More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3391 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3391  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 		 1301 aa  2680    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0258089  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2070  sensory box protein  43.55 
 
 		 771 aa  352  4e-95  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.794479  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1148  metal dependent phosphohydrolase  47.98 
 
 		 405 aa  347  1e-93  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1175  metal dependent phosphohydrolase  41.13 
 
 		 389 aa  286  1.0000000000000001e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2429  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  43.26 
 
 		 480 aa  274  7e-72  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.129673 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1321  HD-GYP domain-containing protein  35.31 
 
 		 848 aa  264  6.999999999999999e-69  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0820  multisensor signal transduction histidine kinase  52.61 
 
 		 519 aa  253  2e-65  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1511  hypothetical protein  52.23 
 
 		 258 aa  245  3.9999999999999997e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.256136  normal  0.265912 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3738  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  57.59 
 
 		 384 aa  240  1e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1320  HD-GYP domain-containing protein  57.71 
 
 		 471 aa  239  2e-61  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3564  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  42.48 
 
 		 492 aa  239  3e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0497  metal dependent phosphohydrolase  54.01 
 
 		 389 aa  233  2e-59  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2130  response regulator receiver protein  55.67 
 
 		 334 aa  231  7e-59  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.242798  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1460  putative PAS/PAC sensor protein  58.15 
 
 		 474 aa  230  1e-58  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.81808 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0141  putative PAS/PAC sensor protein  57.07 
 
 		 837 aa  229  2e-58  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.00355903 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3421  putative PAS/PAC sensor protein  57.3 
 
 		 341 aa  225  3e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0253  putative PAS/PAC sensor protein  55.43 
 
 		 453 aa  222  3e-56  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3002  putative PAS/PAC sensor protein  52.02 
 
 		 469 aa  222  3.9999999999999997e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.345319  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0434  putative PAS/PAC sensor protein  48.61 
 
 		 458 aa  221  5e-56  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1353  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.85 
 
 		 1078 aa  221  6e-56  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0065  metal dependent phosphohydrolase  33.79 
 
 		 452 aa  218  4e-55  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.041414  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1612  putative PAS/PAC sensor protein  53.19 
 
 		 305 aa  218  5e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00244603  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1507  putative PAS/PAC sensor protein  51.6 
 
 		 357 aa  214  7.999999999999999e-54  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000751678  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1202  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.3 
 
 		 1126 aa  213  2e-53  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.766255  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1729  metal-dependent phosphohydrolase  52.69 
 
 		 359 aa  211  5e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0757929  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1266  metal dependent phosphohydrolase  34.81 
 
 		 631 aa  208  6e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2820  metal dependent phosphohydrolase  47.92 
 
 		 642 aa  204  7e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1817  metal dependent phosphohydrolase  42.79 
 
 		 446 aa  204  9.999999999999999e-51  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2713  metal dependent phosphohydrolase  39.77 
 
 		 642 aa  204  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2906  metal dependent phosphohydrolase  39.77 
 
 		 643 aa  203  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.19603  normal  0.482942 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2646  metal dependent phosphohydrolase  39.77 
 
 		 642 aa  203  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1446  metal dependent phosphohydrolase  39.77 
 
 		 643 aa  203  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2707  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.13 
 
 		 776 aa  202  3e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1441  metal dependent phosphohydrolase  39.77 
 
 		 643 aa  202  3e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1477  metal dependent phosphohydrolase  39.77 
 
 		 643 aa  202  3e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0262  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  47.21 
 
 		 523 aa  202  5e-50  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1344  metal dependent phosphohydrolase  38.76 
 
 		 643 aa  201  7e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0238  multi-component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 1629 aa  201  1.0000000000000001e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0685  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.76 
 
 		 770 aa  198  4.0000000000000005e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000495863 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0672  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.47 
 
 		 770 aa  197  9e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2783  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  61.88 
 
 		 513 aa  197  1e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2835  putative PAS/PAC sensor protein  47.37 
 
 		 452 aa  195  4e-48  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0837096  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1728  putative PAS/PAC sensor protein  52.72 
 
 		 1171 aa  192  5e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00367624  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3074  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  48.39 
 
 		 363 aa  189  4e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2457  metal dependent phosphohydrolase  49.15 
 
 		 358 aa  186  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0151  multi-sensor signal transduction histidine kinase  44.39 
 
 		 1354 aa  185  5.0000000000000004e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0680  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  48.92 
 
 		 651 aa  184  9.000000000000001e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0715  multi-sensor signal transduction histidine kinase  48.31 
 
 		 644 aa  183  2e-44  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2645  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  45.37 
 
 		 364 aa  183  2e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1875  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  47.54 
 
 		 361 aa  180  1e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1464  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.76 
 
 		 1135 aa  179  2e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.396763 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0097  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.57 
 
