114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPR_2339 on replicon NC_008262
Organism: Clostridium perfringens SM101



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008262  CPR_2339  hypothetical protein  100 
 
 		 313 aa  612  9.999999999999999e-175  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2653  hypothetical protein  97.44 
 
 		 313 aa  596  1e-169  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1802  transcriptional regulator, CdaR  35.14 
 
 		 364 aa  92  1e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000701672  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1861  CdaR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 361 aa  87.8  2e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0198483  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3610  transcriptional regulator, CdaR  29.85 
 
 		 362 aa  85.9  8e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2908  transcriptional regulator, CdaR  35.76 
 
 		 359 aa  79.7  0.00000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1045  transcriptional regulator, CdaR  35.26 
 
 		 350 aa  77  0.0000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00204704  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1425  putative transcriptional regulator, PucR family  24.61 
 
 		 296 aa  68.6  0.0000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1898  fis-type helix-turn-helix domain-containing protein  50.82 
 
 		 287 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0263443  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1633  hypothetical protein  50.82 
 
 		 287 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.256067  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2100  fis-type helix-turn-helix domain protein  28.67 
 
 		 287 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.147633  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2351  CdaR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 390 aa  66.2  0.0000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000556727  normal  0.18392 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0622  putative transcriptional regulator, PucR family  37.04 
 
 		 300 aa  65.1  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0143  transcriptional regulator, CdaR  45 
 
 		 388 aa  60.1  0.00000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06864  transcriptional regulator  24.28 
 
 		 376 aa  57.4  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1897  transcriptional regulator, CdaR  26.47 
 
 		 381 aa  57  0.0000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0948  transcriptional regulator, CdaR  36.76 
 
 		 436 aa  53.5  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.640596  normal  0.171254 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12040  transcriptional regulator, CdaR family  21.1 
 
 		 393 aa  53.1  0.000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0292097  normal  0.187885 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000884  sugar diacid utilization regulator SdaR  43.75 
 
 		 380 aa  53.5  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4109  PucR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 477 aa  52.8  0.000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.222567  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1742  transcriptional regulator, CdaR  35.29 
 
 		 520 aa  51.6  0.00002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0172  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.72 
 
 		 385 aa  51.2  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00161  DNA-binding transcriptional activator  27.72 
 
 		 385 aa  50.8  0.00003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3440  transcriptional regulator, CdaR  27.72 
 
 		 385 aa  50.8  0.00003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0166  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.72 
 
 		 385 aa  50.8  0.00003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0167  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.72 
 
 		 376 aa  50.8  0.00003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3497  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.72 
 
 		 385 aa  50.8  0.00003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0174  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.72 
 
 		 385 aa  50.8  0.00003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1808  putative transcriptional regulator, PucR family  19.64 
 
 		 397 aa  50.8  0.00003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.583872  normal  0.0100346 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00160  hypothetical protein  27.72 
 
 		 385 aa  50.8  0.00003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10050  transcriptional regulator, CdaR family  34.48 
 
 		 619 aa  50.8  0.00003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.626795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0801  transcriptional regulator, CdaR  34.43 
 
 		 454 aa  50.4  0.00004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.140313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0702  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  26.73 
 
 		 385 aa  50.4  0.00004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3509  putative transcriptional regulator, PucR family  16.47 
 
 		 392 aa  50.4  0.00004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0231  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  22.61 
 
 		 385 aa  50.4  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.466297  normal  0.982671 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0249  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  22.61 
 
 		 385 aa  50.4  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0230  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  22.61 
 
 		 385 aa  50.4  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1043  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  21.21 
 
 		 385 aa  50.4  0.00004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0792  hypothetical protein  32.1 
 
 		 364 aa  50.1  0.00005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.60027  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0247  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  22.61 
 
 		 385 aa  50.1  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0233  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  22.61 
 
 		 385 aa  50.1  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  37.1 
 
 		 518 aa  49.7  0.00007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2640  transcriptional regulator, CdaR  37.1 
 
 		 413 aa  49.3  0.00008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.513243  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2592  carbohydrate diacid regulator (sugar diacid regulator)  36.36 
 
 		 381 aa  49.3  0.00008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1182  transcriptional regulator, CdaR  38.78 
 
 		 555 aa  49.3  0.00008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000261051  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3095  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  22.29 
 
 		 385 aa  49.3  0.00008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1514  putative transcriptional regulator, PucR family  29.51 
 
 		 419 aa  49.3  0.00008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0197746 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1328  putative transcriptional regulator, PucR family  17.05 
 
 		 393 aa  49.3  0.00009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.617934  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2535  transcriptional regulator, PucR family  23.46 
 
