144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3814 on replicon NC_008042
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008042  TM1040_3814  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  100 
 
 
231 aa  466  9.999999999999999e-131  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.204788 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3981  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  89.43 
 
 
231 aa  415  9.999999999999999e-116  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.813501  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3646  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  87.39 
 
 
231 aa  406  1.0000000000000001e-112  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0387032 
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0026  conjugal transfer outer membrane protein  31.8 
 
 
262 aa  113  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1143  P-type conjugative transfer protein VirB9  31.38 
 
 
257 aa  110  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5003  P-type conjugative transfer protein VirB9  32.17 
 
 
285 aa  106  3e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.341175  normal  0.712653 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4172  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  32.17 
 
 
269 aa  103  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.403674  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6212  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  31.09 
 
 
277 aa  102  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0737983 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4439  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.33 
 
 
267 aa  102  6e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1760  putative type IV secretion system protein VirB9  31.02 
 
 
278 aa  98.2  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0566153  normal  0.26092 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9813  type IV secretion protein AvhB9  30.67 
 
 
269 aa  96.3  3e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0168  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.44 
 
 
281 aa  95.5  6e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.313192 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0219  type IV secretion system protein, VirB9  28.97 
 
 
270 aa  93.6  2e-18  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2651  putative type IV secretion system protein VirB9  30.21 
 
 
278 aa  93.6  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0400031  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0454  putative type IV secretion system protein VirB9  30.68 
 
 
278 aa  93.6  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0683  P-type conjugative transfer protein VirB9  26.59 
 
 
286 aa  92.8  4e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.541424  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4557  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.41 
 
 
269 aa  92.8  4e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.630159  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1104  hypothetical protein  28.69 
 
 
260 aa  92  7e-18  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6499  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.82 
 
 
276 aa  92  7e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6399  P-type conjugative transfer protein VirB9  29.82 
 
 
269 aa  91.7  9e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.474869  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5080  P-type conjugative transfer protein VirB9  27.71 
 
 
286 aa  91.7  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674824  normal  0.494537 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0159  hypothetical protein  30.81 
 
 
250 aa  90.5  2e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0787  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.32 
 
 
270 aa  90.9  2e-17  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0037  cmgB9  24.72 
 
 
295 aa  89  6e-17  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4340  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.54 
 
 
285 aa  88.6  7e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0413275  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0177  hypothetical protein  30.81 
 
 
250 aa  87.8  1e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0210  type IV secretion system protein VirB9  34.72 
 
 
266 aa  87  2e-16  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.332036  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0250  Type IV secretory pathway AvhB9 protein  27.6 
 
 
283 aa  87.4  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.729526 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8325  conjugal transfer protein TrbG  31.32 
 
 
284 aa  85.5  6e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000831167  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4847  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.21 
 
 
274 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3319  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.21 
 
 
274 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9650  conjugal transfer protein TrbG  26.84 
 
 
273 aa  83.2  0.000000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0266012  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08207  conjugal transfer outer membrane protein TraH  28.44 
 
 
255 aa  83.2  0.000000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9259  conjugal transfer protein TrbG  31.71 
 
 
296 aa  82.4  0.000000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4196  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.21 
 
 
274 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.258229  normal  0.907108 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4561  conjugal transfer protein TrbG  31.9 
 
 
279 aa  81.6  0.00000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.843427  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5490  conjugal transfer protein TrbG  30.49 
 
 
273 aa  80.9  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26878  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0061  type IV secretion system protein VirB9  29.28 
 
 
289 aa  79.7  0.00000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4371  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.05 
 
 
283 aa  79.7  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0056  P-type conjugative transfer protein VirB9  29.28 
 
 
289 aa  79.7  0.00000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5384  conjugal transfer protein TrbG  30.41 
 
 
270 aa  79  0.00000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0585815 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7529  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.17 
 
 
305 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.110766 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0742  type IV secretion system protein VirB9  25 
 
 
240 aa  76.3  0.0000000000004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.11776  n/a   
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0014  conjugal transfer outer membrane protein TraH  25.65 
 
 
259 aa  75.9  0.0000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0175  P-type conjugative transfer protein VirB9  23.02 
 
 
309 aa  75.1  0.0000000000009  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.455783  n/a   
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0044  P-type conjugative transfer protein VirB9  25.46 
 
 
301 aa  73.9  0.000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8220  type IV secretion system protein VirB9  25.95 
 
 
292 aa  73.9  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.514909  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5820  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.46 
 
 
280 aa  73.9  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1481  P-type conjugative transfer protein VirB9  27.54 
 
 
296 aa  72.8  0.000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.465895  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3527  type IV secretion system protein VirB9  28.4 
 
 
296 aa  72.4  0.000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6154  type IV secretion system protein VirB9  25.67 
 