 		 1224 aa  174  1e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.105547 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1285  metal dependent phosphohydrolase  33.44 
 
 		 465 aa  169  4e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1217  metal dependent phosphohydrolase  33.44 
 
 		 371 aa  165  6e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1502  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.38 
 
 		 783 aa  164  9e-39  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0445794 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0217  multi-sensor protein  36.91 
 
 		 852 aa  164  1e-38  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000331603  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1042  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.85 
 
 		 1059 aa  162  3e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.192885 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2748  metal dependent phosphohydrolase  45.05 
 
 		 574 aa  162  3e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.941576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2464  putative PAS/PAC sensor protein  30.22 
 
 		 812 aa  162  3e-38  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1779  metal dependent phosphohydrolase  33.82 
 
 		 703 aa  162  3e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000172323 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2438  metal dependent phosphohydrolase  33.82 
 
 		 703 aa  162  4e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2395  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  44.44 
 
 		 491 aa  160  1e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.357639  normal  0.166027 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0226  metal dependent phosphohydrolase  33.21 
 
 		 770 aa  160  2e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2462  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.11 
 
 		 1032 aa  159  4e-37  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0679  metal dependent phosphohydrolase  38.19 
 
 		 571 aa  159  5.0000000000000005e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2904  histidine kinase  39.82 
 
 		 876 aa  158  8e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0209815 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0021  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.5 
 
 		 1225 aa  157  1e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.363406  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0309  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.18 
 
 		 657 aa  157  1e-36  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0018  metal dependent phosphohydrolase  42.16 
 
 		 481 aa  156  2e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.161625  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1941  metal dependent phosphohydrolase  34.27 
 
 		 357 aa  156  2e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000817968  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0568  metal dependent phosphohydrolase  42.94 
 
 		 495 aa  155  5.9999999999999996e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.17826  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1512  metal dependent phosphohydrolase domain-containing protein  62.73 
 
 		 110 aa  155  7e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.752891  normal  0.232185 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0798  metal dependent phosphohydrolase  37.34 
 
 		 545 aa  154  8e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1007  GAF domain/HD domain-containing protein  35.18 
 
 		 550 aa  154  8.999999999999999e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1889  metal dependent phosphohydrolase  29.22 
 
 		 487 aa  154  1e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.562954  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0998  metal dependent phosphohydrolase  43.5 
 
 		 467 aa  154  1e-35  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.000200271  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1135  metal dependent phosphohydrolase  42.7 
 
 		 547 aa  152  4e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0995  metal dependent phosphohydrolase  42.7 
 
 		 547 aa  152  4e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.656707  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00070  Two-component system response regulator RpfG  47.19 
 
 		 353 aa  152  4e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0844737  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2729  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 		 960 aa  152  4e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0201203  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1381  GGDEF domain/HD domain-containing protein  45.14 
 
 		 792 aa  151  7e-35  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1673  sensory box protein  29.23 
 
 		 1346 aa  151  8e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.338574  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0338  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.36 
 
 		 653 aa  151  8e-35  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.84298 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1713  metal dependent phosphohydrolase  32.58 
 
 		 692 aa  151  9e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000361253  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2045  metal dependent phosphohydrolase  34.35 
 
 		 373 aa  150  1.0000000000000001e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.803605  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3254  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.78 
 
 		 561 aa  150  1.0000000000000001e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3089  metal dependent phosphohydrolase  34.15 
 
 		 366 aa  150  1.0000000000000001e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1183  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  45.16 
 
 		 363 aa  150  2.0000000000000003e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3604  putative PAS/PAC sensor protein  30.14 
 
 		 619 aa  150  2.0000000000000003e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.562878 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0032  putative PAS/PAC sensor protein  35.81 
 
 		 632 aa  149  3e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0790714  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0338  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  35.89 
 
 		 513 aa  149  4.0000000000000006e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.102838 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1829  response regulator receiver (CheY-like) modulated metal dependent phosphohydrolase  44.63 
 
 		 357 aa  149  4.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1019  metal dependent phosphohydrolase  35.66 
 
 		 635 aa  149  4.0000000000000006e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.416767 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0622  putative PAS/PAC sensor protein  45.56 
 
 		 440 aa  148  5e-34  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1432  metal dependent phosphohydrolase  40.43 
 
 		 207 aa  148  7.0000000000000006e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000116071  normal  0.0291247 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0362  metal dependent phosphohydrolase  42.05 
 
 		 518 aa  148  7.0000000000000006e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2559  metal dependent phosphohydrolase  32.07 
 
 		 553 aa  147  1e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000107172 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2059  metal dependent phosphohydrolase  38.5 
 
 		 430 aa  147  1e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000152605  hitchhiker  0.00000484417 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1828  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  44.94 
 
 		 379 aa  146  2e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.723665 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3932  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.07 
 
 		 1135 aa  147  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>