194 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3188 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3188  hypothetical protein  100 
 
 		 389 aa  783    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.295168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2528  PucR family transcriptional regulator  98.97 
 
 		 405 aa  775    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0819646  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2209  PucR family transcriptional regulator  84.06 
 
 		 405 aa  659    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.75848 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3278  PucR family transcriptional regulator  71.47 
 
 		 405 aa  555  1e-157  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.698814  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2334  DNA-binding protein  56.71 
 
 		 410 aa  414  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1640  DNA-binding protein  56.2 
 
 		 410 aa  413  1e-114  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0331425  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1119  putative purine catabolism transcriptional regulator  56.71 
 
 		 410 aa  414  1e-114  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1033  putative purine catabolism transcriptional regulator  56.71 
 
 		 410 aa  414  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0602  DNA-binding protein  56.46 
 
 		 410 aa  411  1e-113  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.386136  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0865  DNA-binding protein  56.46 
 
 		 410 aa  411  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1832  putative purine catabolism transcriptional regulator  56.46 
 
 		 410 aa  411  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00249141  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0778  transcriptional regulator, PucR family  54.78 
 
 		 425 aa  396  1e-109  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0658648  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0764  putative transcriptional regulator, PucR family  43.82 
 
 		 311 aa  208  1e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.829875  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0740  hypothetical protein  21.03 
 
 		 399 aa  100  4e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000706323  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0753  hypothetical protein  21.63 
 
 		 399 aa  98.6  2e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0562185  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3231  PucR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 586 aa  84  0.000000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2232  PucR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 537 aa  81.3  0.00000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.129404 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1380  CdaR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 403 aa  79.7  0.00000000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000902469  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1029  transcriptional regulator CdaR  35.42 
 
 		 536 aa  79  0.0000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.133296 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1869  transcriptional regulator, PucR family  35.92 
 
 		 609 aa  75.5  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3051  hypothetical protein  30.82 
 
 		 740 aa  73.6  0.000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  27.73 
 
 		 558 aa  73.6  0.000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000326759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1941  transcriptional regulator, CdaR  37.19 
 
 		 566 aa  73.2  0.000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3007  purine catabolism PurC domain-containing protein  40.34 
 
 		 596 aa  72.4  0.00000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.535112  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0484  transcriptional regulator, CdaR  28.02 
 
 		 404 aa  72.4  0.00000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1182  transcriptional regulator, CdaR  21.66 
 
 		 555 aa  72  0.00000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000261051  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4831  CdaR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 305 aa  71.6  0.00000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.558318 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2339  putative transcriptional regulator, PucR family  30.38 
 
 		 705 aa  70.9  0.00000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00013602  hitchhiker  0.000729233 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2969  transcriptional regulator, CdaR  32.86 
 
 		 538 aa  70.9  0.00000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00320725  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2017  CdaR family transcriptional regulator  24.61 
 
 		 564 aa  70.5  0.00000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.294249  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6672  putative transcriptional regulator, PucR family  37.5 
 
 		 520 aa  69.7  0.00000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0255343  normal  0.214426 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3382  transcriptional regulator, PucR family  35.88 
 
 		 547 aa  68.9  0.0000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.180418  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4823  CdaR family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 563 aa  69.3  0.0000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  28.92 
 
 		 518 aa  68.6  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4109  PucR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 477 aa  68.2  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.222567  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3106  transcriptional regulator, PucR family  30 
 
 		 618 aa  65.9  0.000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.411475  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1633  purine catabolism PurC domain-containing protein  31.93 
 
 		 601 aa  65.5  0.000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.154035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2125  CdaR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 553 aa  64.3  0.000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4149  purine catabolism PurC domain-containing protein  29.63 
 
 		 509 aa  64.3  0.000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1003  PucR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 516 aa  64.3  0.000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.481265  normal  0.280145 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2351  CdaR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 390 aa  63.5  0.000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000556727  normal  0.18392 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2569  putative transcriptional regulator, PucR family  30.35 
 
 		 501 aa  63.2  0.000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0873115  normal  0.990739 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2278  putative transcriptional regulator, PucR family  30.28 
 
 		 739 aa  61.6  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5765  transcriptional regulator, CdaR  29.7 
 
 		 553 aa  61.6  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.808305  normal  0.0531949 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  31.76 
 
 		 525 aa  61.6  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2103  transcriptional regulator, PucR family  35.29 
 
 		 536 aa  60.8  0.00000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0844  putative carbohydrate diacid regulator  24.58 
 
 		 353 aa  60.8  0.00000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.171192  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2223  transcriptional regulator, CdaR  29.41 
 
 		 520 aa  60.8  0.00000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.14509  hitchhiker  0.000308823 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2535  transcriptional regulator, PucR family  31.97 
 
 		 505 aa  60.5  0.00000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.295371 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7392  putative transcriptional regulator, PucR family  32.81 
 
