More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4810 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4810  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 534 aa  1092    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2190  choline dehydrogenase, a flavoprotein  54.36 
 
 		 541 aa  590  1e-167  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2890  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.96 
 
 		 534 aa  564  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.561362  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4519  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.48 
 
 		 542 aa  561  1e-158  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0149458  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4282  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.42 
 
 		 541 aa  556  1e-157  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0936618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0804  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.22 
 
 		 540 aa  550  1e-155  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.271201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.15 
 
 		 537 aa  545  1e-154  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.979094 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6221  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.51 
 
 		 551 aa  541  1e-153  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.768834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4528  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.61 
 
 		 550 aa  545  1e-153  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.167866 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3836  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.77 
 
 		 552 aa  542  1e-153  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0698  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.32 
 
 		 551 aa  538  1e-151  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.763915  decreased coverage  0.00316946 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5947  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.32 
 
 		 550 aa  535  1e-150  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4377  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.13 
 
 		 551 aa  535  1e-150  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4865  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.13 
 
 		 539 aa  534  1e-150  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.69396  normal  0.438414 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2005  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.57 
 
 		 551 aa  531  1e-149  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4211  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.69 
 
 		 559 aa  527  1e-148  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.380149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2644  choline dehydrogenase  47.16 
 
 		 574 aa  504  1e-141  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3131  normal  0.995844 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6414  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.06 
 
 		 569 aa  503  1e-141  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.981458 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6126  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.88 
 
 		 569 aa  499  1e-140  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939433 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4278  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.25 
 
 		 546 aa  497  1e-139  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.942105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1348  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.53 
 
 		 555 aa  485  1e-136  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.11 
 
 		 536 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.25 
 
 		 577 aa  478  1e-134  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.713026  normal  0.534597 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3611  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.27 
 
 		 534 aa  473  1e-132  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0082  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.69 
 
 		 578 aa  472  1e-132  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1169  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.28 
 
 		 544 aa  473  1e-132  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.301297 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0100  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.69 
 
 		 561 aa  472  1e-132  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2973  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.69 
 
 		 578 aa  472  1e-132  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2933  oxidoreductase, GMC family protein  46.37 
 
 		 561 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3378  oxidoreductase, GMC family protein  46.37 
 
 		 561 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.869228  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0201  oxidoreductase, GMC family protein  46.37 
 
 		 561 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.260049  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0084  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.25 
 
 		 561 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2991  oxidoreductase, GMC family protein  46.37 
 
 		 561 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1610  oxidoreductase, GMC family protein  46.37 
 
 		 561 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3995  GMC family oxidoreductase  46.37 
 
 		 561 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.530618  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6820  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.07 
 
 		 602 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0073  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.25 
 
 		 561 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4293  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.15 
 
 		 567 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.485972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4024  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.7 
 
 		 533 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0082  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.13 
 
 		 578 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.111773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3358  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.57 
 
 		 550 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.442957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3292  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.7 
 
 		 533 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4518  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.16 
 
 		 550 aa  465  9.999999999999999e-131  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4069  GMC family oxidoreductase  46.18 
 
 		 561 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2379  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.35 
 
 		 571 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3345  putative choline dehydrogenase lipoprotein oxidoreductase  45.44 
 
 		 544 aa  462  1e-129  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6373  glucose-methanol-choline oxidoreductase:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  45.72 
 
 		 540 aa  465  1e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3540  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.87 
 
 		 544 aa  463  1e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.200796 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3373  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.73 
 
 		 553 aa  464  1e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2869  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.74 
 
 		 531 aa  464  1e-129  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0102  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.6 
 
 		 518 aa  458  9.999999999999999e-129  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5162  Choline dehydrogenase  44.32 
 
 		 541 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0769143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3651  choline dehydrogenase  47.5 
 
 		 553 aa  461  9.999999999999999e-129  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.64 
 
