135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_2012 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008390  Bamb_2012  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  100 
 
 
334 aa  667    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.62042  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2358  P-type conjugative transfer protein TrbG  92.88 
 
 
333 aa  599  1e-170  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.104041  normal  0.534378 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2576  conjugal transfer lipoprotein TrbG  90.72 
 
 
334 aa  583  1.0000000000000001e-165  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.515987  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2691  P-type conjugative transfer protein TrbG  86.83 
 
 
333 aa  555  1e-157  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.239793  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3498  P-type conjugative transfer protein TrbG  83.53 
 
 
330 aa  555  1e-157  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1324  P-type conjugative transfer protein TrbG  86.67 
 
 
329 aa  550  1e-155  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.141371  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1290  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  89.22 
 
 
330 aa  549  1e-155  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0734  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  85.93 
 
 
334 aa  549  1e-155  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.515891  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2652  P-type conjugative transfer protein TrbG  84.73 
 
 
331 aa  549  1e-155  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.190943  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30860  TrbG-like protein  91.03 
 
 
329 aa  545  1e-154  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000570551  unclonable  3.4703699999999997e-22 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4202  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  81.9 
 
 
337 aa  535  1e-151  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.250287  normal  0.746968 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1903  P-type conjugative transfer protein TrbG  84.13 
 
 
330 aa  531  1e-150  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.11675  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35640  P-type conjugative transfer protein TrbG  91.86 
 
 
298 aa  528  1e-149  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0847602  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1558  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  84.55 
 
 
333 aa  526  1e-148  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00584064  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2903  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  82.93 
 
 
326 aa  524  1e-148  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.369885  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0430  P-type conjugative transfer protein TrbG  84.19 
 
 
329 aa  526  1e-148  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.127006  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3698  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  84.73 
 
 
330 aa  514  1e-144  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.72562  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1349  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  84.43 
 
 
330 aa  508  1e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000992515  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3533  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  60.62 
 
 
346 aa  384  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.567814 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3893  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  58.75 
 
 
334 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.913527  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2832  P-type conjugative transfer protein TrbG  57.66 
 
 
357 aa  365  1e-100  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.471623  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0959  P-type conjugative transfer protein TrbG  59.27 
 
 
333 aa  367  1e-100  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1005  P-type conjugative transfer protein TrbG  59.55 
 
 
328 aa  362  6e-99  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7448  putative conjugal transfer protein trbG  60.57 
 
 
328 aa  360  1e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2092  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  58.54 
 
 
339 aa  357  9.999999999999999e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277798  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2996  P-type conjugative transfer protein TrbG  55.15 
 
 
347 aa  357  9.999999999999999e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.646322 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3992  P-type conjugative transfer protein TrbG  56.97 
 
 
350 aa  356  2.9999999999999997e-97  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0363697  normal  0.115635 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0603  P-type conjugative transfer protein TrbG  57.14 
 
 
350 aa  352  5e-96  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0741  P-type conjugative transfer protein TrbG  55.45 
 
 
341 aa  350  2e-95  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.9588 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2886  P-type conjugative transfer protein TrbG  55.79 
 
 
341 aa  349  3e-95  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.361608  normal  0.174381 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3835  P-type conjugative transfer protein TrbG  54.85 
 
 
341 aa  347  1e-94  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.805097  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3094  P-type conjugative transfer protein TrbG  56.91 
 
 
355 aa  347  2e-94  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1842  P-type conjugative transfer protein TrbG  54.49 
 
 
339 aa  341  8e-93  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.254623  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3699  P-type conjugative transfer protein TrbG  54.33 
 
 
338 aa  327  2.0000000000000001e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2034  P-type conjugative transfer protein TrbG  57.48 
 
 
327 aa  307  2.0000000000000002e-82  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.466977  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2606  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  50.76 
 
 
337 aa  304  1.0000000000000001e-81  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0310  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  55.36 
 
 
343 aa  296  4e-79  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1147  P-type conjugative transfer protein TrbG  50.46 
 
 
293 aa  295  5e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1507  conjugal transfer protein trbG  48.46 
 
 
327 aa  288  7e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642267  normal  0.552151 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2316  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  49.85 
 
 
318 aa  277  2e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.012474  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3372  putative conjugal transfer protein trbG  48.62 
 
 
315 aa  275  6e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.207123  normal  0.974636 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1186  P-type conjugative transfer protein TrbG  48.63 
 
 
326 aa  274  1.0000000000000001e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3549  P-type conjugative transfer protein TrbG  48.63 
 
 
326 aa  274  1.0000000000000001e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3859  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  49.84 
 
 
328 aa  272  5.000000000000001e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0174658  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1476  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  49.09 
 
 
342 aa  268  1e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.278158  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3220  P-type conjugative transfer protein TrbG  48.17 
 
