More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_2404 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_2404  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 433 aa  893    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1066  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.38 
 
 		 415 aa  273  6e-72  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0950  oxidoreductase, GMC family  37.38 
 
 		 415 aa  273  6e-72  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1397  hypothetical protein  29.17 
 
 		 397 aa  155  2e-36  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0501  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.26 
 
 		 386 aa  153  7e-36  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1229  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.07 
 
 		 386 aa  151  2e-35  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.45834  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1407  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.91 
 
 		 386 aa  146  7.0000000000000006e-34  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0166  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.8 
 
 		 412 aa  137  4e-31  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  hitchhiker  0.0000226787  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23820  choline dehydrogenase-like flavoprotein  28.24 
 
 		 427 aa  130  5.0000000000000004e-29  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.432756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10500  oxidoreductase  26.56 
 
 		 629 aa  100  6e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  6.63635e-27  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1198  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.32 
 
 		 506 aa  92  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.016113  hitchhiker  0.00093802 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0822  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.8 
 
 		 548 aa  86.3  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3885  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.05 
 
 		 657 aa  81.3  0.00000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0361695  normal  0.12202 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1363  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.47 
 
 		 511 aa  80.1  0.00000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2097  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.48 
 
 		 470 aa  79  0.0000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.00213522  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0994  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.02 
 
 		 505 aa  78.6  0.0000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0279763  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.57 
 
 		 556 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4708  Choline dehydrogenase  24.85 
 
 		 513 aa  71.6  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4522  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.1 
 
 		 520 aa  70.9  0.00000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.464516  normal  0.3464 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.29 
 
 		 556 aa  70.1  0.00000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00623  long chain fatty alcohol oxidase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G17110)  22.31 
 
 		 745 aa  68.9  0.0000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.345433  normal  0.817488 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_32359  long chain fatty acid oxidase  23.6 
 
 		 697 aa  69.3  0.0000000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.550643  normal  0.383222 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3248  hypothetical protein  24.02 
 
 		 480 aa  68.2  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.713925  normal  0.212703 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1624  choline dehydrogenase  26.56 
 
 		 558 aa  68.2  0.0000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.529123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1639  choline dehydrogenase  26.23 
 
 		 558 aa  67  0.0000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.58518 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3726  choline dehydrogenase  25.08 
 
 		 567 aa  66.6  0.0000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.191041  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1840  GMC oxidoreductase  24.2 
 
 		 534 aa  66.6  0.0000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000489986  normal  0.328535 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2587  glucose-methanol-choline oxidoreductase  20.97 
 
 		 658 aa  65.1  0.000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3452  hypothetical protein  24.63 
 
 		 480 aa  64.7  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0700524  normal  0.443587 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1397  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.75 
 
 		 532 aa  64.7  0.000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.09 
 
 		 547 aa  63.9  0.000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.64 
 
 		 552 aa  63.9  0.000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3099  choline dehydrogenase  27.05 
 
 		 562 aa  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3718  hypothetical protein  24.17 
 
 		 483 aa  63.5  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12661  hypothetical protein  21.37 
 
 		 522 aa  63.5  0.000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_90828  long chain fatty acid oxidase  21 
 
 		 699 aa  63.2  0.000000008  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.654464 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.61 
 
 		 531 aa  62.8  0.00000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.48 
 
 		 531 aa  62.4  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.567592  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0530  choline dehydrogenase  29.03 
 
 		 570 aa  62  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.830173 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.84 
 
 		 531 aa  62.4  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.673966  normal  0.0679471 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.68 
 
 		 548 aa  61.2  0.00000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24 
 
 		 526 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0434  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.26 
 
 		 541 aa  61.2  0.00000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7343  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.07 
 
 		 546 aa  60.5  0.00000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.381853  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_003296  RS05823  hypothetical protein  27.46 
 
 		 1150 aa  60.5  0.00000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.483181 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2604  choline dehydrogenase  28.52 
 
 		 562 aa  60.1  0.00000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142768 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  23.39 
 
 		 522 aa  59.7  0.00000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0958  GMC family oxidoreductase  27.7 
 
