189 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_1266 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_1266  PucR family transcriptional regulator  100 
 
 		 479 aa  912    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.330502 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3480  regulator of polyketide synthase expression-like  76.22 
 
 		 539 aa  598  1e-170  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1991  CdaR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 403 aa  261  3e-68  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.540017  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12271  hypothetical protein  35.94 
 
 		 414 aa  219  8.999999999999998e-56  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000339947  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2723  putative transcriptional regulator, PucR family  35.94 
 
 		 429 aa  211  2e-53  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1642  putative transcriptional regulator, PucR family  46.91 
 
 		 393 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.275459  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3509  putative transcriptional regulator, PucR family  48.69 
 
 		 392 aa  200  5e-50  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2368  putative PucR family transcriptional regulator  48.89 
 
 		 425 aa  193  7e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00862332 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0879  hypothetical protein  51.35 
 
 		 384 aa  191  2.9999999999999997e-47  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0278062  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4807  putative transcriptional regulator, PucR family  44.44 
 
 		 386 aa  186  8e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.525155  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1808  putative transcriptional regulator, PucR family  36.55 
 
 		 397 aa  185  2.0000000000000003e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.583872  normal  0.0100346 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7053  transcriptional regulator, CdaR  47.76 
 
 		 404 aa  182  1e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.259086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3377  hypothetical protein  48.25 
 
 		 473 aa  181  2e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.541372  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6808  putative transcriptional regulator, PucR family  51.71 
 
 		 421 aa  181  2.9999999999999997e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2052  putative transcriptional regulator, PucR family  50 
 
 		 429 aa  178  2e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.171524  decreased coverage  0.00281905 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3619  PucR family transcriptional regulator  47.58 
 
 		 408 aa  175  9.999999999999999e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000689812 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14120  transcriptional regulator, CdaR family  44.29 
 
 		 397 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.261126  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1514  putative transcriptional regulator, PucR family  43.38 
 
 		 419 aa  173  5e-42  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0197746 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2465  hypothetical protein  41.28 
 
 		 426 aa  167  2.9999999999999998e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00557093  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2149  transcriptional regulator, CdaR  47.11 
 
 		 408 aa  167  4e-40  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2204  putative transcriptional regulator, PucR family  39.92 
 
 		 414 aa  167  5.9999999999999996e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000832377 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2948  putative transcriptional regulator, PucR family  42.29 
 
 		 420 aa  165  2.0000000000000002e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0167209  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3120  Regulator of polyketide synthase expression- like protein  44.54 
 
 		 418 aa  164  4.0000000000000004e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.550646  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10300  regulator of polyketide synthase expression  46.88 
 
 		 413 aa  161  2e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.10355 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2134  putative transcriptional regulator, PucR family  41.63 
 
 		 394 aa  161  2e-38  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3753  hypothetical protein  41.46 
 
 		 428 aa  160  5e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.144369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3363  hypothetical protein  41.13 
 
 		 428 aa  158  2e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.20255  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3374  hypothetical protein  41.13 
 
 		 428 aa  158  2e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.238884  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3425  hypothetical protein  41.13 
 
 		 428 aa  157  3e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.435185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1972  hypothetical protein  42.71 
 
 		 373 aa  156  6e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1328  putative transcriptional regulator, PucR family  45.81 
 
 		 393 aa  155  1e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.617934  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2780  hypothetical protein  41.87 
 
 		 428 aa  155  2e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.311956  normal  0.906979 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12040  transcriptional regulator, CdaR family  41.42 
 
 		 393 aa  147  4.0000000000000006e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0292097  normal  0.187885 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3342  putative transcriptional regulator, PucR family  43.98 
 
 		 425 aa  144  3e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.455149  normal  0.209688 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09330  hypothetical protein  38.21 
 
 		 400 aa  144  5e-33  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.484292  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1627  regulator of polyketide synthase expression  44.68 
 
 		 276 aa  101  3e-20  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1203  hypothetical protein  44.23 
 
 		 453 aa  86.3  0.000000000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000129823 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3096  purine catabolism PurC domain-containing protein  42.67 
 
 		 480 aa  58.9  0.0000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.578802  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3449  transcriptional regulator, CdaR  41.12 
 
 		 398 aa  58.9  0.0000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00146797  hitchhiker  0.00488503 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4407  putative GAF sensor protein  32.89 
 
 		 562 aa  57.8  0.0000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.543064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4574  transcriptional regulator, CdaR  28.47 
 
 		 407 aa  57  0.0000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.325044  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1019  transcriptional regulator, CdaR  31.65 
 
 		 371 aa  56.6  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3335  PucR family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 517 aa  55.5  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1349  putative carbohydrate diacid regulator  36.67 
 
 		 371 aa  55.5  0.000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1411  transcriptional regulator, putative  36.67 
 
 		 371 aa  55.1  0.000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1211  transcriptional regulator  36.67 
 
 		 371 aa  55.1  0.000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1189  carbohydrate diacid regulator  36.67 
 
 		 371 aa  55.1  0.000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1191  carbohydrate diacid regulator  36.67 
 
 		 371 aa  55.1  0.000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1310  transcriptional regulator  36.67 
 
