More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Meso_3754 on replicon NC_008254
Organism: Chelativorans sp. BNC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008254  Meso_3754  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 552 aa  1123    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2644  choline dehydrogenase  48.43 
 
 		 574 aa  509  1e-143  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3131  normal  0.995844 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3708  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.91 
 
 		 543 aa  466  9.999999999999999e-131  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3651  choline dehydrogenase  47.04 
 
 		 553 aa  464  1e-129  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.91 
 
 		 534 aa  463  1e-129  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0804  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.65 
 
 		 540 aa  460  9.999999999999999e-129  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.271201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.22 
 
 		 537 aa  460  9.999999999999999e-129  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.979094 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2190  choline dehydrogenase, a flavoprotein  46.82 
 
 		 541 aa  456  1e-127  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0991  choline dehydrogenase  45.14 
 
 		 552 aa  455  1e-127  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0436021  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3836  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.72 
 
 		 552 aa  450  1e-125  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4519  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.65 
 
 		 542 aa  446  1.0000000000000001e-124  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0149458  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4282  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.42 
 
 		 541 aa  446  1.0000000000000001e-124  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0936618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4810  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.8 
 
 		 534 aa  448  1.0000000000000001e-124  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3744  choline dehydrogenase  45.4 
 
 		 554 aa  441  9.999999999999999e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0339169  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3840  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.13 
 
 		 544 aa  439  9.999999999999999e-123  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.397758  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5947  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.59 
 
 		 550 aa  440  9.999999999999999e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2604  choline dehydrogenase  44.2 
 
 		 562 aa  439  9.999999999999999e-123  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142768 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6414  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.76 
 
 		 569 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.981458 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6126  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.39 
 
 		 569 aa  436  1e-121  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939433 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02642  choline dehydrogenase  41.44 
 
 		 552 aa  432  1e-120  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1031  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.81 
 
 		 539 aa  434  1e-120  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3840  choline dehydrogenase  43.38 
 
 		 561 aa  434  1e-120  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4377  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.99 
 
 		 551 aa  433  1e-120  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2587  choline dehydrogenase  41.22 
 
 		 556 aa  434  1e-120  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.676646  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4081  choline dehydrogenase  40.11 
 
 		 560 aa  429  1e-119  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4211  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.4 
 
 		 559 aa  431  1e-119  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.380149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3717  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.92 
 
 		 531 aa  430  1e-119  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.975922 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1119  choline dehydrogenase  42.81 
 
 		 564 aa  430  1e-119  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0477  Choline dehydrogenase  46.92 
 
 		 531 aa  430  1e-119  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0553  choline dehydrogenase  42.38 
 
 		 549 aa  425  1e-118  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.93918  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1007  choline dehydrogenase  43.22 
 
 		 565 aa  427  1e-118  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2890  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.4 
 
 		 534 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.561362  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0698  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.34 
 
 		 551 aa  427  1e-118  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.763915  decreased coverage  0.00316946 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4278  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.5 
 
 		 546 aa  428  1e-118  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.942105  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3035  choline dehydrogenase  42.54 
 
 		 561 aa  426  1e-118  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.82163  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1946  choline dehydrogenase  42.88 
 
 		 560 aa  427  1e-118  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.110511  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1315  choline dehydrogenase  42.54 
 
 		 561 aa  426  1e-118  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1325  choline dehydrogenase  42.54 
 
 		 561 aa  426  1e-118  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1351  choline dehydrogenase  42.54 
 
 		 561 aa  426  1e-118  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.875987  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3245  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.4 
 
 		 541 aa  424  1e-117  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4010  choline dehydrogenase  42.19 
 
 		 561 aa  423  1e-117  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0405578  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6221  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44 
 
 		 551 aa  424  1e-117  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.768834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0554  choline dehydrogenase  42.19 
 
 		 549 aa  424  1e-117  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2458  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.29 
 
 		 554 aa  424  1e-117  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.144677  n/a   
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4961  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.03 
 
 		 529 aa  419  1e-116  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3020  choline dehydrogenase  43.99 
 
 		 553 aa  422  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.754568 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1543  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.01 
 
 		 530 aa  422  1e-116  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0572  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.24 
 
 		 531 aa  419  1e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0931268  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2781  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.65 
 
 		 538 aa  421  1e-116  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0926901  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2709  choline dehydrogenase  41.82 
 