 		 546 aa  460  9.999999999999999e-129  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0016  GMC family oxidoreductase  44.24 
 
 		 571 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5015  choline dehydrogenase, a flavoprotein  48.26 
 
 		 557 aa  459  9.999999999999999e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00654928  normal  0.219358 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5265  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.75 
 
 		 546 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.371791  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3050  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.05 
 
 		 564 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3214  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.49 
 
 		 544 aa  461  9.999999999999999e-129  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.68 
 
 		 531 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.567592  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1712  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.38 
 
 		 536 aa  457  1e-127  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.334858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3372  glucose-methanol-choline oxidoreductase:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  44.99 
 
 		 539 aa  457  1e-127  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3734  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.04 
 
 		 539 aa  457  1e-127  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.569573  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3916  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.49 
 
 		 570 aa  456  1e-127  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0056  GMC family oxidoreductase  44.22 
 
 		 550 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000620913 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6015  choline dehydrogenase  45.69 
 
 		 570 aa  453  1.0000000000000001e-126  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.386009  normal  0.639563 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2604  choline dehydrogenase  45.71 
 
 		 562 aa  454  1.0000000000000001e-126  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142768 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3287  hypothetical protein  45.08 
 
 		 533 aa  455  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1613  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.51 
 
 		 533 aa  453  1.0000000000000001e-126  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.604937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0996  alcohol dehydrogenase  47.55 
 
 		 559 aa  455  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1949  GMC family oxidoreductase  45.62 
 
 		 550 aa  449  1e-125  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0586145  unclonable  0.000000512241 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0072  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.4 
 
 		 548 aa  449  1e-125  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.010293  normal  0.0125106 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3332  oxidoreductase, GMC family protein  45.62 
 
 		 561 aa  449  1e-125  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4062  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.79 
 
 		 531 aa  449  1e-125  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.39 
 
 		 556 aa  449  1e-125  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10850  putative dehydrogenase  46.69 
 
 		 559 aa  449  1e-125  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000000202363  normal  0.801894 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3754  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.32 
 
 		 537 aa  449  1e-125  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.674224  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6778  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.99 
 
 		 539 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.485614  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0072  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.4 
 
 		 548 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000289824 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3566  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.49 
 
 		 539 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5514  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.11 
 
 		 537 aa  447  1.0000000000000001e-124  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3754  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.8 
 
 		 552 aa  448  1.0000000000000001e-124  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1579  GMC family oxidoreductase  43.69 
 
 		 538 aa  443  1e-123  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0884  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.42 
 
 		 553 aa  444  1e-123  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.275807  normal  0.461656 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.33 
 
 		 541 aa  442  1e-123  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0882717  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0958  GMC family oxidoreductase  43.73 
 
 		 532 aa  443  1e-123  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4961  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.51 
 
 		 529 aa  445  1e-123  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7484  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.53 
 
 		 540 aa  444  1e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0332  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.83 
 
 		 544 aa  442  1e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1733  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.3 
 
 		 549 aa  442  1e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0167412  normal  0.0176419 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3840  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.24 
 
 		 544 aa  444  1e-123  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.397758  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3099  choline dehydrogenase  44.85 
 
 		 562 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.78 
 
 		 531 aa  445  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.673966  normal  0.0679471 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0899  GMC family oxidoreductase  43.54 
 
 		 532 aa  441  9.999999999999999e-123  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.886406  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4657  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.48 
 
 		 537 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6272  putative choline (or alcohol) dehydrogenase  45.72 
 
 		 544 aa  439  9.999999999999999e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0715  choline dehydrogenase  43.89 
 
 		 572 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00120252  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1582  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.63 
 
 		 533 aa  439  9.999999999999999e-123  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01161  hypothetical alcohol dehydrogenase  43.18 
 
 		 550 aa  439  9.999999999999999e-123  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3521  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.8 
 
 		 555 aa  440  9.999999999999999e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.597773 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>