More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_10050 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_10050  transcriptional regulator, CdaR family  100 
 
 		 619 aa  1200    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.626795  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0046  transcriptional regulator, CdaR  52.36 
 
 		 665 aa  513  1e-144  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.541147  normal  0.0349089 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8514  putative transcriptional regulator, PucR family  54.17 
 
 		 637 aa  505  9.999999999999999e-143  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.484421  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4842  putative phytochrome sensor protein  51.25 
 
 		 645 aa  501  1e-140  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0080  GAF domain-containing protein  54.13 
 
 		 648 aa  498  1e-139  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.920818  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1796  transcriptional regulator, CdaR  55.59 
 
 		 644 aa  493  9.999999999999999e-139  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.220013  hitchhiker  0.00020327 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7915  putative phytochrome sensor protein  50.17 
 
 		 647 aa  467  9.999999999999999e-131  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5330  putative phytochrome sensor protein  52.22 
 
 		 627 aa  462  1e-129  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1806  GAF domain-containing protein  54.35 
 
 		 639 aa  441  9.999999999999999e-123  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3916  transcriptional regulator, CdaR  46.23 
 
 		 614 aa  417  9.999999999999999e-116  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.3459  normal  0.0290883 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0536  CdaR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 659 aa  140  7e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.289228  hitchhiker  0.00416894 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4896  transcriptional regulator, CdaR  27.91 
 
 		 616 aa  131  4.0000000000000003e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2339  putative transcriptional regulator, PucR family  28.95 
 
 		 705 aa  131  4.0000000000000003e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00013602  hitchhiker  0.000729233 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3443  transcriptional regulator, CdaR  26.92 
 
 		 741 aa  130  5.0000000000000004e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4823  CdaR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 563 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5765  transcriptional regulator, CdaR  30.63 
 
 		 553 aa  122  3e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.808305  normal  0.0531949 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2278  putative transcriptional regulator, PucR family  20.76 
 
 		 739 aa  112  3e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2288  PucR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 597 aa  106  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0468789 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4831  CdaR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 305 aa  103  7e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.558318 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0495  CdaR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 645 aa  102  3e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  30.84 
 
 		 518 aa  101  4e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6672  putative transcriptional regulator, PucR family  29.97 
 
 		 520 aa  100  1e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0255343  normal  0.214426 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  25.65 
 
 		 558 aa  95.9  2e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000326759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1380  CdaR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 403 aa  95.5  2e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000902469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2969  transcriptional regulator, CdaR  28.26 
 
 		 538 aa  95.5  2e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00320725  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4325  hypothetical protein  29.34 
 
 		 602 aa  95.9  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0842061 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  30.15 
 
 		 525 aa  93.2  1e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2232  PucR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 537 aa  93.6  1e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.129404 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5503  putative transcriptional regulator, PucR family  24.21 
 
 		 600 aa  91.7  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00160149 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  32.48 
 
 		 525 aa  91.7  4e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1182  transcriptional regulator, CdaR  21.77 
 
 		 555 aa  86.3  0.000000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000261051  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2125  CdaR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 553 aa  85.9  0.000000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2470  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.05 
 
 		 756 aa  80.1  0.0000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.578353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3659  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.37 
 
 		 362 aa  79.3  0.0000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2842  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 785 aa  79.3  0.0000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0805  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.66 
 
 		 2161 aa  77.4  0.0000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.354922 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3051  hypothetical protein  18.56 
 
 		 740 aa  76.3  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0012  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.56 
 
 		 2783 aa  77  0.000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.296104 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1844  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.89 
 
 		 356 aa  76.3  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20880  purine catabolism regulator-like protein  26.7 
 
 		 585 aa  74.7  0.000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0170372 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5661  CdaR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 494 aa  74.7  0.000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5712  putative transcriptional regulator, PucR family  28.98 
 
 		 537 aa  72.4  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.857659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2522  hypothetical protein  27.03 
 
 		 616 aa  72  0.00000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1241  PucR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 552 aa  72.4  0.00000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0259232 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0442  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.69 
 
 		 1785 aa  71.2  0.00000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3866  transcriptional regulator, PucR family  42 
 
 		 557 aa  71.2  0.00000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4627  GAF sensor signal transduction histidine kinase  26.57 
 
 		 662 aa  71.2  0.00000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.622134  hitchhiker  0.00510111 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4114  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.72 
 
 		 3470 aa  71.2  0.00000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4451  signal transduction histidine kinase  26.2 
 
 		 647 aa  70.9  0.00000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0783644  hitchhiker  0.000419686 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03709  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  30.41 
 
 		 772 aa  70.9  0.00000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4452  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.67 
 
