216 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4325 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_4325  hypothetical protein  100 
 
 		 602 aa  1201    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0842061 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2288  PucR family transcriptional regulator  52.09 
 
 		 597 aa  588  1e-167  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0468789 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5503  putative transcriptional regulator, PucR family  47.89 
 
 		 600 aa  564  1.0000000000000001e-159  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00160149 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2522  hypothetical protein  41.58 
 
 		 616 aa  443  1e-123  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0080  GAF domain-containing protein  26.16 
 
 		 648 aa  97.8  5e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.920818  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10050  transcriptional regulator, CdaR family  29.34 
 
 		 619 aa  95.9  2e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.626795  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0046  transcriptional regulator, CdaR  25.89 
 
 		 665 aa  92.8  2e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.541147  normal  0.0349089 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8514  putative transcriptional regulator, PucR family  27.48 
 
 		 637 aa  89.4  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.484421  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2125  CdaR family transcriptional regulator  22.83 
 
 		 553 aa  87.4  7e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  27.39 
 
 		 518 aa  84.7  0.000000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4842  putative phytochrome sensor protein  30 
 
 		 645 aa  82  0.00000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2339  putative transcriptional regulator, PucR family  26.65 
 
 		 705 aa  80.9  0.00000000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00013602  hitchhiker  0.000729233 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7915  putative phytochrome sensor protein  27.68 
 
 		 647 aa  80.5  0.00000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2278  putative transcriptional regulator, PucR family  19.24 
 
 		 739 aa  78.2  0.0000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0536  CdaR family transcriptional regulator  23.28 
 
 		 659 aa  75.9  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.289228  hitchhiker  0.00416894 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3051  hypothetical protein  18.32 
 
 		 740 aa  74.7  0.000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4831  CdaR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 305 aa  74.7  0.000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.558318 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1796  transcriptional regulator, CdaR  28.94 
 
 		 644 aa  73.9  0.000000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.220013  hitchhiker  0.00020327 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1323  transcriptional regulator, CdaR  23.66 
 
 		 554 aa  72.4  0.00000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3916  transcriptional regulator, CdaR  32.79 
 
 		 614 aa  71.6  0.00000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.3459  normal  0.0290883 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5330  putative phytochrome sensor protein  26.17 
 
 		 627 aa  72  0.00000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  23.21 
 
 		 558 aa  70.5  0.00000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000326759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  25.68 
 
 		 525 aa  70.5  0.00000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5594  PucR family transcriptional regulator  20.72 
 
 		 410 aa  70.1  0.0000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1380  CdaR family transcriptional regulator  22.79 
 
 		 403 aa  69.3  0.0000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000902469  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1801  transcriptional regulator, PucR family  20.55 
 
 		 562 aa  69.3  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1806  GAF domain-containing protein  29.43 
 
 		 639 aa  69.3  0.0000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4823  CdaR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 563 aa  68.6  0.0000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4109  PucR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 477 aa  65.9  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.222567  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4407  putative GAF sensor protein  39.74 
 
 		 562 aa  64.7  0.000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.543064  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  33.9 
 
 		 525 aa  65.1  0.000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2516  transcriptional regulator CdaR  24.35 
 
 		 650 aa  64.7  0.000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.664559  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3866  transcriptional regulator, PucR family  36.36 
 
 		 557 aa  64.7  0.000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0495  CdaR family transcriptional regulator  23.72 
 
 		 645 aa  64.3  0.000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2223  transcriptional regulator, CdaR  40 
 
 		 520 aa  63.9  0.000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.14509  hitchhiker  0.000308823 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1626  transcriptional regulator, CdaR  25.56 
 
 		 413 aa  63.5  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4740  transcriptional regulator, CdaR  27.97 
 
 		 515 aa  61.6  0.00000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5765  transcriptional regulator, CdaR  23.38 
 
 		 553 aa  61.2  0.00000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.808305  normal  0.0531949 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1241  PucR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 552 aa  59.3  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0259232 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1182  transcriptional regulator, CdaR  25.68 
 
 		 555 aa  59.7  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000261051  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4149  purine catabolism PurC domain-containing protein  36.46 
 
 		 509 aa  59.3  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13710  sugar diacid utilization regulator  34.52 
 
 		 393 aa  59.3  0.0000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4487  transcriptional regulator, CdaR  36.9 
 
 		 458 aa  59.3  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.93269 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2017  CdaR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 564 aa  58.2  0.0000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.294249  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0753  hypothetical protein  30.43 
 
 		 399 aa  58.2  0.0000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0562185  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0484  transcriptional regulator, CdaR  28.95 
 
 		 404 aa  58.2  0.0000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2139  putative transcriptional regulator, PucR family  32.08 
 
 		 514 aa  57.8  0.0000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.351371 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5661  CdaR family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 494 aa  56.6  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2535  transcriptional regulator, PucR family  27.33 
 
 		 505 aa  57  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.295371 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2598  transcriptional regulator CdaR  33.33 
 
 		 511 aa  56.6  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0740  hypothetical protein  29.35 
 
 		 399 aa  55.5  0.000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000706323  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1318  transcriptional regulator, PucR family  21.99 
 
