138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4755 on replicon NC_012855
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012855  Rpic12D_4755  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  100 
 
 
255 aa  521  1e-147  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5236  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  40.47 
 
 
290 aa  192  5e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.385034  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5456  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  41.34 
 
 
268 aa  186  2e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0200156 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4253  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  37.21 
 
 
270 aa  154  1e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2825  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  33.1 
 
 
284 aa  136  4e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6300  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  35.78 
 
 
303 aa  128  7.000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5192  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  33.49 
 
 
293 aa  119  3.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0164987  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1527  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  33.49 
 
 
293 aa  119  3.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5546  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  33.48 
 
 
291 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0259324 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6570  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  32.05 
 
 
293 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0210  type IV secretion system protein VirB9  29.29 
 
 
266 aa  97.4  2e-19  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.332036  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4561  conjugal transfer protein TrbG  35.47 
 
 
279 aa  96.3  4e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.843427  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9259  conjugal transfer protein TrbG  35.63 
 
 
296 aa  95.9  6e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2996  P-type conjugative transfer protein TrbG  30.48 
 
 
347 aa  91.3  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.646322 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8325  conjugal transfer protein TrbG  34.86 
 
 
284 aa  90.9  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000831167  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2832  P-type conjugative transfer protein TrbG  29.73 
 
 
357 aa  90.1  3e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.471623  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4439  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.4 
 
 
267 aa  90.1  3e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1005  P-type conjugative transfer protein TrbG  34.88 
 
 
328 aa  90.1  3e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5490  conjugal transfer protein TrbG  33.72 
 
 
273 aa  89.4  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26878  normal 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5008  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.92 
 
 
317 aa  89.4  6e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.116389  normal 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5413  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.92 
 
 
317 aa  89  7e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0169  P-type conjugative transfer protein TrbG  29.13 
 
 
278 aa  88.2  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.227252  normal  0.244243 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3992  P-type conjugative transfer protein TrbG  30.05 
 
 
350 aa  88.6  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0363697  normal  0.115635 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0603  P-type conjugative transfer protein TrbG  29.86 
 
 
350 aa  87  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2092  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.84 
 
 
339 aa  85.9  6e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277798  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2606  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  33.33 
 
 
337 aa  85.5  7e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5384  conjugal transfer protein TrbG  31.64 
 
 
270 aa  85.5  8e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0585815 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3533  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  31.38 
 
 
346 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.567814 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3094  P-type conjugative transfer protein TrbG  30.48 
 
 
355 aa  84.7  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5215  P-type conjugative transfer protein TrbG  27.6 
 
 
355 aa  84.7  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0310  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.03 
 
 
343 aa  84.3  0.000000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1104  hypothetical protein  27.34 
 
 
260 aa  83.6  0.000000000000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6212  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.92 
 
 
277 aa  83.6  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0737983 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2034  P-type conjugative transfer protein TrbG  33.52 
 
 
327 aa  82.8  0.000000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.466977  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3893  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.18 
 
 
334 aa  82.4  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.913527  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1712  P-type conjugative transfer protein TrbG  27.68 
 
 
314 aa  82  0.000000000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000367277  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1842  P-type conjugative transfer protein TrbG  27.78 
 
 
339 aa  82  0.000000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.254623  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2478  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.14 
 
 
283 aa  81.3  0.00000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.197669  normal  0.278704 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4696  P-type conjugative transfer protein TrbG  26.72 
 
 
292 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1903  P-type conjugative transfer protein TrbG  32.77 
 
 
330 aa  80.5  0.00000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.11675  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1187  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.81 
 
 
231 aa  80.1  0.00000000000004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4172  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.45 
 
 
269 aa  79.7  0.00000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.403674  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7448  putative conjugal transfer protein trbG  28.25 
 
 
328 aa  79.3  0.00000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6399  P-type conjugative transfer protein VirB9  27.2 
 
 
269 aa  79.3  0.00000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.474869  normal 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9650  conjugal transfer protein TrbG  26.07 
 
 
273 aa  79.7  0.00000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0266012  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2354  P-type conjugative transfer protein TrbG  27.31 
 
 
312 aa  79.3  0.00000000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.557351  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0741  P-type conjugative transfer protein TrbG  31.72 
 
 
341 aa  78.2  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.9588 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1666  P-type conjugative transfer protein TrbG  28.51 
 
 
338 aa  78.6  0.0000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5368  P-type conjugative transfer protein TrbG  26.52 
 
 
345 aa  78.2  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.151828  normal  0.266795 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2886  P-type conjugative transfer protein TrbG  31.18 
 