 
342 aa  262  6e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.000858475  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0501  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  55.1 
 
 
326 aa  261  8.999999999999999e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0741964  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0148  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  49.38 
 
 
334 aa  261  2e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.51257  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2478  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  49.64 
 
 
283 aa  257  2e-67  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.197669  normal  0.278704 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3202  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  54.29 
 
 
347 aa  253  3e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.243978  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0691  P-type conjugative transfer protein TrbG  53.69 
 
 
338 aa  252  8.000000000000001e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7749  putative conjugal transfer protein trbG  48.56 
 
 
298 aa  242  6e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.359845  normal  0.0621057 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0169  P-type conjugative transfer protein TrbG  52.08 
 
 
278 aa  241  9e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.227252  normal  0.244243 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2354  P-type conjugative transfer protein TrbG  40.67 
 
 
312 aa  227  2e-58  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.557351  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5215  P-type conjugative transfer protein TrbG  45.67 
 
 
355 aa  217  2.9999999999999998e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5368  P-type conjugative transfer protein TrbG  45.27 
 
 
345 aa  212  9e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.151828  normal  0.266795 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1712  P-type conjugative transfer protein TrbG  45.87 
 
 
314 aa  204  1e-51  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000367277  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2344  P-type conjugative transfer protein TrbG  34.52 
 
 
348 aa  163  3e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2275  P-type conjugative transfer protein TrbG  42.01 
 
 
266 aa  159  7e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.210021  normal 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9650  conjugal transfer protein TrbG  42.41 
 
 
273 aa  144  3e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0266012  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1666  P-type conjugative transfer protein TrbG  35.74 
 
 
338 aa  135  7.000000000000001e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9259  conjugal transfer protein TrbG  38.8 
 
 
296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5490  conjugal transfer protein TrbG  39.34 
 
 
273 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26878  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8325  conjugal transfer protein TrbG  38.8 
 
 
284 aa  127  2.0000000000000002e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000831167  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2230  conjugal transfer protein TrbG  35.02 
 
 
296 aa  125  1e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.938965  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6507  conjugal transfer protein TrbG  36.36 
 
 
299 aa  123  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0761422  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6630  conjugal transfer protein TrbG  36.36 
 
 
299 aa  123  4e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0052  conjugal transfer protein TrbG  37.33 
 
 
295 aa  123  4e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4561  conjugal transfer protein TrbG  37.11 
 
 
279 aa  122  7e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.843427  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5384  conjugal transfer protein TrbG  38.59 
 
 
270 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0585815 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4269  conjugal transfer protein TrbG  35.93 
 
 
299 aa  120  3e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.166546  normal  0.0145862 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1187  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  32.08 
 
 
231 aa  114  3e-24  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0896  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  31.13 
 
 
282 aa  109  5e-23  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4696  P-type conjugative transfer protein TrbG  29.55 
 
 
292 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5456  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.87 
 
 
268 aa  99  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0200156 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2510  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.76 
 
 
260 aa  98.2  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.108506  normal  0.474909 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5236  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.46 
 
 
290 aa  93.2  5e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.385034  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5546  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  31.14 
 
 
291 aa  91.7  1e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0259324 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2825  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.57 
 
 
284 aa  90.1  5e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6212  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.84 
 
 
277 aa  89.4  8e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0737983 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6570  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  31.91 
 
 
293 aa  89  9e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4439  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.44 
 
 
267 aa  85.9  8e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9813  type IV secretion protein AvhB9  27.48 
 
 
269 aa  85.1  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6399  P-type conjugative transfer protein VirB9  26.94 
 
 
269 aa  81.3  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.474869  normal 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4557  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.18 
 
 
269 aa  77  0.0000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.630159  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4253  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.18 
 
 
270 aa  75.1  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6300  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.02 
 
 
303 aa  74.7  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5192  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.36 
 
 
293 aa  74.3  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0164987  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1527  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.36 
 
 
293 aa  74.3  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4238  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.39 
 
 
280 aa  73.6  0.000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0177  hypothetical protein  28.57 
 
 
250 aa  73.6  0.000000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4172  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.18 
 
 
269 aa  73.2  0.000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.403674  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0219  type IV secretion system protein, VirB9  23.56 
 
 
270 aa  72  0.00000000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0787  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  23.56 
 
 
270 aa  70.5  0.00000000003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4755  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.86 
 
 
255 aa  69.7  0.00000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0210  type IV secretion system protein VirB9  25.65 
 
 
266 aa  69.3  0.00000000008  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.332036  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0159  hypothetical protein  28.71 
 
 
250 aa  68.9  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1104  hypothetical protein  24.44 
 
 
260 aa  65.9  0.000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3814  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.77 
 
 
231 aa  63.2  0.000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.204788 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3696  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.27 
 
 
272 aa  62  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.831321 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>