217 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1861 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_1861  CdaR family transcriptional regulator  100 
 
 		 361 aa  717    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0198483  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2908  transcriptional regulator, CdaR  56.5 
 
 		 359 aa  396  1e-109  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3610  transcriptional regulator, CdaR  46.33 
 
 		 362 aa  305  1.0000000000000001e-81  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1802  transcriptional regulator, CdaR  43.1 
 
 		 364 aa  301  2e-80  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000701672  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1045  transcriptional regulator, CdaR  32.15 
 
 		 350 aa  124  3e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00204704  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2351  CdaR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 390 aa  92.8  9e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000556727  normal  0.18392 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2653  hypothetical protein  33.5 
 
 		 313 aa  87.8  3e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2339  hypothetical protein  33.5 
 
 		 313 aa  87.8  3e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0948  transcriptional regulator, CdaR  30.38 
 
 		 436 aa  83.2  0.000000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.640596  normal  0.171254 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1521  CdaR family transcriptional regulator  22.89 
 
 		 372 aa  81.3  0.00000000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000148841  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00161  DNA-binding transcriptional activator  22.55 
 
 		 385 aa  80.1  0.00000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0172  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  22.55 
 
 		 385 aa  80.5  0.00000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00160  hypothetical protein  22.55 
 
 		 385 aa  80.1  0.00000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0166  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  22.55 
 
 		 385 aa  80.1  0.00000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0174  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  22.55 
 
 		 385 aa  80.1  0.00000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1182  transcriptional regulator, CdaR  28.12 
 
 		 555 aa  79  0.0000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000261051  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3440  transcriptional regulator, CdaR  22.28 
 
 		 385 aa  78.6  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0167  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  22.52 
 
 		 376 aa  78.6  0.0000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3497  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  22.28 
 
 		 385 aa  78.6  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000884  sugar diacid utilization regulator SdaR  25.14 
 
 		 380 aa  77.4  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0249  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  21.73 
 
 		 385 aa  77  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0231  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  21.73 
 
 		 385 aa  77  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.466297  normal  0.982671 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0622  putative transcriptional regulator, PucR family  30.29 
 
 		 300 aa  76.6  0.0000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0230  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  21.73 
 
 		 385 aa  77  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0233  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  21.73 
 
 		 385 aa  76.3  0.0000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0247  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  21.73 
 
 		 385 aa  76.3  0.0000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2804  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  22.08 
 
 		 385 aa  76.3  0.0000000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0702  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  21.75 
 
 		 385 aa  76.3  0.0000000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1043  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  22.11 
 
 		 385 aa  75.5  0.000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1633  purine catabolism PurC domain-containing protein  29.68 
 
 		 601 aa  75.1  0.000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.154035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4831  CdaR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 305 aa  74.7  0.000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.558318 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0143  transcriptional regulator, CdaR  22.16 
 
 		 388 aa  74.7  0.000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1182  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  21.32 
 
 		 385 aa  73.6  0.000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4574  transcriptional regulator, CdaR  26.43 
 
 		 407 aa  72.8  0.000000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.325044  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06864  transcriptional regulator  19.36 
 
 		 376 aa  72.8  0.00000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3095  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  21.01 
 
 		 385 aa  71.2  0.00000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  28.67 
 
 		 518 aa  70.9  0.00000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4823  CdaR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 563 aa  69.7  0.00000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2101  CdaR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 393 aa  68.6  0.0000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1512  transcriptional regulator CdaR  28.03 
 
 		 375 aa  68.2  0.0000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.428477  normal  0.947433 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  29.79 
 
 		 525 aa  68.2  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3098  transcriptional regulator, CdaR  27.59 
 
 		 361 aa  67.4  0.0000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.102834  normal  0.987358 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1626  transcriptional regulator, CdaR  31.06 
 
 		 413 aa  67  0.0000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  29.08 
 
 		 525 aa  66.2  0.0000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0740  hypothetical protein  29.94 
 
 		 399 aa  65.5  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000706323  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1869  transcriptional regulator, PucR family  30.23 
 
 		 609 aa  65.9  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2125  CdaR family transcriptional regulator  24.46 
 
 		 553 aa  64.3  0.000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0753  hypothetical protein  28.29 
 
 		 399 aa  63.5  0.000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0562185  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3106  transcriptional regulator, PucR family  26.45 
 
 		 618 aa  63.2  0.000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.411475  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2969  transcriptional regulator, CdaR  30.83 
 
 		 538 aa  62  0.00000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00320725  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0645  transcriptional regulator, CdaR  28.1 
 
