134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9259 on replicon NC_011984
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011984  Avi_9259  conjugal transfer protein TrbG  100 
 
 
296 aa  608  1e-173  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8325  conjugal transfer protein TrbG  84.86 
 
 
284 aa  498  1e-140  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000831167  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5490  conjugal transfer protein TrbG  77.04 
 
 
273 aa  434  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26878  normal 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4561  conjugal transfer protein TrbG  82.59 
 
 
279 aa  423  1e-117  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.843427  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5384  conjugal transfer protein TrbG  75.65 
 
 
270 aa  422  1e-117  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0585815 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9650  conjugal transfer protein TrbG  57.97 
 
 
273 aa  337  1.9999999999999998e-91  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0266012  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4269  conjugal transfer protein TrbG  41.5 
 
 
299 aa  223  2e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.166546  normal  0.0145862 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6507  conjugal transfer protein TrbG  41.5 
 
 
299 aa  222  4.9999999999999996e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0761422  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6630  conjugal transfer protein TrbG  41.5 
 
 
299 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0052  conjugal transfer protein TrbG  43.46 
 
 
295 aa  201  1.9999999999999998e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2230  conjugal transfer protein TrbG  41.55 
 
 
296 aa  196  4.0000000000000005e-49  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.938965  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2996  P-type conjugative transfer protein TrbG  42.38 
 
 
347 aa  170  3e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.646322 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1666  P-type conjugative transfer protein TrbG  37.18 
 
 
338 aa  170  3e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3094  P-type conjugative transfer protein TrbG  42.38 
 
 
355 aa  165  8e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3992  P-type conjugative transfer protein TrbG  41.43 
 
 
350 aa  164  1.0000000000000001e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0363697  normal  0.115635 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0603  P-type conjugative transfer protein TrbG  41.43 
 
 
350 aa  162  8.000000000000001e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0169  P-type conjugative transfer protein TrbG  40.42 
 
 
278 aa  160  2e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.227252  normal  0.244243 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4696  P-type conjugative transfer protein TrbG  32.32 
 
 
292 aa  161  2e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0741  P-type conjugative transfer protein TrbG  41.18 
 
 
341 aa  159  5e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.9588 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2886  P-type conjugative transfer protein TrbG  40.69 
 
 
341 aa  157  2e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.361608  normal  0.174381 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2832  P-type conjugative transfer protein TrbG  40.1 
 
 
357 aa  150  2e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.471623  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3835  P-type conjugative transfer protein TrbG  39.71 
 
 
341 aa  150  3e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.805097  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2478  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  38.68 
 
 
283 aa  149  8e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.197669  normal  0.278704 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3893  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  40.67 
 
 
334 aa  148  9e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.913527  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2034  P-type conjugative transfer protein TrbG  42.64 
 
 
327 aa  148  9e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.466977  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1842  P-type conjugative transfer protein TrbG  41.15 
 
 
339 aa  148  1.0000000000000001e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.254623  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1005  P-type conjugative transfer protein TrbG  36.79 
 
 
328 aa  147  2.0000000000000003e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2354  P-type conjugative transfer protein TrbG  41.71 
 
 
312 aa  145  1e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.557351  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0310  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  38.5 
 
 
343 aa  144  1e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2092  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  39.05 
 
 
339 aa  144  2e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277798  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3533  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  37.8 
 
 
346 aa  143  4e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.567814 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1712  P-type conjugative transfer protein TrbG  40.64 
 
 
314 aa  142  5e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000367277  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7448  putative conjugal transfer protein trbG  40 
 
 
328 aa  142  7e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2606  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  36.84 
 
 
337 aa  141  9.999999999999999e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3699  P-type conjugative transfer protein TrbG  38.76 
 
 
338 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1324  P-type conjugative transfer protein TrbG  39.81 
 
 
329 aa  137  2e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.141371  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0959  P-type conjugative transfer protein TrbG  37.74 
 
 
333 aa  134  1.9999999999999998e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2510  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  32.11 
 
 
260 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.108506  normal  0.474909 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2576  conjugal transfer lipoprotein TrbG  39.32 
 
 
334 aa  133  3e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.515987  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1290  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  40.44 
 
 
330 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3498  P-type conjugative transfer protein TrbG  40 
 
 
330 aa  133  5e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2316  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  35.89 
 
 
318 aa  132  5e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.012474  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2012  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  38.8 
 
 
334 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.62042  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2358  P-type conjugative transfer protein TrbG  38.8 
 
 
333 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.104041  normal  0.534378 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5215  P-type conjugative transfer protein TrbG  34.59 
 
 
355 aa  131  1.0000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2652  P-type conjugative transfer protein TrbG  41.24 
 
