More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3863 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_3503  glucose-methanol-choline oxidoreductase  79.47 
 
 		 531 aa  868    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0882  GMC family oxidoreductase  76.98 
 
 		 533 aa  838    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3120  glucose-methanol-choline oxidoreductase  76.84 
 
 		 555 aa  850    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0672  glucose-methanol-choline oxidoreductase  83.93 
 
 		 532 aa  911    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.482202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3863  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 531 aa  1105    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0892  glucose-methanol-choline oxidoreductase  77.36 
 
 		 531 aa  852    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3184  glucose-methanol-choline oxidoreductase  71.1 
 
 		 530 aa  762    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.275768  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2998  GMC family oxidoreductase  74.48 
 
 		 563 aa  790    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0857  glucose-methanol-choline oxidoreductase  77.36 
 
 		 531 aa  850    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3482  glucose-methanol-choline oxidoreductase  77.36 
 
 		 531 aa  850    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  77.36 
 
 		 533 aa  842    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3284  glucose-methanol-choline oxidoreductase  77.55 
 
 		 533 aa  842    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3286  glucose-methanol-choline oxidoreductase  72.97 
 
 		 529 aa  798    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0591  glucose-methanol-choline oxidoreductase  78.26 
 
 		 529 aa  857    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.559544 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0880  glucose-methanol-choline oxidoreductase  77.55 
 
 		 531 aa  853    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3396  glucose-methanol-choline oxidoreductase  78.11 
 
 		 533 aa  845    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5122  GMC family oxidoreductase  50.28 
 
 		 532 aa  552  1e-156  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5347  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.46 
 
 		 531 aa  553  1e-156  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.302864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5172  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.91 
 
 		 532 aa  554  1e-156  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4996  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.72 
 
 		 532 aa  547  1e-154  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0343  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.72 
 
 		 532 aa  538  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4189  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.51 
 
 		 537 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0458  putative oxidoreductase  50.38 
 
 		 530 aa  521  1e-146  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4222  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.06 
 
 		 541 aa  521  1e-146  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.689308 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04780  oxidoreductase  50.09 
 
 		 531 aa  519  1e-146  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0350  GMC family oxidoreductase  49.63 
 
 		 539 aa  517  1.0000000000000001e-145  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0548  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.2 
 
 		 539 aa  518  1.0000000000000001e-145  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3574  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.02 
 
 		 532 aa  507  9.999999999999999e-143  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.31369  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3596  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.22 
 
 		 531 aa  506  9.999999999999999e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0434  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.26 
 
 		 541 aa  503  1e-141  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4522  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.1 
 
 		 520 aa  207  3e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.464516  normal  0.3464 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4350  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.35 
 
 		 526 aa  197  3e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0994  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.18 
 
 		 505 aa  188  2e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0279763  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1198  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.84 
 
 		 506 aa  185  2.0000000000000003e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.016113  hitchhiker  0.00093802 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10500  oxidoreductase  31.65 
 
 		 629 aa  174  3.9999999999999995e-42  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  6.63635e-27  normal  1 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00623  long chain fatty alcohol oxidase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G17110)  26.8 
 
 		 745 aa  173  5.999999999999999e-42  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.345433  normal  0.817488 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1347  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.34 
 
 		 666 aa  159  2e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0384946  normal  0.0925593 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5384  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.03 
 
 		 660 aa  156  1e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2097  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.4 
 
 		 470 aa  155  2e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.00213522  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3885  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.93 
 
 		 657 aa  153  8.999999999999999e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0361695  normal  0.12202 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_90828  long chain fatty acid oxidase  24.03 
 
 		 699 aa  147  5e-34  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.654464 
 
 
-
 
NC_011684  PHATRDRAFT_48204  predicted protein  26.02 
 
 		 786 aa  146  8.000000000000001e-34  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.3526  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2937  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.53 
 
 		 711 aa  143  6e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0446461  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3053  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.97 
 
 		 648 aa  142  9.999999999999999e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.181626  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.69 
 
 		 515 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_32359  long chain fatty acid oxidase  23.54 
 
 		 697 aa  132  2.0000000000000002e-29  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.550643  normal  0.383222 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.76 
 
 		 553 aa  120  9e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25 
 
 		 522 aa  117  5e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.69 
 
 		 518 aa  113  1.0000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  24.69 
 
 		 522 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2587  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.6 
 
 		 658 aa  111  3e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.04 
 
 		 526 aa  110  8.000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.69 
 
 		 547 aa  107  6e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.5 
 
 		 527 aa  105  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.55 
 
 		 528 aa  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  24.5 
 
 		 528 aa  104  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.14 
 
 		 531 aa  103  1e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.28 
 
 		 527 aa  103  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.77 
 
 		 522 aa  102  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.17 
 
 		 556 aa  102  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.77 
 
 		 522 aa  102  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.64 
 
 		 573 aa  101  3e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.024834 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.53 
 
 		 556 aa  99  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  23.75 
 
 		 528 aa  98.2  3e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.96 
 
 		 526 aa  98.2  3e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.55 
 
 		 548 aa  97.4  6e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.45 
 
 		 573 aa  96.7  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  24.63 
 
 		 547 aa  95.5  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  25.72 
 
 		 563 aa  94.7  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  25.72 
 
 		 563 aa  94.4  5e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  25.72 
 
 		 563 aa  94.4  5e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.97 
 
 		 552 aa  94  6e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.94 
 
 		 547 aa  93.6  8e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.13 
 
 		 522 aa  93.6  9e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0546  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.31 
 
 		 535 aa  90.9  6e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0457672  hitchhiker  0.00344637 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.97 
 
 		 556 aa  90.5  7e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.14 
 
 		 533 aa  90.1  9e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6992  Choline dehydrogenase and related flavoprotein- like protein  25.56 
 
 		 551 aa  87.4  6e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.175561  normal  0.0479417 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  23.52 
 
 		 522 aa  86.7  0.000000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.67 
 
 		 548 aa  84.3  0.000000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0294  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.75 
 
 		 666 aa  84  0.000000000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.254174 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  25.7 
 
 		 522 aa  82.4  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  23.49 
 
 		 523 aa  81.3  0.00000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0493  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.2 
 
 		 532 aa  81.3  0.00000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.7 
 
 		 523 aa  80.9  0.00000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.7 
 
 		 545 aa  80.5  0.00000000000007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.56 
 
 		 526 aa  80.1  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  23.11 
 
 		 573 aa  79  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3130  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.16 
 
 		 1182 aa  77.4  0.0000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.456841  normal  0.396058 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.36 
 
 		 522 aa  77  0.0000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3758  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.65 
 
 		 533 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.65 
 
 		 533 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  22.94 
 
 		 549 aa  75.9  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.65 
 
 		 533 aa  75.5  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839978 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.77 
 
 		 550 aa  75.1  0.000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5751  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.48 
 
 		 539 aa  72.8  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6549  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.93 
 
 		 539 aa  72.4  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2309  iron-sulfur cluster-binding domain-containing protein  23.88 
 
 		 696 aa  72  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3815  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.48 
 
 		 539 aa  72.8  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.583014  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4553  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.48 
 
 		 539 aa  72.8  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.940882 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>