115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_p0250 on replicon NC_009475
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009475  BBta_p0250  Type IV secretory pathway AvhB9 protein  100 
 
 
283 aa  575  1.0000000000000001e-163  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.729526 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4340  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  56.88 
 
 
285 aa  330  2e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0413275  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5080  P-type conjugative transfer protein VirB9  57.97 
 
 
286 aa  312  3.9999999999999997e-84  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674824  normal  0.494537 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0683  P-type conjugative transfer protein VirB9  55.23 
 
 
286 aa  310  1e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.541424  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5003  P-type conjugative transfer protein VirB9  45.88 
 
 
285 aa  228  8e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.341175  normal  0.712653 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4371  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  46.28 
 
 
283 aa  202  6e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8220  type IV secretion system protein VirB9  34.93 
 
 
292 aa  162  6e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.514909  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6154  type IV secretion system protein VirB9  36.21 
 
 
293 aa  161  9e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.208035  normal 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9813  type IV secretion protein AvhB9  38.4 
 
 
269 aa  154  2e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4172  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  40.48 
 
 
269 aa  153  2.9999999999999998e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.403674  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4557  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  40.17 
 
 
269 aa  152  5e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.630159  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3527  type IV secretion system protein VirB9  34.53 
 
 
296 aa  152  8e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6399  P-type conjugative transfer protein VirB9  37.61 
 
 
269 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.474869  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5820  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  33.45 
 
 
280 aa  139  3.9999999999999997e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4439  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  34.88 
 
 
267 aa  139  4.999999999999999e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1143  P-type conjugative transfer protein VirB9  34.31 
 
 
257 aa  132  6e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6499  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  35.86 
 
 
276 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6331  P-type conjugative transfer protein VirB9  30.85 
 
 
292 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1760  putative type IV secretion system protein VirB9  32.62 
 
 
278 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0566153  normal  0.26092 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08207  conjugal transfer outer membrane protein TraH  29.66 
 
 
255 aa  117  1.9999999999999998e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6212  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  33.46 
 
 
277 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0737983 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2651  putative type IV secretion system protein VirB9  31.23 
 
 
278 aa  116  5e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0400031  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4847  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  33.57 
 
 
274 aa  115  6e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3319  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  33.57 
 
 
274 aa  115  6e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0026  conjugal transfer outer membrane protein  30.45 
 
 
262 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1104  hypothetical protein  29.69 
 
 
260 aa  113  3e-24  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0210  type IV secretion system protein VirB9  29.02 
 
 
266 aa  114  3e-24  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.332036  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0742  type IV secretion system protein VirB9  32.31 
 
 
240 aa  113  4.0000000000000004e-24  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.11776  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0168  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  33.07 
 
 
281 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.313192 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0454  putative type IV secretion system protein VirB9  33.86 
 
 
278 aa  110  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0061  type IV secretion system protein VirB9  28.08 
 
 
289 aa  109  5e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0056  P-type conjugative transfer protein VirB9  28.08 
 
 
289 aa  109  5e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0219  type IV secretion system protein, VirB9  26.92 
 
 
270 aa  108  1e-22  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4196  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  31.43 
 
 
274 aa  106  4e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.258229  normal  0.907108 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0175  P-type conjugative transfer protein VirB9  26.2 
 
 
309 aa  103  2e-21  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.455783  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1680  type IV secretory pathway, VirB9 component  33.23 
 
 
306 aa  103  4e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.338486 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7529  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.1 
 
 
305 aa  102  7e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.110766 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0787  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.78 
 
 
270 aa  99  8e-20  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1481  P-type conjugative transfer protein VirB9  29.51 
 
 
296 aa  96.3  5e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.465895  n/a   
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0044  P-type conjugative transfer protein VirB9  27.48 
 
 
301 aa  95.5  9e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0865  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  33.33 
 
 
315 aa  95.1  1e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0014  conjugal transfer outer membrane protein TraH  28.18 
 
 
259 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3814  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.4 
 
 
231 aa  93.6  3e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.204788 
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0096  pilx9 protein  27.96 
 
 
309 aa  93.6  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.164234  normal  0.522922 
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5022  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.14 
 
 
265 aa  93.2  4e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0116672  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0177  hypothetical protein  29.41 
 
 
250 aa  92.4  7e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0037  cmgB9  23.55 
 
 
295 aa  91.3  1e-17  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7351  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  24.57 
 
 
302 aa  90.1  3e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.280027 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0159  hypothetical protein  28.95 
 
 
250 aa  89.4  7e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3981  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.11 
 
