143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3981 on replicon NC_009957
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009957  Dshi_3981  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  100 
 
 
231 aa  465  9.999999999999999e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.813501  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3646  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  95.63 
 
 
231 aa  436  1e-121  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0387032 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3814  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  89.43 
 
 
231 aa  415  9.999999999999999e-116  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.204788 
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0026  conjugal transfer outer membrane protein  30.87 
 
 
262 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5003  P-type conjugative transfer protein VirB9  33.21 
 
 
285 aa  112  7.000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.341175  normal  0.712653 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1143  P-type conjugative transfer protein VirB9  33.77 
 
 
257 aa  111  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4439  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  31.03 
 
 
267 aa  106  3e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0168  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  32.1 
 
 
281 aa  105  5e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.313192 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4172  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.93 
 
 
269 aa  105  7e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.403674  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1760  putative type IV secretion system protein VirB9  30.5 
 
 
278 aa  103  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0566153  normal  0.26092 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2651  putative type IV secretion system protein VirB9  29.84 
 
 
278 aa  102  6e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0400031  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6212  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.51 
 
 
277 aa  101  8e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0737983 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6499  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.33 
 
 
276 aa  100  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0454  putative type IV secretion system protein VirB9  30.94 
 
 
278 aa  100  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6399  P-type conjugative transfer protein VirB9  30.26 
 
 
269 aa  93.2  3e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.474869  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5080  P-type conjugative transfer protein VirB9  28.69 
 
 
286 aa  92.8  4e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674824  normal  0.494537 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4557  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.41 
 
 
269 aa  92  6e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.630159  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9813  type IV secretion protein AvhB9  30.56 
 
 
269 aa  92  6e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0037  cmgB9  24.72 
 
 
295 aa  90.9  1e-17  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0787  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.8 
 
 
270 aa  90.9  2e-17  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0683  P-type conjugative transfer protein VirB9  28.21 
 
 
286 aa  90.1  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.541424  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0159  hypothetical protein  30.33 
 
 
250 aa  87.8  1e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4847  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.22 
 
 
274 aa  88.2  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3319  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.22 
 
 
274 aa  88.2  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0219  type IV secretion system protein, VirB9  29.44 
 
 
270 aa  87.4  2e-16  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08207  conjugal transfer outer membrane protein TraH  28.7 
 
 
255 aa  86.7  3e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4196  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.22 
 
 
274 aa  85.9  4e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.258229  normal  0.907108 
 
 
-
 
NC_002978  WD1104  hypothetical protein  28.68 
 
 
260 aa  85.5  6e-16  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0177  hypothetical protein  29.86 
 
 
250 aa  84.7  0.000000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7529  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.19 
 
 
305 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.110766 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0210  type IV secretion system protein VirB9  33.17 
 
 
266 aa  83.6  0.000000000000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.332036  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0250  Type IV secretory pathway AvhB9 protein  27.71 
 
 
283 aa  83.2  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.729526 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4340  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.89 
 
 
285 aa  82.8  0.000000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0413275  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9650  conjugal transfer protein TrbG  26.32 
 
 
273 aa  81.3  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0266012  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0175  P-type conjugative transfer protein VirB9  22.86 
 
 
309 aa  81.3  0.00000000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.455783  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5490  conjugal transfer protein TrbG  27.78 
 
 
273 aa  81.3  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26878  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9259  conjugal transfer protein TrbG  28.89 
 
 
296 aa  81.3  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5236  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  24.91 
 
 
290 aa  80.9  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.385034  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8325  conjugal transfer protein TrbG  29.12 
 
 
284 aa  80.5  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000831167  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5384  conjugal transfer protein TrbG  29.82 
 
 
270 aa  80.1  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0585815 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4561  conjugal transfer protein TrbG  29.07 
 
 
279 aa  79.3  0.00000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.843427  n/a   
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0014  conjugal transfer outer membrane protein TraH  25.85 
 
 
259 aa  77  0.0000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0061  type IV secretion system protein VirB9  29.02 
 
 
289 aa  76.6  0.0000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0056  P-type conjugative transfer protein VirB9  29.02 
 
 
289 aa  76.6  0.0000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0742  type IV secretion system protein VirB9  25.47 
 
 
240 aa  76.3  0.0000000000004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.11776  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4371  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.27 
 
 
283 aa  76.3  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0044  P-type conjugative transfer protein VirB9  27.01 
 
 
301 aa  75.9  0.0000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8220  type IV secretion system protein VirB9  26.14 
 
 
292 aa  74.7  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.514909  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5820  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.73 
 
 
280 aa  74.7  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a017  conjugal transfer protein TraK/VirB9  25 
 
