More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3286 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011663  Sbal223_0880  glucose-methanol-choline oxidoreductase  74 
 
 		 531 aa  801    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3482  glucose-methanol-choline oxidoreductase  73.81 
 
 		 531 aa  800    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0882  GMC family oxidoreductase  73.95 
 
 		 533 aa  802    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0672  glucose-methanol-choline oxidoreductase  73.35 
 
 		 532 aa  794    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.482202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3503  glucose-methanol-choline oxidoreductase  70.91 
 
 		 531 aa  775    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0857  glucose-methanol-choline oxidoreductase  73.81 
 
 		 531 aa  800    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0892  glucose-methanol-choline oxidoreductase  74 
 
 		 531 aa  801    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0591  glucose-methanol-choline oxidoreductase  72.68 
 
 		 529 aa  790    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.559544 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3184  glucose-methanol-choline oxidoreductase  77.52 
 
 		 530 aa  834    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.275768  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3863  glucose-methanol-choline oxidoreductase  72.97 
 
 		 531 aa  791    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  74.19 
 
 		 533 aa  803    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3284  glucose-methanol-choline oxidoreductase  74.19 
 
 		 533 aa  800    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3286  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 529 aa  1097    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3120  glucose-methanol-choline oxidoreductase  73.76 
 
 		 555 aa  813    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3396  glucose-methanol-choline oxidoreductase  74.57 
 
 		 533 aa  808    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2998  GMC family oxidoreductase  69.57 
 
 		 563 aa  733    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5122  GMC family oxidoreductase  50.28 
 
 		 532 aa  543  1e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5347  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.08 
 
 		 531 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.302864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5172  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.91 
 
 		 532 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0343  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.66 
 
 		 532 aa  536  1e-151  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4996  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.72 
 
 		 532 aa  536  1e-151  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3596  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.83 
 
 		 531 aa  538  1e-151  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4189  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.89 
 
 		 537 aa  533  1e-150  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0350  GMC family oxidoreductase  50 
 
 		 539 aa  526  1e-148  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0458  putative oxidoreductase  50.76 
 
 		 530 aa  514  1e-144  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4222  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.83 
 
 		 541 aa  511  1e-144  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.689308 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04780  oxidoreductase  50.94 
 
 		 531 aa  514  1e-144  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0548  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.2 
 
 		 539 aa  509  1e-143  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3574  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.21 
 
 		 532 aa  507  9.999999999999999e-143  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.31369  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0434  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.59 
 
 		 541 aa  506  9.999999999999999e-143  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4522  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.35 
 
 		 520 aa  203  5e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.464516  normal  0.3464 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4350  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.04 
 
 		 526 aa  187  5e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1198  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.92 
 
 		 506 aa  182  1e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.016113  hitchhiker  0.00093802 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5384  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.43 
 
 		 660 aa  171  3e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0994  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.99 
 
 		 505 aa  168  2e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0279763  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10500  oxidoreductase  29.92 
 
 		 629 aa  165  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  6.63635e-27  normal  1 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00623  long chain fatty alcohol oxidase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G17110)  26.38 
 
 		 745 aa  162  1e-38  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.345433  normal  0.817488 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1347  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.88 
 
 		 666 aa  154  2.9999999999999998e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0384946  normal  0.0925593 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_90828  long chain fatty acid oxidase  24.62 
 
 		 699 aa  150  4e-35  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.654464 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2097  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.29 
 
 		 470 aa  145  3e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.00213522  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_32359  long chain fatty acid oxidase  24.28 
 
 		 697 aa  141  1.9999999999999998e-32  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.550643  normal  0.383222 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.19 
 
 		 515 aa  137  5e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3053  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.65 
 
 		 648 aa  132  1.0000000000000001e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.181626  n/a   
 
 
-
 
NC_011684  PHATRDRAFT_48204  predicted protein  27.24 
 
 		 786 aa  131  3e-29  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.3526  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3885  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.1 
 
 		 657 aa  120  7.999999999999999e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0361695  normal  0.12202 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2937  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.72 
 
 		 711 aa  116  1.0000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0446461  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.69 
 
 		 556 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.36 
 
 		 553 aa  107  4e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2587  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.7 
 
 		 658 aa  105  2e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.4 
 
 		 547 aa  102  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  22.8 
 
 		 522 aa  102  2e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.41 
 
 		 526 aa  102  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.34 
 
 		 556 aa  102  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.12 
 
 		 518 aa  99.4  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.7 
 
 		 526 aa  99  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  27.47 
 
 		 563 aa  97.8  4e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  27.47 
 
 		 563 aa  97.4  5e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  27.47 
 
 		 563 aa  97.4  5e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.45 
 
 		 573 aa  97.1  7e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.024834 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.13 
 
 		 527 aa  96.7  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.88 
 
 		 522 aa  96.3  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.78 
 
 		 547 aa  91.3  4e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0546  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.37 
 
 		 535 aa  90.9  5e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0457672  hitchhiker  0.00344637 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.01 
 
 		 528 aa  90.9  5e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.18 
 
 		 573 aa  89.7  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.24 
 
 		 531 aa  89  2e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.17 
 
 		 556 aa  89.4  2e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  26.46 
 
 		 547 aa  87.8  4e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  21.83 
 
 		 528 aa  87.8  5e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0294  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.29 
 
 		 666 aa  87.8  5e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.254174 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  22.14 
 
 		 522 aa  85.9  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  22.14 
 
 		 522 aa  85.9  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.51 
 
 		 548 aa  85.9  0.000000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.69 
 
 		 552 aa  84.7  0.000000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.01 
 
 		 522 aa  84  0.000000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  23.51 
 
 		 528 aa  83.2  0.00000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.78 
 
 		 527 aa  82  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6992  Choline dehydrogenase and related flavoprotein- like protein  27.13 
 
 		 551 aa  79  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.175561  normal  0.0479417 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5037  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.89 
 
 		 572 aa  79  0.0000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.565725 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  26.35 
 
 		 549 aa  77.4  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.97 
 
 		 548 aa  77.4  0.0000000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  23.86 
 
 		 523 aa  77  0.0000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3758  glucose-methanol-choline oxidoreductase  20.81 
 
 		 533 aa  74.7  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  20.81 
 
 		 533 aa  74.7  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.42 
 
 		 522 aa  73.6  0.000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.08 
 
 		 533 aa  72.8  0.00000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  20.61 
 
 		 533 aa  73.2  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839978 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1363  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.99 
 
 		 511 aa  72.4  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.15 
 
 		 545 aa  72.4  0.00000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4997  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.96 
 
 		 532 aa  72.4  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3138  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.96 
 
 		 532 aa  72.8  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  24.17 
 
 		 522 aa  71.6  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0419  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.89 
 
 		 563 aa  69.3  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4226  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.03 
 
 		 546 aa  68.9  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.130746  normal  0.16895 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.18 
 
 		 522 aa  67.4  0.0000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1632  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.44 
 
 		 560 aa  66.6  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1064  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.15 
 
 		 525 aa  66.2  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.113781 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1208  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.03 
 
 		 559 aa  66.2  0.000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.397312  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.99 
 
 		 526 aa  65.9  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.83 
 
 		 566 aa  65.9  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.826754 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>