197 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2528 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3188  hypothetical protein  98.97 
 
 		 389 aa  775    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.295168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2528  PucR family transcriptional regulator  100 
 
 		 405 aa  813    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0819646  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2209  PucR family transcriptional regulator  84.44 
 
 		 405 aa  687    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.75848 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3278  PucR family transcriptional regulator  71.11 
 
 		 405 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.698814  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2334  DNA-binding protein  56.45 
 
 		 410 aa  430  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1640  DNA-binding protein  56.2 
 
 		 410 aa  429  1e-119  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0331425  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1119  putative purine catabolism transcriptional regulator  56.45 
 
 		 410 aa  430  1e-119  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1033  putative purine catabolism transcriptional regulator  56.45 
 
 		 410 aa  430  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0602  DNA-binding protein  56.2 
 
 		 410 aa  427  1e-118  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.386136  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0865  DNA-binding protein  56.2 
 
 		 410 aa  427  1e-118  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1832  putative purine catabolism transcriptional regulator  56.2 
 
 		 410 aa  427  1e-118  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00249141  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0778  transcriptional regulator, PucR family  54.84 
 
 		 425 aa  408  1e-113  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0658648  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0764  putative transcriptional regulator, PucR family  44.19 
 
 		 311 aa  209  6e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.829875  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0740  hypothetical protein  21.03 
 
 		 399 aa  107  5e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000706323  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0753  hypothetical protein  21.41 
 
 		 399 aa  104  3e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0562185  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3231  PucR family transcriptional regulator  42.24 
 
 		 586 aa  82.8  0.00000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1380  CdaR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 403 aa  81.3  0.00000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000902469  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2232  PucR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 537 aa  81.3  0.00000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.129404 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1029  transcriptional regulator CdaR  34.72 
 
 		 536 aa  77.4  0.0000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.133296 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1869  transcriptional regulator, PucR family  35.92 
 
 		 609 aa  75.5  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0484  transcriptional regulator, CdaR  28.5 
 
 		 404 aa  75.1  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  27.44 
 
 		 558 aa  74.7  0.000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000326759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3382  transcriptional regulator, PucR family  42.45 
 
 		 547 aa  74.7  0.000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.180418  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3051  hypothetical protein  30.82 
 
 		 740 aa  73.6  0.000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1182  transcriptional regulator, CdaR  22.02 
 
 		 555 aa  73.6  0.000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000261051  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1941  transcriptional regulator, CdaR  38.05 
 
 		 566 aa  72.8  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2339  putative transcriptional regulator, PucR family  30.38 
 
 		 705 aa  71.2  0.00000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00013602  hitchhiker  0.000729233 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4831  CdaR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 305 aa  71.2  0.00000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.558318 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3007  purine catabolism PurC domain-containing protein  40.34 
 
 		 596 aa  71.2  0.00000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.535112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2969  transcriptional regulator, CdaR  32.86 
 
 		 538 aa  70.5  0.00000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00320725  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  29.32 
 
 		 518 aa  70.5  0.00000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2017  CdaR family transcriptional regulator  23.64 
 
 		 564 aa  70.1  0.00000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.294249  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4823  CdaR family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 563 aa  69.3  0.0000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6672  putative transcriptional regulator, PucR family  37.5 
 
 		 520 aa  69.3  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0255343  normal  0.214426 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1003  PucR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 516 aa  68.6  0.0000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.481265  normal  0.280145 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4109  PucR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 477 aa  68.6  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.222567  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1633  purine catabolism PurC domain-containing protein  36.72 
 
 		 601 aa  65.1  0.000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.154035  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3106  transcriptional regulator, PucR family  29.08 
 
 		 618 aa  65.5  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.411475  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2125  CdaR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 553 aa  63.9  0.000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2351  CdaR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 390 aa  63.5  0.000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000556727  normal  0.18392 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1876  putative transcriptional regulator, PucR family  27.07 
 
 		 487 aa  62.8  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  32.82 
 
 		 525 aa  62.4  0.00000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4149  purine catabolism PurC domain-containing protein  29.17 
 
 		 509 aa  61.6  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2569  putative transcriptional regulator, PucR family  29.85 
 
 		 501 aa  62  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0873115  normal  0.990739 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2278  putative transcriptional regulator, PucR family  30.28 
 
 		 739 aa  61.2  0.00000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2223  transcriptional regulator, CdaR  29.57 
 
 		 520 aa  60.8  0.00000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.14509  hitchhiker  0.000308823 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5765  transcriptional regulator, CdaR  29.7 
 
 		 553 aa  60.8  0.00000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.808305  normal  0.0531949 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2535  transcriptional regulator, PucR family  31.97 
 
 		 505 aa  60.5  0.00000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.295371 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7095  transcriptional regulator, CdaR  32.31 
 
 		 575 aa  60.1  0.00000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.680136  normal  0.108569 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0844  putative carbohydrate diacid regulator  24.58 
 