 		 505 aa  48.9  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.295371 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0042  purine catabolism PurC domain-containing protein  31.82 
 
 		 459 aa  49.3  0.0001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.250157 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1323  transcriptional regulator, CdaR  23.84 
 
 		 554 aa  48.9  0.0001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2204  putative transcriptional regulator, PucR family  20.22 
 
 		 414 aa  48.5  0.0001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000832377 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1182  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  22.56 
 
 		 385 aa  48.9  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3120  Regulator of polyketide synthase expression- like protein  23.44 
 
 		 418 aa  48.5  0.0001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.550646  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  24.12 
 
 		 558 aa  47.8  0.0002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000326759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5287  CdaR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 429 aa  47.8  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2584  CdaR family transcriptional regulator  24.59 
 
 		 410 aa  47.8  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0253074 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5376  CdaR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 429 aa  47.8  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5666  CdaR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 429 aa  47.8  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2149  transcriptional regulator, CdaR  26.6 
 
 		 408 aa  48.1  0.0002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2110  transcriptional regulator, CdaR  31.58 
 
 		 386 aa  48.1  0.0002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03504  sugar diacide regulator  29.31 
 
 		 168 aa  48.1  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2804  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  20 
 
 		 385 aa  48.1  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7053  transcriptional regulator, CdaR  21.95 
 
 		 404 aa  48.1  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.259086  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1774  putative sugar diacid utilization regulator  24.32 
 
 		 407 aa  47.4  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2101  CdaR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 393 aa  47.4  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2516  CdaR family transcriptional regulator  24.59 
 
 		 410 aa  47.8  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.882452  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2682  CdaR family transcriptional regulator  24.59 
 
 		 410 aa  47.8  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.250773 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  40.91 
 
 		 525 aa  47.4  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2140  putative transcriptional regulator, PucR family  41.46 
 
 		 411 aa  47.4  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.825102  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14120  transcriptional regulator, CdaR family  27.94 
 
 		 397 aa  47.8  0.0003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.261126  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2368  putative PucR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 425 aa  47  0.0004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00862332 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2723  putative transcriptional regulator, PucR family  27.45 
 
 		 429 aa  47  0.0004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  40.91 
 
 		 525 aa  47  0.0004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1203  hypothetical protein  30.7 
 
 		 453 aa  47  0.0004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000129823 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1388  transcriptional regulator, CdaR  32.76 
 
 		 493 aa  47  0.0004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4276  CdaR family transcriptional regulator  24.38 
 
 		 552 aa  46.6  0.0005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.416478  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1627  regulator of polyketide synthase expression  31.58 
 
 		 276 aa  47  0.0005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0552  transcriptional regulator, CdaR  41.38 
 
 		 513 aa  47  0.0005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23030  hypothetical protein  29.55 
 
 		 418 aa  46.6  0.0005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.131719 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4831  CdaR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 305 aa  46.6  0.0006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.558318 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3619  PucR family transcriptional regulator  19.46 
 
 		 408 aa  46.2  0.0006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000689812 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1423  putative transcriptional regulator, PucR family  40.43 
 
 		 374 aa  46.2  0.0006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.130403  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2134  putative transcriptional regulator, PucR family  27.12 
 
 		 394 aa  46.2  0.0006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1836  CdaR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 384 aa  45.8  0.0008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10300  regulator of polyketide synthase expression  25.53 
 
 		 413 aa  46.2  0.0008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.10355 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2465  hypothetical protein  29.51 
 
 		 426 aa  45.4  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00557093  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3377  hypothetical protein  23.4 
 
 		 473 aa  45.8  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.541372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12271  hypothetical protein  25.81 
 
 		 414 aa  45.4  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000339947  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3621  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  35.19 
 
 		 384 aa  45.8  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.420208  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1642  putative transcriptional regulator, PucR family  19.63 
 
 		 393 aa  45.8  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.275459  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4823  CdaR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 563 aa  44.3  0.002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5017  transcriptional regulator, PucR family  32.76 
 
 		 510 aa  44.7  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.147211 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5594  PucR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 410 aa  44.7  0.002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7915  putative phytochrome sensor protein  25.37 
 
 		 647 aa  44.3  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3547  CdaR family transcriptional regulator  19.49 
 
 		 532 aa  43.9  0.003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3378  purine catabolism PurC domain-containing protein  24.76 
 
 		 445 aa  44.3  0.003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.264385  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1573  transcriptional regulator, CdaR  24.32 
 
 		 413 aa  44.3  0.003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1844  putative transcriptional regulator, PucR family  23.24 
 
 		 150 aa  44.3  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000616925  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2703  transcriptional regulator, CdaR  23.73 
 
 		 383 aa  43.9  0.004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.601624  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>