150 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9813 on replicon NC_011986
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011986  Avi_9813  type IV secretion protein AvhB9  100 
 
 
269 aa  552  1e-156  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6399  P-type conjugative transfer protein VirB9  83.27 
 
 
269 aa  466  9.999999999999999e-131  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.474869  normal 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4557  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  84.52 
 
 
269 aa  451  1.0000000000000001e-126  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.630159  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4172  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  75.09 
 
 
269 aa  415  9.999999999999999e-116  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.403674  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4439  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  44.96 
 
 
267 aa  227  2e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6212  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  42.69 
 
 
277 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0737983 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0250  Type IV secretory pathway AvhB9 protein  38.8 
 
 
283 aa  143  3e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.729526 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0219  type IV secretion system protein, VirB9  32.14 
 
 
270 aa  138  8.999999999999999e-32  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1104  hypothetical protein  32.56 
 
 
260 aa  135  6.0000000000000005e-31  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0787  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  31.33 
 
 
270 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0210  type IV secretion system protein VirB9  31.85 
 
 
266 aa  133  3e-30  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.332036  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5003  P-type conjugative transfer protein VirB9  34.11 
 
 
285 aa  125  5e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.341175  normal  0.712653 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0177  hypothetical protein  35.81 
 
 
250 aa  124  1e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0159  hypothetical protein  35.94 
 
 
250 aa  121  9.999999999999999e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4340  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  34.36 
 
 
285 aa  120  3e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0413275  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5080  P-type conjugative transfer protein VirB9  34.38 
 
 
286 aa  114  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674824  normal  0.494537 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1143  P-type conjugative transfer protein VirB9  34.56 
 
 
257 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0683  P-type conjugative transfer protein VirB9  31.3 
 
 
286 aa  112  5e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.541424  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0742  type IV secretion system protein VirB9  33.5 
 
 
240 aa  112  7.000000000000001e-24  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.11776  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5820  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.83 
 
 
280 aa  110  3e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3527  type IV secretion system protein VirB9  29.25 
 
 
296 aa  105  1e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6499  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  31.08 
 
 
276 aa  100  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1760  putative type IV secretion system protein VirB9  30.16 
 
 
278 aa  97.4  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0566153  normal  0.26092 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3814  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.67 
 
 
231 aa  96.3  4e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.204788 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4371  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.99 
 
 
283 aa  95.5  8e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3646  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.21 
 
 
231 aa  95.5  8e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0387032 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2651  putative type IV secretion system protein VirB9  30.56 
 
 
278 aa  95.5  9e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0400031  normal 
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0026  conjugal transfer outer membrane protein  31.3 
 
 
262 aa  95.5  9e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8220  type IV secretion system protein VirB9  25.28 
 
 
292 aa  93.2  4e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.514909  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0454  putative type IV secretion system protein VirB9  29.32 
 
 
278 aa  92.4  8e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3981  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.56 
 
 
231 aa  92  8e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.813501  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08207  conjugal transfer outer membrane protein TraH  28.22 
 
 
255 aa  91.3  1e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3992  P-type conjugative transfer protein TrbG  32.51 
 
 
350 aa  90.9  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0363697  normal  0.115635 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7529  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.92 
 
 
305 aa  91.3  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.110766 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4196  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.16 
 
 
274 aa  89.4  5e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.258229  normal  0.907108 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2996  P-type conjugative transfer protein TrbG  31.68 
 
 
347 aa  89  7e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.646322 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35640  P-type conjugative transfer protein TrbG  29.72 
 
 
298 aa  89  8e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0847602  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3835  P-type conjugative transfer protein TrbG  31.84 
 
 
341 aa  88.6  9e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.805097  normal 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4253  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.98 
 
 
270 aa  88.6  1e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6154  type IV secretion system protein VirB9  24.34 
 
 
293 aa  88.2  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.208035  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0168  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.22 
 
 
281 aa  88.2  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.313192 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3498  P-type conjugative transfer protein TrbG  29.15 
 
 
330 aa  87.8  2e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0865  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.69 
 
 
315 aa  87.8  2e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1680  type IV secretory pathway, VirB9 component  28.52 
 
 
306 aa  86.7  4e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.338486 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5236  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.77 
 
 
290 aa  85.9  6e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.385034  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0896  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.8 
 
 
282 aa  85.9  6e-16  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3094  P-type conjugative transfer protein TrbG  31.03 
 
 
355 aa  85.9  7e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2478  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.25 
 
 
283 aa  85.5  8e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.197669  normal  0.278704 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1903  P-type conjugative transfer protein TrbG  27.93 
 
 
330 aa  85.5  8e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.11675  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4847  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.35 
 
 
274 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3319  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.35 
 
