116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_0552 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011830  Dhaf_0552  transcriptional regulator, CdaR  100 
 
 		 513 aa  1059    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1023  putative transcriptional regulator, PucR family  23.05 
 
 		 518 aa  116  7.999999999999999e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0774134  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0319  transcriptional regulator, CdaR  22.84 
 
 		 518 aa  109  1e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1742  transcriptional regulator, CdaR  25 
 
 		 520 aa  84.7  0.000000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1109  putative transcriptional regulator, PucR family  21.36 
 
 		 515 aa  79  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2428  putative transcriptional regulator, PucR family  23.18 
 
 		 563 aa  77.8  0.0000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4831  CdaR family transcriptional regulator  25 
 
 		 305 aa  66.2  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.558318 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27560  regulatory helix-turn-helix protein, lysR family  22 
 
 		 413 aa  64.7  0.000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.144166  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1380  CdaR family transcriptional regulator  23.56 
 
 		 403 aa  63.9  0.000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000902469  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1241  PucR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 552 aa  63.9  0.000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0259232 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0789  putative transcriptional regulator, PucR family  24.76 
 
 		 421 aa  63.9  0.000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.691092  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  28.91 
 
 		 558 aa  63.2  0.00000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000326759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2017  CdaR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 564 aa  63.2  0.00000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.294249  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4823  CdaR family transcriptional regulator  25 
 
 		 563 aa  62.8  0.00000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_03650  hypothetical protein  20.52 
 
 		 435 aa  63.2  0.00000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1806  GAF domain-containing protein  35.9 
 
 		 639 aa  60.5  0.00000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2569  putative transcriptional regulator, PucR family  26.57 
 
 		 501 aa  58.5  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0873115  normal  0.990739 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2535  transcriptional regulator, PucR family  27.98 
 
 		 505 aa  58.2  0.0000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.295371 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8514  putative transcriptional regulator, PucR family  33.33 
 
 		 637 aa  57.8  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.484421  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1182  transcriptional regulator, CdaR  27.39 
 
 		 555 aa  57.8  0.0000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000261051  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1796  transcriptional regulator, CdaR  36.62 
 
 		 644 aa  56.6  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.220013  hitchhiker  0.00020327 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1802  transcriptional regulator, CdaR  29.61 
 
 		 364 aa  55.5  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000701672  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0143  transcriptional regulator, CdaR  24.27 
 
 		 388 aa  53.9  0.000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1844  putative transcriptional regulator, PucR family  25.85 
 
 		 150 aa  53.5  0.000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000616925  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5330  putative phytochrome sensor protein  45.1 
 
 		 627 aa  52.4  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5503  putative transcriptional regulator, PucR family  25.27 
 
 		 600 aa  52.8  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00160149 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  28.08 
 
 		 518 aa  52.8  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2139  putative transcriptional regulator, PucR family  31.15 
 
 		 514 aa  52.4  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.351371 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0046  transcriptional regulator, CdaR  40.32 
 
 		 665 aa  52  0.00003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.541147  normal  0.0349089 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4842  putative phytochrome sensor protein  32.89 
 
 		 645 aa  50.8  0.00006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0150  transcriptional regulator, CdaR  23.38 
 
 		 384 aa  50.8  0.00006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.252544  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2339  putative transcriptional regulator, PucR family  39.06 
 
 		 705 aa  50.4  0.00007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00013602  hitchhiker  0.000729233 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0076  transcriptional regulator, CdaR  38.98 
 
 		 611 aa  50.4  0.00008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.105438  normal  0.388356 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5594  PucR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 410 aa  50.1  0.00009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  39.68 
 
 		 525 aa  50.1  0.0001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0080  GAF domain-containing protein  37.5 
 
 		 648 aa  49.3  0.0002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.920818  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1045  transcriptional regulator, CdaR  25.4 
 
 		 350 aa  48.9  0.0002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00204704  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2804  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  24 
 
 		 385 aa  48.9  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0645  transcriptional regulator, CdaR  27.01 
 
 		 383 aa  48.9  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.867737 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10050  transcriptional regulator, CdaR family  34.92 
 
 		 619 aa  49.3  0.0002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.626795  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3335  PucR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 517 aa  48.5  0.0003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2555  PucR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 524 aa  48.5  0.0003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.13215  normal  0.819457 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  36.51 
 
 		 525 aa  48.5  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1897  transcriptional regulator, CdaR  40.82 
 
 		 381 aa  48.5  0.0003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0948  transcriptional regulator, CdaR  28.12 
 
 		 436 aa  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.640596  normal  0.171254 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7915  putative phytochrome sensor protein  41.18 
 
 		 647 aa  48.5  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5254  putative transcriptional regulator, PucR family  24.64 
 
 		 415 aa  48.5  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.338288 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1029  transcriptional regulator CdaR  27.34 
 
 		 536 aa  48.1  0.0004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.133296 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4325  hypothetical protein  26.77 
 
