0.00001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0278062  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14120  transcriptional regulator, CdaR family  35.64 
 
 
397 aa  52.4  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.261126  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0143  transcriptional regulator, CdaR  28.67 
 
 
388 aa  52.4  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7053  transcriptional regulator, CdaR  34.65 
 
 
404 aa  52  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.259086  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1328  putative transcriptional regulator, PucR family  38.61 
 
 
393 aa  52  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.617934  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2948  putative transcriptional regulator, PucR family  37.62 
 
 
420 aa  51.2  0.00004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0167209  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1869  transcriptional regulator, PucR family  36.36 
 
 
609 aa  51.6  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10300  regulator of polyketide synthase expression  37.76 
 
 
413 aa  51.2  0.00004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.10355 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0608  CdaR family transcriptional regulator  32.08 
 
 
416 aa  51.6  0.00004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1388  transcriptional regulator, CdaR  30.37 
 
 
493 aa  50.4  0.00007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4574  transcriptional regulator, CdaR  31.36 
 
 
407 aa  50.4  0.00007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.325044  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  26.5 
 
 
518 aa  50.4  0.00007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3188  hypothetical protein  29.3 
 
 
389 aa  50.4  0.00007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.295168  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2528  PucR family transcriptional regulator  30.34 
 
 
405 aa  50.4  0.00008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0819646  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4405  transcriptional regulator, CdaR  41.09 
 
 
402 aa  50.1  0.00009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1318  transcriptional regulator, PucR family  22.96 
 
 
537 aa  50.1  0.0001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000441454  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0778  transcriptional regulator, PucR family  32.39 
 
 
425 aa  49.7  0.0001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0658648  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1241  PucR family transcriptional regulator  29.61 
 
 
552 aa  49.3  0.0002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0259232 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4831  CdaR family transcriptional regulator  31.47 
 
 
305 aa  48.9  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal  0.558318 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2800  transcriptional regulator, PucR family  37.65 
 
 
478 aa  48.5  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0125039 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3377  hypothetical protein  38.14 
 
 
473 aa  48.1  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.541372  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0948  transcriptional regulator, CdaR  27.94 
 
 
436 aa  48.5  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.640596  normal  0.171254 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3619  PucR family transcriptional regulator  38.14 
 
 
408 aa  48.1  0.0004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000689812 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2339  putative transcriptional regulator, PucR family  36.18 
 
 
705 aa  48.1  0.0004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00013602  hitchhiker  0.000729233 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1323  transcriptional regulator, CdaR  32.84 
 
 
554 aa  47.8  0.0005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  33.33 
 
 
525 aa  47.4  0.0006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0046  transcriptional regulator, CdaR  31.82 
 
 
665 aa  47.4  0.0007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.541147  normal  0.0349089 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1972  hypothetical protein  34.65 
 
 
373 aa  46.2  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1991  CdaR family transcriptional regulator  35.92 
 
 
403 aa  46.6  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.540017  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  33.33 
 
 
525 aa  46.2  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1801  transcriptional regulator, PucR family  22.86 
 
 
562 aa  46.2  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10050  transcriptional regulator, CdaR family  33.33 
 
 
619 aa  46.6  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.626795  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2216  transcriptional regulator, PucR family  24.82 
 
 
542 aa  47  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3480  regulator of polyketide synthase expression-like  35.37 
 
 
539 aa  45.4  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2017  CdaR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
564 aa  45.8  0.002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.294249  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1742  transcriptional regulator, CdaR  23.36 
 
 
520 aa  45.4  0.002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4407  putative GAF sensor protein  32.82 
 
 
562 aa  45.4  0.003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.543064  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3770  transcriptional regulator, CdaR  28.03 
 
 
404 aa  45.1  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4807  putative transcriptional regulator, PucR family  32.67 
 
 
386 aa  45.4  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.525155  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8514  putative transcriptional regulator, PucR family  32.09 
 
 
637 aa  45.4  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.484421  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06864  transcriptional regulator  36 
 
 
376 aa  45.1  0.003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1627  regulator of polyketide synthase expression  33.33 
 
 
276 aa  44.3  0.005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1333  transcriptional regulator, PucR family  30.69 
 
 
558 aa  43.9  0.006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0589  hypothetical protein  33.33 
 
 
408 aa  43.9  0.007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1380  CdaR family transcriptional regulator  27.14 
 
 
403 aa  43.9  0.007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000902469  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6844  putative regulator of polyketide synthase expression  29.82 
 
 
394 aa  43.9  0.007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.222986  normal  0.342392 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1266  PucR family transcriptional regulator  33.98 
 
 
479 aa  43.5  0.008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.330502 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2495  putative transcriptional regulator, PucR family  33.82 
 
 
399 aa  43.9  0.008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.591683  normal  0.122494 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6808  putative transcriptional regulator, PucR family  34.95 
 
 
421 aa  43.5  0.009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0431  putative PucR family transcriptional regulator  32.09 
 
 
514 aa  43.5  0.009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.517464  normal  0.914585 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3096  purine catabolism PurC domain-containing protein  35.29 
 
 
480 aa  43.5  0.01  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.578802  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1642  putative transcriptional regulator, PucR family  31.68 
 
 
393 aa  43.5  0.01  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.275459  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>