50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_B0096 on replicon NC_011204
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011204  SeD_B0096  pilx9 protein  100 
 
 
309 aa  638    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.164234  normal  0.522922 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0114  P-type conjugative transfer protein VirB9  45.42 
 
 
297 aa  246  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1481  P-type conjugative transfer protein VirB9  42.62 
 
 
296 aa  238  1e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.465895  n/a   
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0044  P-type conjugative transfer protein VirB9  40.39 
 
 
301 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0037  cmgB9  30.39 
 
 
295 aa  160  3e-38  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0175  P-type conjugative transfer protein VirB9  29.17 
 
 
309 aa  144  3e-33  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.455783  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0061  type IV secretion system protein VirB9  29.64 
 
 
289 aa  133  5e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0056  P-type conjugative transfer protein VirB9  29.64 
 
 
289 aa  133  5e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6331  P-type conjugative transfer protein VirB9  30.72 
 
 
292 aa  125  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a017  conjugal transfer protein TraK/VirB9  28.46 
 
 
311 aa  121  1.9999999999999998e-26  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4340  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.62 
 
 
285 aa  86.7  5e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0413275  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0683  P-type conjugative transfer protein VirB9  25.4 
 
 
286 aa  85.1  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.541424  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6499  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.2 
 
 
276 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5080  P-type conjugative transfer protein VirB9  26.18 
 
 
286 aa  85.1  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674824  normal  0.494537 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2651  putative type IV secretion system protein VirB9  26.54 
 
 
278 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0400031  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1760  putative type IV secretion system protein VirB9  26.62 
 
 
278 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0566153  normal  0.26092 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8220  type IV secretion system protein VirB9  25.57 
 
 
292 aa  81.6  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.514909  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0250  Type IV secretory pathway AvhB9 protein  26.06 
 
 
283 aa  82  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.729526 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3319  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.69 
 
 
274 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4847  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.69 
 
 
274 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4196  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.19 
 
 
274 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.258229  normal  0.907108 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5820  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.71 
 
 
280 aa  74.7  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7529  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  23.51 
 
 
305 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.110766 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9813  type IV secretion protein AvhB9  27.18 
 
 
269 aa  73.9  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08207  conjugal transfer outer membrane protein TraH  24.48 
 
 
255 aa  72.4  0.000000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0168  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.26 
 
 
281 aa  72  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.313192 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6154  type IV secretion system protein VirB9  25.16 
 
 
293 aa  72  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.208035  normal 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4557  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.02 
 
 
269 aa  72.4  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.630159  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0454  putative type IV secretion system protein VirB9  24.45 
 
 
278 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4439  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.83 
 
 
267 aa  71.6  0.00000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3981  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  23.57 
 
 
231 aa  70.5  0.00000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.813501  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6399  P-type conjugative transfer protein VirB9  26.88 
 
 
269 aa  70.1  0.00000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.474869  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4172  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.52 
 
 
269 aa  69.3  0.00000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.403674  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1680  type IV secretory pathway, VirB9 component  24.52 
 
 
306 aa  66.6  0.0000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.338486 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3646  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  22.89 
 
 
231 aa  65.5  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0387032 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1143  P-type conjugative transfer protein VirB9  23.68 
 
 
257 aa  65.5  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6212  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  22.77 
 
 
277 aa  64.7  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0737983 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3814  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  24.38 
 
 
231 aa  64.7  0.000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.204788 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3527  type IV secretion system protein VirB9  25.34 
 
 
296 aa  65.1  0.000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0865  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.57 
 
 
315 aa  62.8  0.000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4371  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  23.42 
 
 
283 aa  62  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0026  conjugal transfer outer membrane protein  22.18 
 
 
262 aa  62.4  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0210  type IV secretion system protein VirB9  25.67 
 
 
266 aa  58.5  0.0000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.332036  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0219  type IV secretion system protein, VirB9  22.33 
 
 
270 aa  57.8  0.0000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1104  hypothetical protein  22.44 
 
 
260 aa  56.6  0.0000005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0005  type IV secretion system protein VirB9  22.96 
 
 
264 aa  56.2  0.0000006  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.322927  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5003  P-type conjugative transfer protein VirB9  23.28 
 
 
285 aa  55.8  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.341175  normal  0.712653 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0787  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  21.6 
 
 
270 aa  55.1  0.000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4253  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  24.23 
 
 
270 aa  52.8  0.000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0014  conjugal transfer outer membrane protein TraH  23.3 
 
 
259 aa  49.7  0.00006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>