 
311 aa  73.6  0.000000000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6331  P-type conjugative transfer protein VirB9  28.1 
 
 
292 aa  71.6  0.000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0096  pilx9 protein  23.57 
 
 
309 aa  70.5  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.164234  normal  0.522922 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6154  type IV secretion system protein VirB9  25.75 
 
 
293 aa  70.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.208035  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1527  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  32.2 
 
 
293 aa  70.5  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5192  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  32.2 
 
 
293 aa  70.5  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0164987  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1481  P-type conjugative transfer protein VirB9  25.55 
 
 
296 aa  68.6  0.00000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.465895  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0114  P-type conjugative transfer protein VirB9  27.21 
 
 
297 aa  68.6  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0043  type IV secretion system protein VirB9  23.4 
 
 
273 aa  68.2  0.00000000009  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0005  type IV secretion system protein VirB9  24.31 
 
 
264 aa  68.2  0.0000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.322927  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4755  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  24.29 
 
 
255 aa  67.4  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3527  type IV secretion system protein VirB9  27.73 
 
 
296 aa  66.6  0.0000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5022  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.83 
 
 
265 aa  65.9  0.0000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0116672  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0052  conjugal transfer protein TrbG  28.11 
 
 
295 aa  65.1  0.0000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1147  P-type conjugative transfer protein TrbG  27.33 
 
 
293 aa  64.7  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1842  P-type conjugative transfer protein TrbG  31.06 
 
 
339 aa  63.9  0.000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.254623  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0021  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  22.61 
 
 
274 aa  63.2  0.000000003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5456  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  23.83 
 
 
268 aa  62.4  0.000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0200156 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7351  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  24.73 
 
 
302 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.280027 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3859  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.1 
 
 
328 aa  62  0.000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0174658  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6300  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.57 
 
 
303 aa  61.6  0.000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4253  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.32 
 
 
270 aa  61.2  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1680  type IV secretory pathway, VirB9 component  25.36 
 
 
306 aa  61.6  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.338486 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4269  conjugal transfer protein TrbG  26.19 
 
 
299 aa  60.5  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.166546  normal  0.0145862 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6570  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.33 
 
 
293 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6507  conjugal transfer protein TrbG  26.19 
 
 
299 aa  60.1  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0761422  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0501  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.75 
 
 
326 aa  60.1  0.00000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0741964  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6630  conjugal transfer protein TrbG  26.19 
 
 
299 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5215  P-type conjugative transfer protein TrbG  28.31 
 
 
355 aa  59.7  0.00000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3498  P-type conjugative transfer protein TrbG  24.84 
 
 
330 aa  59.7  0.00000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1903  P-type conjugative transfer protein TrbG  24.22 
 
 
330 aa  59.3  0.00000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.11675  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2316  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.58 
 
 
318 aa  57.8  0.0000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.012474  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1186  P-type conjugative transfer protein TrbG  27.05 
 
 
326 aa  58.2  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3549  P-type conjugative transfer protein TrbG  27.05 
 
 
326 aa  58.2  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0148  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.93 
 
 
334 aa  57.4  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.51257  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5546  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.32 
 
 
291 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0259324 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2034  P-type conjugative transfer protein TrbG  24.84 
 
 
327 aa  57.4  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.466977  normal 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2354  P-type conjugative transfer protein TrbG  26.95 
 
 
312 aa  56.6  0.0000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.557351  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0169  P-type conjugative transfer protein TrbG  26.74 
 
 
278 aa  56.2  0.0000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.227252  normal  0.244243 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1324  P-type conjugative transfer protein TrbG  24.84 
 
 
329 aa  56.2  0.0000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.141371  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2652  P-type conjugative transfer protein TrbG  22.36 
 
 
331 aa  55.8  0.0000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.190943  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30860  TrbG-like protein  22.98 
 
 
329 aa  55.8  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000570551  unclonable  3.4703699999999997e-22 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2691  P-type conjugative transfer protein TrbG  22.36 
 
 
333 aa  55.8  0.0000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.239793  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2447  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.25 
 
 
259 aa  55.8  0.0000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2344  P-type conjugative transfer protein TrbG  24.74 
 
 
348 aa  55.5  0.0000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1290  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  22.98 
 
 
330 aa  55.5  0.0000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3698  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  22.36 
 
 
330 aa  55.5  0.0000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.72562  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1349  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  24.22 
 
 
330 aa  55.1  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000992515  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0430  P-type conjugative transfer protein TrbG  22.36 
 
 
329 aa  54.3  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.127006  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0865  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.97 
 
 
315 aa  54.3  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2230  conjugal transfer protein TrbG  24.12 
 
 
296 aa  54.7  0.000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.938965  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>