More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1582 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1582  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 533 aa  1076    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2190  choline dehydrogenase, a flavoprotein  47.54 
 
 		 541 aa  454  1.0000000000000001e-126  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4961  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.98 
 
 		 529 aa  444  1e-123  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0102  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.14 
 
 		 518 aa  442  1e-123  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.05 
 
 		 536 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.28 
 
 		 546 aa  440  9.999999999999999e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4810  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.63 
 
 		 534 aa  439  9.999999999999999e-123  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4519  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.18 
 
 		 542 aa  437  1e-121  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0149458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5443  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.25 
 
 		 542 aa  436  1e-121  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.078996  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4282  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.34 
 
 		 541 aa  434  1e-120  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0936618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0715  choline dehydrogenase  42.78 
 
 		 572 aa  433  1e-120  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00120252  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2644  choline dehydrogenase  44.32 
 
 		 574 aa  434  1e-120  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3131  normal  0.995844 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3836  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.72 
 
 		 552 aa  431  1e-119  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.11 
 
 		 563 aa  426  1e-118  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0279119  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2587  choline dehydrogenase  42.8 
 
 		 556 aa  427  1e-118  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.676646  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5947  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.82 
 
 		 550 aa  424  1e-117  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0804  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.78 
 
 		 540 aa  422  1e-117  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.271201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.54 
 
 		 537 aa  425  1e-117  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.979094 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0991  choline dehydrogenase  45.44 
 
 		 552 aa  419  1e-116  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0436021  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0996  alcohol dehydrogenase  45.22 
 
 		 559 aa  420  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6778  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.4 
 
 		 539 aa  419  1e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.485614  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1543  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.83 
 
 		 530 aa  420  1e-116  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1348  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.61 
 
 		 555 aa  419  1e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0437  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.74 
 
 		 532 aa  420  1e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.253187  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1199  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.73 
 
 		 530 aa  422  1e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1213  putative alcohol dehydrogenase (acceptor)  46 
 
 		 534 aa  421  1e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2604  choline dehydrogenase  45.54 
 
 		 562 aa  417  9.999999999999999e-116  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142768 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2513  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.82 
 
 		 571 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0138495  normal  0.356512 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3708  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.7 
 
 		 543 aa  416  9.999999999999999e-116  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1325  choline dehydrogenase  42.21 
 
 		 561 aa  412  1e-114  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3434  GMC family oxidoreductase  42.45 
 
 		 539 aa  412  1e-114  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3035  choline dehydrogenase  42.21 
 
 		 561 aa  412  1e-114  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.82163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.64 
 
 		 541 aa  413  1e-114  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0882717  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4657  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.59 
 
 		 537 aa  413  1e-114  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1315  choline dehydrogenase  42.21 
 
 		 561 aa  412  1e-114  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2869  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.59 
 
 		 531 aa  414  1e-114  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1351  choline dehydrogenase  42.21 
 
 		 561 aa  412  1e-114  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.875987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10850  putative dehydrogenase  44.28 
 
 		 559 aa  414  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000000202363  normal  0.801894 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3840  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.29 
 
 		 544 aa  410  1e-113  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.397758  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02642  choline dehydrogenase  41.29 
 
 		 552 aa  411  1e-113  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7484  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.81 
 
 		 540 aa  409  1e-113  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6820  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.22 
 
 		 602 aa  410  1e-113  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3919  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.01 
 
 		 572 aa  411  1e-113  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.326511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3020  choline dehydrogenase  44.21 
 
 		 553 aa  410  1e-113  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.754568 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3651  choline dehydrogenase  46.89 
 
 		 553 aa  410  1e-113  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3601  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.82 
 
 		 572 aa  410  1e-113  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.407231  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1949  GMC family oxidoreductase  44.59 
 
 		 550 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0586145  unclonable  0.000000512241 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1119  choline dehydrogenase  41.25 
 
 		 564 aa  408  1.0000000000000001e-112  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2890  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.97 
 
 		 534 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.561362  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3099  choline dehydrogenase  43.43 
 