 		 602 aa  47.8  0.0005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0842061 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2232  PucR family transcriptional regulator  21 
 
 		 537 aa  47.8  0.0005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.129404 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3511  putative transcriptional regulator, PucR family  24.44 
 
 		 411 aa  47.8  0.0005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2800  transcriptional regulator, PucR family  37.5 
 
 		 478 aa  47.4  0.0006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0125039 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1604  putative GAF sensor protein  30.19 
 
 		 631 aa  47.4  0.0007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0719591 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2288  PucR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 597 aa  47.4  0.0007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0468789 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3866  transcriptional regulator, PucR family  27.27 
 
 		 557 aa  47.4  0.0007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2339  hypothetical protein  41.38 
 
 		 313 aa  47  0.0009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2117  CdaR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 379 aa  46.2  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2653  hypothetical protein  40 
 
 		 313 aa  47  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0608  CdaR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 416 aa  47  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0431  putative PucR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 514 aa  46.6  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.517464  normal  0.914585 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0247  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  23.33 
 
 		 385 aa  46.2  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0233  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  23.33 
 
 		 385 aa  46.2  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0484  transcriptional regulator, CdaR  25.62 
 
 		 404 aa  47  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1043  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  23.33 
 
 		 385 aa  46.2  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2223  transcriptional regulator, CdaR  25.38 
 
 		 520 aa  46.6  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.14509  hitchhiker  0.000308823 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4258  putative transcriptional regulator, PucR family  34.18 
 
 		 547 aa  46.2  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.484226  normal  0.267228 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7095  transcriptional regulator, CdaR  33.85 
 
 		 575 aa  46.2  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.680136  normal  0.108569 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4896  transcriptional regulator, CdaR  29.69 
 
 		 616 aa  47  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3370  putative transcriptional regulator, PucR family  24.21 
 
 		 460 aa  46.6  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00329007  normal  0.365111 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2867  transcriptional regulator, CdaR  30.53 
 
 		 407 aa  46.6  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3440  transcriptional regulator, CdaR  22.67 
 
 		 385 aa  45.4  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2967  transcriptional regulator, PucR family  22.27 
 
 		 486 aa  45.8  0.002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3497  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  22.67 
 
 		 385 aa  45.4  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0231  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  23.33 
 
 		 385 aa  46.2  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.466297  normal  0.982671 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0249  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  23.33 
 
 		 385 aa  46.2  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0230  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  23.33 
 
 		 385 aa  46.2  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1388  transcriptional regulator, PucR family  31.34 
 
 		 543 aa  45.8  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00311345 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00161  DNA-binding transcriptional activator  22.67 
 
 		 385 aa  45.4  0.003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3281  carbohydrate diacid regulator, putative  38.78 
 
 		 363 aa  45.1  0.003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.173442  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1795  helix-turn-helix, Fis-type  30.12 
 
 		 519 aa  45.1  0.003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4050  putative carbohydrate diacid regulator  27.78 
 
 		 375 aa  45.1  0.003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0166  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  22.67 
 
 		 385 aa  45.4  0.003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0167  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  22.67 
 
 		 376 aa  45.1  0.003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1213  transcriptional regulator, CdaR  27.39 
 
 		 371 aa  45.1  0.003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0174  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  22.67 
 
 		 385 aa  45.1  0.003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00160  hypothetical protein  22.67 
 
 		 385 aa  45.4  0.003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1388  transcriptional regulator, CdaR  27.41 
 
 		 493 aa  45.1  0.003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0117  transcriptional regulator, CdaR  40.74 
 
 		 411 aa  44.7  0.004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.646192  normal  0.0132298 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0388  purine catabolism PurC domain-containing protein  26.47 
 
 		 379 aa  44.7  0.004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000701457  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0172  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  22.67 
 
 		 385 aa  44.7  0.004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3095  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  22 
 
 		 385 aa  44.7  0.004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2205  putative transcriptional regulator, PucR family  25 
 
 		 505 aa  44.7  0.004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0290612  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2630  transcriptional regulator, PucR family  37.5 
 
 		 528 aa  45.1  0.004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0196857  normal  0.48093 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1640  putative transcriptional regulator  26.36 
 
 		 488 aa  44.3  0.005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0265  putative carbohydrate diacid regulator  26.36 
 
 		 483 aa  44.3  0.005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.18471  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0175  carbohydrate diacid regulator  26.36 
 
 		 488 aa  44.3  0.005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4109  PucR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 477 aa  44.3  0.005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.222567  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1382  transcriptional regulator, CdaR  36.54 
 
 		 400 aa  44.3  0.005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5477  transcriptional regulator, CdaR  38.78 
 
 		 377 aa  44.3  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.116097  decreased coverage  0.00742174 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2940  transcriptional regulator, CdaR  28.21 
 
 		 405 aa  44.3  0.005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.837438  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>