More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_3053 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_3053  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 648 aa  1298    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.181626  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5384  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.24 
 
 		 660 aa  511  1e-143  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2587  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.87 
 
 		 658 aa  392  1e-107  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00623  long chain fatty alcohol oxidase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G17110)  32.22 
 
 		 745 aa  273  9e-72  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.345433  normal  0.817488 
 
 
-
 
NC_011684  PHATRDRAFT_48204  predicted protein  33.94 
 
 		 786 aa  261  3e-68  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.3526  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_90828  long chain fatty acid oxidase  31.9 
 
 		 699 aa  258  2e-67  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.654464 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_32359  long chain fatty acid oxidase  30.12 
 
 		 697 aa  256  1.0000000000000001e-66  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.550643  normal  0.383222 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3885  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.22 
 
 		 657 aa  250  5e-65  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0361695  normal  0.12202 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1347  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.47 
 
 		 666 aa  229  1e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0384946  normal  0.0925593 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0343  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.81 
 
 		 532 aa  208  2e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4996  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.3 
 
 		 532 aa  206  1e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5172  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.68 
 
 		 532 aa  205  3e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5122  GMC family oxidoreductase  31.16 
 
 		 532 aa  204  4e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3574  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.3 
 
 		 532 aa  204  6e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.31369  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1198  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.57 
 
 		 506 aa  194  4e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.016113  hitchhiker  0.00093802 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4222  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.23 
 
 		 541 aa  191  2.9999999999999997e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.689308 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04780  oxidoreductase  30.46 
 
 		 531 aa  189  1e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5347  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.84 
 
 		 531 aa  189  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.302864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3184  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.83 
 
 		 530 aa  189  2e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.275768  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0434  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.37 
 
 		 541 aa  188  3e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3596  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.07 
 
 		 531 aa  187  4e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0350  GMC family oxidoreductase  30.6 
 
 		 539 aa  186  1.0000000000000001e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0458  putative oxidoreductase  31.47 
 
 		 530 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0548  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.02 
 
 		 539 aa  183  8.000000000000001e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4189  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.56 
 
 		 537 aa  183  1e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10500  oxidoreductase  36.07 
 
 		 629 aa  182  2e-44  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  6.63635e-27  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0892  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.51 
 
 		 531 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0880  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.31 
 
 		 531 aa  180  7e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0857  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.31 
 
 		 531 aa  179  1e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3120  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.43 
 
 		 555 aa  178  3e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3482  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.12 
 
 		 531 aa  178  3e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3863  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.97 
 
 		 531 aa  178  3e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0591  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.98 
 
 		 529 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.559544 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0672  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.18 
 
 		 532 aa  174  3.9999999999999995e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.482202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4522  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.03 
 
 		 520 aa  171  3e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.464516  normal  0.3464 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3503  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.5 
 
 		 531 aa  171  3e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3286  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.56 
 
 		 529 aa  170  7e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0994  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.2 
 
 		 505 aa  169  1e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0279763  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4350  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.72 
 
 		 526 aa  169  2e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2998  GMC family oxidoreductase  30.99 
 
 		 563 aa  168  2.9999999999999998e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.15 
 
 		 533 aa  163  7e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0882  GMC family oxidoreductase  28.8 
 
 		 533 aa  162  1e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3396  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.51 
 
 		 533 aa  162  2e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3284  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.95 
 
 		 533 aa  160  6e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2097  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.51 
 
 		 470 aa  133  1.0000000000000001e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.00213522  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.63 
 
 		 547 aa  114  7.000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  31.01 
 
 		 547 aa  108  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.27 
 
 		 547 aa  107  6e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.36 
 
 		 573 aa  105  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.024834 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.45 
 
 		 527 aa  104  5e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.17 
 
 		 573 aa  103  7e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.11 
 
 		 522 aa  102  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.11 
 
 		 522 aa  102  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.8 
 
 		 527 aa  101  5e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.99 
 
 		 548 aa  100  9e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.85 
 
 		 522 aa  100  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  28.01 
 
 		 528 aa  99.4  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  25.78 
 
 		 522 aa  97.8  6e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.49 
 
 		 526 aa  96.3  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.26 
 
 		 528 aa  96.3  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  25.05 
 
 		 523 aa  95.5  3e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.12 
 
 		 522 aa  94  9e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.98 
 
 		 556 aa  93.6  1e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.24 
 
 		 556 aa  93.2  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.15 
 
 		 556 aa  93.2  1e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.58 
 
 		 553 aa  92.8  2e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2937  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.83 
 
 		 711 aa  92.8  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0446461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2404  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.35 
 
 		 433 aa  90.1  1e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.35 
 
 		 550 aa  88.2  4e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.4 
 
 		 548 aa  87.4  8e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.1 
 
 		 522 aa  86.7  0.000000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.41 
 
 		 515 aa  87  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.65 
 
 		 526 aa  85.1  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.82 
 
 		 534 aa  85.5  0.000000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  27.99 
 
 		 563 aa  84  0.000000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  27.99 
 
 		 563 aa  84  0.000000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.65 
 
 		 523 aa  83.6  0.000000000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  27.99 
 
 		 563 aa  83.6  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  25.09 
 
 		 528 aa  82  0.00000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.55 
 
 		 553 aa  82  0.00000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3130  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.38 
 
 		 1182 aa  81.6  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.456841  normal  0.396058 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0134  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase  25.38 
 
 		 480 aa  79.7  0.0000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.32 
 
 		 518 aa  79.7  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  25.28 
 
 		 522 aa  77.4  0.0000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.85 
 
 		 526 aa  76.6  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5219  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.4 
 
 		 1150 aa  75.9  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000490282  unclonable  0.0000721023 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.74 
 
 		 549 aa  73.9  0.000000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13500  choline dehydrogenase-like flavoprotein  25.14 
 
 		 569 aa  72.4  0.00000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.88 
 
 		 522 aa  72.8  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1066  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.62 
 
 		 415 aa  71.2  0.00000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0950  oxidoreductase, GMC family  25.62 
 
 		 415 aa  71.2  0.00000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01429  choline oxidase (CodA), putative (AFU_orthologue; AFUA_8G04090)  23.62 
 
 		 542 aa  68.6  0.0000000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.262126 
 
 
-
 
NC_003296  RS05823  hypothetical protein  29 
 
 		 1150 aa  68.6  0.0000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.483181 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.76 
 
 		 572 aa  67  0.0000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13443  cholesterol oxidase precursor choD  25 
 
 		 578 aa  65.9  0.000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0394432  normal  0.107199 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0294  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.6 
 
 		 666 aa  65.9  0.000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.254174 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1363  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.02 
 
 		 511 aa  65.9  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0546  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.46 
 
 		 535 aa  65.9  0.000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0457672  hitchhiker  0.00344637 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1417  GMC oxidoreductase family protein  24.86 
 
 		 632 aa  65.5  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2309  iron-sulfur cluster-binding domain-containing protein  24.82 
 
 		 696 aa  65.5  0.000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>