132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_5003 on replicon NC_009508
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009508  Swit_5003  P-type conjugative transfer protein VirB9  100 
 
 
285 aa  578  1e-164  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.341175  normal  0.712653 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4340  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  45.94 
 
 
285 aa  243  3e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0413275  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5080  P-type conjugative transfer protein VirB9  44.95 
 
 
286 aa  228  9e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674824  normal  0.494537 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0683  P-type conjugative transfer protein VirB9  41.52 
 
 
286 aa  217  2e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.541424  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0250  Type IV secretory pathway AvhB9 protein  45.52 
 
 
283 aa  216  4e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.729526 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4371  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  47.77 
 
 
283 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6154  type IV secretion system protein VirB9  34.6 
 
 
293 aa  154  1e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.208035  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8220  type IV secretion system protein VirB9  32.19 
 
 
292 aa  149  6e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.514909  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3527  type IV secretion system protein VirB9  32.99 
 
 
296 aa  134  9.999999999999999e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6399  P-type conjugative transfer protein VirB9  33.83 
 
 
269 aa  129  8.000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.474869  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4172  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  33.71 
 
 
269 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.403674  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5820  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  32 
 
 
280 aa  127  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4439  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  35.74 
 
 
267 aa  126  5e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9813  type IV secretion protein AvhB9  34.11 
 
 
269 aa  125  6e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0061  type IV secretion system protein VirB9  32.25 
 
 
289 aa  125  1e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0056  P-type conjugative transfer protein VirB9  32.25 
 
 
289 aa  125  1e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4557  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  36.14 
 
 
269 aa  124  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.630159  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6212  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  32.96 
 
 
277 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0737983 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1143  P-type conjugative transfer protein VirB9  33.57 
 
 
257 aa  118  9e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1104  hypothetical protein  27.63 
 
 
260 aa  117  1.9999999999999998e-25  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08207  conjugal transfer outer membrane protein TraH  30.12 
 
 
255 aa  117  1.9999999999999998e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0210  type IV secretion system protein VirB9  27.72 
 
 
266 aa  115  8.999999999999998e-25  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.332036  n/a   
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6331  P-type conjugative transfer protein VirB9  33.68 
 
 
292 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3646  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  31.3 
 
 
231 aa  113  3e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0387032 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0168  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  32.86 
 
 
281 aa  112  6e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.313192 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3981  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  33.21 
 
 
231 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.813501  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4847  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  33.7 
 
 
274 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3319  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  33.7 
 
 
274 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1760  putative type IV secretion system protein VirB9  31.49 
 
 
278 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0566153  normal  0.26092 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6499  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  33.97 
 
 
276 aa  107  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3814  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  32.17 
 
 
231 aa  106  4e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.204788 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0454  putative type IV secretion system protein VirB9  33.09 
 
 
278 aa  106  5e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4196  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  33.68 
 
 
274 aa  105  6e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.258229  normal  0.907108 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2651  putative type IV secretion system protein VirB9  33.33 
 
 
278 aa  105  7e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0400031  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0219  type IV secretion system protein, VirB9  26.44 
 
 
270 aa  102  6e-21  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7351  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.21 
 
 
302 aa  100  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.280027 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0043  type IV secretion system protein VirB9  29.55 
 
 
273 aa  99.4  6e-20  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0014  conjugal transfer outer membrane protein TraH  26.62 
 
 
259 aa  99  8e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a017  conjugal transfer protein TraK/VirB9  24.68 
 
 
311 aa  99  8e-20  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7529  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.24 
 
 
305 aa  98.2  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.110766 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0787  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  23.85 
 
 
270 aa  96.3  5e-19  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0021  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.42 
 
 
274 aa  94  3e-18  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0742  type IV secretion system protein VirB9  25.22 
 
 
240 aa  91.7  1e-17  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.11776  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1680  type IV secretory pathway, VirB9 component  29.8 
 
 
306 aa  87.4  3e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.338486 
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0037  cmgB9  22.78 
 
 
295 aa  86.3  5e-16  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5022  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.74 
 
 
265 aa  84.7  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0116672  n/a   
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0026  conjugal transfer outer membrane protein  24.81 
 
 
262 aa  85.5  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5192  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.7 
 
 
293 aa  82.4  0.000000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0164987  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1527  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.7 
 
 
293 aa  82.4  0.000000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0175  P-type conjugative transfer protein VirB9  23.96 
 
 
309 aa  81.3  0.00000000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.455783  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0005  type IV secretion system protein VirB9  24.53 
 
 
264 aa  79  0.00000000000009  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.322927  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0865  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.62 
 
