More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1428 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1428  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 544 aa  1124    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1258  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.64 
 
 		 571 aa  533  1e-150  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.564674  decreased coverage  0.00861873 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2727  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.87 
 
 		 525 aa  357  2.9999999999999997e-97  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0412228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0102  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.62 
 
 		 518 aa  343  5e-93  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3136  choline dehydrogenase  37.15 
 
 		 531 aa  330  3e-89  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4961  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.14 
 
 		 529 aa  319  7.999999999999999e-86  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0991  choline dehydrogenase  38.3 
 
 		 552 aa  318  1e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0436021  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3840  choline dehydrogenase  37.05 
 
 		 561 aa  317  4e-85  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0553  choline dehydrogenase  36.42 
 
 		 549 aa  316  6e-85  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.93918  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1882  choline dehydrogenase  36.72 
 
 		 551 aa  316  6e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0554  choline dehydrogenase  36.42 
 
 		 549 aa  316  8e-85  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0323  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.89 
 
 		 562 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.518363  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4708  Choline dehydrogenase  39.02 
 
 		 513 aa  313  3.9999999999999997e-84  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.26 
 
 		 534 aa  309  6.999999999999999e-83  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2709  choline dehydrogenase  35.27 
 
 		 549 aa  309  8e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4382  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.93 
 
 		 546 aa  309  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4657  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.41 
 
 		 537 aa  309  1.0000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3708  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.42 
 
 		 543 aa  306  6e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2890  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.55 
 
 		 534 aa  305  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.561362  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1351  choline dehydrogenase  36.28 
 
 		 561 aa  304  3.0000000000000004e-81  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.875987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0562  choline dehydrogenase  35.73 
 
 		 549 aa  304  3.0000000000000004e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.55111 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3035  choline dehydrogenase  36.28 
 
 		 561 aa  304  3.0000000000000004e-81  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.82163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1315  choline dehydrogenase  36.28 
 
 		 561 aa  304  3.0000000000000004e-81  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1325  choline dehydrogenase  36.28 
 
 		 561 aa  304  3.0000000000000004e-81  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1334  choline dehydrogenase  35.86 
 
 		 560 aa  303  4.0000000000000003e-81  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3099  choline dehydrogenase  35.86 
 
 		 562 aa  303  5.000000000000001e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1144  choline dehydrogenase  35.85 
 
 		 551 aa  303  7.000000000000001e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.09 
 
 		 542 aa  302  1e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.33687  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0856  choline dehydrogenase  35.8 
 
 		 548 aa  302  1e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1119  choline dehydrogenase  35.48 
 
 		 564 aa  301  2e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0803  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.77 
 
 		 581 aa  301  2e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1946  choline dehydrogenase  35.48 
 
 		 560 aa  301  2e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.110511  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4010  choline dehydrogenase  35.55 
 
 		 561 aa  300  3e-80  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0405578  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2184  choline dehydrogenase  35.61 
 
 		 548 aa  301  3e-80  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1007  choline dehydrogenase  36.16 
 
 		 565 aa  300  4e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2190  choline dehydrogenase, a flavoprotein  35.58 
 
 		 541 aa  300  5e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5443  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.67 
 
 		 542 aa  298  1e-79  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.078996  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2072  choline dehydrogenase  35.48 
 
 		 562 aa  299  1e-79  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0889  choline dehydrogenase  34.59 
 
 		 549 aa  298  2e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2644  choline dehydrogenase  34.01 
 
 		 574 aa  297  3e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3131  normal  0.995844 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0776  choline dehydrogenase  34.4 
 
 		 549 aa  296  5e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0802775 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2587  choline dehydrogenase  34.22 
 
 		 556 aa  296  7e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.676646  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0084  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.75 
 
 		 561 aa  294  2e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0715  choline dehydrogenase  35.83 
 
 		 572 aa  295  2e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00120252  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3020  choline dehydrogenase  36.77 
 
 		 553 aa  293  4e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.754568 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2481  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.33 
 
 		 534 aa  293  5e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.236507  normal  0.407022 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6820  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.67 
 
 		 602 aa  292  1e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4456  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.66 
 
 		 531 aa  292  1e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.691807  normal  0.0210476 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1196  choline dehydrogenase  35.07 
 
 		 565 aa  292  1e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000414657 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0082  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.39 
 
 		 578 aa  291  2e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.111773  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7146  Choline dehydrogenase  37.5 
 