 
341 aa  77.4  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.361608  normal  0.174381 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3835  P-type conjugative transfer protein TrbG  28.38 
 
 
341 aa  77.4  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.805097  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0959  P-type conjugative transfer protein TrbG  33.71 
 
 
333 aa  76.3  0.0000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4557  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.16 
 
 
269 aa  76.3  0.0000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.630159  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2230  conjugal transfer protein TrbG  28.57 
 
 
296 aa  75.5  0.0000000000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.938965  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1324  P-type conjugative transfer protein TrbG  30.54 
 
 
329 aa  74.7  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.141371  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6507  conjugal transfer protein TrbG  29.1 
 
 
299 aa  74.7  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0761422  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6630  conjugal transfer protein TrbG  29.1 
 
 
299 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3699  P-type conjugative transfer protein TrbG  28.97 
 
 
338 aa  73.9  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2316  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.83 
 
 
318 aa  73.2  0.000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.012474  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5003  P-type conjugative transfer protein VirB9  27.13 
 
 
285 aa  72.8  0.000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.341175  normal  0.712653 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4340  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.9 
 
 
285 aa  72.4  0.000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0413275  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0148  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  31.32 
 
 
334 aa  72  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.51257  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0896  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.93 
 
 
282 aa  71.2  0.00000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4269  conjugal transfer protein TrbG  28.57 
 
 
299 aa  71.6  0.00000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.166546  normal  0.0145862 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1476  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  33.73 
 
 
342 aa  70.9  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.278158  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4238  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.51 
 
 
280 aa  70.5  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9813  type IV secretion protein AvhB9  26.59 
 
 
269 aa  70.5  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2275  P-type conjugative transfer protein TrbG  25.81 
 
 
266 aa  70.9  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.210021  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3859  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.22 
 
 
328 aa  70.5  0.00000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0174658  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1290  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.77 
 
 
330 aa  69.3  0.00000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1186  P-type conjugative transfer protein TrbG  31.29 
 
 
326 aa  69.7  0.00000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3549  P-type conjugative transfer protein TrbG  31.29 
 
 
326 aa  69.7  0.00000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3646  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.31 
 
 
231 aa  68.9  0.00000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0387032 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1147  P-type conjugative transfer protein TrbG  29.9 
 
 
293 aa  68.6  0.00000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2576  conjugal transfer lipoprotein TrbG  30.95 
 
 
334 aa  68.6  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.515987  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4202  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.54 
 
 
337 aa  68.2  0.0000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.250287  normal  0.746968 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7529  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.72 
 
 
305 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.110766 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3498  P-type conjugative transfer protein TrbG  30.12 
 
 
330 aa  67.8  0.0000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1143  P-type conjugative transfer protein VirB9  27.11 
 
 
257 aa  67.4  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1349  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.89 
 
 
330 aa  67.4  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000992515  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0501  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.57 
 
 
326 aa  67.8  0.0000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0741964  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3372  putative conjugal transfer protein trbG  29.41 
 
 
315 aa  67.4  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.207123  normal  0.974636 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3981  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  24.29 
 
 
231 aa  67.4  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.813501  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0159  hypothetical protein  26.48 
 
 
250 aa  67  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0014  conjugal transfer outer membrane protein TraH  26.94 
 
 
259 aa  66.6  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4847  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.29 
 
 
274 aa  67  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3319  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.29 
 
 
274 aa  67  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3696  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.86 
 
 
272 aa  67  0.0000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.831321 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0052  conjugal transfer protein TrbG  30.17 
 
 
295 aa  67  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1558  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  32.34 
 
 
333 aa  66.6  0.0000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00584064  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1507  conjugal transfer protein trbG  27.75 
 
 
327 aa  66.6  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642267  normal  0.552151 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3698  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  31.93 
 
 
330 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.72562  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0691  P-type conjugative transfer protein TrbG  28.9 
 
 
338 aa  66.2  0.0000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0177  hypothetical protein  25.79 
 
 
250 aa  66.2  0.0000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2012  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.86 
 
 
334 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.62042  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0734  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  31.74 
 
 
334 aa  65.9  0.0000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.515891  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0683  P-type conjugative transfer protein VirB9  26.25 
 
 
286 aa  65.9  0.0000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.541424  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2358  P-type conjugative transfer protein TrbG  31.87 
 
 
333 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.104041  normal  0.534378 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3814  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.52 
 
 
231 aa  65.5  0.0000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.204788 
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0026  conjugal transfer outer membrane protein  24.23 
 
 
262 aa  64.7  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>