129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_3549 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_1186  P-type conjugative transfer protein TrbG  100 
 
 
326 aa  657    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3549  P-type conjugative transfer protein TrbG  100 
 
 
326 aa  657    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2316  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  78.66 
 
 
318 aa  513  1e-144  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.012474  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0501  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  80.98 
 
 
326 aa  501  1e-141  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0741964  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3220  P-type conjugative transfer protein TrbG  76.95 
 
 
342 aa  492  9.999999999999999e-139  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.000858475  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3859  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  74.85 
 
 
328 aa  489  1e-137  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0174658  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0691  P-type conjugative transfer protein TrbG  77.16 
 
 
338 aa  476  1e-133  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1476  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  69.75 
 
 
342 aa  462  1e-129  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.278158  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7749  putative conjugal transfer protein trbG  78.52 
 
 
298 aa  456  1e-127  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.359845  normal  0.0621057 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0148  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  70.83 
 
 
334 aa  434  1e-121  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.51257  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3202  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  67.94 
 
 
347 aa  407  1.0000000000000001e-112  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.243978  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3372  putative conjugal transfer protein trbG  64.52 
 
 
315 aa  400  9.999999999999999e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.207123  normal  0.974636 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1507  conjugal transfer protein trbG  57.67 
 
 
327 aa  389  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642267  normal  0.552151 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2996  P-type conjugative transfer protein TrbG  53.13 
 
 
347 aa  338  5e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.646322 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2832  P-type conjugative transfer protein TrbG  51.61 
 
 
357 aa  335  3.9999999999999995e-91  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.471623  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3992  P-type conjugative transfer protein TrbG  51.48 
 
 
350 aa  335  5.999999999999999e-91  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0363697  normal  0.115635 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3835  P-type conjugative transfer protein TrbG  51.91 
 
 
341 aa  335  5.999999999999999e-91  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.805097  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2886  P-type conjugative transfer protein TrbG  52.63 
 
 
341 aa  334  9e-91  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.361608  normal  0.174381 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3533  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  54.6 
 
 
346 aa  334  2e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.567814 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0741  P-type conjugative transfer protein TrbG  52.34 
 
 
341 aa  333  3e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.9588 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0603  P-type conjugative transfer protein TrbG  52.24 
 
 
350 aa  332  5e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3893  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  52.4 
 
 
334 aa  331  8e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.913527  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1005  P-type conjugative transfer protein TrbG  53.87 
 
 
328 aa  330  2e-89  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3094  P-type conjugative transfer protein TrbG  54.22 
 
 
355 aa  322  4e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7448  putative conjugal transfer protein trbG  54.85 
 
 
328 aa  322  7e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2092  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  52.01 
 
 
339 aa  318  1e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277798  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3699  P-type conjugative transfer protein TrbG  51.63 
 
 
338 aa  311  1e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0959  P-type conjugative transfer protein TrbG  50.6 
 
 
333 aa  305  5.0000000000000004e-82  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0310  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  55.64 
 
 
343 aa  286  2.9999999999999996e-76  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2606  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  50.46 
 
 
337 aa  280  2e-74  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3498  P-type conjugative transfer protein TrbG  49.24 
 
 
330 aa  280  3e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2691  P-type conjugative transfer protein TrbG  48.63 
 
 
333 aa  273  4.0000000000000004e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.239793  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2652  P-type conjugative transfer protein TrbG  49.39 
 
 
331 aa  273  4.0000000000000004e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.190943  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2478  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  52.96 
 
 
283 aa  272  5.000000000000001e-72  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.197669  normal  0.278704 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2576  conjugal transfer lipoprotein TrbG  48.18 
 
 
334 aa  271  1e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.515987  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2012  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  48.63 
 
 
334 aa  271  1e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.62042  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0734  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  48.63 
 
 
334 aa  269  4e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.515891  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1903  P-type conjugative transfer protein TrbG  47.72 
 
 
330 aa  268  8.999999999999999e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.11675  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4202  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  46.08 
 
 
337 aa  268  1e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.250287  normal  0.746968 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2903  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  48.16 
 
 
326 aa  266  4e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.369885  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2358  P-type conjugative transfer protein TrbG  48.17 
 
 
333 aa  264  2e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.104041  normal  0.534378 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3698  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  46.47 
 
 
330 aa  263  4e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.72562  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1290  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  48.87 
 
 
330 aa  260  2e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1349  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  46.57 
 
 
330 aa  258  7e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000992515  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1558  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  48.72 
 
 
333 aa  258  7e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00584064  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1324  P-type conjugative transfer protein TrbG  43.92 
 
 
329 aa  258  8e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.141371  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30860  TrbG-like protein  48.17 
 
 
329 aa  255  7e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000570551  unclonable  3.4703699999999997e-22 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0430  P-type conjugative transfer protein TrbG  47.77 
 
 
329 aa  254  1.0000000000000001e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.127006  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1842  P-type conjugative transfer protein TrbG  46.58 
 