 		 371 aa  55.1  0.000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5287  CdaR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 429 aa  55.1  0.000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5376  CdaR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 429 aa  55.1  0.000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5666  CdaR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 429 aa  55.1  0.000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1451  putative carbohydrate diacid regulator  36.67 
 
 		 371 aa  55.1  0.000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3995  putative carbohydrate diacid regulator  36.67 
 
 		 371 aa  55.1  0.000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.859873 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1387  putative carbohydrate diacid regulator  36.67 
 
 		 371 aa  55.1  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0076  transcriptional regulator, CdaR  35.71 
 
 		 611 aa  54.7  0.000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.105438  normal  0.388356 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2967  transcriptional regulator, PucR family  38.58 
 
 		 486 aa  54.7  0.000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4288  transcriptional regulator, CdaR  56.52 
 
 		 387 aa  53.9  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.743775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1213  transcriptional regulator, CdaR  36.67 
 
 		 371 aa  53.9  0.000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3595  putative transcriptional regulator, PucR family  47.62 
 
 		 529 aa  52.8  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.15656  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0536  CdaR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 659 aa  53.1  0.00001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.289228  hitchhiker  0.00416894 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4258  putative transcriptional regulator, PucR family  38.46 
 
 		 547 aa  52  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.484226  normal  0.267228 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5661  CdaR family transcriptional regulator  40 
 
 		 494 aa  51.6  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1394  transcriptional regulator, CdaR  42.35 
 
 		 393 aa  51.6  0.00003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.684667  hitchhiker  0.0014878 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5234  putative DNA-binding protein  42.03 
 
 		 515 aa  51.6  0.00003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.198671  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5322  putative DNA-binding protein  42.03 
 
 		 515 aa  51.6  0.00003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.266784 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5614  putative DNA-binding protein  42.03 
 
 		 515 aa  51.6  0.00003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.3289 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0545  transcriptional regulator, CdaR  48.33 
 
 		 547 aa  51.6  0.00003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3621  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  45.1 
 
 		 384 aa  52  0.00003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.420208  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  37.1 
 
 		 518 aa  51.2  0.00004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1802  transcriptional regulator, CdaR  24.1 
 
 		 364 aa  51.2  0.00004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000701672  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2800  transcriptional regulator, PucR family  41.54 
 
 		 478 aa  50.4  0.00006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0125039 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2569  putative transcriptional regulator, PucR family  38.2 
 
 		 501 aa  50.4  0.00006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0873115  normal  0.990739 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3341  transcriptional regulator, CdaR  40.62 
 
 		 442 aa  50.4  0.00006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00355427  normal  0.121682 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2867  transcriptional regulator, CdaR  36.63 
 
 		 407 aa  50.1  0.00009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0042  purine catabolism PurC domain-containing protein  33.7 
 
 		 459 aa  50.1  0.00009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.250157 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4484  putative transcriptional regulator, PucR family  47.37 
 
 		 365 aa  50.1  0.00009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.402234  normal  0.125133 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3511  putative transcriptional regulator, PucR family  31.82 
 
 		 411 aa  49.7  0.0001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27560  regulatory helix-turn-helix protein, lysR family  51.06 
 
 		 413 aa  49.3  0.0001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.144166  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0645  transcriptional regulator, CdaR  43.75 
 
 		 383 aa  49.3  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.867737 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3379  putative transcriptional regulator, PucR family  24.48 
 
 		 412 aa  49.7  0.0001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.670117  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1512  transcriptional regulator CdaR  42.86 
 
 		 375 aa  49.7  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.428477  normal  0.947433 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0801  transcriptional regulator, CdaR  30.66 
 
 		 454 aa  49.7  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.140313  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2011  putative transcriptional regulator, PucR family  35.88 
 
 		 408 aa  49.3  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2339  putative transcriptional regulator, PucR family  34.44 
 
 		 705 aa  49.3  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00013602  hitchhiker  0.000729233 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1182  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  38.98 
 
 		 385 aa  49.3  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1382  transcriptional regulator, CdaR  41.11 
 
 		 400 aa  49.7  0.0001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2940  transcriptional regulator, CdaR  31.25 
 
 		 405 aa  48.9  0.0002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.837438  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2197  transcriptional regulator, PucR family  35.82 
 
 		 540 aa  49.3  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000143617  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2346  regulator of polyketide synthase expression-like protein  35.37 
 
 		 681 aa  48.9  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00520289  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3378  purine catabolism PurC domain-containing protein  39.68 
 
 		 445 aa  48.9  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.264385  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3095  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  38.98 
 
 		 385 aa  49.3  0.0002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1305  Regulator of polyketide synthase expression- like protein  32.22 
 
 		 540 aa  48.9  0.0002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3443  transcriptional regulator, CdaR  30.57 
 
 		 741 aa  48.9  0.0002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2804  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  46.51 
 
 		 385 aa  48.5  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4866  CdaR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 466 aa  48.1  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09280  Fis family regulatory protein  33.75 
 
 		 411 aa  48.1  0.0004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.739433  normal  0.888606 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1043  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.91 
 
 		 385 aa  48.1  0.0004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3295  purine catabolism PurC domain-containing protein  40.51 
 
 		 492 aa  47.8  0.0004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.159277 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2710  putative transcriptional regulator, PucR family  41.94 
 
 		 226 aa  48.1  0.0004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>