183 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3480 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3480  regulator of polyketide synthase expression-like  100 
 
 		 539 aa  1051    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1266  PucR family transcriptional regulator  88.94 
 
 		 479 aa  387  1e-106  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.330502 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1642  putative transcriptional regulator, PucR family  45.15 
 
 		 393 aa  333  5e-90  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.275459  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2368  putative PucR family transcriptional regulator  46.24 
 
 		 425 aa  328  1.0000000000000001e-88  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00862332 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6808  putative transcriptional regulator, PucR family  47.28 
 
 		 421 aa  306  4.0000000000000004e-82  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1991  CdaR family transcriptional regulator  45.54 
 
 		 403 aa  306  7e-82  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.540017  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14120  transcriptional regulator, CdaR family  42.79 
 
 		 397 aa  305  1.0000000000000001e-81  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.261126  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0879  hypothetical protein  47.19 
 
 		 384 aa  304  3.0000000000000004e-81  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0278062  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2149  transcriptional regulator, CdaR  44.39 
 
 		 408 aa  299  8e-80  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7053  transcriptional regulator, CdaR  45.11 
 
 		 404 aa  298  1e-79  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.259086  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1514  putative transcriptional regulator, PucR family  43.56 
 
 		 419 aa  297  3e-79  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0197746 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3509  putative transcriptional regulator, PucR family  45.78 
 
 		 392 aa  296  6e-79  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2948  putative transcriptional regulator, PucR family  43 
 
 		 420 aa  293  5e-78  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0167209  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4807  putative transcriptional regulator, PucR family  41.85 
 
 		 386 aa  290  5.0000000000000004e-77  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.525155  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1808  putative transcriptional regulator, PucR family  44.42 
 
 		 397 aa  287  4e-76  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.583872  normal  0.0100346 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2204  putative transcriptional regulator, PucR family  40.87 
 
 		 414 aa  283  5.000000000000001e-75  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000832377 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3377  hypothetical protein  44.1 
 
 		 473 aa  282  1e-74  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.541372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3619  PucR family transcriptional regulator  44.94 
 
 		 408 aa  273  4.0000000000000004e-72  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000689812 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10300  regulator of polyketide synthase expression  43.41 
 
 		 413 aa  272  9e-72  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.10355 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2465  hypothetical protein  39.37 
 
 		 426 aa  271  2e-71  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00557093  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1972  hypothetical protein  42.43 
 
 		 373 aa  270  2.9999999999999997e-71  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3342  putative transcriptional regulator, PucR family  44.76 
 
 		 425 aa  271  2.9999999999999997e-71  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.455149  normal  0.209688 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1328  putative transcriptional regulator, PucR family  42.41 
 
 		 393 aa  258  3e-67  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.617934  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2134  putative transcriptional regulator, PucR family  41.35 
 
 		 394 aa  257  4e-67  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09330  hypothetical protein  38.95 
 
 		 400 aa  256  8e-67  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.484292  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2780  hypothetical protein  41.63 
 
 		 428 aa  256  1.0000000000000001e-66  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.311956  normal  0.906979 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3363  hypothetical protein  40.92 
 
 		 428 aa  251  2e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.20255  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3374  hypothetical protein  40.92 
 
 		 428 aa  251  2e-65  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.238884  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3425  hypothetical protein  40.92 
 
 		 428 aa  250  6e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.435185  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3120  Regulator of polyketide synthase expression- like protein  40.29 
 
 		 418 aa  249  7e-65  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.550646  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3753  hypothetical protein  40.63 
 
 		 428 aa  249  8e-65  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.144369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12271  hypothetical protein  39.53 
 
 		 414 aa  242  1e-62  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000339947  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2723  putative transcriptional regulator, PucR family  38.59 
 
 		 429 aa  241  2.9999999999999997e-62  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2052  putative transcriptional regulator, PucR family  44.23 
 
 		 429 aa  240  5e-62  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.171524  decreased coverage  0.00281905 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12040  transcriptional regulator, CdaR family  42.05 
 
 		 393 aa  225  2e-57  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0292097  normal  0.187885 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1627  regulator of polyketide synthase expression  43.06 
 
 		 276 aa  93.6  9e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1203  hypothetical protein  41.75 
 
 		 453 aa  82  0.00000000000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000129823 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4407  putative GAF sensor protein  35 
 
 		 562 aa  65.9  0.000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.543064  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3449  transcriptional regulator, CdaR  41.44 
 
 		 398 aa  62.8  0.00000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00146797  hitchhiker  0.00488503 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3096  purine catabolism PurC domain-containing protein  41.46 
 
 		 480 aa  60.8  0.00000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.578802  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2522  hypothetical protein  35.42 
 
 		 616 aa  58.5  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5287  CdaR family transcriptional regulator  40.45 
 
 		 429 aa  57  0.0000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5376  CdaR family transcriptional regulator  40.45 
 
 		 429 aa  57  0.0000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5666  CdaR family transcriptional regulator  40.45 
 
 		 429 aa  57  0.0000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1019  transcriptional regulator, CdaR  31.65 
 
 		 371 aa  57  0.0000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1349  putative carbohydrate diacid regulator  38.98 
 
 		 371 aa  57  0.0000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3335  PucR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 517 aa  56.2  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1411  transcriptional regulator, putative  38.98 
 
