132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0148 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_0148  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  100 
 
 
334 aa  669    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.51257  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3202  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  87.93 
 
 
347 aa  521  1e-147  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.243978  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3220  P-type conjugative transfer protein TrbG  72.04 
 
 
342 aa  465  9.999999999999999e-131  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.000858475  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2316  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  72.12 
 
 
318 aa  457  1e-127  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.012474  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1476  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  70.75 
 
 
342 aa  454  1e-127  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.278158  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1186  P-type conjugative transfer protein TrbG  70.83 
 
 
326 aa  449  1e-125  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3549  P-type conjugative transfer protein TrbG  70.83 
 
 
326 aa  449  1e-125  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3859  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  73.31 
 
 
328 aa  439  9.999999999999999e-123  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0174658  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0691  P-type conjugative transfer protein TrbG  74.5 
 
 
338 aa  431  1e-120  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0501  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  71.88 
 
 
326 aa  414  1e-114  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0741964  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7749  putative conjugal transfer protein trbG  71.72 
 
 
298 aa  401  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.359845  normal  0.0621057 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1507  conjugal transfer protein trbG  58.75 
 
 
327 aa  369  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642267  normal  0.552151 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3372  putative conjugal transfer protein trbG  60.66 
 
 
315 aa  363  2e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.207123  normal  0.974636 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3533  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  55.35 
 
 
346 aa  324  1e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.567814 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3992  P-type conjugative transfer protein TrbG  52.58 
 
 
350 aa  321  9.999999999999999e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0363697  normal  0.115635 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3835  P-type conjugative transfer protein TrbG  53.05 
 
 
341 aa  320  1.9999999999999998e-86  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.805097  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0741  P-type conjugative transfer protein TrbG  52.85 
 
 
341 aa  319  5e-86  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.9588 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2886  P-type conjugative transfer protein TrbG  52.25 
 
 
341 aa  318  6e-86  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.361608  normal  0.174381 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0603  P-type conjugative transfer protein TrbG  53.37 
 
 
350 aa  318  7e-86  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2996  P-type conjugative transfer protein TrbG  51.53 
 
 
347 aa  317  2e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.646322 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1005  P-type conjugative transfer protein TrbG  54.18 
 
 
328 aa  314  9.999999999999999e-85  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2832  P-type conjugative transfer protein TrbG  51.53 
 
 
357 aa  314  9.999999999999999e-85  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.471623  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3893  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  50.9 
 
 
334 aa  313  2.9999999999999996e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.913527  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2092  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  51.85 
 
 
339 aa  310  2e-83  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277798  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0959  P-type conjugative transfer protein TrbG  53 
 
 
333 aa  305  6e-82  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3094  P-type conjugative transfer protein TrbG  53.92 
 
 
355 aa  305  6e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7448  putative conjugal transfer protein trbG  55.41 
 
 
328 aa  302  7.000000000000001e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3699  P-type conjugative transfer protein TrbG  52.11 
 
 
338 aa  301  1e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2606  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  51.95 
 
 
337 aa  295  6e-79  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3498  P-type conjugative transfer protein TrbG  50.61 
 
 
330 aa  283  2.0000000000000002e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0310  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  54.26 
 
 
343 aa  279  6e-74  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2576  conjugal transfer lipoprotein TrbG  48.64 
 
 
334 aa  273  3e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.515987  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2358  P-type conjugative transfer protein TrbG  51.09 
 
 
333 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.104041  normal  0.534378 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2012  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  50.31 
 
 
334 aa  272  6e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.62042  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0734  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  47.9 
 
 
334 aa  271  1e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.515891  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2691  P-type conjugative transfer protein TrbG  48.04 
 
 
333 aa  270  2e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.239793  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1903  P-type conjugative transfer protein TrbG  47.01 
 
 
330 aa  270  2.9999999999999997e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.11675  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4202  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  46.39 
 
 
337 aa  269  4e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.250287  normal  0.746968 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2903  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  49.09 
 
 
326 aa  269  5e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.369885  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0430  P-type conjugative transfer protein TrbG  50.16 
 
 
329 aa  269  5.9999999999999995e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.127006  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2652  P-type conjugative transfer protein TrbG  49.7 
 
 
331 aa  268  8.999999999999999e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.190943  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1324  P-type conjugative transfer protein TrbG  47.84 
 
 
329 aa  265  5.999999999999999e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.141371  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30860  TrbG-like protein  48.88 
 
 
329 aa  263  4e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000570551  unclonable  3.4703699999999997e-22 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2478  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  52.31 
 
 
283 aa  262  4.999999999999999e-69  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.197669  normal  0.278704 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3698  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  46.71 
 
 
330 aa  262  8e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.72562  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1349  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  46.41 
 
