122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3893 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_3893  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  100 
 
 
334 aa  676    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.913527  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3533  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  75.62 
 
 
346 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.567814 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2832  P-type conjugative transfer protein TrbG  73.56 
 
 
357 aa  487  1e-136  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.471623  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2092  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  69 
 
 
339 aa  459  9.999999999999999e-129  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277798  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0603  P-type conjugative transfer protein TrbG  68.69 
 
 
350 aa  456  1e-127  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2996  P-type conjugative transfer protein TrbG  68.69 
 
 
347 aa  456  1e-127  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.646322 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3992  P-type conjugative transfer protein TrbG  68.39 
 
 
350 aa  455  1e-127  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0363697  normal  0.115635 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3835  P-type conjugative transfer protein TrbG  67.38 
 
 
341 aa  455  1e-127  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.805097  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1005  P-type conjugative transfer protein TrbG  69.06 
 
 
328 aa  451  1.0000000000000001e-126  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7448  putative conjugal transfer protein trbG  72.84 
 
 
328 aa  450  1e-125  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0741  P-type conjugative transfer protein TrbG  67.28 
 
 
341 aa  448  1e-125  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.9588 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2886  P-type conjugative transfer protein TrbG  68.2 
 
 
341 aa  451  1e-125  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.361608  normal  0.174381 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3094  P-type conjugative transfer protein TrbG  70 
 
 
355 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0959  P-type conjugative transfer protein TrbG  64.2 
 
 
333 aa  419  1e-116  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3699  P-type conjugative transfer protein TrbG  61.42 
 
 
338 aa  398  9.999999999999999e-111  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3498  P-type conjugative transfer protein TrbG  59.04 
 
 
330 aa  393  1e-108  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2691  P-type conjugative transfer protein TrbG  60.3 
 
 
333 aa  382  1e-105  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.239793  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2652  P-type conjugative transfer protein TrbG  59.04 
 
 
331 aa  384  1e-105  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.190943  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2576  conjugal transfer lipoprotein TrbG  58.75 
 
 
334 aa  380  1e-104  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.515987  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1903  P-type conjugative transfer protein TrbG  60.48 
 
 
330 aa  376  1e-103  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.11675  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4202  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  59.21 
 
 
337 aa  375  1e-103  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.250287  normal  0.746968 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2012  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  58.75 
 
 
334 aa  374  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.62042  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0734  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  59.21 
 
 
334 aa  374  1e-102  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.515891  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2903  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  58.54 
 
 
326 aa  373  1e-102  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.369885  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1842  P-type conjugative transfer protein TrbG  59.56 
 
 
339 aa  374  1e-102  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.254623  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2358  P-type conjugative transfer protein TrbG  60.25 
 
 
333 aa  372  1e-102  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.104041  normal  0.534378 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1558  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  61.34 
 
 
333 aa  367  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00584064  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2606  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  57.31 
 
 
337 aa  366  1e-100  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30860  TrbG-like protein  60.76 
 
 
329 aa  367  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000570551  unclonable  3.4703699999999997e-22 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1324  P-type conjugative transfer protein TrbG  59.82 
 
 
329 aa  365  1e-100  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.141371  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0430  P-type conjugative transfer protein TrbG  60.06 
 
 
329 aa  363  3e-99  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.127006  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1349  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  61.08 
 
 
330 aa  361  1e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000992515  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3698  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  59.88 
 
 
330 aa  357  9.999999999999999e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.72562  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1290  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  60.44 
 
 
330 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0310  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  64.93 
 
 
343 aa  356  2.9999999999999997e-97  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35640  P-type conjugative transfer protein TrbG  61.49 
 
 
298 aa  355  5e-97  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0847602  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1507  conjugal transfer protein trbG  54.68 
 
 
327 aa  349  4e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642267  normal  0.552151 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2316  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  55.18 
 
 
318 aa  341  9e-93  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.012474  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2034  P-type conjugative transfer protein TrbG  63.16 
 
 
327 aa  337  1.9999999999999998e-91  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.466977  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1186  P-type conjugative transfer protein TrbG  52.4 
 
 
326 aa  331  9e-90  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3549  P-type conjugative transfer protein TrbG  52.4 
 
 
326 aa  331  9e-90  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3372  putative conjugal transfer protein trbG  54.72 
 
 
315 aa  330  2e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.207123  normal  0.974636 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3859  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  54.02 
 
 
328 aa  321  9.999999999999999e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0174658  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3220  P-type conjugative transfer protein TrbG  52.28 
 
 
342 aa  317  2e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.000858475  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0501  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  62.6 
 
 
326 aa  315  6e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0741964  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1476  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  51.72 
 
 
342 aa  310  2e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.278158  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2478  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  57.2 
 
 
283 aa  310  2.9999999999999997e-83  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.197669  normal  0.278704 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0148  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  50.61 
 