 		 549 aa  422  1e-116  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1334  choline dehydrogenase  41.82 
 
 		 560 aa  418  9.999999999999999e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6015  choline dehydrogenase  42.19 
 
 		 570 aa  416  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.386009  normal  0.639563 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3099  choline dehydrogenase  42.96 
 
 		 562 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0996  alcohol dehydrogenase  42.86 
 
 		 559 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1196  choline dehydrogenase  42.13 
 
 		 565 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000414657 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2005  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.78 
 
 		 551 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.27 
 
 		 546 aa  416  9.999999999999999e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10850  putative dehydrogenase  42.96 
 
 		 559 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000000202363  normal  0.801894 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01161  hypothetical alcohol dehydrogenase  43.96 
 
 		 550 aa  415  1e-114  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1348  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.88 
 
 		 555 aa  414  1e-114  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6980  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.19 
 
 		 556 aa  413  1e-114  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0315325  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4528  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.87 
 
 		 550 aa  414  1e-114  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.167866 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5443  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.98 
 
 		 542 aa  415  1e-114  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.078996  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0715  choline dehydrogenase  41.7 
 
 		 572 aa  414  1e-114  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00120252  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2223  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.49 
 
 		 531 aa  414  1e-114  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.487572  normal  0.417914 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1882  choline dehydrogenase  42.44 
 
 		 551 aa  413  1e-114  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2310  choline dehydrogenase  43.59 
 
 		 548 aa  413  1e-114  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.568209  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5650  Choline dehydrogenase  46.06 
 
 		 559 aa  409  1e-113  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0856  choline dehydrogenase  42.51 
 
 		 548 aa  410  1e-113  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000364  choline dehydrogenase  39.49 
 
 		 571 aa  411  1e-113  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2184  choline dehydrogenase  42.88 
 
 		 548 aa  411  1e-113  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6322  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.01 
 
 		 556 aa  410  1e-113  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.942942 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3226  choline dehydrogenase  41.73 
 
 		 556 aa  409  1e-113  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.191345 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1035  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.24 
 
 		 609 aa  411  1e-113  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.77377  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2072  choline dehydrogenase  40.89 
 
 		 562 aa  405  1.0000000000000001e-112  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1383  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.49 
 
 		 551 aa  408  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00471975  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4369  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.99 
 
 		 556 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0530  choline dehydrogenase  42.86 
 
 		 570 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.830173 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1710  choline dehydrogenase  42.65 
 
 		 561 aa  408  1.0000000000000001e-112  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1507  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.34 
 
 		 548 aa  408  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.23617  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06179  choline dehydrogenase  40.19 
 
 		 569 aa  409  1.0000000000000001e-112  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0562  choline dehydrogenase  40.86 
 
 		 549 aa  405  1e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.55111 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0670  GMC family oxidoreductase  40.44 
 
 		 534 aa  403  1e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4183  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.93 
 
 		 557 aa  403  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000160741 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0884  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.01 
 
 		 553 aa  404  1e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.275807  normal  0.461656 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6778  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.47 
 
 		 539 aa  404  1e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.485614  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3754  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.49 
 
 		 537 aa  404  1e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.674224  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6326  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.7 
 
 		 554 aa  405  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3854  choline dehydrogenase  43.65 
 
 		 546 aa  402  1e-111  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.131347  hitchhiker  0.00687272 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3434  GMC family oxidoreductase  39.93 
 
 		 539 aa  400  9.999999999999999e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1487  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.9 
 
 		 551 aa  401  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.354481  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.77 
 
 		 541 aa  400  9.999999999999999e-111  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0882717  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5834  choline dehydrogenase  42 
 
 		 577 aa  400  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0553  choline dehydrogenase  41.77 
 
 		 566 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0776  choline dehydrogenase  41.23 
 
 		 549 aa  401  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0802775 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3310  choline dehydrogenase  42.36 
 
 		 572 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.903723  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2716  putative GMC oxidoreductase  43.42 
 
 		 562 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0437  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.07 
 
 		 532 aa  399  9.999999999999999e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.253187  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3734  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.49 
 
 		 539 aa  399  9.999999999999999e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.569573  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8399  choline dehydrogenase  42.31 
 
 		 574 aa  402  9.999999999999999e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.553301  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>