 
330 aa  261  8.999999999999999e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000992515  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1558  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  49.68 
 
 
333 aa  261  1e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00584064  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1290  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  50 
 
 
330 aa  260  3e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35640  P-type conjugative transfer protein TrbG  51.72 
 
 
298 aa  255  9e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0847602  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1842  P-type conjugative transfer protein TrbG  46.89 
 
 
339 aa  252  5.000000000000001e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.254623  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2034  P-type conjugative transfer protein TrbG  52.73 
 
 
327 aa  243  3e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.466977  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0169  P-type conjugative transfer protein TrbG  49.79 
 
 
278 aa  227  2e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.227252  normal  0.244243 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1147  P-type conjugative transfer protein TrbG  42.68 
 
 
293 aa  210  3e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2354  P-type conjugative transfer protein TrbG  37.91 
 
 
312 aa  198  9e-50  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.557351  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1712  P-type conjugative transfer protein TrbG  45.49 
 
 
314 aa  192  5e-48  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000367277  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2275  P-type conjugative transfer protein TrbG  45.34 
 
 
266 aa  185  1.0000000000000001e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.210021  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5215  P-type conjugative transfer protein TrbG  40 
 
 
355 aa  182  9.000000000000001e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5368  P-type conjugative transfer protein TrbG  40.56 
 
 
345 aa  174  1.9999999999999998e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.151828  normal  0.266795 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2344  P-type conjugative transfer protein TrbG  32.64 
 
 
348 aa  150  4e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6507  conjugal transfer protein TrbG  34.87 
 
 
299 aa  120  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0761422  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6630  conjugal transfer protein TrbG  34.87 
 
 
299 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0052  conjugal transfer protein TrbG  35.91 
 
 
295 aa  120  4.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9259  conjugal transfer protein TrbG  34.6 
 
 
296 aa  118  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2230  conjugal transfer protein TrbG  33.48 
 
 
296 aa  118  9.999999999999999e-26  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.938965  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4269  conjugal transfer protein TrbG  34.45 
 
 
299 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.166546  normal  0.0145862 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1666  P-type conjugative transfer protein TrbG  33.79 
 
 
338 aa  115  7.999999999999999e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9650  conjugal transfer protein TrbG  33.33 
 
 
273 aa  115  1.0000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0266012  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8325  conjugal transfer protein TrbG  34.45 
 
 
284 aa  114  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000831167  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5490  conjugal transfer protein TrbG  33.97 
 
 
273 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26878  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5384  conjugal transfer protein TrbG  33.82 
 
 
270 aa  112  8.000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0585815 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4561  conjugal transfer protein TrbG  33.5 
 
 
279 aa  105  1e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.843427  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1187  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.37 
 
 
231 aa  99.8  6e-20  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0896  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.73 
 
 
282 aa  94  3e-18  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4696  P-type conjugative transfer protein TrbG  27.6 
 
 
292 aa  92.8  7e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5236  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.82 
 
 
290 aa  84.3  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.385034  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2510  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.75 
 
 
260 aa  79.7  0.00000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.108506  normal  0.474909 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5456  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.57 
 
 
268 aa  79  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0200156 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2825  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.95 
 
 
284 aa  77.8  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1104  hypothetical protein  26.67 
 
 
260 aa  75.1  0.000000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6212  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.51 
 
 
277 aa  75.5  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0737983 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4172  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.86 
 
 
269 aa  72.8  0.000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.403674  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4755  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  31.32 
 
 
255 aa  72.4  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6570  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.94 
 
 
293 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4439  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.87 
 
 
267 aa  69.7  0.00000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0787  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.21 
 
 
270 aa  68.6  0.0000000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1760  putative type IV secretion system protein VirB9  29.27 
 
 
278 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0566153  normal  0.26092 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7529  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.46 
 
 
305 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.110766 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2651  putative type IV secretion system protein VirB9  29.13 
 
 
278 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0400031  normal 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9813  type IV secretion protein AvhB9  28.43 
 
 
269 aa  68.2  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0177  hypothetical protein  25.59 
 
 
250 aa  67.4  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0159  hypothetical protein  25.59 
 
 
250 aa  67  0.0000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4557  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.23 
 
 
269 aa  66.6  0.0000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.630159  n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5022  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.7 
 
 
265 aa  66.6  0.0000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0116672  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4253  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.32 
 
 
270 aa  66.2  0.0000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6399  P-type conjugative transfer protein VirB9  25.59 
 
 
269 aa  65.9  0.0000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.474869  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0168  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.64 
 
 
281 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.313192 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0219  type IV secretion system protein, VirB9  24.79 
 
 
270 aa  64.7  0.000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4847  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.4 
 
 
274 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3319  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.4 
 
 
274 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4196  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.92 
 
 
274 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.258229  normal  0.907108 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>