 		 2153 aa  70.9  0.00000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.758306 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2453  serine phosphatase  32.18 
 
 		 438 aa  70.1  0.0000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3631  signal transduction histidine kinase  33.71 
 
 		 666 aa  69.3  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0281267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4216  diguanylate cyclase  26.84 
 
 		 717 aa  69.7  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1333  transcriptional regulator, PucR family  26.82 
 
 		 558 aa  68.2  0.0000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5251  PucR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 312 aa  67.8  0.0000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.60944  normal  0.261771 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1949  diguanylate cyclase  33.16 
 
 		 733 aa  67.8  0.0000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2432  transcriptional regulator, CdaR  31.65 
 
 		 514 aa  67.4  0.0000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0322686 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1896  transcriptional regulator, CdaR  32.44 
 
 		 434 aa  67.4  0.0000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.612834  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3668  transcriptional regulator, CdaR  25.51 
 
 		 534 aa  66.6  0.000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.36524  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2063  transcriptional regulator, PucR family  49.25 
 
 		 561 aa  65.9  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.20553  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0753  hypothetical protein  29.75 
 
 		 399 aa  65.5  0.000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0562185  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3230  signal transduction histidine kinase  29.7 
 
 		 636 aa  66.2  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00732898  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.37 
 
 		 947 aa  66.2  0.000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3026  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  34.48 
 
 		 819 aa  64.7  0.000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.956622  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2967  transcriptional regulator, PucR family  42.31 
 
 		 486 aa  64.7  0.000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4109  PucR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 477 aa  64.3  0.000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.222567  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2549  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.58 
 
 		 456 aa  64.3  0.000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3845  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  29.19 
 
 		 762 aa  63.9  0.000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1321  HD-GYP domain-containing protein  26.67 
 
 		 848 aa  63.9  0.000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2148  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.51 
 
 		 819 aa  63.9  0.000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.233006  hitchhiker  0.00949178 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2535  transcriptional regulator, PucR family  35.64 
 
 		 505 aa  63.9  0.000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.295371 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2139  putative transcriptional regulator, PucR family  36.31 
 
 		 514 aa  63.9  0.000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.351371 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1318  transcriptional regulator, PucR family  22.79 
 
 		 537 aa  63.2  0.00000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000441454  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0484  transcriptional regulator, CdaR  31.39 
 
 		 404 aa  63.2  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0740  hypothetical protein  28.93 
 
 		 399 aa  63.5  0.00000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000706323  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2216  transcriptional regulator, PucR family  26.43 
 
 		 542 aa  63.2  0.00000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2569  putative transcriptional regulator, PucR family  35 
 
 		 501 aa  63.5  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0873115  normal  0.990739 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3833  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.47 
 
 		 732 aa  62.4  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3698  CdaR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 549 aa  62.4  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4276  CdaR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 552 aa  62.4  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.416478  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2940  transcriptional regulator, CdaR  28.04 
 
 		 405 aa  62.8  0.00000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.837438  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1946  putative DNA-binding protein  30.96 
 
 		 514 aa  62.4  0.00000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5658  GAF sensor signal transduction histidine kinase  28.8 
 
 		 602 aa  62  0.00000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.525886  normal  0.309242 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0608  CdaR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 416 aa  62  0.00000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4079  transcriptional regulator, PucR family  29.64 
 
 		 523 aa  61.6  0.00000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1019  transcriptional regulator, CdaR  22.15 
 
 		 371 aa  61.6  0.00000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0011  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.48 
 
 		 715 aa  61.6  0.00000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0507  Histidine kinase  31.58 
 
 		 373 aa  61.2  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2162  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  28.02 
 
 		 1017 aa  61.2  0.00000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.266871  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2232  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  27.27 
 
 		 781 aa  60.8  0.00000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000474033  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3570  metal dependent phosphohydrolase  29.41 
 
 		 571 aa  60.8  0.00000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0484  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.94 
 
 		 1017 aa  60.8  0.00000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0143  transcriptional regulator, CdaR  25.35 
 
 		 388 aa  60.8  0.00000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3420  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.47 
 
 		 719 aa  60.5  0.00000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.688425  normal  0.99318 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23280  hypothetical protein  30.45 
 
 		 512 aa  60.5  0.00000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.122242  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1306  CdaR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 515 aa  60.5  0.00000009  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00277774  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0042  purine catabolism PurC domain-containing protein  41.54 
 
 		 459 aa  60.5  0.00000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.250157 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1029  transcriptional regulator CdaR  25.76 
 
 		 536 aa  59.7  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.133296 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4656  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.27 
 
 		 677 aa  60.1  0.0000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>