120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3699 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3699  P-type conjugative transfer protein TrbG  100 
 
 
338 aa  673    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2606  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  71.04 
 
 
337 aa  466  9.999999999999999e-131  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2092  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  67.59 
 
 
339 aa  449  1e-125  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277798  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2996  P-type conjugative transfer protein TrbG  66.77 
 
 
347 aa  444  1.0000000000000001e-124  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.646322 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3992  P-type conjugative transfer protein TrbG  66.37 
 
 
350 aa  446  1.0000000000000001e-124  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0363697  normal  0.115635 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1005  P-type conjugative transfer protein TrbG  68.52 
 
 
328 aa  441  1e-123  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2832  P-type conjugative transfer protein TrbG  66.47 
 
 
357 aa  444  1e-123  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.471623  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0603  P-type conjugative transfer protein TrbG  67.07 
 
 
350 aa  439  9.999999999999999e-123  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0741  P-type conjugative transfer protein TrbG  67.17 
 
 
341 aa  437  1e-121  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.9588 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2886  P-type conjugative transfer protein TrbG  67.17 
 
 
341 aa  436  1e-121  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.361608  normal  0.174381 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3835  P-type conjugative transfer protein TrbG  66.06 
 
 
341 aa  430  1e-119  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.805097  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3094  P-type conjugative transfer protein TrbG  67.37 
 
 
355 aa  425  1e-118  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3893  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  61.42 
 
 
334 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.913527  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7448  putative conjugal transfer protein trbG  68.05 
 
 
328 aa  407  1e-113  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0959  P-type conjugative transfer protein TrbG  64.55 
 
 
333 aa  408  1e-113  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3533  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  62.73 
 
 
346 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.567814 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0310  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  69.67 
 
 
343 aa  401  1e-111  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2478  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  66.04 
 
 
283 aa  358  8e-98  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.197669  normal  0.278704 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3498  P-type conjugative transfer protein TrbG  56.19 
 
 
330 aa  356  3.9999999999999996e-97  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0734  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  56.85 
 
 
334 aa  347  2e-94  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.515891  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1842  P-type conjugative transfer protein TrbG  55.02 
 
 
339 aa  347  2e-94  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.254623  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2652  P-type conjugative transfer protein TrbG  56.53 
 
 
331 aa  345  5e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.190943  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2691  P-type conjugative transfer protein TrbG  55.69 
 
 
333 aa  345  7e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.239793  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2576  conjugal transfer lipoprotein TrbG  55.69 
 
 
334 aa  340  2e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.515987  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2012  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  55.22 
 
 
334 aa  340  2e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.62042  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2903  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  55.45 
 
 
326 aa  339  5e-92  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.369885  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2358  P-type conjugative transfer protein TrbG  55.79 
 
 
333 aa  338  5.9999999999999996e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.104041  normal  0.534378 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4202  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  55.38 
 
 
337 aa  335  3.9999999999999995e-91  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.250287  normal  0.746968 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0430  P-type conjugative transfer protein TrbG  56.78 
 
 
329 aa  334  1e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.127006  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1558  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  58.36 
 
 
333 aa  332  5e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00584064  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30860  TrbG-like protein  57.28 
 
 
329 aa  331  9e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000570551  unclonable  3.4703699999999997e-22 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2316  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  53.5 
 
 
318 aa  330  2e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.012474  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1324  P-type conjugative transfer protein TrbG  54.74 
 
 
329 aa  330  2e-89  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.141371  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1903  P-type conjugative transfer protein TrbG  56.19 
 
 
330 aa  327  2.0000000000000001e-88  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.11675  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1186  P-type conjugative transfer protein TrbG  53.12 
 
 
326 aa  327  2.0000000000000001e-88  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3549  P-type conjugative transfer protein TrbG  53.12 
 
 
326 aa  327  2.0000000000000001e-88  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3698  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  58.01 
 
 
330 aa  326  3e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.72562  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1290  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  56.69 
 
 
330 aa  322  4e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1349  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  57.7 
 
 
330 aa  318  1e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000992515  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35640  P-type conjugative transfer protein TrbG  57.48 
 
 
298 aa  315  8e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0847602  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3372  putative conjugal transfer protein trbG  54.46 
 
 
315 aa  306  2.0000000000000002e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.207123  normal  0.974636 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0501  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  52.89 
 
 
326 aa  305  1.0000000000000001e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0741964  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0148  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  52.23 
 
 
334 aa  304  2.0000000000000002e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.51257  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1507  conjugal transfer protein trbG  51.54 
 
 
327 aa  304  2.0000000000000002e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642267  normal  0.552151 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1476  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  52.63 
 
 
342 aa  301  2e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.278158  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3220  P-type conjugative transfer protein TrbG  51.99 
 
 
342 aa  300  2e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.000858475  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3859  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  50.96 
 