 
231 aa  88.2  1e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.813501  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a017  conjugal transfer protein TraK/VirB9  25.25 
 
 
311 aa  87.4  2e-16  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3646  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.2 
 
 
231 aa  86.3  5e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0387032 
 
 
-
 
NC_002978  WD0005  type IV secretion system protein VirB9  24.63 
 
 
264 aa  83.6  0.000000000000004  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.322927  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0114  P-type conjugative transfer protein VirB9  25.58 
 
 
297 aa  82  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0043  type IV secretion system protein VirB9  26.14 
 
 
273 aa  80.9  0.00000000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4253  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.38 
 
 
270 aa  76.3  0.0000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0021  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  23.94 
 
 
274 aa  75.1  0.000000000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5192  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.22 
 
 
293 aa  75.1  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0164987  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1527  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.22 
 
 
293 aa  75.1  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5236  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.19 
 
 
290 aa  67.8  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.385034  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3696  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.05 
 
 
272 aa  67.8  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.831321 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6300  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.6 
 
 
303 aa  64.3  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4238  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.59 
 
 
280 aa  61.6  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5456  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.31 
 
 
268 aa  59.3  0.00000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0200156 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4755  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  24.71 
 
 
255 aa  58.5  0.0000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5546  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.11 
 
 
291 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0259324 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6570  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.2 
 
 
293 aa  55.8  0.0000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0896  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.64 
 
 
282 aa  53.5  0.000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2447  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  22.54 
 
 
259 aa  54.3  0.000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1005  P-type conjugative transfer protein TrbG  30.53 
 
 
328 aa  53.9  0.000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9259  conjugal transfer protein TrbG  27.62 
 
 
296 aa  53.5  0.000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2825  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  24.81 
 
 
284 aa  52.8  0.000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3498  P-type conjugative transfer protein TrbG  27.01 
 
 
330 aa  51.6  0.00001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2478  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  24.83 
 
 
283 aa  51.6  0.00001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.197669  normal  0.278704 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1187  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.51 
 
 
231 aa  52  0.00001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0959  P-type conjugative transfer protein TrbG  26.84 
 
 
333 aa  51.6  0.00001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1324  P-type conjugative transfer protein TrbG  28.91 
 
 
329 aa  51.2  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.141371  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1903  P-type conjugative transfer protein TrbG  25.86 
 
 
330 aa  51.6  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.11675  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9650  conjugal transfer protein TrbG  27.75 
 
 
273 aa  50.8  0.00003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0266012  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2354  P-type conjugative transfer protein TrbG  28.04 
 
 
312 aa  50.4  0.00003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.557351  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4561  conjugal transfer protein TrbG  27.57 
 
 
279 aa  47.8  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.843427  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2832  P-type conjugative transfer protein TrbG  29.32 
 
 
357 aa  47.8  0.0002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.471623  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3859  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.71 
 
 
328 aa  47  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0174658  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4202  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.81 
 
 
337 aa  47  0.0004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.250287  normal  0.746968 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0691  P-type conjugative transfer protein TrbG  28.31 
 
 
338 aa  46.6  0.0004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30860  TrbG-like protein  26.2 
 
 
329 aa  46.6  0.0005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000570551  unclonable  3.4703699999999997e-22 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2691  P-type conjugative transfer protein TrbG  28.37 
 
 
333 aa  46.2  0.0007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.239793  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2092  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.89 
 
 
339 aa  45.8  0.0008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277798  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1712  P-type conjugative transfer protein TrbG  25.42 
 
 
314 aa  45.8  0.0008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000367277  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1558  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.37 
 
 
333 aa  45.8  0.0009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00584064  normal 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6507  conjugal transfer protein TrbG  28.48 
 
 
299 aa  45.4  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0761422  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1349  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.65 
 
 
330 aa  45.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000992515  normal 
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6630  conjugal transfer protein TrbG  28.48 
 
 
299 aa  45.4  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4269  conjugal transfer protein TrbG  28.48 
 
 
299 aa  45.1  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.166546  normal  0.0145862 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2903  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.4 
 
 
326 aa  45.1  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.369885  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3698  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.88 
 
 
330 aa  45.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.72562  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3220  P-type conjugative transfer protein TrbG  26.75 
 
 
342 aa  45.4  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.000858475  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1186  P-type conjugative transfer protein TrbG  29.02 
 
 
326 aa  45.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3549  P-type conjugative transfer protein TrbG  29.02 
 
 
326 aa  45.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5413  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  23 
 
 
317 aa  45.4  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>