131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_6300 on replicon NC_007972
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007972  Rmet_6300  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  100 
 
 
303 aa  614  1e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5192  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  65.57 
 
 
293 aa  369  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0164987  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1527  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  65.57 
 
 
293 aa  369  1e-101  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5546  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  56.3 
 
 
291 aa  291  1e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0259324 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6570  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  52.49 
 
 
293 aa  276  4e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5236  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  32.93 
 
 
290 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.385034  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4755  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  35.78 
 
 
255 aa  128  9.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4253  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  31.84 
 
 
270 aa  119  6e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5456  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.76 
 
 
268 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0200156 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2825  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.04 
 
 
284 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4561  conjugal transfer protein TrbG  32.91 
 
 
279 aa  102  6e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.843427  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9259  conjugal transfer protein TrbG  32.34 
 
 
296 aa  100  3e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5490  conjugal transfer protein TrbG  31.89 
 
 
273 aa  99.8  5e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26878  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8325  conjugal transfer protein TrbG  33.19 
 
 
284 aa  99.8  6e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000831167  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5384  conjugal transfer protein TrbG  30.47 
 
 
270 aa  95.9  7e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0585815 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1712  P-type conjugative transfer protein TrbG  28.99 
 
 
314 aa  85.9  7e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000367277  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3696  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25 
 
 
272 aa  84.3  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.831321 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3835  P-type conjugative transfer protein TrbG  30.25 
 
 
341 aa  83.2  0.000000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.805097  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2996  P-type conjugative transfer protein TrbG  28.99 
 
 
347 aa  82.8  0.000000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.646322 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3094  P-type conjugative transfer protein TrbG  30.53 
 
 
355 aa  82.8  0.000000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0741  P-type conjugative transfer protein TrbG  30.34 
 
 
341 aa  82.4  0.000000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.9588 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2886  P-type conjugative transfer protein TrbG  31.2 
 
 
341 aa  82.4  0.000000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.361608  normal  0.174381 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2832  P-type conjugative transfer protein TrbG  31.95 
 
 
357 aa  82  0.00000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.471623  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0603  P-type conjugative transfer protein TrbG  30.25 
 
 
350 aa  81.6  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2354  P-type conjugative transfer protein TrbG  26.71 
 
 
312 aa  81.3  0.00000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.557351  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3893  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30 
 
 
334 aa  80.1  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.913527  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4238  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.1 
 
 
280 aa  80.1  0.00000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3992  P-type conjugative transfer protein TrbG  30.25 
 
 
350 aa  80.1  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0363697  normal  0.115635 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3533  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.03 
 
 
346 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.567814 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1005  P-type conjugative transfer protein TrbG  29.87 
 
 
328 aa  77.4  0.0000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0159  hypothetical protein  27.04 
 
 
250 aa  77  0.0000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1903  P-type conjugative transfer protein TrbG  30.17 
 
 
330 aa  77  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.11675  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0210  type IV secretion system protein VirB9  29.41 
 
 
266 aa  76.6  0.0000000000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.332036  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1666  P-type conjugative transfer protein TrbG  28.69 
 
 
338 aa  76.3  0.0000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2092  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.2 
 
 
339 aa  75.1  0.000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277798  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1324  P-type conjugative transfer protein TrbG  29.18 
 
 
329 aa  74.7  0.000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.141371  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6212  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.43 
 
 
277 aa  74.7  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0737983 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4269  conjugal transfer protein TrbG  27.1 
 
 
299 aa  74.3  0.000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.166546  normal  0.0145862 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2275  P-type conjugative transfer protein TrbG  29.91 
 
 
266 aa  74.7  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.210021  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0177  hypothetical protein  28.19 
 
 
250 aa  73.9  0.000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6507  conjugal transfer protein TrbG  27.1 
 
 
299 aa  73.9  0.000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0761422  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6630  conjugal transfer protein TrbG  27.1 
 
 
299 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9650  conjugal transfer protein TrbG  27.6 
 
 
273 aa  73.6  0.000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0266012  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2651  putative type IV secretion system protein VirB9  30.49 
 
 
278 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0400031  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4439  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.82 
 
 
267 aa  73.2  0.000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7529  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.05 
 
 
305 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.110766 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1842  P-type conjugative transfer protein TrbG  28.02 
 
 
339 aa  72.8  0.000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.254623  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2344  P-type conjugative transfer protein TrbG  28 
 
 
348 aa  72.4  0.000000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0169  P-type conjugative transfer protein TrbG  26.89 
 
