116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_2344 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_2344  P-type conjugative transfer protein TrbG  100 
 
 
348 aa  720    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1842  P-type conjugative transfer protein TrbG  34.29 
 
 
339 aa  186  4e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.254623  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2886  P-type conjugative transfer protein TrbG  32.25 
 
 
341 aa  173  5e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.361608  normal  0.174381 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1903  P-type conjugative transfer protein TrbG  34.57 
 
 
330 aa  172  5.999999999999999e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.11675  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2092  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  39.15 
 
 
339 aa  171  1e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277798  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0169  P-type conjugative transfer protein TrbG  39.19 
 
 
278 aa  171  2e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.227252  normal  0.244243 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0741  P-type conjugative transfer protein TrbG  31.95 
 
 
341 aa  171  2e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.9588 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3094  P-type conjugative transfer protein TrbG  37.71 
 
 
355 aa  170  4e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3835  P-type conjugative transfer protein TrbG  31.53 
 
 
341 aa  168  1e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.805097  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1712  P-type conjugative transfer protein TrbG  36.51 
 
 
314 aa  168  1e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000367277  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2576  conjugal transfer lipoprotein TrbG  34.41 
 
 
334 aa  167  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.515987  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3698  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  33.72 
 
 
330 aa  168  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.72562  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2354  P-type conjugative transfer protein TrbG  36.95 
 
 
312 aa  167  2e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.557351  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1349  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  34.86 
 
 
330 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000992515  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1005  P-type conjugative transfer protein TrbG  32.93 
 
 
328 aa  167  2.9999999999999998e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0734  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  33.72 
 
 
334 aa  166  4e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.515891  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3498  P-type conjugative transfer protein TrbG  32.94 
 
 
330 aa  167  4e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1558  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  35.4 
 
 
333 aa  166  6.9999999999999995e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00584064  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2691  P-type conjugative transfer protein TrbG  34.03 
 
 
333 aa  166  6.9999999999999995e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.239793  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2996  P-type conjugative transfer protein TrbG  31.3 
 
 
347 aa  166  8e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.646322 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0310  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  35.26 
 
 
343 aa  165  1.0000000000000001e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3372  putative conjugal transfer protein trbG  41.7 
 
 
315 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.207123  normal  0.974636 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3992  P-type conjugative transfer protein TrbG  37.5 
 
 
350 aa  164  1.0000000000000001e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0363697  normal  0.115635 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2832  P-type conjugative transfer protein TrbG  39.5 
 
 
357 aa  165  1.0000000000000001e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.471623  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0603  P-type conjugative transfer protein TrbG  31.66 
 
 
350 aa  164  3e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2903  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  33.13 
 
 
326 aa  163  5.0000000000000005e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.369885  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3533  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  35.69 
 
 
346 aa  162  6e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.567814 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2606  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  40.89 
 
 
337 aa  162  6e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2358  P-type conjugative transfer protein TrbG  35.63 
 
 
333 aa  162  7e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.104041  normal  0.534378 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2652  P-type conjugative transfer protein TrbG  31.59 
 
 
331 aa  162  7e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.190943  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30860  TrbG-like protein  32.43 
 
 
329 aa  162  9e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000570551  unclonable  3.4703699999999997e-22 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2034  P-type conjugative transfer protein TrbG  38.24 
 
 
327 aa  161  2e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.466977  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2012  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  33.93 
 
 
334 aa  160  3e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.62042  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7448  putative conjugal transfer protein trbG  36.75 
 
 
328 aa  160  4e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1324  P-type conjugative transfer protein TrbG  38.31 
 
 
329 aa  160  4e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.141371  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3893  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  34.42 
 
 
334 aa  159  7e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.913527  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4202  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  33.13 
 
 
337 aa  158  2e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.250287  normal  0.746968 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5368  P-type conjugative transfer protein TrbG  32.73 
 
 
345 aa  157  3e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.151828  normal  0.266795 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1507  conjugal transfer protein trbG  37.87 
 
 
327 aa  156  5.0000000000000005e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642267  normal  0.552151 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5215  P-type conjugative transfer protein TrbG  37.39 
 
 
355 aa  156  6e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3699  P-type conjugative transfer protein TrbG  36.32 
 
 
338 aa  155  8e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35640  P-type conjugative transfer protein TrbG  33.76 
 
 
298 aa  155  9e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0847602  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0430  P-type conjugative transfer protein TrbG  32.92 
 
 
329 aa  154  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.127006  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0959  P-type conjugative transfer protein TrbG  33.69 
 
 
333 aa  154  2e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2478  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  36.57 
 
