139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1527 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012849  Rpic12D_5192  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  100 
 
 
293 aa  600  1.0000000000000001e-171  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0164987  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1527  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  100 
 
 
293 aa  600  1.0000000000000001e-171  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6300  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  63.76 
 
 
303 aa  375  1e-103  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5546  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  53.67 
 
 
291 aa  279  4e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0259324 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6570  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  46.82 
 
 
293 aa  278  7e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5236  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  34.92 
 
 
290 aa  141  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.385034  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4755  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  32.59 
 
 
255 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4253  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  33.74 
 
 
270 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5456  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  32.23 
 
 
268 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0200156 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2825  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.26 
 
 
284 aa  115  7.999999999999999e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9259  conjugal transfer protein TrbG  32.07 
 
 
296 aa  97.4  3e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5384  conjugal transfer protein TrbG  31.51 
 
 
270 aa  97.1  4e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0585815 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4561  conjugal transfer protein TrbG  31.93 
 
 
279 aa  96.3  6e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.843427  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4439  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  33.77 
 
 
267 aa  92.8  6e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8325  conjugal transfer protein TrbG  31.67 
 
 
284 aa  90.9  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000831167  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5490  conjugal transfer protein TrbG  31.93 
 
 
273 aa  91.3  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26878  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1104  hypothetical protein  28.14 
 
 
260 aa  88.6  1e-16  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6212  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  32.75 
 
 
277 aa  89  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0737983 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0210  type IV secretion system protein VirB9  30.57 
 
 
266 aa  87.4  3e-16  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.332036  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4269  conjugal transfer protein TrbG  30.53 
 
 
299 aa  85.5  8e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.166546  normal  0.0145862 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6507  conjugal transfer protein TrbG  30.53 
 
 
299 aa  85.5  9e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0761422  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6630  conjugal transfer protein TrbG  30.53 
 
 
299 aa  85.5  9e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1712  P-type conjugative transfer protein TrbG  31.98 
 
 
314 aa  85.5  0.000000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000367277  normal 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2354  P-type conjugative transfer protein TrbG  32.19 
 
 
312 aa  84.7  0.000000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.557351  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4172  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.63 
 
 
269 aa  84  0.000000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.403674  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3696  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.1 
 
 
272 aa  84  0.000000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.831321 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4557  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.18 
 
 
269 aa  82.8  0.000000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.630159  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5003  P-type conjugative transfer protein VirB9  30.7 
 
 
285 aa  82.4  0.000000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.341175  normal  0.712653 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4238  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.16 
 
 
280 aa  81.6  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2344  P-type conjugative transfer protein TrbG  26.99 
 
 
348 aa  80.5  0.00000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9813  type IV secretion protein AvhB9  29.86 
 
 
269 aa  80.1  0.00000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6399  P-type conjugative transfer protein VirB9  31.16 
 
 
269 aa  80.1  0.00000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.474869  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7529  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.33 
 
 
305 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.110766 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2996  P-type conjugative transfer protein TrbG  28.9 
 
 
347 aa  80.1  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.646322 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1666  P-type conjugative transfer protein TrbG  28.38 
 
 
338 aa  79.7  0.00000000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2651  putative type IV secretion system protein VirB9  31.78 
 
 
278 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0400031  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3094  P-type conjugative transfer protein TrbG  28.9 
 
 
355 aa  76.3  0.0000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1324  P-type conjugative transfer protein TrbG  28.5 
 
 
329 aa  75.9  0.0000000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.141371  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1760  putative type IV secretion system protein VirB9  30.26 
 
 
278 aa  75.5  0.0000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0566153  normal  0.26092 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0169  P-type conjugative transfer protein TrbG  28.19 
 
 
278 aa  75.5  0.0000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.227252  normal  0.244243 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0159  hypothetical protein  27.6 
 
 
250 aa  75.5  0.000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1903  P-type conjugative transfer protein TrbG  28.77 
 
 
330 aa  74.3  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.11675  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9650  conjugal transfer protein TrbG  26.51 
 
 
273 aa  74.3  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0266012  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2230  conjugal transfer protein TrbG  43.18 
 
 
296 aa  74.3  0.000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.938965  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0168  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.06 
 
 
281 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.313192 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3893  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.71 
 
 
334 aa  73.6  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.913527  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2478  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.27 
 
 
283 aa  73.6  0.000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.197669  normal  0.278704 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6499  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.6 
 
 
276 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0052  conjugal transfer protein TrbG  31.23 
 
 
295 aa  73.2  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2034  P-type conjugative transfer protein TrbG  27.8 
 
