138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5820 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_5820  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  100 
 
 
280 aa  570  1.0000000000000001e-162  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6331  P-type conjugative transfer protein VirB9  35.34 
 
 
292 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4340  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.93 
 
 
285 aa  138  1e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0413275  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0683  P-type conjugative transfer protein VirB9  29.97 
 
 
286 aa  138  1e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.541424  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5080  P-type conjugative transfer protein VirB9  29.35 
 
 
286 aa  132  7.999999999999999e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674824  normal  0.494537 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5003  P-type conjugative transfer protein VirB9  32 
 
 
285 aa  127  1.0000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.341175  normal  0.712653 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0250  Type IV secretory pathway AvhB9 protein  32.75 
 
 
283 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.729526 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1143  P-type conjugative transfer protein VirB9  33.88 
 
 
257 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0061  type IV secretion system protein VirB9  31.12 
 
 
289 aa  126  3e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0056  P-type conjugative transfer protein VirB9  31.12 
 
 
289 aa  126  3e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4439  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  31.25 
 
 
267 aa  122  5e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4172  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  34.82 
 
 
269 aa  121  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.403674  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1104  hypothetical protein  30.98 
 
 
260 aa  118  7.999999999999999e-26  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6212  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  32.78 
 
 
277 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0737983 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6399  P-type conjugative transfer protein VirB9  30.52 
 
 
269 aa  114  1.0000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.474869  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8220  type IV secretion system protein VirB9  30.28 
 
 
292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.514909  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4557  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  31.54 
 
 
269 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.630159  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1760  putative type IV secretion system protein VirB9  29.1 
 
 
278 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0566153  normal  0.26092 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2651  putative type IV secretion system protein VirB9  29.7 
 
 
278 aa  112  6e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0400031  normal 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7351  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.18 
 
 
302 aa  112  9e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.280027 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6499  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.53 
 
 
276 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9813  type IV secretion protein AvhB9  29.83 
 
 
269 aa  110  3e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0787  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.94 
 
 
270 aa  109  4.0000000000000004e-23  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0219  type IV secretion system protein, VirB9  30.7 
 
 
270 aa  109  5e-23  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7529  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.18 
 
 
305 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.110766 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4371  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  31.22 
 
 
283 aa  107  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0210  type IV secretion system protein VirB9  28.77 
 
 
266 aa  107  3e-22  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.332036  n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0037  cmgB9  27.78 
 
 
295 aa  107  3e-22  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0168  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  31.17 
 
 
281 aa  105  7e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.313192 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0177  hypothetical protein  29.02 
 
 
250 aa  105  1e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0454  putative type IV secretion system protein VirB9  29.23 
 
 
278 aa  104  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5022  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  32.41 
 
 
265 aa  103  3e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0116672  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0159  hypothetical protein  28.95 
 
 
250 aa  103  4e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08207  conjugal transfer outer membrane protein TraH  27.99 
 
 
255 aa  103  4e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0044  P-type conjugative transfer protein VirB9  30.26 
 
 
301 aa  100  2e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6154  type IV secretion system protein VirB9  29.01 
 
 
293 aa  100  4e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.208035  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0175  P-type conjugative transfer protein VirB9  25.51 
 
 
309 aa  99.4  5e-20  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.455783  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4847  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.66 
 
 
274 aa  98.6  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3319  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.66 
 
 
274 aa  98.6  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4196  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.9 
 
 
274 aa  96.7  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.258229  normal  0.907108 
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0014  conjugal transfer outer membrane protein TraH  27.12 
 
 
259 aa  89.7  4e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0026  conjugal transfer outer membrane protein  27.98 
 
 
262 aa  89.7  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3527  type IV secretion system protein VirB9  28.17 
 
 
296 aa  89.4  7e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a017  conjugal transfer protein TraK/VirB9  23.31 
 
 
311 aa  87  3e-16  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0865  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.43 
 
 
315 aa  82.4  0.000000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0005  type IV secretion system protein VirB9  24.44 
 
 
264 aa  81.6  0.00000000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.322927  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1680  type IV secretory pathway, VirB9 component  27.52 
 
 
306 aa  77.8  0.0000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.338486 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2447  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.27 
 
 
259 aa  75.1  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3981  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.73 
 
 
231 aa  74.7  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.813501  n/a   
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0096  pilx9 protein  26.71 
 
 
309 aa  74.7  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.164234  normal  0.522922 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3696  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.24 
 
 
272 aa  74.3  0.000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.831321 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3814  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.46 
 
 
231 aa  73.9  0.000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.204788 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3646  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.15 
 