 		 353 aa  60.1  0.00000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.171192  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7392  putative transcriptional regulator, PucR family  32.81 
 
 		 362 aa  60.1  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2103  transcriptional regulator, PucR family  35.14 
 
 		 536 aa  60.1  0.00000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3668  transcriptional regulator, CdaR  30.15 
 
 		 534 aa  60.1  0.00000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.36524  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2555  PucR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 524 aa  59.3  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.13215  normal  0.819457 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3284  purine catabolism PurC-like protein  26.21 
 
 		 502 aa  58.5  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0796347  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0851  putative carbohydrate diacid regulator  24.02 
 
 		 353 aa  58.5  0.0000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20880  purine catabolism regulator-like protein  32.33 
 
 		 585 aa  58.9  0.0000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0170372 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  35.14 
 
 		 525 aa  58.9  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1307  transcriptional regulator, PucR family  34.33 
 
 		 491 aa  58.9  0.0000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3335  PucR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 517 aa  58.9  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2522  hypothetical protein  26.19 
 
 		 616 aa  57.8  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2216  transcriptional regulator, PucR family  25.58 
 
 		 542 aa  58.2  0.0000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2967  transcriptional regulator, PucR family  35.42 
 
 		 486 aa  57.8  0.0000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1796  transcriptional regulator, CdaR  33.33 
 
 		 644 aa  57.4  0.0000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.220013  hitchhiker  0.00020327 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1333  transcriptional regulator, PucR family  28.57 
 
 		 558 aa  57.4  0.0000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1795  helix-turn-helix, Fis-type  35.11 
 
 		 519 aa  57.4  0.0000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0685  CdaR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 546 aa  57  0.0000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.217307  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0801  transcriptional regulator, CdaR  24.36 
 
 		 454 aa  56.6  0.0000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.140313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1487  hypothetical protein  30.34 
 
 		 438 aa  56.6  0.0000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2260  purine catabolism PurC-like protein  24.56 
 
 		 412 aa  56.2  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.37592  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2139  putative transcriptional regulator, PucR family  32.85 
 
 		 514 aa  55.8  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.351371 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1467  putative PucR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 408 aa  55.8  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2800  transcriptional regulator, PucR family  30.77 
 
 		 478 aa  55.8  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0125039 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2307  purine catabolism PurC domain-containing protein  24.56 
 
 		 412 aa  56.2  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0536  CdaR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 659 aa  55.8  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.289228  hitchhiker  0.00416894 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3866  transcriptional regulator, PucR family  34.96 
 
 		 557 aa  55.1  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2299  CdaR family transcriptional regulator  24.56 
 
 		 412 aa  55.1  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.646328  normal  0.691516 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1722  transcriptional regulator, PucR family  29.27 
 
 		 502 aa  55.1  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1241  PucR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 552 aa  55.5  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0259232 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0046  transcriptional regulator, CdaR  29.02 
 
 		 665 aa  55.1  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.541147  normal  0.0349089 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2288  PucR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 597 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0468789 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4896  transcriptional regulator, CdaR  30 
 
 		 616 aa  55.5  0.000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0080  GAF domain-containing protein  43.48 
 
 		 648 aa  55.1  0.000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.920818  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5661  CdaR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 494 aa  54.7  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39770  putative regulatory protein  37.82 
 
 		 515 aa  54.7  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1957  putative transcriptional regulator, PucR family  36.79 
 
 		 485 aa  54.7  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.665292  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3483  transcriptional regulator, PucR family  36.56 
 
 		 543 aa  53.9  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0571772 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5254  putative transcriptional regulator, PucR family  28.82 
 
 		 415 aa  54.3  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.338288 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1035  PucR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 502 aa  53.9  0.000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0689331 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1388  transcriptional regulator, CdaR  29.8 
 
 		 493 aa  53.9  0.000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3346  purine catabolism PurC domain-containing protein  25.98 
 
 		 492 aa  53.9  0.000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.728632  normal  0.0930873 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3295  purine catabolism PurC domain-containing protein  25.98 
 
 		 492 aa  53.9  0.000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.159277 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8514  putative transcriptional regulator, PucR family  32.06 
 
 		 637 aa  53.9  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.484421  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1801  transcriptional regulator, PucR family  28.21 
 
 		 562 aa  53.9  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1318  transcriptional regulator, PucR family  26.56 
 
 		 537 aa  53.5  0.000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000441454  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0545  transcriptional regulator, CdaR  23.49 
 
 		 547 aa  53.5  0.000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4407  putative GAF sensor protein  27.56 
 
 		 562 aa  53.1  0.000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.543064  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0042  purine catabolism PurC domain-containing protein  25.34 
 
 		 459 aa  53.1  0.000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.250157 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1109  putative transcriptional regulator, PucR family  29.05 
 
 		 515 aa  53.1  0.000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3096  purine catabolism PurC domain-containing protein  28.91 
 
 		 480 aa  53.1  0.00001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.578802  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>