More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_B0536 on replicon NC_008826
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008826  Mpe_B0536  CdaR family transcriptional regulator  100 
 
 
659 aa  1330    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.289228  hitchhiker  0.00416894 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2339  putative transcriptional regulator, PucR family  37.91 
 
 
705 aa  350  3e-95  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00013602  hitchhiker  0.000729233 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3443  transcriptional regulator, CdaR  33.74 
 
 
741 aa  302  1e-80  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0495  CdaR family transcriptional regulator  35.49 
 
 
645 aa  285  2.0000000000000002e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0046  transcriptional regulator, CdaR  27.18 
 
 
665 aa  140  7.999999999999999e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.541147  normal  0.0349089 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4842  putative phytochrome sensor protein  27.75 
 
 
645 aa  134  6.999999999999999e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1796  transcriptional regulator, CdaR  27.38 
 
 
644 aa  119  1.9999999999999998e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.220013  hitchhiker  0.00020327 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0080  GAF domain-containing protein  25.74 
 
 
648 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.920818  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10050  transcriptional regulator, CdaR family  27.2 
 
 
619 aa  115  4.0000000000000004e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.626795  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5330  putative phytochrome sensor protein  26.31 
 
 
627 aa  112  2.0000000000000002e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7915  putative phytochrome sensor protein  26.89 
 
 
647 aa  112  2.0000000000000002e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1806  GAF domain-containing protein  27.55 
 
 
639 aa  106  1e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3916  transcriptional regulator, CdaR  25.94 
 
 
614 aa  104  5e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.3459  normal  0.0290883 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1380  CdaR family transcriptional regulator  26.48 
 
 
403 aa  93.6  1e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000902469  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2125  CdaR family transcriptional regulator  22.69 
 
 
553 aa  87.4  7e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8514  putative transcriptional regulator, PucR family  30.84 
 
 
637 aa  86.7  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.484421  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2278  putative transcriptional regulator, PucR family  21.95 
 
 
739 aa  85.5  0.000000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3775  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.37 
 
 
548 aa  82  0.00000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3106  transcriptional regulator, PucR family  26.77 
 
 
618 aa  80.5  0.00000000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.411475  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1633  purine catabolism PurC domain-containing protein  29.96 
 
 
601 aa  80.5  0.0000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.154035  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0012  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.89 
 
 
2783 aa  79.7  0.0000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.296104 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2288  PucR family transcriptional regulator  22.77 
 
 
597 aa  77  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0468789 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  24.62 
 
 
558 aa  75.5  0.000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000326759  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  26.64 
 
 
525 aa  75.1  0.000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3051  hypothetical protein  21.7 
 
 
740 aa  74.7  0.000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4325  hypothetical protein  24.93 
 
 
602 aa  74.7  0.000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0842061 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0484  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.05 
 
 
1017 aa  73.9  0.000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4574  transcriptional regulator, CdaR  23.87 
 
 
407 aa  73.2  0.00000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.325044  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1626  transcriptional regulator, CdaR  26.18 
 
 
413 aa  73.2  0.00000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2162  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  27.76 
 
 
1017 aa  73.6  0.00000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.266871  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1597  adenylate/guanylate cyclase with GAF sensor(s)  26.82 
 
 
981 aa  72.8  0.00000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.000711164  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0155  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.82 
 
 
1014 aa  72.4  0.00000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  25.17 
 
 
518 aa  71.2  0.00000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1217  metal dependent phosphohydrolase  25.27 
 
 
371 aa  71.2  0.00000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2017  CdaR family transcriptional regulator  29.11 
 
 
564 aa  70.9  0.00000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.294249  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0301  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.05 
 
 
748 aa  70.1  0.0000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3284  purine catabolism PurC-like protein  36.8 
 
 
502 aa  69.3  0.0000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0796347  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3346  purine catabolism PurC domain-containing protein  36.8 
 
 
492 aa  69.3  0.0000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.728632  normal  0.0930873 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3295  purine catabolism PurC domain-containing protein  36.8 
 
 
492 aa  69.3  0.0000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.159277 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0447  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.68 
 
 
1527 aa  69.7  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1949  diguanylate cyclase  31.44 
 
 
733 aa  69.3  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3439  serine phosphatase  26.9 
 
 
584 aa  68.9  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0446  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.68 
 
 
1527 aa  68.6  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0484  transcriptional regulator, CdaR  30.49 
 
 
404 aa  68.9  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4740  transcriptional regulator, CdaR  41.35 
 
 
515 aa  67.8  0.0000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3026  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  35.56 
 
 
819 aa  67.8  0.0000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.956622  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5765  transcriptional regulator, CdaR  24.17 
 
 
553 aa  67.8  0.0000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.808305  normal  0.0531949 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1801  transcriptional regulator, PucR family  27.97 
 
 
562 aa  67.8  0.0000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0748  GAF sensor signal transduction histidine kinase  28.74 
 
