151 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6399 on replicon NC_009622
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009622  Smed_6399  P-type conjugative transfer protein VirB9  100 
 
 
269 aa  557  1e-158  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.474869  normal 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9813  type IV secretion protein AvhB9  83.27 
 
 
269 aa  466  9.999999999999999e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4557  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  82.14 
 
 
269 aa  442  1e-123  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.630159  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4172  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  74.35 
 
 
269 aa  416  9.999999999999999e-116  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.403674  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4439  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  44.58 
 
 
267 aa  231  9e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6212  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  41.7 
 
 
277 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0737983 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0219  type IV secretion system protein, VirB9  34.03 
 
 
270 aa  136  4e-31  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0210  type IV secretion system protein VirB9  33.49 
 
 
266 aa  132  3.9999999999999996e-30  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.332036  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0250  Type IV secretory pathway AvhB9 protein  38.03 
 
 
283 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.729526 
 
 
-
 
NC_002978  WD1104  hypothetical protein  30.86 
 
 
260 aa  130  2.0000000000000002e-29  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0787  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  32.22 
 
 
270 aa  130  3e-29  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5003  P-type conjugative transfer protein VirB9  33.83 
 
 
285 aa  129  7.000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.341175  normal  0.712653 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0177  hypothetical protein  35.53 
 
 
250 aa  128  1.0000000000000001e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0159  hypothetical protein  35.09 
 
 
250 aa  124  1e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1143  P-type conjugative transfer protein VirB9  35.94 
 
 
257 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5820  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.52 
 
 
280 aa  114  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4340  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  31.91 
 
 
285 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0413275  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5080  P-type conjugative transfer protein VirB9  32.68 
 
 
286 aa  112  9e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674824  normal  0.494537 
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0026  conjugal transfer outer membrane protein  32.26 
 
 
262 aa  105  7e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0683  P-type conjugative transfer protein VirB9  29.6 
 
 
286 aa  103  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.541424  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8220  type IV secretion system protein VirB9  27.43 
 
 
292 aa  102  5e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.514909  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3527  type IV secretion system protein VirB9  30.1 
 
 
296 aa  102  5e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0742  type IV secretion system protein VirB9  31.07 
 
 
240 aa  102  9e-21  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.11776  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6154  type IV secretion system protein VirB9  26.43 
 
 
293 aa  100  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.208035  normal 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4371  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  33.06 
 
 
283 aa  100  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6499  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  31.14 
 
 
276 aa  99.4  6e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7529  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.66 
 
 
305 aa  98.2  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.110766 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08207  conjugal transfer outer membrane protein TraH  28.63 
 
 
255 aa  95.1  1e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3646  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30 
 
 
231 aa  94.7  1e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0387032 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1760  putative type IV secretion system protein VirB9  26.67 
 
 
278 aa  94.4  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0566153  normal  0.26092 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0168  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  31.36 
 
 
281 aa  93.2  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.313192 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3981  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.26 
 
 
231 aa  93.2  4e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.813501  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4253  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  31.15 
 
 
270 aa  92.8  5e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2651  putative type IV secretion system protein VirB9  29.13 
 
 
278 aa  91.7  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0400031  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0454  putative type IV secretion system protein VirB9  30.83 
 
 
278 aa  91.7  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3814  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.82 
 
 
231 aa  91.7  1e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.204788 
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0014  conjugal transfer outer membrane protein TraH  28.69 
 
 
259 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2478  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.37 
 
 
283 aa  88.2  1e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.197669  normal  0.278704 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35640  P-type conjugative transfer protein TrbG  29.72 
 
 
298 aa  87.8  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0847602  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5236  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.87 
 
 
290 aa  87  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.385034  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1680  type IV secretory pathway, VirB9 component  29.79 
 
 
306 aa  86.3  4e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.338486 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3498  P-type conjugative transfer protein TrbG  27.96 
 
 
330 aa  86.3  5e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2996  P-type conjugative transfer protein TrbG  31.03 
 
 
347 aa  85.9  7e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.646322 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3835  P-type conjugative transfer protein TrbG  31.84 
 
 
341 aa  84.7  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.805097  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3992  P-type conjugative transfer protein TrbG  31.03 
 
 
350 aa  85.1  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0363697  normal  0.115635 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1903  P-type conjugative transfer protein TrbG  27.4 
 
 
330 aa  84.3  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.11675  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2034  P-type conjugative transfer protein TrbG  29 
 
 
327 aa  84.3  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.466977  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2832  P-type conjugative transfer protein TrbG  27.62 
 
 
357 aa  84  0.000000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.471623  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0021  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.03 
 
 
274 aa  83.2  0.000000000000004  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0734  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.1 
 
