More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3611 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009504  BOV_A0899  GMC family oxidoreductase  62.17 
 
 		 532 aa  694    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.886406  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0056  GMC family oxidoreductase  60.64 
 
 		 550 aa  683    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000620913 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0188  glucose-methanol-choline oxidoreductase  59.01 
 
 		 552 aa  653    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3345  putative choline dehydrogenase lipoprotein oxidoreductase  62.5 
 
 		 544 aa  691    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0075  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.64 
 
 		 548 aa  679    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0217236  hitchhiker  0.000000000166725 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3540  glucose-methanol-choline oxidoreductase  61.17 
 
 		 544 aa  681    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.200796 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3916  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.87 
 
 		 570 aa  679    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0958  GMC family oxidoreductase  62.36 
 
 		 532 aa  695    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2933  oxidoreductase, GMC family protein  60.87 
 
 		 561 aa  672    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3995  GMC family oxidoreductase  60.87 
 
 		 561 aa  672    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.530618  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3372  glucose-methanol-choline oxidoreductase:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  63.07 
 
 		 539 aa  691    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3803  putative choline dehydrogenase lipoprotein oxidoreductase  58.15 
 
 		 548 aa  640    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0363471 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0364  glucose-methanol-choline oxidoreductase  58.55 
 
 		 618 aa  652    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  59.85 
 
 		 557 aa  663    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.335762 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0201  oxidoreductase, GMC family protein  60.68 
 
 		 561 aa  671    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.260049  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4024  glucose-methanol-choline oxidoreductase  64.24 
 
 		 533 aa  712    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1397  glucose-methanol-choline oxidoreductase  62.05 
 
 		 532 aa  697    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3358  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.84 
 
 		 550 aa  683    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.442957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1712  glucose-methanol-choline oxidoreductase  63.07 
 
 		 536 aa  704    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.334858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3378  oxidoreductase, GMC family protein  60.87 
 
 		 561 aa  672    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.869228  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3292  glucose-methanol-choline oxidoreductase  64.24 
 
 		 533 aa  712    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1426  putative GMC-type oxidoreductase  62.26 
 
 		 557 aa  676    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3611  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 534 aa  1097    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3373  glucose-methanol-choline oxidoreductase  61.96 
 
 		 553 aa  688    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  61.25 
 
 		 577 aa  682    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.713026  normal  0.534597 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2379  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.68 
 
 		 571 aa  678    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0072  glucose-methanol-choline oxidoreductase  61.02 
 
 		 548 aa  683    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000289824 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3332  oxidoreductase, GMC family protein  60.11 
 
 		 561 aa  652    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1733  glucose-methanol-choline oxidoreductase  59.77 
 
 		 549 aa  656    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0167412  normal  0.0176419 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2869  glucose-methanol-choline oxidoreductase  64.26 
 
 		 531 aa  731    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0082  glucose-methanol-choline oxidoreductase  62.38 
 
 		 578 aa  690    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.111773  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1610  oxidoreductase, GMC family protein  60.87 
 
 		 561 aa  672    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0016  GMC family oxidoreductase  61.06 
 
 		 571 aa  681    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  62.19 
 
 		 556 aa  666    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3050  glucose-methanol-choline oxidoreductase  59.92 
 
 		 564 aa  672    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0100  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.87 
 
 		 561 aa  678    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3214  glucose-methanol-choline oxidoreductase  61.36 
 
 		 544 aa  682    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3566  glucose-methanol-choline oxidoreductase  59.01 
 
 		 539 aa  644    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4069  GMC family oxidoreductase  60.49 
 
 		 561 aa  667    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3287  hypothetical protein  63.67 
 
 		 533 aa  694    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2991  oxidoreductase, GMC family protein  60.87 
 
 		 561 aa  672    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5162  Choline dehydrogenase  84.95 
 
 		 541 aa  941    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0769143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3521  glucose-methanol-choline oxidoreductase  61.77 
 
 		 555 aa  680    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.597773 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0084  glucose-methanol-choline oxidoreductase  61.25 
 
 		 561 aa  683    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  57.9 
 
 		 575 aa  640    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.214688 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0072  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.83 
 
 		 548 aa  684    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.010293  normal  0.0125106 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2973  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.87 
 