 
278 aa  72  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.227252  normal  0.244243 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2012  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.02 
 
 
334 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.62042  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7448  putative conjugal transfer protein trbG  28.76 
 
 
328 aa  70.5  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3698  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.74 
 
 
330 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.72562  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1760  putative type IV secretion system protein VirB9  29.39 
 
 
278 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0566153  normal  0.26092 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2478  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.5 
 
 
283 aa  70.1  0.00000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.197669  normal  0.278704 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3498  P-type conjugative transfer protein TrbG  29.29 
 
 
330 aa  70.1  0.00000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6499  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.38 
 
 
276 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5008  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.56 
 
 
317 aa  70.1  0.00000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.116389  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2358  P-type conjugative transfer protein TrbG  28.45 
 
 
333 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.104041  normal  0.534378 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2576  conjugal transfer lipoprotein TrbG  27.59 
 
 
334 aa  68.6  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.515987  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0959  P-type conjugative transfer protein TrbG  31.15 
 
 
333 aa  68.6  0.0000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1147  P-type conjugative transfer protein TrbG  27.43 
 
 
293 aa  68.6  0.0000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4202  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.31 
 
 
337 aa  67.8  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.250287  normal  0.746968 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4557  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.09 
 
 
269 aa  67.4  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.630159  n/a   
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5413  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.23 
 
 
317 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30860  TrbG-like protein  29.41 
 
 
329 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000570551  unclonable  3.4703699999999997e-22 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0310  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.21 
 
 
343 aa  66.6  0.0000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1104  hypothetical protein  27 
 
 
260 aa  66.6  0.0000000005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4172  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.81 
 
 
269 aa  66.2  0.0000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.403674  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0430  P-type conjugative transfer protein TrbG  28.45 
 
 
329 aa  66.2  0.0000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.127006  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4340  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.56 
 
 
285 aa  65.9  0.0000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0413275  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2034  P-type conjugative transfer protein TrbG  27.59 
 
 
327 aa  65.9  0.0000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.466977  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1349  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.45 
 
 
330 aa  65.5  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000992515  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1290  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.72 
 
 
330 aa  65.5  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2510  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.17 
 
 
260 aa  65.1  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.108506  normal  0.474909 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2230  conjugal transfer protein TrbG  25.64 
 
 
296 aa  65.1  0.000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.938965  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1558  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.88 
 
 
333 aa  65.1  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00584064  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2652  P-type conjugative transfer protein TrbG  27.59 
 
 
331 aa  64.7  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.190943  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2691  P-type conjugative transfer protein TrbG  28.15 
 
 
333 aa  63.9  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.239793  normal 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3814  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29 
 
 
231 aa  63.5  0.000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.204788 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5215  P-type conjugative transfer protein TrbG  27.04 
 
 
355 aa  63.5  0.000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4696  P-type conjugative transfer protein TrbG  27.14 
 
 
292 aa  63.2  0.000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3372  putative conjugal transfer protein trbG  28.57 
 
 
315 aa  62.8  0.000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.207123  normal  0.974636 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3699  P-type conjugative transfer protein TrbG  27.62 
 
 
338 aa  62.4  0.000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0052  conjugal transfer protein TrbG  30.12 
 
 
295 aa  62.8  0.000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35640  P-type conjugative transfer protein TrbG  28.88 
 
 
298 aa  61.6  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0847602  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0734  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.02 
 
 
334 aa  62  0.00000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.515891  normal 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3981  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.57 
 
 
231 aa  61.6  0.00000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.813501  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2606  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.5 
 
 
337 aa  61.2  0.00000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1507  conjugal transfer protein trbG  26.29 
 
 
327 aa  60.8  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642267  normal  0.552151 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9813  type IV secretion protein AvhB9  27.15 
 
 
269 aa  61.6  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3646  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.44 
 
 
231 aa  60.8  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0387032 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6399  P-type conjugative transfer protein VirB9  25.85 
 
 
269 aa  60.8  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.474869  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2903  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.16 
 
 
326 aa  60.1  0.00000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.369885  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0168  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.71 
 
 
281 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.313192 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5003  P-type conjugative transfer protein VirB9  27.2 
 
 
285 aa  59.7  0.00000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.341175  normal  0.712653 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5820  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.08 
 
 
280 aa  59.3  0.00000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2447  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.57 
 
 
259 aa  59.3  0.00000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0454  putative type IV secretion system protein VirB9  28.51 
 
 
278 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3859  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.78 
 
 
328 aa  57.4  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0174658  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0896  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.43 
 
 
282 aa  56.6  0.0000004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>