More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0012 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU0010  sensory box histidine kinase/response regulator  56.3 
 
 
727 aa  769    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0012  multi-sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
715 aa  1469    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.99155  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0011  multi-sensor signal transduction histidine kinase  61.51 
 
 
726 aa  920    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0011  multi-sensor signal transduction histidine kinase  96.78 
 
 
715 aa  1404    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0012  multi-sensor signal transduction histidine kinase  58.04 
 
 
561 aa  342  2e-92  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.237401  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0144  sensory box histidine kinase  33.33 
 
 
709 aa  247  6.999999999999999e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0197  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.47 
 
 
710 aa  242  2e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.283964 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0218  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.17 
 
 
695 aa  237  5.0000000000000005e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3629  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.04 
 
 
665 aa  225  3e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3734  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.28 
 
 
665 aa  222  1.9999999999999999e-56  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2373  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.93 
 
 
769 aa  187  8e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1825  putative PAS/PAC sensor protein  51.46 
 
 
642 aa  172  3e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000986123 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1655  sensory box histidine kinase/response regulator  25.48 
 
 
824 aa  169  2e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2394  putative PAS/PAC sensor protein  50.88 
 
 
642 aa  169  2e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0339768  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2818  putative PAS/PAC sensor protein  42.18 
 
 
649 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1656  sensory box/response regulator  39.24 
 
 
420 aa  164  7e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.41 
 
 
438 aa  159  1e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000169909  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2565  two component signal transduction response regulator  63.25 
 
 
703 aa  156  1e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1758  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  50.61 
 
 
700 aa  155  2e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.250633  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1917  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  37.19 
 
 
419 aa  155  2.9999999999999998e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0589316 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1114  putative diguanylate phosphodiesterase  53.28 
 
 
568 aa  155  2.9999999999999998e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0700  sensory box/response regulator  48.52 
 
 
637 aa  152  2e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1945  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.99 
 
 
690 aa  152  3e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000961188  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1086  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.56 
 
 
1431 aa  150  1.0000000000000001e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1825  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.32 
 
 
879 aa  150  1.0000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4419  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.5 
 
 
654 aa  149  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.386835 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1630  sensory box histidine kinase  33.1 
 
 
710 aa  148  3e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00580838  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2406  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.31 
 
 
773 aa  148  3e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2551  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  42.69 
 
 
765 aa  146  1e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.274696 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1772  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  40.2 
 
 
751 aa  146  2e-33  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.58 
 
 
773 aa  145  2e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.021882 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1885  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.97 
 
 
694 aa  145  2e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4365  response regulator receiver protein  51.06 
 
 
340 aa  144  4e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2335  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.08 
 
 
694 aa  144  8e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.179708  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5218  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  52.86 
 
 
580 aa  142  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0126538 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0493  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.48 
 
 
431 aa  140  1e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000431095 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2062  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.93 
 
 
697 aa  139  2e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0613  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.89 
 
 
641 aa  137  7.000000000000001e-31  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0140  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.69 
 
 
620 aa  137  8e-31  Methanococcus vannielii SB  Archaea  hitchhiker  0.000754265  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1918  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.69 
 
 
650 aa  137  9e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.204421 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1144  signal transduction protein  49.25 
 
 
571 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1312  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.49 
 
 
484 aa  135  3e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0729257  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0476  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.29 
 
 
431 aa  135  3e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2152  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.94 
 
 
670 aa  132  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.381885  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2542  putative PAS/PAC sensor protein  41.24 
 
 
637 aa  130  1.0000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0290  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.74 
 
 
639 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.400694  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0548  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.85 
 
 
639 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.271418  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1273  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.83 
 
 
556 aa  127  7e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.12815  normal  0.758765 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3138  sensor histidine kinase/response regulator  39.04 
 
 
484 aa  127  9e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.312332  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0142  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.37 
 
 
421 aa  125  2e-27  Methanococcus vannielii SB  Archaea  decreased coverage  0.00283134  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1898  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.5 
 