 
293 aa  72  0.000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.208035  normal 
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6331  P-type conjugative transfer protein VirB9  27.69 
 
 
292 aa  72  0.000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5236  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  23.17 
 
 
290 aa  71.6  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.385034  normal 
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a017  conjugal transfer protein TraK/VirB9  24.81 
 
 
311 aa  70.9  0.00000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1527  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  32.77 
 
 
293 aa  70.1  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5192  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  32.77 
 
 
293 aa  70.1  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0164987  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3859  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.84 
 
 
328 aa  69.7  0.00000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0174658  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0021  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  24.34 
 
 
274 aa  67.8  0.0000000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1842  P-type conjugative transfer protein TrbG  29.76 
 
 
339 aa  67.4  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.254623  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0501  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.98 
 
 
326 aa  66.6  0.0000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0741964  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4755  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.52 
 
 
255 aa  65.5  0.0000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1147  P-type conjugative transfer protein TrbG  28.95 
 
 
293 aa  65.5  0.0000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3498  P-type conjugative transfer protein TrbG  25.77 
 
 
330 aa  64.7  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0096  pilx9 protein  24.38 
 
 
309 aa  64.7  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.164234  normal  0.522922 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0052  conjugal transfer protein TrbG  28.65 
 
 
295 aa  64.7  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0005  type IV secretion system protein VirB9  23.23 
 
 
264 aa  64.3  0.000000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.322927  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0043  type IV secretion system protein VirB9  23.6 
 
 
273 aa  63.9  0.000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1186  P-type conjugative transfer protein TrbG  28.65 
 
 
326 aa  63.9  0.000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3549  P-type conjugative transfer protein TrbG  28.65 
 
 
326 aa  63.9  0.000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6300  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29 
 
 
303 aa  63.5  0.000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2354  P-type conjugative transfer protein TrbG  27.62 
 
 
312 aa  62.4  0.000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.557351  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2316  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.51 
 
 
318 aa  62  0.000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.012474  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2034  P-type conjugative transfer protein TrbG  26.38 
 
 
327 aa  62  0.000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.466977  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30860  TrbG-like protein  23.93 
 
 
329 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000570551  unclonable  3.4703699999999997e-22 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2652  P-type conjugative transfer protein TrbG  23.31 
 
 
331 aa  61.2  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.190943  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2691  P-type conjugative transfer protein TrbG  23.31 
 
 
333 aa  61.2  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.239793  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5215  P-type conjugative transfer protein TrbG  27.45 
 
 
355 aa  61.6  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4253  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.51 
 
 
270 aa  60.8  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5456  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  24.5 
 
 
268 aa  60.5  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0200156 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1290  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  23.93 
 
 
330 aa  60.8  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0148  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.15 
 
 
334 aa  60.5  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.51257  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1903  P-type conjugative transfer protein TrbG  23.93 
 
 
330 aa  60.8  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.11675  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0114  P-type conjugative transfer protein VirB9  24.91 
 
 
297 aa  60.5  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0734  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  24.54 
 
 
334 aa  59.7  0.00000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.515891  normal 
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5022  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25 
 
 
265 aa  60.1  0.00000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0116672  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1349  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  23.93 
 
 
330 aa  59.7  0.00000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000992515  normal 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4269  conjugal transfer protein TrbG  26.79 
 
 
299 aa  59.7  0.00000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.166546  normal  0.0145862 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35640  P-type conjugative transfer protein TrbG  26.99 
 
 
298 aa  59.7  0.00000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0847602  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0430  P-type conjugative transfer protein TrbG  23.31 
 
 
329 aa  59.7  0.00000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.127006  normal 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6507  conjugal transfer protein TrbG  26.79 
 
 
299 aa  59.3  0.00000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0761422  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6630  conjugal transfer protein TrbG  26.79 
 
 
299 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2903  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  23.31 
 
 
326 aa  58.9  0.00000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.369885  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2576  conjugal transfer lipoprotein TrbG  22.7 
 
 
334 aa  58.5  0.00000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.515987  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2344  P-type conjugative transfer protein TrbG  25.99 
 
 
348 aa  58.2  0.0000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2012  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  23.31 
 
 
334 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.62042  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2358  P-type conjugative transfer protein TrbG  24.55 
 
 
333 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.104041  normal  0.534378 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1324  P-type conjugative transfer protein TrbG  24.54 
 
 
329 aa  57.8  0.0000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.141371  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1558  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  22.09 
 
 
333 aa  57  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00584064  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0169  P-type conjugative transfer protein TrbG  26.74 
 
 
278 aa  56.6  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.227252  normal  0.244243 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3698  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  22.75 
 
 
330 aa  57  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.72562  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>