 
283 aa  152  8e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.197669  normal  0.278704 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0691  P-type conjugative transfer protein TrbG  38.22 
 
 
338 aa  149  9e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1290  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  33.13 
 
 
330 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0148  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  38.05 
 
 
334 aa  147  2.0000000000000003e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.51257  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2316  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  36.89 
 
 
318 aa  147  3e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.012474  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3859  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  37.33 
 
 
328 aa  147  3e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0174658  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3202  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  37.95 
 
 
347 aa  146  7.0000000000000006e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.243978  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3220  P-type conjugative transfer protein TrbG  36.24 
 
 
342 aa  146  7.0000000000000006e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.000858475  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1476  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  36.16 
 
 
342 aa  145  1e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.278158  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1147  P-type conjugative transfer protein TrbG  36.44 
 
 
293 aa  144  3e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2275  P-type conjugative transfer protein TrbG  35.51 
 
 
266 aa  143  5e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.210021  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0501  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  35.96 
 
 
326 aa  141  9.999999999999999e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0741964  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6507  conjugal transfer protein TrbG  37.61 
 
 
299 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0761422  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6630  conjugal transfer protein TrbG  37.61 
 
 
299 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1186  P-type conjugative transfer protein TrbG  36.28 
 
 
326 aa  137  2e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3549  P-type conjugative transfer protein TrbG  36.28 
 
 
326 aa  137  2e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1666  P-type conjugative transfer protein TrbG  36.95 
 
 
338 aa  137  3.0000000000000003e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4269  conjugal transfer protein TrbG  37.16 
 
 
299 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.166546  normal  0.0145862 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7749  putative conjugal transfer protein trbG  36.49 
 
 
298 aa  136  6.0000000000000005e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.359845  normal  0.0621057 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0052  conjugal transfer protein TrbG  36.7 
 
 
295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2230  conjugal transfer protein TrbG  36.11 
 
 
296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.938965  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9650  conjugal transfer protein TrbG  33.85 
 
 
273 aa  124  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0266012  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9259  conjugal transfer protein TrbG  34.72 
 
 
296 aa  122  9e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4561  conjugal transfer protein TrbG  35.08 
 
 
279 aa  120  3e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.843427  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5490  conjugal transfer protein TrbG  33.33 
 
 
273 aa  116  5e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26878  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8325  conjugal transfer protein TrbG  32.29 
 
 
284 aa  111  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000831167  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5384  conjugal transfer protein TrbG  34.2 
 
 
270 aa  108  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0585815 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1187  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.73 
 
 
231 aa  93.2  5e-18  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0896  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.14 
 
 
282 aa  92.8  9e-18  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4696  P-type conjugative transfer protein TrbG  28.09 
 
 
292 aa  90.5  4e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2510  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.57 
 
 
260 aa  85.5  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.108506  normal  0.474909 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5236  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.21 
 
 
290 aa  80.5  0.00000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.385034  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5192  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.99 
 
 
293 aa  80.1  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0164987  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1527  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.99 
 
 
293 aa  80.1  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4439  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.01 
 
 
267 aa  72.8  0.000000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6300  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28 
 
 
303 aa  72.4  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5456  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.63 
 
 
268 aa  70.9  0.00000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0200156 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5546  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.73 
 
 
291 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0259324 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6212  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.33 
 
 
277 aa  70.1  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0737983 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4172  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.15 
 
 
269 aa  65.9  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.403674  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4755  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  23.74 
 
 
255 aa  62.8  0.000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6570  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.58 
 
 
293 aa  62.8  0.000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9813  type IV secretion protein AvhB9  29.19 
 
 
269 aa  60.5  0.00000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2825  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.14 
 
 
284 aa  60.1  0.00000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3814  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.99 
 
 
231 aa  58.2  0.0000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.204788 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4557  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.64 
 
 
269 aa  57.4  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.630159  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7529  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.69 
 
 
305 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.110766 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6399  P-type conjugative transfer protein VirB9  28.11 
 
 
269 aa  57.4  0.0000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.474869  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2447  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.57 
 
 
259 aa  57  0.0000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0210  type IV secretion system protein VirB9  25.23 
 
 
266 aa  56.6  0.0000006  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.332036  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4238  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  24.47 
 
 
280 aa  55.5  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3981  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  24.74 
 
 
231 aa  55.5  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.813501  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3646  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25 
 
 
231 aa  54.7  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0387032 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0787  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  24.66 
 
 
270 aa  54.3  0.000003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3696  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  24.07 
 
 
272 aa  53.5  0.000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.831321 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5820  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  21.78 
 
 
280 aa  53.5  0.000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>