 		 537 aa  55.1  0.000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000441454  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1394  transcriptional regulator, CdaR  26.46 
 
 		 393 aa  55.1  0.000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.684667  hitchhiker  0.0014878 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4896  transcriptional regulator, CdaR  29.77 
 
 		 616 aa  54.7  0.000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1641  transcriptional regulator, CdaR  34.38 
 
 		 416 aa  54.7  0.000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.357949 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2555  PucR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 524 aa  54.7  0.000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.13215  normal  0.819457 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2909  CdaR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 374 aa  54.3  0.000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.437395 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3342  putative transcriptional regulator, PucR family  38.1 
 
 		 425 aa  54.3  0.000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.455149  normal  0.209688 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3284  putative transcriptional regulator, PucR family  29.9 
 
 		 447 aa  53.9  0.000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.946669  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2232  PucR family transcriptional regulator  28 
 
 		 537 aa  53.9  0.000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.129404 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2569  putative transcriptional regulator, PucR family  34.18 
 
 		 501 aa  53.9  0.000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0873115  normal  0.990739 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6672  putative transcriptional regulator, PucR family  24.44 
 
 		 520 aa  53.9  0.000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0255343  normal  0.214426 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1854  purine catabolism PurC domain-containing protein  24.42 
 
 		 501 aa  53.9  0.000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.160669  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4574  transcriptional regulator, CdaR  20.85 
 
 		 407 aa  53.9  0.000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.325044  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2216  transcriptional regulator, PucR family  23.53 
 
 		 542 aa  53.9  0.000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3096  purine catabolism PurC domain-containing protein  35.06 
 
 		 480 aa  53.5  0.00001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.578802  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0637  purine catabolism PurC domain-containing protein  28.08 
 
 		 486 aa  53.5  0.00001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3511  putative transcriptional regulator, PucR family  21.71 
 
 		 411 aa  53.1  0.00001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2351  CdaR family transcriptional regulator  20.8 
 
 		 390 aa  52.8  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000556727  normal  0.18392 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5017  transcriptional regulator, PucR family  24.33 
 
 		 510 aa  53.1  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.147211 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1633  purine catabolism PurC domain-containing protein  26.12 
 
 		 601 aa  53.1  0.00002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.154035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1604  putative GAF sensor protein  32.71 
 
 		 631 aa  52.8  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0719591 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4185  transcriptional regulator, CdaR  32.93 
 
 		 392 aa  52  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.848458 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4258  putative transcriptional regulator, PucR family  34.21 
 
 		 547 aa  52  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.484226  normal  0.267228 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3284  purine catabolism PurC-like protein  31.08 
 
 		 502 aa  51.6  0.00005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0796347  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3346  purine catabolism PurC domain-containing protein  31.08 
 
 		 492 aa  51.6  0.00005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.728632  normal  0.0930873 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3295  purine catabolism PurC domain-containing protein  31.08 
 
 		 492 aa  51.6  0.00005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.159277 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2528  PucR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 405 aa  51.2  0.00006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0819646  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1957  putative transcriptional regulator, PucR family  36.36 
 
 		 485 aa  50.4  0.00009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.665292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3116  putative sugar diacid recognition  48.89 
 
 		 363 aa  50.4  0.00009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3188  hypothetical protein  26.26 
 
 		 389 aa  50.4  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.295168  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3281  carbohydrate diacid regulator, putative  50 
 
 		 363 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.173442  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0691  helix-turn-helix, Fis-type  33.33 
 
 		 486 aa  50.4  0.0001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.819144  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_03650  hypothetical protein  24.17 
 
 		 435 aa  50.1  0.0001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43380  carbohydrate diacid transcriptional regulator  52.38 
 
 		 367 aa  50.1  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251481  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2800  transcriptional regulator, PucR family  33.77 
 
 		 478 aa  50.1  0.0001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0125039 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2967  transcriptional regulator, PucR family  33.33 
 
 		 486 aa  49.7  0.0001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00161  DNA-binding transcriptional activator  42.86 
 
 		 385 aa  49.3  0.0002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3440  transcriptional regulator, CdaR  42.86 
 
 		 385 aa  49.3  0.0002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1795  helix-turn-helix, Fis-type  34.48 
 
 		 519 aa  49.7  0.0002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3443  transcriptional regulator, CdaR  25.96 
 
 		 741 aa  49.3  0.0002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4239  transcriptional regulator, PucR family  31.18 
 
 		 530 aa  49.7  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.270951 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0166  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  42.86 
 
 		 385 aa  49.3  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0167  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  42.86 
 
 		 376 aa  49.3  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0907  transcriptional regulator, PucR family  33.33 
 
 		 486 aa  49.3  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2673  transcriptional regulator, CdaR  37.66 
 
 		 365 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0615728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3497  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  42.86 
 
 		 385 aa  49.3  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0174  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  42.86 
 
 		 385 aa  49.3  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2691  transcriptional regulator, CdaR  37.66 
 
 		 365 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3130  transcriptional regulator, CdaR  38.46 
 
 		 382 aa  49.3  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420648 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>