 
315 aa  78.2  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0159  hypothetical protein  26.03 
 
 
250 aa  76.3  0.0000000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0177  hypothetical protein  26.03 
 
 
250 aa  75.9  0.0000000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4755  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.13 
 
 
255 aa  72.8  0.000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6570  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.36 
 
 
293 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4253  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.04 
 
 
270 aa  71.2  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0044  P-type conjugative transfer protein VirB9  26.11 
 
 
301 aa  69.3  0.00000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5236  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  24.03 
 
 
290 aa  67.8  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.385034  normal 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0114  P-type conjugative transfer protein VirB9  26.47 
 
 
297 aa  66.6  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1903  P-type conjugative transfer protein TrbG  27.19 
 
 
330 aa  65.9  0.0000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.11675  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5546  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.94 
 
 
291 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0259324 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1324  P-type conjugative transfer protein TrbG  29.39 
 
 
329 aa  64.7  0.000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.141371  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2825  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.38 
 
 
284 aa  63.9  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0741  P-type conjugative transfer protein TrbG  31.39 
 
 
341 aa  63.2  0.000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.9588 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3696  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.84 
 
 
272 aa  63.2  0.000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.831321 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5456  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  24.9 
 
 
268 aa  61.6  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0200156 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2886  P-type conjugative transfer protein TrbG  30.94 
 
 
341 aa  61.6  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.361608  normal  0.174381 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4269  conjugal transfer protein TrbG  27.27 
 
 
299 aa  60.5  0.00000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.166546  normal  0.0145862 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6300  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.2 
 
 
303 aa  59.7  0.00000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3498  P-type conjugative transfer protein TrbG  26.32 
 
 
330 aa  59.7  0.00000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1842  P-type conjugative transfer protein TrbG  26.64 
 
 
339 aa  58.9  0.00000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.254623  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9259  conjugal transfer protein TrbG  26.13 
 
 
296 aa  58.9  0.00000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6507  conjugal transfer protein TrbG  26.82 
 
 
299 aa  58.5  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0761422  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2092  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.26 
 
 
339 aa  58.9  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277798  normal 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4561  conjugal transfer protein TrbG  27.27 
 
 
279 aa  58.9  0.0000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.843427  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6630  conjugal transfer protein TrbG  26.82 
 
 
299 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5215  P-type conjugative transfer protein TrbG  26.67 
 
 
355 aa  58.2  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4238  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.32 
 
 
280 aa  57.4  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1147  P-type conjugative transfer protein TrbG  25.33 
 
 
293 aa  56.6  0.0000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2012  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.07 
 
 
334 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.62042  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5490  conjugal transfer protein TrbG  25.91 
 
 
273 aa  57  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26878  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0169  P-type conjugative transfer protein TrbG  28.33 
 
 
278 aa  56.6  0.0000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.227252  normal  0.244243 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2354  P-type conjugative transfer protein TrbG  26.5 
 
 
312 aa  56.6  0.0000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.557351  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3992  P-type conjugative transfer protein TrbG  30.51 
 
 
350 aa  56.2  0.0000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0363697  normal  0.115635 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8325  conjugal transfer protein TrbG  26.03 
 
 
284 aa  56.2  0.0000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000831167  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1349  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.19 
 
 
330 aa  56.2  0.0000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000992515  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4202  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.59 
 
 
337 aa  56.2  0.0000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.250287  normal  0.746968 
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0096  pilx9 protein  23.28 
 
 
309 aa  55.8  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.164234  normal  0.522922 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0603  P-type conjugative transfer protein TrbG  30 
 
 
350 aa  55.5  0.0000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3533  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.41 
 
 
346 aa  55.5  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.567814 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2447  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  23.63 
 
 
259 aa  55.5  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2996  P-type conjugative transfer protein TrbG  29.57 
 
 
347 aa  55.1  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.646322 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2832  P-type conjugative transfer protein TrbG  29.23 
 
 
357 aa  54.7  0.000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.471623  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1290  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.07 
 
 
330 aa  54.7  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2903  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  24.56 
 
 
326 aa  54.3  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.369885  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3835  P-type conjugative transfer protein TrbG  28.7 
 
 
341 aa  54.3  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.805097  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2652  P-type conjugative transfer protein TrbG  25.88 
 
 
331 aa  54.7  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.190943  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1712  P-type conjugative transfer protein TrbG  27.14 
 
 
314 aa  54.7  0.000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000367277  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35640  P-type conjugative transfer protein TrbG  26.32 
 
 
298 aa  53.9  0.000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0847602  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>