215 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0548 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0548  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 539 aa  1105    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4222  glucose-methanol-choline oxidoreductase  75.42 
 
 		 541 aa  844    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.689308 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0434  glucose-methanol-choline oxidoreductase  74.86 
 
 		 541 aa  844    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0350  GMC family oxidoreductase  68.72 
 
 		 539 aa  765    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5172  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.85 
 
 		 532 aa  566  1e-160  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5122  GMC family oxidoreductase  52.66 
 
 		 532 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0343  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.23 
 
 		 532 aa  564  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4996  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.85 
 
 		 532 aa  561  1e-158  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5347  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.13 
 
 		 531 aa  545  1e-154  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.302864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4189  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.79 
 
 		 537 aa  536  1e-151  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0458  putative oxidoreductase  49.53 
 
 		 530 aa  515  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04780  oxidoreductase  49.34 
 
 		 531 aa  512  1e-144  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3120  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.96 
 
 		 555 aa  515  1e-144  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0672  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.41 
 
 		 532 aa  511  1e-143  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.482202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3503  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.06 
 
 		 531 aa  503  1e-141  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3482  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.82 
 
 		 531 aa  502  1e-141  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0857  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.63 
 
 		 531 aa  501  1e-140  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0880  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.63 
 
 		 531 aa  499  1e-140  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0892  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.44 
 
 		 531 aa  499  1e-140  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3574  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.53 
 
 		 532 aa  501  1e-140  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.31369  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.2 
 
 		 533 aa  497  1e-139  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3284  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.39 
 
 		 533 aa  496  1e-139  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0591  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.4 
 
 		 529 aa  498  1e-139  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.559544 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0882  GMC family oxidoreductase  48.02 
 
 		 533 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3286  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.2 
 
 		 529 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3396  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.2 
 
 		 533 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3863  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.2 
 
 		 531 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2998  GMC family oxidoreductase  49.44 
 
 		 563 aa  491  1e-137  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3184  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.83 
 
 		 530 aa  486  1e-136  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.275768  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3596  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.11 
 
 		 531 aa  484  1e-135  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4522  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.53 
 
 		 520 aa  211  2e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.464516  normal  0.3464 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00623  long chain fatty alcohol oxidase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G17110)  25.85 
 
 		 745 aa  180  5.999999999999999e-44  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.345433  normal  0.817488 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4350  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.6 
 
 		 526 aa  177  4e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0994  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.03 
 
 		 505 aa  167  5.9999999999999996e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0279763  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1198  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.12 
 
 		 506 aa  166  9e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.016113  hitchhiker  0.00093802 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5384  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.15 
 
 		 660 aa  166  1.0000000000000001e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10500  oxidoreductase  29.8 
 
 		 629 aa  154  5e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  6.63635e-27  normal  1 
 
 
-
 
NC_011684  PHATRDRAFT_48204  predicted protein  27.89 
 
 		 786 aa  145  2e-33  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.3526  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1347  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.25 
 
 		 666 aa  140  3.9999999999999997e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0384946  normal  0.0925593 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2587  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.27 
 
 		 658 aa  140  4.999999999999999e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_90828  long chain fatty acid oxidase  23.03 
 
 		 699 aa  135  1.9999999999999998e-30  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.654464 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3885  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.35 
 
 		 657 aa  132  1.0000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0361695  normal  0.12202 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3053  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.02 
 
 		 648 aa  125  2e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.181626  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_32359  long chain fatty acid oxidase  24.52 
 
 		 697 aa  120  4.9999999999999996e-26  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.550643  normal  0.383222 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2097  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.35 
 
 		 470 aa  117  3.9999999999999997e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.00213522  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2937  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.15 
 
 		 711 aa  108  3e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0446461  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.5 
 
 		 526 aa  100  5e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.77 
 
 		 518 aa  95.9  2e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.99 
 
 		 515 aa  92.8  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.79 
 
 		 573 aa  90.9  5e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.024834 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3130  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.62 
 
 		 1182 aa  86.3  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.456841  normal  0.396058 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0294  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.51 
 
 		 666 aa  84  0.000000000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.254174 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.51 
 
 		 527 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.95 
 
 		 556 aa  81.6  0.00000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6992  Choline dehydrogenase and related flavoprotein- like protein  28.25 
 
 		 551 aa  80.9  0.00000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.175561  normal  0.0479417 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.84 
 
 		 553 aa  79.7  0.0000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.72 
 
 		 573 aa  79  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.54 
 
 		 528 aa  77.4  0.0000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  25.05 
 
 		 528 aa  77  0.0000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25 
 
 		 522 aa  77  0.0000000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.61 
 
 		 552 aa  73.9  0.000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  28.29 
 
 		 563 aa  73.6  0.000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  28.29 
 
 		 563 aa  73.2  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1077  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.46 
 
 		 504 aa  73.2  0.00000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.785546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  28.29 
 
 		 563 aa  73.2  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.9 
 
 		 547 aa  70.9  0.00000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5037  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.08 
 
 		 572 aa  70.9  0.00000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.565725 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0546  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.41 
 
 		 535 aa  70.9  0.00000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0457672  hitchhiker  0.00344637 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.2 
 
 		 556 aa  70.1  0.00000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3360  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.91 
 
 		 545 aa  69.3  0.0000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0587927 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.84 
 
 		 556 aa  67.4  0.0000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13500  choline dehydrogenase-like flavoprotein  23.29 
 
 		 569 aa  67  0.0000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.7 
 
 		 526 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.17 
 
 		 522 aa  66.6  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.17 
 
 		 522 aa  66.6  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  26.33 
 
 		 547 aa  65.9  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6967  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.65 
 
 		 534 aa  65.1  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1520  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.71 
 
 		 534 aa  63.9  0.000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6309  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.71 
 
 		 534 aa  63.9  0.000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.597714 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0464  oxidoreductase, putative  23.89 
 
 		 573 aa  62.8  0.00000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2704  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.34 
 
 		 550 aa  62.8  0.00000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.051308  normal  0.893433 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.45 
 
 		 547 aa  62  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.73 
 
 		 531 aa  62.8  0.00000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.5 
 
 		 522 aa  62.8  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  28.84 
 
 		 522 aa  62.8  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1728  FAD dependent oxidoreductase  25.08 
 
 		 587 aa  62  0.00000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.916893  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2333  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.28 
 
 		 534 aa  61.2  0.00000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000292297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  23.42 
 
 		 523 aa  61.6  0.00000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5219  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.48 
 
 		 1150 aa  60.8  0.00000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000490282  unclonable  0.0000721023 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0439  oxidoreductase, putative  23.72 
 
 		 573 aa  61.2  0.00000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.483432  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.02 
 
 		 526 aa  60.8  0.00000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4224  FAD dependent oxidoreductase  26.22 
 
 		 564 aa  60.1  0.0000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.174352 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4226  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.93 
 
 		 546 aa  59.7  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.130746  normal  0.16895 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  23.55 
 
 		 573 aa  59.3  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13443  cholesterol oxidase precursor choD  24.3 
 
 		 578 aa  59.3  0.0000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0394432  normal  0.107199 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.4 
 
 		 548 aa  58.9  0.0000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1170  FAD dependent oxidoreductase  24.08 
 
 		 591 aa  59.3  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.18 
 
 		 523 aa  58.9  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1187  FAD dependent oxidoreductase  24.08 
 
 		 591 aa  59.3  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1197  FAD dependent oxidoreductase  24.08 
 
 		 591 aa  58.9  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.030101 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>