 
231 aa  71.6  0.00000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0387032 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4238  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.39 
 
 
280 aa  69.7  0.00000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4253  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  24.19 
 
 
270 aa  68.6  0.0000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5456  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.02 
 
 
268 aa  67.4  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0200156 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2606  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.26 
 
 
337 aa  65.5  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1842  P-type conjugative transfer protein TrbG  27.08 
 
 
339 aa  65.1  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.254623  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0741  P-type conjugative transfer protein TrbG  25.74 
 
 
341 aa  64.3  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.9588 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1527  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.57 
 
 
293 aa  63.9  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5192  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.57 
 
 
293 aa  63.9  0.000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0164987  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5236  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  24.73 
 
 
290 aa  63.2  0.000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.385034  normal 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4561  conjugal transfer protein TrbG  26.67 
 
 
279 aa  62.8  0.000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.843427  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3498  P-type conjugative transfer protein TrbG  24.39 
 
 
330 aa  62.8  0.000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0742  type IV secretion system protein VirB9  25.12 
 
 
240 aa  62.4  0.000000008  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.11776  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2886  P-type conjugative transfer protein TrbG  25.74 
 
 
341 aa  62.4  0.000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.361608  normal  0.174381 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2478  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.35 
 
 
283 aa  61.6  0.00000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.197669  normal  0.278704 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1324  P-type conjugative transfer protein TrbG  25.63 
 
 
329 aa  62  0.00000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.141371  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1903  P-type conjugative transfer protein TrbG  23.11 
 
 
330 aa  61.2  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.11675  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0114  P-type conjugative transfer protein VirB9  24.91 
 
 
297 aa  61.2  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9259  conjugal transfer protein TrbG  26.09 
 
 
296 aa  60.8  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0043  type IV secretion system protein VirB9  22.94 
 
 
273 aa  60.5  0.00000003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30860  TrbG-like protein  23.95 
 
 
329 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000570551  unclonable  3.4703699999999997e-22 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2825  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.28 
 
 
284 aa  60.5  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2691  P-type conjugative transfer protein TrbG  24.12 
 
 
333 aa  60.5  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.239793  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0310  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.7 
 
 
343 aa  60.1  0.00000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0169  P-type conjugative transfer protein TrbG  23.32 
 
 
278 aa  60.1  0.00000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.227252  normal  0.244243 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0430  P-type conjugative transfer protein TrbG  25.95 
 
 
329 aa  60.1  0.00000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.127006  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0021  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  21.67 
 
 
274 aa  59.7  0.00000005  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2092  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  22.5 
 
 
339 aa  59.3  0.00000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277798  normal 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6300  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.08 
 
 
303 aa  59.3  0.00000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3835  P-type conjugative transfer protein TrbG  24.75 
 
 
341 aa  59.3  0.00000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.805097  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2576  conjugal transfer lipoprotein TrbG  24.4 
 
 
334 aa  58.5  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.515987  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3699  P-type conjugative transfer protein TrbG  26.5 
 
 
338 aa  58.5  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4755  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  23.22 
 
 
255 aa  58.2  0.0000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2652  P-type conjugative transfer protein TrbG  24.19 
 
 
331 aa  57.8  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.190943  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0603  P-type conjugative transfer protein TrbG  24.38 
 
 
350 aa  57.4  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2275  P-type conjugative transfer protein TrbG  28.82 
 
 
266 aa  57.8  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.210021  normal 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6507  conjugal transfer protein TrbG  25.25 
 
 
299 aa  57.4  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0761422  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6630  conjugal transfer protein TrbG  25.25 
 
 
299 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4269  conjugal transfer protein TrbG  25.25 
 
 
299 aa  57.4  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.166546  normal  0.0145862 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2903  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  23.9 
 
 
326 aa  57.4  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.369885  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3698  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  23.72 
 
 
330 aa  56.6  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.72562  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35640  P-type conjugative transfer protein TrbG  24.39 
 
 
298 aa  56.6  0.0000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0847602  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4202  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  23.59 
 
 
337 aa  56.2  0.0000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.250287  normal  0.746968 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3992  P-type conjugative transfer protein TrbG  24.61 
 
 
350 aa  56.6  0.0000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0363697  normal  0.115635 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5490  conjugal transfer protein TrbG  28.05 
 
 
273 aa  56.2  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26878  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1558  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  23.41 
 
 
333 aa  55.8  0.0000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00584064  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2832  P-type conjugative transfer protein TrbG  22.56 
 
 
357 aa  55.8  0.0000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.471623  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1349  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  22.79 
 
 
330 aa  55.5  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000992515  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>