 
546 aa  125  2e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1371  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.99 
 
 
639 aa  125  3e-27  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0820  multisensor signal transduction histidine kinase  25.31 
 
 
519 aa  125  3e-27  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0116  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.69 
 
 
1711 aa  124  4e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.257821  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3937  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.17 
 
 
701 aa  124  5e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0952  sensory box histidine kinase  34.77 
 
 
346 aa  124  7e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000116101  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1057  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.95 
 
 
718 aa  121  3.9999999999999996e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.108149  normal  0.980645 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2683  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.72 
 
 
546 aa  121  3.9999999999999996e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000116014 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1596  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  50 
 
 
385 aa  121  3.9999999999999996e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00430448 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0312  GAF sensor signal transduction histidine kinase  22.35 
 
 
556 aa  121  6e-26  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3051  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.79 
 
 
947 aa  120  7e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0464  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.62 
 
 
614 aa  120  7e-26  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.778528  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0980  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.76 
 
 
725 aa  120  7.999999999999999e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.209286  normal  0.144143 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2399  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.12 
 
 
1131 aa  120  7.999999999999999e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1199  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.09 
 
 
962 aa  120  9.999999999999999e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4611  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  26.17 
 
 
1002 aa  119  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.367657 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0350  multi-sensor signal transduction histidine kinase  54.66 
 
 
482 aa  119  1.9999999999999998e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000480808 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0485  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.14 
 
 
726 aa  119  1.9999999999999998e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0662755 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3010  signal transduction histidine kinase  36.06 
 
 
488 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0663481  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2674  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.36 
 
 
1305 aa  118  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4240  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.09 
 
 
1064 aa  118  3e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0520  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.71 
 
 
556 aa  119  3e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.936608  normal  0.731504 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1928  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.3 
 
 
920 aa  119  3e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0008  sensory box histidine kinase/response regulator  29.56 
 
 
516 aa  118  3.9999999999999997e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2497  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.58 
 
 
1168 aa  118  3.9999999999999997e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.436801 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1191  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.88 
 
 
836 aa  117  5e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.668547  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0339  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.9 
 
 
1390 aa  117  6e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.726297  normal  0.77171 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0746  histidine kinase  32.82 
 
 
337 aa  117  6e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000736417  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1024  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.79 
 
 
631 aa  117  6.9999999999999995e-25  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.963931  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0881  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.21 
 
 
590 aa  117  8.999999999999998e-25  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3217  ATP-binding region ATPase domain protein  31.86 
 
 
576 aa  116  1.0000000000000001e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.644054  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3285  putative PAS/PAC sensor protein  34.86 
 
 
516 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0412  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.91 
 
 
695 aa  115  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0975  putative PAS/PAC sensor protein  34.86 
 
 
516 aa  116  2.0000000000000002e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1796  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.2 
 
 
1965 aa  116  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1390  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.72 
 
 
1977 aa  115  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3141  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.53 
 
 
1406 aa  115  3e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.367834  normal  0.195519 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2096  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.78 
 
 
1140 aa  115  3e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.166751  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0582  signal transduction histidine kinase-like protein  48.82 
 
 
394 aa  115  3e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1284  histidine kinase  29.45 
 
 
560 aa  115  4.0000000000000004e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0983353  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0116  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.12 
 
 
566 aa  114  5e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2494  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.69 
 
 
489 aa  114  7.000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.228009 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0350  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.71 
 
 
1390 aa  114  8.000000000000001e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0937102  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0360  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.71 
 
 
1390 aa  114  8.000000000000001e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.592677 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0336  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.17 
 
 
612 aa  114  9e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.84228  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1814  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  44.36 
 
 
381 aa  114  9e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2674  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.2 
 
 
585 aa  113  1.0000000000000001e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.239294  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1168  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  28.27 
 
 
676 aa  113  1.0000000000000001e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4457  histidine kinase  30.38 
 
 
461 aa  113  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0786  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.08 
 
 
582 aa  113  1.0000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>