 		 532 aa  59.3  0.0000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3840  choline dehydrogenase  28.04 
 
 		 561 aa  59.7  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0899  GMC family oxidoreductase  27.7 
 
 		 532 aa  59.3  0.0000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.886406  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2869  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.64 
 
 		 531 aa  59.3  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02642  choline dehydrogenase  27.27 
 
 		 552 aa  58.9  0.0000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0102  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.02 
 
 		 518 aa  58.5  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2394  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.81 
 
 		 547 aa  58.5  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.330783  normal  0.0251072 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3144  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.45 
 
 		 521 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1035  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.78 
 
 		 609 aa  58.9  0.0000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.77377  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5122  GMC family oxidoreductase  24.51 
 
 		 532 aa  58.2  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5172  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.71 
 
 		 532 aa  58.2  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5751  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.37 
 
 		 539 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4670  choline dehydrogenase-like flavoprotein  23.12 
 
 		 478 aa  58.2  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0703924  normal  0.59002 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4996  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.51 
 
 		 532 aa  58.2  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.15 
 
 		 547 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.76 
 
 		 527 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3815  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.37 
 
 		 539 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.583014  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4553  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.37 
 
 		 539 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.940882 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2688  choline dehydrogenase  22.67 
 
 		 569 aa  57.4  0.0000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2634  choline dehydrogenase  22.67 
 
 		 569 aa  57.4  0.0000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5113  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.22 
 
 		 1132 aa  57.8  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.302627  hitchhiker  0.00736765 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.28 
 
 		 518 aa  57.4  0.0000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4222  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.24 
 
 		 541 aa  57.4  0.0000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.689308 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4100  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.2 
 
 		 515 aa  57.4  0.0000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0908626  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.92 
 
 		 548 aa  57  0.0000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4081  choline dehydrogenase  26.95 
 
 		 560 aa  57  0.0000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6104  dehydrogenase  26.09 
 
 		 521 aa  56.6  0.0000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011684  PHATRDRAFT_48204  predicted protein  23.94 
 
 		 786 aa  56.2  0.000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.3526  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6992  Choline dehydrogenase and related flavoprotein- like protein  24.9 
 
 		 551 aa  56.2  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.175561  normal  0.0479417 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0715  choline dehydrogenase  26.57 
 
 		 572 aa  56.2  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00120252  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0991  choline dehydrogenase  25.74 
 
 		 552 aa  55.8  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0436021  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3734  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.91 
 
 		 539 aa  56.2  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.569573  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1428  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.94 
 
 		 544 aa  56.2  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0130  choline dehydrogenase  28 
 
 		 547 aa  55.8  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.0000000105235  normal  0.777409 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0343  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.38 
 
 		 532 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4350  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.73 
 
 		 526 aa  55.1  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.66 
 
 		 573 aa  55.5  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.024834 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2587  choline dehydrogenase  26.64 
 
 		 556 aa  55.1  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.676646  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5162  Choline dehydrogenase  26.28 
 
 		 541 aa  54.7  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0769143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4189  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.1 
 
 		 537 aa  54.7  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0075  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.01 
 
 		 548 aa  55.1  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0217236  hitchhiker  0.000000000166725 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2822  choline dehydrogenase  27.11 
 
 		 551 aa  55.1  0.000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0874  choline dehydrogenase  24.22 
 
 		 565 aa  54.7  0.000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.526772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04780  oxidoreductase  26.02 
 
 		 531 aa  54.7  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6549  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.33 
 
 		 539 aa  54.3  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2644  choline dehydrogenase  26.62 
 
 		 574 aa  54.3  0.000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3131  normal  0.995844 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.5 
 
 		 528 aa  54.3  0.000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3651  choline dehydrogenase  27.01 
 
 		 553 aa  54.3  0.000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5219  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.92 
 
 		 1150 aa  53.9  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000490282  unclonable  0.0000721023 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  23.99 
 
 		 547 aa  54.3  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3758  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.57 
 
 		 533 aa  53.9  0.000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.57 
 
 		 533 aa  53.9  0.000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.57 
 
 		 533 aa  53.5  0.000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839978 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>