 		 383 aa  62.4  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.867737 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0602  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 410 aa  62  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.386136  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2334  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 410 aa  62  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1640  DNA-binding protein  32.37 
 
 		 410 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0331425  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0865  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 410 aa  62  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1119  putative purine catabolism transcriptional regulator  33.33 
 
 		 410 aa  62  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1033  putative purine catabolism transcriptional regulator  33.33 
 
 		 410 aa  62  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1832  putative purine catabolism transcriptional regulator  33.33 
 
 		 410 aa  62  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00249141  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1898  fis-type helix-turn-helix domain-containing protein  31.54 
 
 		 287 aa  60.8  0.00000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0263443  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1633  hypothetical protein  31.54 
 
 		 287 aa  61.2  0.00000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.256067  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1333  transcriptional regulator, PucR family  25.87 
 
 		 558 aa  60.5  0.00000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0332  hypothetical protein  21.1 
 
 		 379 aa  60.8  0.00000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2017  CdaR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 564 aa  60.1  0.00000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.294249  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1425  putative transcriptional regulator, PucR family  38.81 
 
 		 296 aa  60.5  0.00000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0150  transcriptional regulator, CdaR  26.09 
 
 		 384 aa  59.7  0.00000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.252544  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2070  transcriptional regulator, CdaR  23.81 
 
 		 469 aa  59.7  0.00000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2331  transcriptional regulator, CdaR  22.56 
 
 		 406 aa  59.3  0.00000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2100  fis-type helix-turn-helix domain protein  28.19 
 
 		 287 aa  58.5  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.147633  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3051  hypothetical protein  29.93 
 
 		 740 aa  58.5  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1742  transcriptional regulator, CdaR  24.49 
 
 		 520 aa  58.2  0.0000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1380  CdaR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 403 aa  57.8  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000902469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3621  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  40 
 
 		 384 aa  57  0.0000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.420208  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0203  carbohydrate diacid regulator  28.37 
 
 		 402 aa  57  0.0000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0844  putative carbohydrate diacid regulator  21.14 
 
 		 353 aa  57  0.0000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.171192  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0175  carbohydrate diacid regulator  28.37 
 
 		 488 aa  57  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1640  putative transcriptional regulator  28.37 
 
 		 488 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1323  transcriptional regulator, CdaR  25.95 
 
 		 554 aa  56.6  0.0000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0265  putative carbohydrate diacid regulator  28.37 
 
 		 483 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.18471  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2232  PucR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 537 aa  55.5  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.129404 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2140  putative transcriptional regulator, PucR family  25.93 
 
 		 411 aa  55.5  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.825102  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1897  transcriptional regulator, CdaR  31.93 
 
 		 381 aa  55.5  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1388  transcriptional regulator, CdaR  29.25 
 
 		 493 aa  54.7  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0851  putative carbohydrate diacid regulator  21.14 
 
 		 353 aa  55.5  0.000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2347  transcriptional regulator, CdaR  28.08 
 
 		 408 aa  55.5  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00870953  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2278  putative transcriptional regulator, PucR family  25.88 
 
 		 739 aa  55.1  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3995  putative carbohydrate diacid regulator  40.79 
 
 		 371 aa  54.7  0.000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.859873 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  23.61 
 
 		 558 aa  54.3  0.000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000326759  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0484  transcriptional regulator, CdaR  23.68 
 
 		 404 aa  54.3  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1023  putative transcriptional regulator, PucR family  25 
 
 		 518 aa  54.3  0.000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0774134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1487  hypothetical protein  27.05 
 
 		 438 aa  54.3  0.000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3443  transcriptional regulator, CdaR  25.69 
 
 		 741 aa  53.9  0.000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2592  carbohydrate diacid regulator (sugar diacid regulator)  41.38 
 
 		 381 aa  53.9  0.000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3341  transcriptional regulator, CdaR  28.57 
 
 		 442 aa  53.9  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00355427  normal  0.121682 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3511  putative transcriptional regulator, PucR family  28.57 
 
 		 411 aa  53.5  0.000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26290  sugar diacid utilization regulator  32 
 
 		 360 aa  53.5  0.000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.687043  normal  0.062078 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0637  purine catabolism PurC domain-containing protein  27.63 
 
 		 486 aa  53.1  0.000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1140  transcriptional regulator, CdaR  28.68 
 
 		 377 aa  53.1  0.000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000252697 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5594  PucR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 410 aa  53.1  0.000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1136  transcriptional regulator, CdaR  22.43 
 
 		 387 aa  52.8  0.000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1349  putative carbohydrate diacid regulator  40.79 
 
 		 371 aa  52.8  0.000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>