 		 578 aa  677    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  62.17 
 
 		 531 aa  702    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.567592  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5265  glucose-methanol-choline oxidoreductase  59.4 
 
 		 546 aa  638    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.371791  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3734  glucose-methanol-choline oxidoreductase  63.17 
 
 		 539 aa  699    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.569573  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3245  glucose-methanol-choline oxidoreductase  58.89 
 
 		 556 aa  646    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0073  glucose-methanol-choline oxidoreductase  61.25 
 
 		 561 aa  682    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4293  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.49 
 
 		 567 aa  672    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.485972  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16390  putative GMC-type oxidoreductase  61.51 
 
 		 557 aa  677    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  61.98 
 
 		 531 aa  703    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.673966  normal  0.0679471 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0082  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.87 
 
 		 578 aa  677    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4251  glucose-methanol-choline oxidoreductase  58.82 
 
 		 539 aa  633  1e-180  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.773505  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4518  glucose-methanol-choline oxidoreductase  57.87 
 
 		 550 aa  625  1e-178  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.8 
 
 		 547 aa  626  1e-178  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.141234 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0301  glucose-methanol-choline oxidoreductase  57.09 
 
 		 542 aa  624  1e-177  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2981  GMC-type oxidoreductase  58.63 
 
 		 539 aa  624  1e-177  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.172421  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0229  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.07 
 
 		 580 aa  623  1e-177  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0180  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.18 
 
 		 578 aa  619  1e-176  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0353  choline dehydrogenase  56.31 
 
 		 539 aa  619  1e-176  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3918  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.36 
 
 		 569 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0305  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.23 
 
 		 564 aa  605  9.999999999999999e-173  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0911  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.99 
 
 		 556 aa  608  9.999999999999999e-173  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0249  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.05 
 
 		 569 aa  600  1e-170  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.356601 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.23 
 
 		 564 aa  600  1e-170  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2656  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.79 
 
 		 564 aa  570  1e-161  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.999254 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2628  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.79 
 
 		 564 aa  570  1e-161  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.339327  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2672  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.79 
 
 		 564 aa  570  1e-161  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.382938 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2938  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.81 
 
 		 564 aa  558  1e-158  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.146353  normal  0.267475 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3230  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.81 
 
 		 558 aa  557  1e-157  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.955883  normal  0.0235676 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2190  choline dehydrogenase, a flavoprotein  49.71 
 
 		 541 aa  533  1e-150  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4282  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.81 
 
 		 541 aa  535  1e-150  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0936618  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5947  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.91 
 
 		 550 aa  515  1.0000000000000001e-145  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2005  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.24 
 
 		 551 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4528  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.58 
 
 		 550 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.167866 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0804  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.81 
 
 		 540 aa  514  1e-144  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.271201  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3836  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.68 
 
 		 552 aa  514  1e-144  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6221  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.58 
 
 		 551 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.768834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4377  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.02 
 
 		 551 aa  503  1e-141  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0698  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.2 
 
 		 551 aa  503  1e-141  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.763915  decreased coverage  0.00316946 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4519  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.48 
 
 		 542 aa  496  1e-139  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0149458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4211  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50 
 
 		 559 aa  489  1e-137  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.380149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1348  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.94 
 
 		 555 aa  488  1e-136  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.69 
 
 		 537 aa  486  1e-136  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.979094 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2890  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.26 
 
 		 534 aa  472  1e-132  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.561362  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4810  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.27 
 
 		 534 aa  473  1e-132  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6126  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.87 
 
 		 569 aa  475  1e-132  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939433 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6414  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.68 
 
 		 569 aa  474  1e-132  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.981458 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.61 
 
 		 536 aa  474  1e-132  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4278  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.11 
 
 		 546 aa  468  1.0000000000000001e-131  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.942105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2644  choline dehydrogenase  43.81 
 
 		 574 aa  455  1.0000000000000001e-126  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3131  normal  0.995844 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4865  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.38 
 
 		 539 aa  451  1e-125  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.69396  normal  0.438414 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.18 
 
 		 546 aa  446  1.0000000000000001e-124  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1613  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.49 
 
 		 533 aa  434  1e-120  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.604937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1119  choline dehydrogenase  42.4 
 
 		 564 aa  432  1e-120  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5443  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.13 
 
 		 542 aa  430  1e-119  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.078996  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>