69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_8220 on replicon NC_011982
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011982  Avi_8220  type IV secretion system protein VirB9  100 
 
 
292 aa  600  1.0000000000000001e-171  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.514909  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6154  type IV secretion system protein VirB9  75.09 
 
 
293 aa  453  1.0000000000000001e-126  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.208035  normal 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3527  type IV secretion system protein VirB9  40.21 
 
 
296 aa  197  1.0000000000000001e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4340  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  35.14 
 
 
285 aa  161  1e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0413275  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0250  Type IV secretory pathway AvhB9 protein  35.64 
 
 
283 aa  150  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.729526 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5003  P-type conjugative transfer protein VirB9  32.19 
 
 
285 aa  149  6e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.341175  normal  0.712653 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5080  P-type conjugative transfer protein VirB9  34.13 
 
 
286 aa  142  7e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674824  normal  0.494537 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0683  P-type conjugative transfer protein VirB9  32.29 
 
 
286 aa  141  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.541424  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5820  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.28 
 
 
280 aa  114  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4371  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  31.85 
 
 
283 aa  107  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1143  P-type conjugative transfer protein VirB9  28.98 
 
 
257 aa  106  5e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4557  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.25 
 
 
269 aa  104  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.630159  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6399  P-type conjugative transfer protein VirB9  27.43 
 
 
269 aa  102  6e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.474869  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1680  type IV secretory pathway, VirB9 component  31.23 
 
 
306 aa  102  1e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.338486 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08207  conjugal transfer outer membrane protein TraH  28.14 
 
 
255 aa  100  4e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4439  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.26 
 
 
267 aa  98.6  1e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6331  P-type conjugative transfer protein VirB9  26.92 
 
 
292 aa  97.1  3e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1760  putative type IV secretion system protein VirB9  28.05 
 
 
278 aa  95.1  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0566153  normal  0.26092 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9813  type IV secretion protein AvhB9  25.28 
 
 
269 aa  93.2  5e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7529  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.65 
 
 
305 aa  91.7  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.110766 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4172  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.44 
 
 
269 aa  91.7  1e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.403674  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0168  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.87 
 
 
281 aa  89.4  7e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.313192 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6212  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.15 
 
 
277 aa  87.8  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0737983 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0056  P-type conjugative transfer protein VirB9  27.96 
 
 
289 aa  87  3e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0061  type IV secretion system protein VirB9  27.96 
 
 
289 aa  87  3e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2651  putative type IV secretion system protein VirB9  28.23 
 
 
278 aa  85.9  6e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0400031  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0210  type IV secretion system protein VirB9  25.51 
 
 
266 aa  83.6  0.000000000000004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.332036  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6499  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.51 
 
 
276 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0096  pilx9 protein  25.57 
 
 
309 aa  81.6  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.164234  normal  0.522922 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0865  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.11 
 
 
315 aa  81.3  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1104  hypothetical protein  24.32 
 
 
260 aa  79.7  0.00000000000005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0219  type IV secretion system protein, VirB9  23.84 
 
 
270 aa  79.7  0.00000000000006  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7351  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  24.43 
 
 
302 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.280027 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3646  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.56 
 
 
231 aa  77  0.0000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0387032 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3319  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.59 
 
 
274 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4847  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.59 
 
 
274 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4196  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.52 
 
 
274 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.258229  normal  0.907108 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3981  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.14 
 
 
231 aa  74.7  0.000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.813501  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3814  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.95 
 
 
231 aa  73.9  0.000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.204788 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0454  putative type IV secretion system protein VirB9  28.07 
 
 
278 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0787  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  24.25 
 
 
270 aa  73.9  0.000000000003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0005  type IV secretion system protein VirB9  25.18 
 
 
264 aa  73.2  0.000000000005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.322927  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0114  P-type conjugative transfer protein VirB9  27.81 
 
 
297 aa  73.2  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0044  P-type conjugative transfer protein VirB9  27.27 
 
 
301 aa  72.4  0.000000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0175  P-type conjugative transfer protein VirB9  21.67 
 
 
309 aa  68.9  0.00000000008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.455783  n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0037  cmgB9  23.36 
 
 
295 aa  68.2  0.0000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0026  conjugal transfer outer membrane protein  25.09 
 
 
262 aa  65.1  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0742  type IV secretion system protein VirB9  24.9 
 
 
240 aa  65.5  0.000000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.11776  n/a   
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0014  conjugal transfer outer membrane protein TraH  22.18 
 
 
259 aa  60.1  0.00000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0043  type IV secretion system protein VirB9  22.1 
 
 
273 aa  60.5  0.00000004  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3696  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.59 
 
 
272 aa  58.5  0.0000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.831321 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0177  hypothetical protein  23.35 
 
 
250 aa  58.5  0.0000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0021  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  21.15 
 
 
274 aa  58.2  0.0000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0159  hypothetical protein  22.18 
 
 
250 aa  54.7  0.000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5022  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.5 
 
 
265 aa  54.3  0.000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0116672  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a017  conjugal transfer protein TraK/VirB9  20.18 
 
 
311 aa  50.4  0.00003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5456  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  23.46 
 
 
268 aa  47.8  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0200156 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4253  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  21.93 
 
 
270 aa  47  0.0004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6570  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25 
 
 
293 aa  45.8  0.0008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2832  P-type conjugative transfer protein TrbG  29.23 
 
 
357 aa  45.8  0.0008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.471623  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4238  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  22.59 
 
 
280 aa  45.4  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1481  P-type conjugative transfer protein VirB9  24.04 
 
 
296 aa  44.3  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.465895  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5238  hypothetical protein  31.58 
 
 
437 aa  43.5  0.004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.413163  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5192  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  22.18 
 
 
293 aa  43.5  0.004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0164987  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1527  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  22.18 
 
 
293 aa  43.5  0.004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1005  P-type conjugative transfer protein TrbG  29.23 
 
 
328 aa  43.1  0.005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5546  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.52 
 
 
291 aa  43.1  0.006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0259324 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2092  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.69 
 
 
339 aa  42.7  0.007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277798  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1712  P-type conjugative transfer protein TrbG  32.95 
 
 
314 aa  42.7  0.007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000367277  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>