130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_3372 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_3372  putative conjugal transfer protein trbG  100 
 
 
315 aa  630  1e-180  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.207123  normal  0.974636 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1507  conjugal transfer protein trbG  70.37 
 
 
327 aa  440  9.999999999999999e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642267  normal  0.552151 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1186  P-type conjugative transfer protein TrbG  64.52 
 
 
326 aa  400  9.999999999999999e-111  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3549  P-type conjugative transfer protein TrbG  64.52 
 
 
326 aa  400  9.999999999999999e-111  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2316  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  63.26 
 
 
318 aa  394  1e-108  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.012474  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3859  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  66.22 
 
 
328 aa  390  1e-107  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0174658  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3220  P-type conjugative transfer protein TrbG  65.16 
 
 
342 aa  386  1e-106  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.000858475  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1476  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  64.14 
 
 
342 aa  384  1e-105  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.278158  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0501  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  64.22 
 
 
326 aa  366  1e-100  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0741964  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7749  putative conjugal transfer protein trbG  64.67 
 
 
298 aa  366  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.359845  normal  0.0621057 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0691  P-type conjugative transfer protein TrbG  65.31 
 
 
338 aa  362  5.0000000000000005e-99  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0148  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  60.33 
 
 
334 aa  349  3e-95  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.51257  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3202  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  61.26 
 
 
347 aa  342  5.999999999999999e-93  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.243978  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3893  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  54.72 
 
 
334 aa  330  1e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.913527  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1005  P-type conjugative transfer protein TrbG  55.84 
 
 
328 aa  326  4.0000000000000003e-88  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7448  putative conjugal transfer protein trbG  55.56 
 
 
328 aa  324  1e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2832  P-type conjugative transfer protein TrbG  55.25 
 
 
357 aa  319  3e-86  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.471623  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2886  P-type conjugative transfer protein TrbG  56.87 
 
 
341 aa  318  7e-86  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.361608  normal  0.174381 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0741  P-type conjugative transfer protein TrbG  56.83 
 
 
341 aa  318  7.999999999999999e-86  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.9588 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2092  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  54.83 
 
 
339 aa  317  1e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277798  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3533  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  54.63 
 
 
346 aa  317  2e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.567814 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3835  P-type conjugative transfer protein TrbG  54.95 
 
 
341 aa  317  2e-85  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.805097  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3992  P-type conjugative transfer protein TrbG  52.4 
 
 
350 aa  308  8e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0363697  normal  0.115635 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0603  P-type conjugative transfer protein TrbG  52.56 
 
 
350 aa  306  2.0000000000000002e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3094  P-type conjugative transfer protein TrbG  54.69 
 
 
355 aa  303  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2996  P-type conjugative transfer protein TrbG  52.4 
 
 
347 aa  303  2.0000000000000002e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.646322 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0959  P-type conjugative transfer protein TrbG  52.57 
 
 
333 aa  296  4e-79  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3699  P-type conjugative transfer protein TrbG  52.42 
 
 
338 aa  288  6e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3498  P-type conjugative transfer protein TrbG  48.61 
 
 
330 aa  277  1e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0310  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  56.8 
 
 
343 aa  276  3e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2652  P-type conjugative transfer protein TrbG  49.37 
 
 
331 aa  275  7e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.190943  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2903  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  47.77 
 
 
326 aa  272  5.000000000000001e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.369885  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2358  P-type conjugative transfer protein TrbG  49.04 
 
 
333 aa  272  6e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.104041  normal  0.534378 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2012  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  47.38 
 
 
334 aa  272  7e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.62042  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2576  conjugal transfer lipoprotein TrbG  48.12 
 
 
334 aa  271  8.000000000000001e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.515987  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4202  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  48.31 
 
 
337 aa  270  2e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.250287  normal  0.746968 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2478  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  52.53 
 
 
283 aa  270  2.9999999999999997e-71  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.197669  normal  0.278704 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30860  TrbG-like protein  48.56 
 
 
329 aa  268  7e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000570551  unclonable  3.4703699999999997e-22 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1842  P-type conjugative transfer protein TrbG  47.04 
 
 
339 aa  268  8e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.254623  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2606  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  56.49 
 
 
337 aa  268  1e-70  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2691  P-type conjugative transfer protein TrbG  47.04 
 
 
333 aa  267  1e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.239793  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0430  P-type conjugative transfer protein TrbG  48.87 
 
 
329 aa  267  2e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.127006  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3698  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  47.94 
 
 
330 aa  259  4e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.72562  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0734  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  45.18 
 
 
334 aa  258  7e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.515891  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1324  P-type conjugative transfer protein TrbG  47.44 
 
 
329 aa  258  1e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.141371  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1558  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  47.28 
 
 
333 aa  257  2e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00584064  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1903  P-type conjugative transfer protein TrbG  47.3 
 
 
330 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.11675  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35640  P-type conjugative transfer protein TrbG  48.44 
 