 
334 aa  83.2  0.000000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.515891  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1842  P-type conjugative transfer protein TrbG  27.5 
 
 
339 aa  82.8  0.000000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.254623  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3094  P-type conjugative transfer protein TrbG  30.54 
 
 
355 aa  82.8  0.000000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0043  type IV secretion system protein VirB9  27.65 
 
 
273 aa  82.4  0.000000000000007  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3893  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.19 
 
 
334 aa  82.4  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.913527  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0310  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.48 
 
 
343 aa  82  0.000000000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2652  P-type conjugative transfer protein TrbG  27.96 
 
 
331 aa  82  0.000000000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.190943  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0865  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.17 
 
 
315 aa  81.6  0.00000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1558  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.72 
 
 
333 aa  80.9  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00584064  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30860  TrbG-like protein  27.52 
 
 
329 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000570551  unclonable  3.4703699999999997e-22 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0603  P-type conjugative transfer protein TrbG  30.54 
 
 
350 aa  80.9  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0430  P-type conjugative transfer protein TrbG  28.91 
 
 
329 aa  81.3  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.127006  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2576  conjugal transfer lipoprotein TrbG  28.3 
 
 
334 aa  80.5  0.00000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.515987  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1324  P-type conjugative transfer protein TrbG  26.48 
 
 
329 aa  80.1  0.00000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.141371  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1349  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.77 
 
 
330 aa  80.1  0.00000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000992515  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9259  conjugal transfer protein TrbG  30.26 
 
 
296 aa  79.7  0.00000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4196  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.34 
 
 
274 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.258229  normal  0.907108 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1290  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.01 
 
 
330 aa  79.3  0.00000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0061  type IV secretion system protein VirB9  28.41 
 
 
289 aa  79.3  0.00000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5192  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.81 
 
 
293 aa  79.3  0.00000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0164987  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4755  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.2 
 
 
255 aa  79.3  0.00000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1527  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.81 
 
 
293 aa  79.3  0.00000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2903  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.96 
 
 
326 aa  79.3  0.00000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.369885  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0056  P-type conjugative transfer protein VirB9  28.41 
 
 
289 aa  79.3  0.00000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6331  P-type conjugative transfer protein VirB9  28.57 
 
 
292 aa  79.3  0.00000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3698  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.31 
 
 
330 aa  79  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.72562  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2886  P-type conjugative transfer protein TrbG  28.57 
 
 
341 aa  79.3  0.00000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.361608  normal  0.174381 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0896  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.67 
 
 
282 aa  79  0.00000000000008  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0169  P-type conjugative transfer protein TrbG  27.12 
 
 
278 aa  78.6  0.00000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.227252  normal  0.244243 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0741  P-type conjugative transfer protein TrbG  28.1 
 
 
341 aa  78.6  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.9588 
 
 
-
 
NC_002978  WD0005  type IV secretion system protein VirB9  26.97 
 
 
264 aa  77.4  0.0000000000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.322927  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4847  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.1 
 
 
274 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3319  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.1 
 
 
274 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5022  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.17 
 
 
265 aa  77.4  0.0000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0116672  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2691  P-type conjugative transfer protein TrbG  27.49 
 
 
333 aa  77.8  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.239793  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2012  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.94 
 
 
334 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.62042  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2606  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.43 
 
 
337 aa  76.6  0.0000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0175  P-type conjugative transfer protein VirB9  26.32 
 
 
309 aa  75.5  0.0000000000009  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.455783  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2092  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.08 
 
 
339 aa  74.3  0.000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277798  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2358  P-type conjugative transfer protein TrbG  26.48 
 
 
333 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.104041  normal  0.534378 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1187  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  23.25 
 
 
231 aa  73.9  0.000000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6570  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  24.83 
 
 
293 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4561  conjugal transfer protein TrbG  29.28 
 
 
279 aa  72.8  0.000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.843427  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0114  P-type conjugative transfer protein VirB9  25.18 
 
 
297 aa  72.4  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1481  P-type conjugative transfer protein VirB9  28.36 
 
 
296 aa  72.8  0.000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.465895  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3699  P-type conjugative transfer protein TrbG  27.62 
 
 
338 aa  72.4  0.000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5384  conjugal transfer protein TrbG  30.16 
 
 
270 aa  72.4  0.000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0585815 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5490  conjugal transfer protein TrbG  28.98 
 
 
273 aa  71.6  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26878  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3533  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.21 
 
 
346 aa  71.6  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.567814 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3372  putative conjugal transfer protein trbG  26.32 
 
 
315 aa  72  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.207123  normal  0.974636 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7448  putative conjugal transfer protein trbG  25.32 
 
 
328 aa  72  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>