 		 514 aa  291  2e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0527106 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5650  Choline dehydrogenase  34.67 
 
 		 559 aa  291  2e-77  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1492  choline dehydrogenase  35.47 
 
 		 556 aa  290  4e-77  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1896  choline dehydrogenase  34.98 
 
 		 550 aa  290  4e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.338897 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.81 
 
 		 577 aa  290  5.0000000000000004e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.713026  normal  0.534597 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0201  oxidoreductase, GMC family protein  35 
 
 		 561 aa  290  6e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.260049  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2933  oxidoreductase, GMC family protein  35.19 
 
 		 561 aa  289  7e-77  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3995  GMC family oxidoreductase  35.19 
 
 		 561 aa  289  7e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.530618  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2991  oxidoreductase, GMC family protein  35.19 
 
 		 561 aa  289  7e-77  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3378  oxidoreductase, GMC family protein  35.19 
 
 		 561 aa  289  7e-77  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.869228  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1610  oxidoreductase, GMC family protein  35.19 
 
 		 561 aa  289  7e-77  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0073  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.02 
 
 		 561 aa  289  8e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0100  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.38 
 
 		 561 aa  289  8e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2973  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.38 
 
 		 578 aa  289  1e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0082  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.38 
 
 		 578 aa  289  1e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0327  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.82 
 
 		 522 aa  288  2e-76  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.330808 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2869  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.59 
 
 		 531 aa  288  2e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5015  choline dehydrogenase, a flavoprotein  35.42 
 
 		 557 aa  288  2e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00654928  normal  0.219358 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3345  putative choline dehydrogenase lipoprotein oxidoreductase  36.45 
 
 		 544 aa  288  2.9999999999999996e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3929  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.03 
 
 		 528 aa  287  2.9999999999999996e-76  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3226  choline dehydrogenase  36.45 
 
 		 556 aa  287  4e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.191345 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1348  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.79 
 
 		 555 aa  286  5e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4069  GMC family oxidoreductase  34.81 
 
 		 561 aa  286  5.999999999999999e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4081  choline dehydrogenase  34.15 
 
 		 560 aa  285  1.0000000000000001e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3332  oxidoreductase, GMC family protein  35.21 
 
 		 561 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2604  choline dehydrogenase  35.1 
 
 		 562 aa  285  2.0000000000000002e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142768 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3717  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.59 
 
 		 531 aa  284  3.0000000000000004e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.975922 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4528  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.03 
 
 		 550 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.167866 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3540  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.06 
 
 		 544 aa  284  3.0000000000000004e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.200796 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3916  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.19 
 
 		 570 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02642  choline dehydrogenase  34.22 
 
 		 552 aa  284  3.0000000000000004e-75  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4282  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.32 
 
 		 541 aa  283  4.0000000000000003e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0936618  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3840  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.69 
 
 		 544 aa  283  4.0000000000000003e-75  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.397758  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2310  choline dehydrogenase  33.9 
 
 		 548 aa  283  5.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.568209  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0016  GMC family oxidoreductase  35.41 
 
 		 571 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3595  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.21 
 
 		 549 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000364  choline dehydrogenase  34.52 
 
 		 571 aa  283  5.000000000000001e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06179  choline dehydrogenase  34.09 
 
 		 569 aa  283  5.000000000000001e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6778  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.4 
 
 		 539 aa  283  6.000000000000001e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.485614  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01161  hypothetical alcohol dehydrogenase  35.38 
 
 		 550 aa  283  7.000000000000001e-75  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0477  Choline dehydrogenase  35.4 
 
 		 531 aa  283  7.000000000000001e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4377  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.39 
 
 		 551 aa  282  9e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1236  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.27 
 
 		 518 aa  281  1e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.116921  normal  0.443718 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4278  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.77 
 
 		 546 aa  282  1e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.942105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4810  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.96 
 
 		 534 aa  281  1e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4865  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.09 
 
 		 539 aa  281  2e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.69396  normal  0.438414 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3651  choline dehydrogenase  37.04 
 
 		 553 aa  281  2e-74  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.27 
 
 		 546 aa  280  3e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10850  putative dehydrogenase  36.1 
 
 		 559 aa  281  3e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000000202363  normal  0.801894 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6272  putative choline (or alcohol) dehydrogenase  35.7 
 
 		 544 aa  280  4e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>