 
331 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.190943  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4202  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  39.34 
 
 
337 aa  130  2.0000000000000002e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.250287  normal  0.746968 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0430  P-type conjugative transfer protein TrbG  40 
 
 
329 aa  130  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.127006  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2275  P-type conjugative transfer protein TrbG  32.86 
 
 
266 aa  131  2.0000000000000002e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.210021  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30860  TrbG-like protein  40 
 
 
329 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000570551  unclonable  3.4703699999999997e-22 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35640  P-type conjugative transfer protein TrbG  40.68 
 
 
298 aa  129  4.0000000000000003e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0847602  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2691  P-type conjugative transfer protein TrbG  37.73 
 
 
333 aa  129  5.0000000000000004e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.239793  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3859  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  36.36 
 
 
328 aa  129  7.000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0174658  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3698  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  39.5 
 
 
330 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.72562  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2903  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  40 
 
 
326 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.369885  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7749  putative conjugal transfer protein trbG  35.1 
 
 
298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.359845  normal  0.0621057 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1558  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  39 
 
 
333 aa  127  3e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00584064  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1903  P-type conjugative transfer protein TrbG  38.81 
 
 
330 aa  127  3e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.11675  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1349  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  39 
 
 
330 aa  126  4.0000000000000003e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000992515  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0734  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  39.55 
 
 
334 aa  126  5e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.515891  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1186  P-type conjugative transfer protein TrbG  32.54 
 
 
326 aa  124  1e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3549  P-type conjugative transfer protein TrbG  32.54 
 
 
326 aa  124  1e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1147  P-type conjugative transfer protein TrbG  36.89 
 
 
293 aa  124  2e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0501  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  34.12 
 
 
326 aa  123  3e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0741964  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1507  conjugal transfer protein trbG  38.43 
 
 
327 aa  123  4e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642267  normal  0.552151 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2344  P-type conjugative transfer protein TrbG  34.72 
 
 
348 aa  122  7e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3372  putative conjugal transfer protein trbG  38.57 
 
 
315 aa  121  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.207123  normal  0.974636 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0691  P-type conjugative transfer protein TrbG  33.97 
 
 
338 aa  121  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0148  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  34.6 
 
 
334 aa  118  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.51257  normal 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5368  P-type conjugative transfer protein TrbG  33.33 
 
 
345 aa  112  5e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.151828  normal  0.266795 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3220  P-type conjugative transfer protein TrbG  33.65 
 
 
342 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.000858475  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1476  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  31.9 
 
 
342 aa  110  2.0000000000000002e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.278158  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3202  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  33.01 
 
 
347 aa  110  2.0000000000000002e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.243978  normal 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6300  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  32.34 
 
 
303 aa  100  3e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5192  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  32.07 
 
 
293 aa  96.7  4e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0164987  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1527  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  32.07 
 
 
293 aa  96.7  4e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4755  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  35.63 
 
 
255 aa  95.9  8e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5236  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.84 
 
 
290 aa  90.9  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.385034  normal 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6570  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  31.72 
 
 
293 aa  89  8e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4253  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.1 
 
 
270 aa  88.6  1e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4172  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.69 
 
 
269 aa  84  0.000000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.403674  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3814  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  31.71 
 
 
231 aa  82.4  0.000000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.204788 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5456  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.95 
 
 
268 aa  82  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0200156 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3981  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.89 
 
 
231 aa  81.3  0.00000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.813501  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3646  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.9 
 
 
231 aa  80.5  0.00000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0387032 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4557  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.17 
 
 
269 aa  80.1  0.00000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.630159  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6399  P-type conjugative transfer protein VirB9  30.26 
 
 
269 aa  79.7  0.00000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.474869  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5546  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.63 
 
 
291 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0259324 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4439  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.55 
 
 
267 aa  79.3  0.00000000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9813  type IV secretion protein AvhB9  29.47 
 
 
269 aa  79  0.00000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0210  type IV secretion system protein VirB9  30.56 
 
 
266 aa  79  0.0000000000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.332036  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6212  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.57 
 
 
277 aa  78.6  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0737983 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1187  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.67 
 
 
231 aa  74.7  0.000000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1104  hypothetical protein  28.27 
 
 
260 aa  72  0.00000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0896  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.96 
 
 
282 aa  70.9  0.00000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3696  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.78 
 
 
272 aa  67  0.0000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.831321 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0257  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.24 
 
 
366 aa  62  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.513383  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7529  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.52 
 
 
305 aa  62  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.110766 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1393  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.15 
 
 
371 aa  61.2  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5820  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.09 
 
 
280 aa  60.8  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>