 		 362 aa  60.1  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7095  transcriptional regulator, CdaR  33.61 
 
 		 575 aa  59.7  0.00000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.680136  normal  0.108569 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2555  PucR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 524 aa  59.3  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.13215  normal  0.819457 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0851  putative carbohydrate diacid regulator  24.02 
 
 		 353 aa  59.3  0.0000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  35.14 
 
 		 525 aa  58.9  0.0000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3335  PucR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 517 aa  59.3  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2522  hypothetical protein  26.19 
 
 		 616 aa  58.2  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20880  purine catabolism regulator-like protein  32.33 
 
 		 585 aa  58.9  0.0000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0170372 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2139  putative transcriptional regulator, PucR family  31.34 
 
 		 514 aa  58.5  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.351371 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2216  transcriptional regulator, PucR family  25.58 
 
 		 542 aa  58.2  0.0000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1876  putative transcriptional regulator, PucR family  27.12 
 
 		 487 aa  58.2  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2967  transcriptional regulator, PucR family  35.42 
 
 		 486 aa  57.8  0.0000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1487  hypothetical protein  29.81 
 
 		 438 aa  57.8  0.0000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1333  transcriptional regulator, PucR family  28.57 
 
 		 558 aa  57.4  0.0000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0685  CdaR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 546 aa  57.4  0.0000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.217307  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1796  transcriptional regulator, CdaR  33.33 
 
 		 644 aa  57.4  0.0000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.220013  hitchhiker  0.00020327 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2800  transcriptional regulator, PucR family  30.77 
 
 		 478 aa  56.6  0.0000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0125039 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1795  helix-turn-helix, Fis-type  35.48 
 
 		 519 aa  55.8  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4896  transcriptional regulator, CdaR  30.72 
 
 		 616 aa  55.8  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1467  putative PucR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 408 aa  56.2  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1801  transcriptional regulator, PucR family  24.86 
 
 		 562 aa  55.8  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0080  GAF domain-containing protein  43.48 
 
 		 648 aa  54.7  0.000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.920818  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5661  CdaR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 494 aa  55.1  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39770  putative regulatory protein  37.82 
 
 		 515 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3866  transcriptional regulator, PucR family  36.94 
 
 		 557 aa  55.5  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1957  putative transcriptional regulator, PucR family  36.79 
 
 		 485 aa  55.1  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.665292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2288  PucR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 597 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0468789 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1241  PucR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 552 aa  55.1  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0259232 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1722  transcriptional regulator, PucR family  29.27 
 
 		 502 aa  54.3  0.000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3483  transcriptional regulator, PucR family  36.56 
 
 		 543 aa  54.7  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0571772 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1388  transcriptional regulator, CdaR  29.8 
 
 		 493 aa  53.9  0.000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5254  putative transcriptional regulator, PucR family  28.82 
 
 		 415 aa  54.3  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.338288 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3668  transcriptional regulator, CdaR  27.93 
 
 		 534 aa  53.9  0.000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.36524  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1035  PucR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 502 aa  53.9  0.000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0689331 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0536  CdaR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 659 aa  53.9  0.000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.289228  hitchhiker  0.00416894 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8514  putative transcriptional regulator, PucR family  32.06 
 
 		 637 aa  53.9  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.484421  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0645  transcriptional regulator, CdaR  25.76 
 
 		 383 aa  53.9  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.867737 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1109  putative transcriptional regulator, PucR family  29.05 
 
 		 515 aa  53.5  0.000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3284  purine catabolism PurC-like protein  25.98 
 
 		 502 aa  52.8  0.000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0796347  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3346  purine catabolism PurC domain-containing protein  25.98 
 
 		 492 aa  52.8  0.000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.728632  normal  0.0930873 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3295  purine catabolism PurC domain-containing protein  25.98 
 
 		 492 aa  53.1  0.000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.159277 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0046  transcriptional regulator, CdaR  28.11 
 
 		 665 aa  53.1  0.000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.541147  normal  0.0349089 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0691  helix-turn-helix, Fis-type  35.61 
 
 		 486 aa  52.4  0.00001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.819144  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1307  transcriptional regulator, PucR family  33.64 
 
 		 491 aa  52.8  0.00001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4407  putative GAF sensor protein  30.53 
 
 		 562 aa  52.4  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.543064  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1318  transcriptional regulator, PucR family  25.38 
 
 		 537 aa  52  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000441454  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0545  transcriptional regulator, CdaR  24 
 
 		 547 aa  52  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3032  putative transcriptional regulator, PucR family  40.28 
 
 		 399 aa  51.2  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.173584  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5251  PucR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 312 aa  51.2  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.60944  normal  0.261771 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1489  transcriptional regulator, PucR family  27.81 
 
 		 504 aa  50.8  0.00004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0802599 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5594  PucR family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 410 aa  50.8  0.00004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>