61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_5008 on replicon NC_010683
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012851  Rpic12D_5413  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  98.74 
 
 
317 aa  645    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5008  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  100 
 
 
317 aa  654    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.116389  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5236  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  34.55 
 
 
290 aa  120  3e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.385034  normal 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4253  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  32.37 
 
 
270 aa  99.8  5e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5456  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  33.48 
 
 
268 aa  97.8  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0200156 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2825  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.52 
 
 
284 aa  93.6  4e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4755  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.92 
 
 
255 aa  89.7  6e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5192  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.02 
 
 
293 aa  75.5  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0164987  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1527  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.02 
 
 
293 aa  75.5  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6300  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.56 
 
 
303 aa  74.7  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0219  type IV secretion system protein, VirB9  28.9 
 
 
270 aa  68.2  0.0000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0787  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.84 
 
 
270 aa  66.2  0.0000000006  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9813  type IV secretion protein AvhB9  28.24 
 
 
269 aa  65.1  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0210  type IV secretion system protein VirB9  26.46 
 
 
266 aa  64.3  0.000000003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.332036  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5546  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.45 
 
 
291 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0259324 
 
 
-
 
NC_002978  WD1104  hypothetical protein  28.7 
 
 
260 aa  63.5  0.000000004  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4172  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.88 
 
 
269 aa  60.5  0.00000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.403674  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6399  P-type conjugative transfer protein VirB9  22.17 
 
 
269 aa  60.1  0.00000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.474869  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4238  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  23.89 
 
 
280 aa  59.3  0.00000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6212  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25 
 
 
277 aa  58.5  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0737983 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4557  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  22.54 
 
 
269 aa  58.5  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.630159  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3696  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  23.89 
 
 
272 aa  58.2  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.831321 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4439  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  24.24 
 
 
267 aa  57.8  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6570  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.59 
 
 
293 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0177  hypothetical protein  22.36 
 
 
250 aa  55.8  0.0000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0159  hypothetical protein  23.9 
 
 
250 aa  54.7  0.000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5022  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.09 
 
 
265 aa  53.9  0.000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0116672  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0021  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  23.67 
 
 
274 aa  52.8  0.000007  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2651  putative type IV secretion system protein VirB9  24.07 
 
 
278 aa  52  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0400031  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1680  type IV secretory pathway, VirB9 component  26.4 
 
 
306 aa  52  0.00001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.338486 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3893  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  24.9 
 
 
334 aa  51.6  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.913527  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1143  P-type conjugative transfer protein VirB9  22.61 
 
 
257 aa  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7529  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  24.09 
 
 
305 aa  50.4  0.00004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.110766 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5003  P-type conjugative transfer protein VirB9  24.49 
 
 
285 aa  49.7  0.00006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.341175  normal  0.712653 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9650  conjugal transfer protein TrbG  22.71 
 
 
273 aa  49.3  0.00009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0266012  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7448  putative conjugal transfer protein trbG  23.89 
 
 
328 aa  48.5  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2344  P-type conjugative transfer protein TrbG  26.01 
 
 
348 aa  48.5  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6499  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  24.09 
 
 
276 aa  47.8  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5215  P-type conjugative transfer protein TrbG  27.09 
 
 
355 aa  47  0.0004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3372  putative conjugal transfer protein trbG  24.49 
 
 
315 aa  47  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.207123  normal  0.974636 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4561  conjugal transfer protein TrbG  23.6 
 
 
279 aa  46.6  0.0005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.843427  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0168  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  22.69 
 
 
281 aa  46.6  0.0006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.313192 
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0026  conjugal transfer outer membrane protein  25.62 
 
 
262 aa  46.2  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0742  type IV secretion system protein VirB9  23.14 
 
 
240 aa  45.8  0.0008  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.11776  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4847  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  22.54 
 
 
274 aa  46.2  0.0008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3319  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  22.54 
 
 
274 aa  46.2  0.0008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4196  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  23.15 
 
 
274 aa  45.8  0.0009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.258229  normal  0.907108 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1760  putative type IV secretion system protein VirB9  22.03 
 
 
278 aa  45.8  0.0009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0566153  normal  0.26092 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2358  P-type conjugative transfer protein TrbG  24.9 
 
 
333 aa  45.4  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.104041  normal  0.534378 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9259  conjugal transfer protein TrbG  24.54 
 
 
296 aa  44.7  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0148  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.37 
 
 
334 aa  44.7  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.51257  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0043  type IV secretion system protein VirB9  22.62 
 
 
273 aa  43.9  0.003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2478  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.12 
 
 
283 aa  44.3  0.003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.197669  normal  0.278704 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1903  P-type conjugative transfer protein TrbG  23.43 
 
 
330 aa  44.3  0.003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.11675  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2576  conjugal transfer lipoprotein TrbG  23.89 
 
 
334 aa  43.9  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.515987  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0005  type IV secretion system protein VirB9  22.8 
 
 
264 aa  43.9  0.003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.322927  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3814  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.27 
 
 
231 aa  43.5  0.004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.204788 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3646  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  24.18 
 
 
231 aa  43.5  0.004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0387032 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3859  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.98 
 
 
328 aa  43.5  0.005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0174658  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2354  P-type conjugative transfer protein TrbG  22.27 
 
 
312 aa  42.7  0.007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.557351  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3498  P-type conjugative transfer protein TrbG  25.14 
 
 
330 aa  42.7  0.008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>