134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4561 on replicon NC_007961
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007961  Nham_4561  conjugal transfer protein TrbG  100 
 
 
279 aa  572  1.0000000000000001e-162  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.843427  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5490  conjugal transfer protein TrbG  75.55 
 
 
273 aa  425  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26878  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9259  conjugal transfer protein TrbG  74.64 
 
 
296 aa  427  1e-118  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8325  conjugal transfer protein TrbG  81.78 
 
 
284 aa  421  1e-117  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000831167  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5384  conjugal transfer protein TrbG  71.48 
 
 
270 aa  396  1e-109  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0585815 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9650  conjugal transfer protein TrbG  61.83 
 
 
273 aa  325  4.0000000000000003e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0266012  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4269  conjugal transfer protein TrbG  42.14 
 
 
299 aa  209  4e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.166546  normal  0.0145862 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6507  conjugal transfer protein TrbG  41.79 
 
 
299 aa  207  2e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0761422  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6630  conjugal transfer protein TrbG  41.79 
 
 
299 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0052  conjugal transfer protein TrbG  40.64 
 
 
295 aa  195  7e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2230  conjugal transfer protein TrbG  43.22 
 
 
296 aa  183  2.0000000000000003e-45  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.938965  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1666  P-type conjugative transfer protein TrbG  38.77 
 
 
338 aa  159  4e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4696  P-type conjugative transfer protein TrbG  35.97 
 
 
292 aa  158  1e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0169  P-type conjugative transfer protein TrbG  42.31 
 
 
278 aa  149  6e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.227252  normal  0.244243 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2996  P-type conjugative transfer protein TrbG  39.34 
 
 
347 aa  147  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.646322 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3992  P-type conjugative transfer protein TrbG  38.86 
 
 
350 aa  143  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0363697  normal  0.115635 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2034  P-type conjugative transfer protein TrbG  44.2 
 
 
327 aa  144  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.466977  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1005  P-type conjugative transfer protein TrbG  38.57 
 
 
328 aa  144  2e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0603  P-type conjugative transfer protein TrbG  39.15 
 
 
350 aa  142  5e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3094  P-type conjugative transfer protein TrbG  38.86 
 
 
355 aa  142  7e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1712  P-type conjugative transfer protein TrbG  43.43 
 
 
314 aa  140  1.9999999999999998e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000367277  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2832  P-type conjugative transfer protein TrbG  41.62 
 
 
357 aa  137  2e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.471623  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1842  P-type conjugative transfer protein TrbG  40.58 
 
 
339 aa  137  2e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.254623  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0310  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  38.79 
 
 
343 aa  135  6.0000000000000005e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2092  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  40.32 
 
 
339 aa  133  3e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277798  normal 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2354  P-type conjugative transfer protein TrbG  40.2 
 
 
312 aa  132  3.9999999999999996e-30  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.557351  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3893  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  38.57 
 
 
334 aa  132  5e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.913527  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0741  P-type conjugative transfer protein TrbG  36.59 
 
 
341 aa  132  6e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.9588 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7448  putative conjugal transfer protein trbG  36.49 
 
 
328 aa  132  7.999999999999999e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2886  P-type conjugative transfer protein TrbG  36.59 
 
 
341 aa  131  2.0000000000000002e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.361608  normal  0.174381 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2478  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  37.44 
 
 
283 aa  129  5.0000000000000004e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.197669  normal  0.278704 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3835  P-type conjugative transfer protein TrbG  37.07 
 
 
341 aa  129  5.0000000000000004e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.805097  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3533  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  36.19 
 
 
346 aa  128  9.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.567814 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3699  P-type conjugative transfer protein TrbG  35.85 
 
 
338 aa  128  9.000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2275  P-type conjugative transfer protein TrbG  32.27 
 
 
266 aa  126  4.0000000000000003e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.210021  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0959  P-type conjugative transfer protein TrbG  36.28 
 
 
333 aa  126  4.0000000000000003e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3498  P-type conjugative transfer protein TrbG  41.21 
 
 
330 aa  124  1e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1290  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  38.66 
 
 
330 aa  124  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4202  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  39.89 
 
 
337 aa  124  1e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.250287  normal  0.746968 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1324  P-type conjugative transfer protein TrbG  39.49 
 
 
329 aa  124  1e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.141371  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2606  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  36.6 
 
 
337 aa  124  2e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2510  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  32.34 
 
 
260 aa  124  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.108506  normal  0.474909 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2012  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  37.11 
 
 
334 aa  122  6e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.62042  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2358  P-type conjugative transfer protein TrbG  38.14 
 
 
333 aa  122  7e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.104041  normal  0.534378 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1349  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  39.57 
 