 
274 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2652  P-type conjugative transfer protein TrbG  28.04 
 
 
331 aa  84.3  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.190943  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0734  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  31.16 
 
 
334 aa  84.7  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.515891  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0603  P-type conjugative transfer protein TrbG  31.03 
 
 
350 aa  84.3  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2034  P-type conjugative transfer protein TrbG  29.5 
 
 
327 aa  84.3  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.466977  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1842  P-type conjugative transfer protein TrbG  27 
 
 
339 aa  83.6  0.000000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.254623  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1349  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.3 
 
 
330 aa  82.8  0.000000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000992515  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0005  type IV secretion system protein VirB9  27.34 
 
 
264 aa  82.4  0.000000000000008  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.322927  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0430  P-type conjugative transfer protein TrbG  30.15 
 
 
329 aa  82.4  0.000000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.127006  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1558  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.72 
 
 
333 aa  82  0.000000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00584064  normal 
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0014  conjugal transfer outer membrane protein TraH  26.05 
 
 
259 aa  82  0.000000000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2576  conjugal transfer lipoprotein TrbG  28.37 
 
 
334 aa  82  0.00000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.515987  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1187  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.96 
 
 
231 aa  82  0.00000000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1324  P-type conjugative transfer protein TrbG  27.36 
 
 
329 aa  81.3  0.00000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.141371  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30860  TrbG-like protein  27.73 
 
 
329 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000570551  unclonable  3.4703699999999997e-22 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2903  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.15 
 
 
326 aa  81.6  0.00000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.369885  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3698  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.3 
 
 
330 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.72562  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0175  P-type conjugative transfer protein VirB9  25.44 
 
 
309 aa  81.3  0.00000000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.455783  n/a   
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6331  P-type conjugative transfer protein VirB9  29.39 
 
 
292 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2012  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.48 
 
 
334 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.62042  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1290  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.57 
 
 
330 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2832  P-type conjugative transfer protein TrbG  28.43 
 
 
357 aa  80.9  0.00000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.471623  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0169  P-type conjugative transfer protein TrbG  27.23 
 
 
278 aa  80.9  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.227252  normal  0.244243 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0741  P-type conjugative transfer protein TrbG  28.1 
 
 
341 aa  80.5  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.9588 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2886  P-type conjugative transfer protein TrbG  28.57 
 
 
341 aa  80.9  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.361608  normal  0.174381 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1527  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.86 
 
 
293 aa  79.7  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5192  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.86 
 
 
293 aa  79.7  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0164987  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2691  P-type conjugative transfer protein TrbG  28.64 
 
 
333 aa  79.7  0.00000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.239793  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9259  conjugal transfer protein TrbG  29.47 
 
 
296 aa  79  0.00000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2358  P-type conjugative transfer protein TrbG  27.15 
 
 
333 aa  78.6  0.00000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.104041  normal  0.534378 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3696  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.73 
 
 
272 aa  78.2  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.831321 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3893  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.11 
 
 
334 aa  77  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.913527  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3372  putative conjugal transfer protein trbG  28.23 
 
 
315 aa  77  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.207123  normal  0.974636 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4561  conjugal transfer protein TrbG  29.95 
 
 
279 aa  76.3  0.0000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.843427  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2092  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.59 
 
 
339 aa  76.3  0.0000000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277798  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3699  P-type conjugative transfer protein TrbG  29.56 
 
 
338 aa  75.9  0.0000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6507  conjugal transfer protein TrbG  27.43 
 
 
299 aa  75.5  0.0000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0761422  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6630  conjugal transfer protein TrbG  27.43 
 
 
299 aa  75.5  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0310  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.57 
 
 
343 aa  74.7  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2606  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.15 
 
 
337 aa  74.7  0.000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0061  type IV secretion system protein VirB9  25.78 
 
 
289 aa  74.3  0.000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3859  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.57 
 
 
328 aa  74.3  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0174658  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4269  conjugal transfer protein TrbG  27.88 
 
 
299 aa  74.3  0.000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.166546  normal  0.0145862 
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5022  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.48 
 
 
265 aa  74.3  0.000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0116672  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0056  P-type conjugative transfer protein VirB9  25.78 
 
 
289 aa  74.3  0.000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0959  P-type conjugative transfer protein TrbG  26.29 
 
 
333 aa  74.7  0.000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0096  pilx9 protein  27.18 
 
 
309 aa  73.9  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.164234  normal  0.522922 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0043  type IV secretion system protein VirB9  26.85 
 
 
273 aa  73.6  0.000000000003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1147  P-type conjugative transfer protein TrbG  27.05 
 
 
293 aa  73.6  0.000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8325  conjugal transfer protein TrbG  29.47 
 
 
284 aa  73.6  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000831167  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>