 		 371 aa  56.6  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1211  transcriptional regulator  38.98 
 
 		 371 aa  56.6  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1189  carbohydrate diacid regulator  38.98 
 
 		 371 aa  56.6  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1191  carbohydrate diacid regulator  38.98 
 
 		 371 aa  56.2  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1310  transcriptional regulator  38.98 
 
 		 371 aa  56.6  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1451  putative carbohydrate diacid regulator  38.98 
 
 		 371 aa  56.6  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3995  putative carbohydrate diacid regulator  38.98 
 
 		 371 aa  56.6  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.859873 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1387  putative carbohydrate diacid regulator  38.98 
 
 		 371 aa  56.6  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1213  transcriptional regulator, CdaR  38.98 
 
 		 371 aa  55.5  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2351  CdaR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 390 aa  55.1  0.000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000556727  normal  0.18392 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0801  transcriptional regulator, CdaR  31.71 
 
 		 454 aa  55.5  0.000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.140313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0536  CdaR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 659 aa  54.7  0.000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.289228  hitchhiker  0.00416894 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  37.68 
 
 		 518 aa  53.9  0.000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5661  CdaR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 494 aa  52.8  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4574  transcriptional regulator, CdaR  42.19 
 
 		 407 aa  52.8  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.325044  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3621  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  47.06 
 
 		 384 aa  53.1  0.00001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.420208  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3341  transcriptional regulator, CdaR  41.54 
 
 		 442 aa  53.5  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00355427  normal  0.121682 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5503  putative transcriptional regulator, PucR family  30 
 
 		 600 aa  53.5  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00160149 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2569  putative transcriptional regulator, PucR family  38.27 
 
 		 501 aa  52.8  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0873115  normal  0.990739 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1512  transcriptional regulator CdaR  44.44 
 
 		 375 aa  52.8  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.428477  normal  0.947433 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3095  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  39.06 
 
 		 385 aa  51.6  0.00003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1182  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  39.06 
 
 		 385 aa  52  0.00003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0042  purine catabolism PurC domain-containing protein  35.96 
 
 		 459 aa  52  0.00003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.250157 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1382  transcriptional regulator, CdaR  43.42 
 
 		 400 aa  52  0.00003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0645  transcriptional regulator, CdaR  43.75 
 
 		 383 aa  51.6  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.867737 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2800  transcriptional regulator, PucR family  43.59 
 
 		 478 aa  51.2  0.00005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0125039 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0545  transcriptional regulator, CdaR  41.46 
 
 		 547 aa  51.2  0.00005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2339  putative transcriptional regulator, PucR family  34.48 
 
 		 705 aa  50.8  0.00006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00013602  hitchhiker  0.000729233 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  41.27 
 
 		 525 aa  50.8  0.00006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2278  putative transcriptional regulator, PucR family  35.05 
 
 		 739 aa  50.8  0.00006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2967  transcriptional regulator, PucR family  46.03 
 
 		 486 aa  50.8  0.00006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0076  transcriptional regulator, CdaR  38.46 
 
 		 611 aa  50.4  0.00007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.105438  normal  0.388356 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2867  transcriptional regulator, CdaR  36.63 
 
 		 407 aa  50.4  0.00008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2804  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  39.06 
 
 		 385 aa  50.4  0.00009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4484  putative transcriptional regulator, PucR family  45.61 
 
 		 365 aa  50.4  0.00009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.402234  normal  0.125133 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4288  transcriptional regulator, CdaR  54.35 
 
 		 387 aa  50.1  0.00009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.743775  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1394  transcriptional regulator, CdaR  43.66 
 
 		 393 aa  50.1  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.684667  hitchhiker  0.0014878 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5234  putative DNA-binding protein  42.65 
 
 		 515 aa  50.1  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.198671  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4258  putative transcriptional regulator, PucR family  38.46 
 
 		 547 aa  49.7  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.484226  normal  0.267228 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3595  putative transcriptional regulator, PucR family  47.62 
 
 		 529 aa  50.1  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.15656  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1043  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  37.5 
 
 		 385 aa  49.7  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5322  putative DNA-binding protein  42.65 
 
 		 515 aa  50.1  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.266784 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5614  putative DNA-binding protein  42.65 
 
 		 515 aa  50.1  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.3289 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5712  putative transcriptional regulator, PucR family  43.94 
 
 		 537 aa  50.1  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.857659  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1241  PucR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 552 aa  50.1  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0259232 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3770  transcriptional regulator, CdaR  31.07 
 
 		 404 aa  49.3  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  37.84 
 
 		 558 aa  48.9  0.0002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000326759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1521  CdaR family transcriptional regulator  32 
 
 		 372 aa  49.3  0.0002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000148841  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27560  regulatory helix-turn-helix protein, lysR family  41.25 
 
 		 413 aa  48.9  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.144166  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3346  purine catabolism PurC domain-containing protein  40.51 
 
 		 492 aa  49.3  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.728632  normal  0.0930873 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1388  transcriptional regulator, PucR family  37.33 
 
 		 543 aa  48.9  0.0002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00311345 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3295  purine catabolism PurC domain-containing protein  40.51 
 
 		 492 aa  49.3  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.159277 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0907  transcriptional regulator, PucR family  34.83 
 
 		 486 aa  48.9  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>