 
327 aa  73.2  0.000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.466977  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0741  P-type conjugative transfer protein TrbG  28.44 
 
 
341 aa  72.8  0.000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.9588 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2886  P-type conjugative transfer protein TrbG  27.98 
 
 
341 aa  72.8  0.000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.361608  normal  0.174381 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4696  P-type conjugative transfer protein TrbG  27.89 
 
 
292 aa  72.8  0.000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3835  P-type conjugative transfer protein TrbG  27.73 
 
 
341 aa  72.8  0.000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.805097  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3992  P-type conjugative transfer protein TrbG  28.33 
 
 
350 aa  72.4  0.000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0363697  normal  0.115635 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0603  P-type conjugative transfer protein TrbG  28.33 
 
 
350 aa  72.4  0.000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1005  P-type conjugative transfer protein TrbG  27.23 
 
 
328 aa  72.4  0.000000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1842  P-type conjugative transfer protein TrbG  27.23 
 
 
339 aa  72  0.00000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.254623  normal 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5008  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.02 
 
 
317 aa  71.6  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.116389  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0177  hypothetical protein  26.55 
 
 
250 aa  71.6  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3533  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.83 
 
 
346 aa  71.2  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.567814 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2358  P-type conjugative transfer protein TrbG  28.97 
 
 
333 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.104041  normal  0.534378 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3814  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  32.77 
 
 
231 aa  70.9  0.00000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.204788 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4340  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.04 
 
 
285 aa  70.5  0.00000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0413275  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2012  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.83 
 
 
334 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.62042  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3646  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  32.2 
 
 
231 aa  70.5  0.00000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0387032 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3981  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  32.2 
 
 
231 aa  70.5  0.00000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.813501  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2576  conjugal transfer lipoprotein TrbG  27.36 
 
 
334 aa  69.7  0.00000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.515987  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2092  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.57 
 
 
339 aa  69.7  0.00000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277798  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2832  P-type conjugative transfer protein TrbG  28.77 
 
 
357 aa  69.3  0.00000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.471623  normal 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5413  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.67 
 
 
317 aa  69.3  0.00000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1147  P-type conjugative transfer protein TrbG  27.59 
 
 
293 aa  68.2  0.0000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5080  P-type conjugative transfer protein VirB9  27.66 
 
 
286 aa  67.8  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674824  normal  0.494537 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0219  type IV secretion system protein, VirB9  26.16 
 
 
270 aa  67.4  0.0000000003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30860  TrbG-like protein  28.5 
 
 
329 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000570551  unclonable  3.4703699999999997e-22 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3498  P-type conjugative transfer protein TrbG  27.36 
 
 
330 aa  67.4  0.0000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0430  P-type conjugative transfer protein TrbG  28.04 
 
 
329 aa  67.4  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.127006  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3698  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.77 
 
 
330 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.72562  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0787  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.69 
 
 
270 aa  66.2  0.0000000005  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1290  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.42 
 
 
330 aa  66.6  0.0000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2652  P-type conjugative transfer protein TrbG  27.83 
 
 
331 aa  66.2  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.190943  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7448  putative conjugal transfer protein trbG  25.45 
 
 
328 aa  66.2  0.0000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4847  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.44 
 
 
274 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3319  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.44 
 
 
274 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4202  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.7 
 
 
337 aa  65.5  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.250287  normal  0.746968 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0959  P-type conjugative transfer protein TrbG  28.96 
 
 
333 aa  64.3  0.000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0454  putative type IV secretion system protein VirB9  29.18 
 
 
278 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5820  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.57 
 
 
280 aa  63.9  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4196  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.27 
 
 
274 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.258229  normal  0.907108 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0683  P-type conjugative transfer protein VirB9  28.32 
 
 
286 aa  63.2  0.000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.541424  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1558  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.36 
 
 
333 aa  62.8  0.000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00584064  normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0250  Type IV secretory pathway AvhB9 protein  29.2 
 
 
283 aa  63.2  0.000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.729526 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2691  P-type conjugative transfer protein TrbG  26.89 
 
 
333 aa  62.4  0.000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.239793  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1349  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.89 
 
 
330 aa  62.4  0.000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000992515  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35640  P-type conjugative transfer protein TrbG  27.36 
 
 
298 aa  61.6  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0847602  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5215  P-type conjugative transfer protein TrbG  26.61 
 
 
355 aa  61.6  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0734  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.76 
 
 
334 aa  61.2  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.515891  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1187  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.93 
 
 
231 aa  60.8  0.00000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2903  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.36 
 
 
326 aa  61.6  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.369885  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0896  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.17 
 
 
282 aa  60.8  0.00000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>