 
339 aa  251  8.000000000000001e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.254623  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2034  P-type conjugative transfer protein TrbG  47.19 
 
 
327 aa  248  7e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.466977  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35640  P-type conjugative transfer protein TrbG  52.03 
 
 
298 aa  246  4.9999999999999997e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0847602  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1147  P-type conjugative transfer protein TrbG  43.91 
 
 
293 aa  223  2e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0169  P-type conjugative transfer protein TrbG  47.68 
 
 
278 aa  219  6e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.227252  normal  0.244243 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2354  P-type conjugative transfer protein TrbG  37.62 
 
 
312 aa  209  4e-53  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.557351  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1712  P-type conjugative transfer protein TrbG  41.37 
 
 
314 aa  192  8e-48  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000367277  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2275  P-type conjugative transfer protein TrbG  46.02 
 
 
266 aa  186  6e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.210021  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5215  P-type conjugative transfer protein TrbG  39.23 
 
 
355 aa  173  2.9999999999999996e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5368  P-type conjugative transfer protein TrbG  38 
 
 
345 aa  166  5.9999999999999996e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.151828  normal  0.266795 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2344  P-type conjugative transfer protein TrbG  36.28 
 
 
348 aa  137  2e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9650  conjugal transfer protein TrbG  34.62 
 
 
273 aa  129  7.000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0266012  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9259  conjugal transfer protein TrbG  32.54 
 
 
296 aa  124  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8325  conjugal transfer protein TrbG  33.49 
 
 
284 aa  122  8e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000831167  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6507  conjugal transfer protein TrbG  34.62 
 
 
299 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0761422  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6630  conjugal transfer protein TrbG  34.62 
 
 
299 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5490  conjugal transfer protein TrbG  32.54 
 
 
273 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26878  normal 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2230  conjugal transfer protein TrbG  34.5 
 
 
296 aa  120  4.9999999999999996e-26  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.938965  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1666  P-type conjugative transfer protein TrbG  33.18 
 
 
338 aa  118  9.999999999999999e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4269  conjugal transfer protein TrbG  34.19 
 
 
299 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.166546  normal  0.0145862 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5384  conjugal transfer protein TrbG  31.88 
 
 
270 aa  116  6e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0585815 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0052  conjugal transfer protein TrbG  33.64 
 
 
295 aa  115  7.999999999999999e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4561  conjugal transfer protein TrbG  31.9 
 
 
279 aa  114  3e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.843427  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4696  P-type conjugative transfer protein TrbG  27.68 
 
 
292 aa  100  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1187  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.32 
 
 
231 aa  89.7  5e-17  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2510  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.12 
 
 
260 aa  88.6  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.108506  normal  0.474909 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0896  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.76 
 
 
282 aa  85.9  9e-16  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5236  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  23.98 
 
 
290 aa  81.3  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.385034  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5456  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.36 
 
 
268 aa  81.3  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0200156 
 
 
-
 
NC_002978  WD1104  hypothetical protein  24.18 
 
 
260 aa  78.2  0.0000000000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4557  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.69 
 
 
269 aa  75.1  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.630159  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0210  type IV secretion system protein VirB9  29.21 
 
 
266 aa  72.8  0.000000000008  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.332036  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4172  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.58 
 
 
269 aa  72.8  0.000000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.403674  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6212  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.21 
 
 
277 aa  72  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0737983 
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5022  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.67 
 
 
265 aa  71.2  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0116672  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4439  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.23 
 
 
267 aa  70.5  0.00000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4755  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  31.29 
 
 
255 aa  69.7  0.00000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0787  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  22.92 
 
 
270 aa  68.9  0.0000000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0219  type IV secretion system protein, VirB9  22.5 
 
 
270 aa  68.9  0.0000000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1143  P-type conjugative transfer protein VirB9  28.22 
 
 
257 aa  67.4  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9813  type IV secretion protein AvhB9  27.7 
 
 
269 aa  67  0.0000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7529  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.46 
 
 
305 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.110766 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6570  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.05 
 
 
293 aa  66.2  0.0000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6399  P-type conjugative transfer protein VirB9  25.36 
 
 
269 aa  66.2  0.0000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.474869  normal 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3814  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.65 
 
 
231 aa  63.9  0.000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.204788 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0177  hypothetical protein  27.67 
 
 
250 aa  63.5  0.000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6331  P-type conjugative transfer protein VirB9  26.45 
 
 
292 aa  63.9  0.000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0159  hypothetical protein  27.18 
 
 
250 aa  63.2  0.000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08207  conjugal transfer outer membrane protein TraH  28.72 
 
 
255 aa  62.8  0.000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0061  type IV secretion system protein VirB9  26.81 
 
 
289 aa  62  0.00000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2825  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  24.58 
 
 
284 aa  62  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0056  P-type conjugative transfer protein VirB9  26.81 
 
 
289 aa  62  0.00000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>