 
334 aa  305  7e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.51257  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0691  P-type conjugative transfer protein TrbG  58.94 
 
 
338 aa  296  3e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3202  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  50.31 
 
 
347 aa  295  7e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.243978  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7749  putative conjugal transfer protein trbG  55.12 
 
 
298 aa  294  1e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.359845  normal  0.0621057 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0169  P-type conjugative transfer protein TrbG  56.72 
 
 
278 aa  276  3e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.227252  normal  0.244243 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2354  P-type conjugative transfer protein TrbG  43.03 
 
 
312 aa  240  2.9999999999999997e-62  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.557351  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1147  P-type conjugative transfer protein TrbG  47.35 
 
 
293 aa  238  8e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1712  P-type conjugative transfer protein TrbG  46.85 
 
 
314 aa  230  3e-59  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000367277  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5215  P-type conjugative transfer protein TrbG  43.73 
 
 
355 aa  221  9.999999999999999e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5368  P-type conjugative transfer protein TrbG  43.02 
 
 
345 aa  217  2.9999999999999998e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.151828  normal  0.266795 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2275  P-type conjugative transfer protein TrbG  41.05 
 
 
266 aa  176  7e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.210021  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2344  P-type conjugative transfer protein TrbG  34.42 
 
 
348 aa  159  7e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9259  conjugal transfer protein TrbG  40.67 
 
 
296 aa  148  1.0000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8325  conjugal transfer protein TrbG  40.67 
 
 
284 aa  143  4e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000831167  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1666  P-type conjugative transfer protein TrbG  38.71 
 
 
338 aa  143  4e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5490  conjugal transfer protein TrbG  39.23 
 
 
273 aa  142  9e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26878  normal 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0052  conjugal transfer protein TrbG  38.7 
 
 
295 aa  138  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4269  conjugal transfer protein TrbG  38.89 
 
 
299 aa  135  7.000000000000001e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.166546  normal  0.0145862 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6507  conjugal transfer protein TrbG  38.89 
 
 
299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0761422  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6630  conjugal transfer protein TrbG  38.89 
 
 
299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2230  conjugal transfer protein TrbG  37.39 
 
 
296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.938965  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5384  conjugal transfer protein TrbG  38.28 
 
 
270 aa  132  6.999999999999999e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0585815 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4561  conjugal transfer protein TrbG  38.57 
 
 
279 aa  132  7.999999999999999e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.843427  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9650  conjugal transfer protein TrbG  38.03 
 
 
273 aa  129  9.000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0266012  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4696  P-type conjugative transfer protein TrbG  29.6 
 
 
292 aa  104  3e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2510  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  31.36 
 
 
260 aa  97.8  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.108506  normal  0.474909 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1187  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.86 
 
 
231 aa  95.5  1e-18  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0896  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.82 
 
 
282 aa  94  3e-18  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6212  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.83 
 
 
277 aa  92  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0737983 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5456  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  31.65 
 
 
268 aa  90.5  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0200156 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5546  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  31.78 
 
 
291 aa  85.9  8e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0259324 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5236  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.38 
 
 
290 aa  84  0.000000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.385034  normal 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6399  P-type conjugative transfer protein VirB9  26.19 
 
 
269 aa  82.4  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.474869  normal 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4557  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.32 
 
 
269 aa  82  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.630159  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4755  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.18 
 
 
255 aa  82.4  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4172  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.42 
 
 
269 aa  81.6  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.403674  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6570  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.26 
 
 
293 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6300  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30 
 
 
303 aa  80.1  0.00000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4439  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.14 
 
 
267 aa  78.6  0.0000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2825  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.85 
 
 
284 aa  79  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9813  type IV secretion protein AvhB9  26.11 
 
 
269 aa  77  0.0000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4253  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.58 
 
 
270 aa  73.9  0.000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5192  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.71 
 
 
293 aa  73.6  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0164987  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1527  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.71 
 
 
293 aa  73.6  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0859  hypothetical protein  64.81 
 
 
161 aa  69.7  0.00000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.162996 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0177  hypothetical protein  27.05 
 
 
250 aa  66.6  0.0000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0159  hypothetical protein  26.09 
 
 
250 aa  65.1  0.000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0210  type IV secretion system protein VirB9  24.51 
 
 
266 aa  64.3  0.000000003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.332036  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3696  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.61 
 
 
272 aa  63.2  0.000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.831321 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0219  type IV secretion system protein, VirB9  21.93 
 
 
270 aa  60.8  0.00000003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5022  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  24.89 
 
 
265 aa  59.7  0.00000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0116672  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0787  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  22.27 
 
 
270 aa  59.3  0.00000009  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1104  hypothetical protein  21.95 
 
 
260 aa  58.2  0.0000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>