 
328 aa  299  4e-80  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0174658  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3202  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  51.38 
 
 
347 aa  288  8e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.243978  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2034  P-type conjugative transfer protein TrbG  55.3 
 
 
327 aa  287  2e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.466977  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0691  P-type conjugative transfer protein TrbG  57.49 
 
 
338 aa  282  5.000000000000001e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7749  putative conjugal transfer protein trbG  50.96 
 
 
298 aa  279  6e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.359845  normal  0.0621057 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0169  P-type conjugative transfer protein TrbG  58.33 
 
 
278 aa  271  9e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.227252  normal  0.244243 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1147  P-type conjugative transfer protein TrbG  43.93 
 
 
293 aa  228  1e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1712  P-type conjugative transfer protein TrbG  42.09 
 
 
314 aa  221  1.9999999999999999e-56  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000367277  normal 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2354  P-type conjugative transfer protein TrbG  40.24 
 
 
312 aa  219  3.9999999999999997e-56  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.557351  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2275  P-type conjugative transfer protein TrbG  49.56 
 
 
266 aa  206  4e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.210021  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5215  P-type conjugative transfer protein TrbG  45.63 
 
 
355 aa  205  9e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5368  P-type conjugative transfer protein TrbG  40.94 
 
 
345 aa  191  2e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.151828  normal  0.266795 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2344  P-type conjugative transfer protein TrbG  32.06 
 
 
348 aa  163  4.0000000000000004e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9259  conjugal transfer protein TrbG  38.76 
 
 
296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0052  conjugal transfer protein TrbG  38.3 
 
 
295 aa  140  3.9999999999999997e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4269  conjugal transfer protein TrbG  37.73 
 
 
299 aa  138  1e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.166546  normal  0.0145862 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5490  conjugal transfer protein TrbG  37.8 
 
 
273 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26878  normal 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6507  conjugal transfer protein TrbG  37.73 
 
 
299 aa  137  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0761422  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6630  conjugal transfer protein TrbG  37.73 
 
 
299 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2230  conjugal transfer protein TrbG  33.44 
 
 
296 aa  137  4e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.938965  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8325  conjugal transfer protein TrbG  37.32 
 
 
284 aa  137  4e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000831167  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1666  P-type conjugative transfer protein TrbG  38.25 
 
 
338 aa  135  9.999999999999999e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4561  conjugal transfer protein TrbG  35.85 
 
 
279 aa  132  6.999999999999999e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.843427  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9650  conjugal transfer protein TrbG  36.36 
 
 
273 aa  132  9e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0266012  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5384  conjugal transfer protein TrbG  37.32 
 
 
270 aa  130  3e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0585815 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4696  P-type conjugative transfer protein TrbG  30.29 
 
 
292 aa  113  5e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5236  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.25 
 
 
290 aa  97.1  4e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.385034  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2510  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.21 
 
 
260 aa  95.9  8e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.108506  normal  0.474909 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1187  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.39 
 
 
231 aa  92  1e-17  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0896  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.7 
 
 
282 aa  86.7  5e-16  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5456  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  32.03 
 
 
268 aa  86.3  8e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0200156 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4172  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.05 
 
 
269 aa  84.7  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.403674  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2825  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.67 
 
 
284 aa  84  0.000000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4755  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.77 
 
 
255 aa  83.2  0.000000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6212  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.11 
 
 
277 aa  83.6  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0737983 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4557  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.05 
 
 
269 aa  83.2  0.000000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.630159  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4439  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.3 
 
 
267 aa  82.4  0.000000000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9813  type IV secretion protein AvhB9  29.56 
 
 
269 aa  80.9  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4253  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.02 
 
 
270 aa  79  0.0000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5546  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30 
 
 
291 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0259324 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6399  P-type conjugative transfer protein VirB9  27.62 
 
 
269 aa  77  0.0000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.474869  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0210  type IV secretion system protein VirB9  25.23 
 
 
266 aa  75.1  0.000000000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.332036  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6570  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.04 
 
 
293 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0859  hypothetical protein  66.67 
 
 
161 aa  73.6  0.000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.162996 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6300  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.03 
 
 
303 aa  72  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0177  hypothetical protein  27.4 
 
 
250 aa  67  0.0000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0159  hypothetical protein  26.03 
 
 
250 aa  65.5  0.000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0787  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  23.89 
 
 
270 aa  62.4  0.000000009  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0219  type IV secretion system protein, VirB9  24.23 
 
 
270 aa  62.4  0.00000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1527  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.35 
 
 
293 aa  62.4  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5192  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.35 
 
 
293 aa  62.4  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0164987  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5820  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.5 
 
 
280 aa  62.4  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1104  hypothetical protein  22.54 
 
 
260 aa  61.2  0.00000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1143  P-type conjugative transfer protein VirB9  29.27 
 
 
257 aa  61.6  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>