 		 562 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6015  choline dehydrogenase  45.39 
 
 		 570 aa  405  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.386009  normal  0.639563 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3840  choline dehydrogenase  42.48 
 
 		 561 aa  408  1.0000000000000001e-112  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3792  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.28 
 
 		 535 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3744  choline dehydrogenase  45.01 
 
 		 554 aa  404  1e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0339169  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0477  Choline dehydrogenase  44.84 
 
 		 531 aa  402  1e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2072  choline dehydrogenase  40.68 
 
 		 562 aa  405  1e-111  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3734  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.76 
 
 		 539 aa  404  1e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.569573  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5337  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.97 
 
 		 600 aa  402  1e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.231686 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4186  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.03 
 
 		 546 aa  405  1e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.296115 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4010  choline dehydrogenase  41.52 
 
 		 561 aa  402  9.999999999999999e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0405578  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6373  glucose-methanol-choline oxidoreductase:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  43.76 
 
 		 540 aa  399  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2378  Choline dehydrogenase  45.49 
 
 		 551 aa  401  9.999999999999999e-111  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.448643  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1196  choline dehydrogenase  41.24 
 
 		 565 aa  401  9.999999999999999e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000414657 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0530  choline dehydrogenase  44.21 
 
 		 570 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.830173 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4062  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.07 
 
 		 531 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0572  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.36 
 
 		 531 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0931268  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.81 
 
 		 534 aa  400  9.999999999999999e-111  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3595  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.3 
 
 		 549 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0698  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.58 
 
 		 551 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.763915  decreased coverage  0.00316946 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3910  Choline dehydrogenase  45.01 
 
 		 531 aa  399  9.999999999999999e-111  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1946  choline dehydrogenase  40.3 
 
 		 560 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.110511  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3717  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.65 
 
 		 531 aa  401  9.999999999999999e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.975922 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0332  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.42 
 
 		 544 aa  398  1e-109  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1334  choline dehydrogenase  41.14 
 
 		 560 aa  397  1e-109  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3506  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.49 
 
 		 575 aa  395  1e-109  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.145411  normal  0.0815254 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4081  choline dehydrogenase  40.19 
 
 		 560 aa  396  1e-109  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6272  putative choline (or alcohol) dehydrogenase  44.01 
 
 		 544 aa  397  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2458  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.11 
 
 		 554 aa  397  1e-109  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.144677  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5650  Choline dehydrogenase  43.04 
 
 		 559 aa  394  1e-108  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4377  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.05 
 
 		 551 aa  395  1e-108  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3754  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.63 
 
 		 537 aa  394  1e-108  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.674224  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6221  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.77 
 
 		 551 aa  393  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.768834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3540  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.02 
 
 		 544 aa  393  1e-108  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.200796 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1613  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.83 
 
 		 533 aa  392  1e-108  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.604937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3754  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.06 
 
 		 552 aa  392  1e-108  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6414  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.47 
 
 		 569 aa  393  1e-108  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.981458 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3345  putative choline dehydrogenase lipoprotein oxidoreductase  43.67 
 
 		 544 aa  390  1e-107  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3762  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.73 
 
 		 552 aa  392  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1007  choline dehydrogenase  40.49 
 
 		 565 aa  390  1e-107  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.56 
 
 		 531 aa  390  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.567592  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6848  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.08 
 
 		 556 aa  389  1e-107  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.90225 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1169  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.29 
 
 		 544 aa  391  1e-107  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.301297 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0082  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.36 
 
 		 578 aa  389  1e-107  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.111773  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4211  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.72 
 
 		 559 aa  389  1e-107  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.380149  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5514  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.37 
 
 		 537 aa  389  1e-107  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1487  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.96 
 
 		 551 aa  390  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.354481  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6126  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.47 
 
 		 569 aa  391  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939433 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4278  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.16 
 
 		 546 aa  391  1e-107  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.942105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3226  choline dehydrogenase  44.8 
 
 		 556 aa  388  1e-106  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.191345 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3847  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.83 
 
 		 534 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.917916  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>