 
298 aa  254  2.0000000000000002e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0847602  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1290  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  46.33 
 
 
330 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1349  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  50.98 
 
 
330 aa  251  1e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000992515  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2034  P-type conjugative transfer protein TrbG  54.37 
 
 
327 aa  251  1e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.466977  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0169  P-type conjugative transfer protein TrbG  52.52 
 
 
278 aa  239  5.999999999999999e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.227252  normal  0.244243 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1147  P-type conjugative transfer protein TrbG  42.44 
 
 
293 aa  213  2.9999999999999995e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2354  P-type conjugative transfer protein TrbG  40.71 
 
 
312 aa  207  1e-52  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.557351  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1712  P-type conjugative transfer protein TrbG  43.78 
 
 
314 aa  200  1.9999999999999998e-50  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000367277  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5215  P-type conjugative transfer protein TrbG  41.49 
 
 
355 aa  194  2e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2275  P-type conjugative transfer protein TrbG  50 
 
 
266 aa  191  1e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.210021  normal 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5368  P-type conjugative transfer protein TrbG  40.16 
 
 
345 aa  179  5.999999999999999e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.151828  normal  0.266795 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2344  P-type conjugative transfer protein TrbG  41.7 
 
 
348 aa  165  9e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0052  conjugal transfer protein TrbG  38.86 
 
 
295 aa  130  3e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1666  P-type conjugative transfer protein TrbG  36.48 
 
 
338 aa  129  9.000000000000001e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6507  conjugal transfer protein TrbG  38.14 
 
 
299 aa  125  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0761422  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6630  conjugal transfer protein TrbG  38.14 
 
 
299 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9650  conjugal transfer protein TrbG  37.8 
 
 
273 aa  123  4e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0266012  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4269  conjugal transfer protein TrbG  37.71 
 
 
299 aa  122  7e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.166546  normal  0.0145862 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9259  conjugal transfer protein TrbG  38.57 
 
 
296 aa  121  9.999999999999999e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8325  conjugal transfer protein TrbG  39.71 
 
 
284 aa  121  1.9999999999999998e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000831167  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2230  conjugal transfer protein TrbG  37.89 
 
 
296 aa  120  3.9999999999999996e-26  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.938965  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4561  conjugal transfer protein TrbG  39.09 
 
 
279 aa  119  9e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.843427  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5490  conjugal transfer protein TrbG  37.32 
 
 
273 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26878  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5384  conjugal transfer protein TrbG  36.23 
 
 
270 aa  108  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0585815 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4696  P-type conjugative transfer protein TrbG  31.11 
 
 
292 aa  102  9e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1187  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.85 
 
 
231 aa  101  2e-20  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0896  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.39 
 
 
282 aa  90.9  2e-17  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5236  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.23 
 
 
290 aa  90.9  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.385034  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2510  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.39 
 
 
260 aa  86.3  6e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.108506  normal  0.474909 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4557  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.48 
 
 
269 aa  79  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.630159  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2825  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.63 
 
 
284 aa  77.8  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9813  type IV secretion protein AvhB9  28.23 
 
 
269 aa  77  0.0000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6212  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.67 
 
 
277 aa  76.6  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0737983 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5456  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.04 
 
 
268 aa  74.3  0.000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0200156 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4439  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.85 
 
 
267 aa  73.9  0.000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7529  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.8 
 
 
305 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.110766 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6399  P-type conjugative transfer protein VirB9  26.32 
 
 
269 aa  72  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.474869  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0210  type IV secretion system protein VirB9  26.73 
 
 
266 aa  69.7  0.00000000006  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.332036  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0787  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  23.01 
 
 
270 aa  69.3  0.00000000007  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4172  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.57 
 
 
269 aa  69.3  0.00000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.403674  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3696  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.94 
 
 
272 aa  68.9  0.00000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.831321 
 
 
-
 
NC_002978  WD1104  hypothetical protein  25.1 
 
 
260 aa  68.9  0.0000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0219  type IV secretion system protein, VirB9  21.76 
 
 
270 aa  68.9  0.0000000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4755  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.41 
 
 
255 aa  67.4  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1143  P-type conjugative transfer protein VirB9  29.86 
 
 
257 aa  67  0.0000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4238  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.19 
 
 
280 aa  63.5  0.000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0177  hypothetical protein  28.64 
 
 
250 aa  63.2  0.000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6300  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.57 
 
 
303 aa  62.8  0.000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0159  hypothetical protein  28.16 
 
 
250 aa  61.2  0.00000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5022  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.23 
 
 
265 aa  61.6  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0116672  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5546  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.47 
 
 
291 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0259324 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2651  putative type IV secretion system protein VirB9  27.57 
 
 
278 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0400031  normal 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08207  conjugal transfer outer membrane protein TraH  24.19 
 
 
255 aa  60.8  0.00000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>