 
330 aa  122  8e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000992515  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1903  P-type conjugative transfer protein TrbG  39.77 
 
 
330 aa  122  9e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.11675  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2652  P-type conjugative transfer protein TrbG  40.34 
 
 
331 aa  122  9e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.190943  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2576  conjugal transfer lipoprotein TrbG  38.25 
 
 
334 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.515987  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1558  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  39.04 
 
 
333 aa  121  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00584064  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2344  P-type conjugative transfer protein TrbG  35.08 
 
 
348 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3698  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  39.04 
 
 
330 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.72562  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5215  P-type conjugative transfer protein TrbG  36.64 
 
 
355 aa  120  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0734  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  39.77 
 
 
334 aa  120  3e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.515891  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35640  P-type conjugative transfer protein TrbG  39.77 
 
 
298 aa  120  3e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0847602  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0430  P-type conjugative transfer protein TrbG  39.04 
 
 
329 aa  120  3e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.127006  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30860  TrbG-like protein  39.77 
 
 
329 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000570551  unclonable  3.4703699999999997e-22 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2691  P-type conjugative transfer protein TrbG  38.5 
 
 
333 aa  120  3.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.239793  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2903  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  40.34 
 
 
326 aa  119  4.9999999999999996e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.369885  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3372  putative conjugal transfer protein trbG  39.78 
 
 
315 aa  119  6e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.207123  normal  0.974636 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2316  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  33.49 
 
 
318 aa  118  9e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.012474  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1147  P-type conjugative transfer protein TrbG  37.17 
 
 
293 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1186  P-type conjugative transfer protein TrbG  30.66 
 
 
326 aa  114  2.0000000000000002e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3549  P-type conjugative transfer protein TrbG  30.66 
 
 
326 aa  114  2.0000000000000002e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1507  conjugal transfer protein trbG  35.53 
 
 
327 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642267  normal  0.552151 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0501  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  32.38 
 
 
326 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0741964  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3859  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  34.04 
 
 
328 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0174658  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5368  P-type conjugative transfer protein TrbG  33.81 
 
 
345 aa  109  5e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.151828  normal  0.266795 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7749  putative conjugal transfer protein trbG  35.24 
 
 
298 aa  108  7.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.359845  normal  0.0621057 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0691  P-type conjugative transfer protein TrbG  33.02 
 
 
338 aa  106  3e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0148  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  33.5 
 
 
334 aa  105  8e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.51257  normal 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6300  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.25 
 
 
303 aa  103  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3202  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  31.98 
 
 
347 aa  101  1e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.243978  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1476  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  31.31 
 
 
342 aa  99.8  5e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.278158  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4755  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  31.76 
 
 
255 aa  96.7  4e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3220  P-type conjugative transfer protein TrbG  31.16 
 
 
342 aa  96.3  4e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.000858475  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5192  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  31.93 
 
 
293 aa  95.9  6e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0164987  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1527  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  31.93 
 
 
293 aa  95.9  6e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6570  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  33.63 
 
 
293 aa  92  9e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5236  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.35 
 
 
290 aa  87.8  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.385034  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5546  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  31.65 
 
 
291 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0259324 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5456  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.52 
 
 
268 aa  82.8  0.000000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0200156 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3814  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  31.9 
 
 
231 aa  81.6  0.00000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.204788 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3981  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.07 
 
 
231 aa  79.3  0.00000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.813501  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3646  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.07 
 
 
231 aa  79.3  0.00000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0387032 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4253  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.12 
 
 
270 aa  78.2  0.0000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0210  type IV secretion system protein VirB9  30.94 
 
 
266 aa  77.4  0.0000000000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.332036  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4439  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  32.04 
 
 
267 aa  77.4  0.0000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9813  type IV secretion protein AvhB9  29.95 
 
 
269 aa  76.3  0.0000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4172  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.94 
 
 
269 aa  75.5  0.0000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.403674  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6212  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.27 
 
 
277 aa  73.9  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0737983 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4557  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.86 
 
 
269 aa  74.3  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.630159  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6399  P-type conjugative transfer protein VirB9  29.28 
 
 
269 aa  72.8  0.000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.474869  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1187  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.27 
 
 
231 aa  72.4  0.000000000008  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1104  hypothetical protein  27.51 
 
 
260 aa  67.8  0.0000000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0896  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.26 
 
 
282 aa  67.8  0.0000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0257  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.63 
 
 
366 aa  63.5  0.000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.513383  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1393  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.3 
 
 
371 aa  63.5  0.000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5820  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.67 
 
 
280 aa  63.2  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3696  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  24.23 
 
 
272 aa  62.8  0.000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.831321 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0159  hypothetical protein  28.71 
 
 
250 aa  61.6  0.00000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>