 
815 aa  67.8  0.0000000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4114  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.41 
 
 
3470 aa  67.4  0.0000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1844  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.69 
 
 
356 aa  67.4  0.0000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0545  transcriptional regulator, CdaR  29.58 
 
 
547 aa  67  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0805  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.86 
 
 
2161 aa  67  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.354922 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25 
 
 
947 aa  66.6  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1241  PucR family transcriptional regulator  33.57 
 
 
552 aa  66.6  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0259232 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0418  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.77 
 
 
1527 aa  66.2  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1321  HD-GYP domain-containing protein  26.37 
 
 
848 aa  65.9  0.000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1182  transcriptional regulator, CdaR  22.6 
 
 
555 aa  65.9  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000261051  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1991  CdaR family transcriptional regulator  28.97 
 
 
403 aa  66.2  0.000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.540017  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2535  transcriptional regulator, PucR family  29.05 
 
 
505 aa  66.2  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.295371 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1941  metal dependent phosphohydrolase  31.55 
 
 
357 aa  66.2  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000817968  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2569  putative transcriptional regulator, PucR family  33.79 
 
 
501 aa  65.5  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0873115  normal  0.990739 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4151  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.22 
 
 
1519 aa  65.5  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0865128  normal  0.147126 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2453  serine phosphatase  31.76 
 
 
438 aa  65.1  0.000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2148  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.81 
 
 
819 aa  65.1  0.000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.233006  hitchhiker  0.00949178 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2680  putative GAF sensor protein  25.75 
 
 
245 aa  64.3  0.000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.181755  normal  0.469967 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0637  purine catabolism PurC domain-containing protein  33.33 
 
 
486 aa  64.3  0.000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1196  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  25.71 
 
 
1004 aa  63.9  0.000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.472848  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3170  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.2 
 
 
911 aa  63.9  0.000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2028  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.18 
 
 
1247 aa  63.9  0.000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.138072 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1116  hypothetical protein  26.95 
 
 
245 aa  63.5  0.00000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0602606  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2223  transcriptional regulator, CdaR  39.51 
 
 
520 aa  63.5  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.14509  hitchhiker  0.000308823 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2139  putative transcriptional regulator, PucR family  32.64 
 
 
514 aa  63.5  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.351371 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3538  hypothetical protein  28.02 
 
 
754 aa  63.9  0.00000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0655709  normal  0.940328 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2842  diguanylate cyclase  31.25 
 
 
785 aa  63.5  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2800  transcriptional regulator, PucR family  43.04 
 
 
478 aa  63.5  0.00000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0125039 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4768  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  27.41 
 
 
1480 aa  63.2  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  26.04 
 
 
525 aa  63.2  0.00000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3833  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.67 
 
 
732 aa  63.2  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1201  metal dependent phosphohydrolase  26.07 
 
 
719 aa  63.2  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0907  transcriptional regulator, PucR family  31.68 
 
 
486 aa  63.2  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2133  GGDEF family protein  28.92 
 
 
332 aa  62.8  0.00000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.352584  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2404  phosphoenolpyruvate--protein phosphotransferase  26.71 
 
 
784 aa  62.4  0.00000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0011664  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.81 
 
 
704 aa  62.4  0.00000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3096  purine catabolism PurC domain-containing protein  37.93 
 
 
480 aa  62  0.00000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.578802  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2470  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.83 
 
 
756 aa  62  0.00000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.578353  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2169  diguanylate cyclase with GAF sensor  26.74 
 
 
713 aa  62.4  0.00000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4452  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.65 
 
 
2153 aa  62  0.00000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.758306 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2004  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.56 
 
 
634 aa  61.6  0.00000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000423635  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4823  CdaR family transcriptional regulator  25 
 
 
563 aa  61.6  0.00000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2313  PTS system, enzyme I, transcriptional regulator PtsP  28.65 
 
 
782 aa  61.2  0.00000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2499  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  28.1 
 
 
957 aa  61.2  0.00000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.628106  normal  0.769914 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2045  metal dependent phosphohydrolase  30.06 
 
 
373 aa  60.8  0.00000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.803605  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2516  transcriptional regulator CdaR  31.3 
 
 
650 aa  60.8  0.00000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.664559  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2905  putative GAF sensor protein  26.09 
 
 
782 aa  60.8  0.00000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000121326  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0753  hypothetical protein  32.04 
 
 
399 aa  60.8  0.00000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0562185  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3420  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.12 
 
 
719 aa  60.5  0.00000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.688425  normal  0.99318 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1896  transcriptional regulator, CdaR  28.83 
 
 
434 aa  60.5  0.00000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.612834  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2554  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  26.02 
 
 
997 aa  60.1  0.0000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0388  purine catabolism PurC domain-containing protein  26.63 
 
 
379 aa  60.5  0.0000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000701457  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>