More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_3680 on replicon NC_009427
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009427  Saro_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 534 aa  1077    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3708  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.2 
 
 		 543 aa  548  1e-154  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2644  choline dehydrogenase  46.7 
 
 		 574 aa  492  9.999999999999999e-139  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3131  normal  0.995844 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1543  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.15 
 
 		 530 aa  481  1e-134  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0856  choline dehydrogenase  47.26 
 
 		 548 aa  475  1e-133  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2190  choline dehydrogenase, a flavoprotein  47.46 
 
 		 541 aa  473  1e-132  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1196  choline dehydrogenase  44.72 
 
 		 565 aa  472  1e-132  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000414657 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1007  choline dehydrogenase  45.47 
 
 		 565 aa  473  1e-132  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2184  choline dehydrogenase  47.07 
 
 		 548 aa  474  1e-132  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3651  choline dehydrogenase  47.92 
 
 		 553 aa  472  1e-132  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0715  choline dehydrogenase  44.91 
 
 		 572 aa  473  1e-132  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00120252  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0562  choline dehydrogenase  46.77 
 
 		 549 aa  472  1e-132  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.55111 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2604  choline dehydrogenase  46.59 
 
 		 562 aa  470  1.0000000000000001e-131  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142768 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1119  choline dehydrogenase  43.81 
 
 		 564 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1325  choline dehydrogenase  43.8 
 
 		 561 aa  462  1e-129  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0991  choline dehydrogenase  46.43 
 
 		 552 aa  464  1e-129  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0436021  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1334  choline dehydrogenase  43.05 
 
 		 560 aa  462  1e-129  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4010  choline dehydrogenase  43.71 
 
 		 561 aa  463  1e-129  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0405578  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3035  choline dehydrogenase  43.8 
 
 		 561 aa  462  1e-129  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.82163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1315  choline dehydrogenase  43.8 
 
 		 561 aa  462  1e-129  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2310  choline dehydrogenase  47.07 
 
 		 548 aa  465  1e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.568209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1351  choline dehydrogenase  43.8 
 
 		 561 aa  462  1e-129  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.875987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3754  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.91 
 
 		 552 aa  463  1e-129  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02642  choline dehydrogenase  43.55 
 
 		 552 aa  461  9.999999999999999e-129  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3840  choline dehydrogenase  44.4 
 
 		 561 aa  459  9.999999999999999e-129  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1882  choline dehydrogenase  45.85 
 
 		 551 aa  460  9.999999999999999e-129  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1946  choline dehydrogenase  42.86 
 
 		 560 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.110511  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2072  choline dehydrogenase  42.37 
 
 		 562 aa  456  1e-127  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0776  choline dehydrogenase  46.11 
 
 		 549 aa  456  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0802775 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2587  choline dehydrogenase  42.37 
 
 		 556 aa  455  1.0000000000000001e-126  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.676646  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3099  choline dehydrogenase  45.12 
 
 		 562 aa  451  1e-125  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01161  hypothetical alcohol dehydrogenase  46.11 
 
 		 550 aa  450  1e-125  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0889  choline dehydrogenase  45.73 
 
 		 549 aa  451  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0554  choline dehydrogenase  44.51 
 
 		 549 aa  446  1.0000000000000001e-124  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6015  choline dehydrogenase  44.71 
 
 		 570 aa  446  1.0000000000000001e-124  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.386009  normal  0.639563 
 
 
-
 
NC_004310  BR0553  choline dehydrogenase  44.32 
 
 		 549 aa  444  1e-123  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.93918  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000364  choline dehydrogenase  40.79 
 
 		 571 aa  442  1e-123  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3744  choline dehydrogenase  46.54 
 
 		 554 aa  443  1e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0339169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2709  choline dehydrogenase  43.94 
 
 		 549 aa  443  1e-123  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06179  choline dehydrogenase  41.18 
 
 		 569 aa  441  9.999999999999999e-123  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1031  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.34 
 
 		 539 aa  440  9.999999999999999e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10850  putative dehydrogenase  45.62 
 
 		 559 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000000202363  normal  0.801894 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0996  alcohol dehydrogenase  45.62 
 
 		 559 aa  438  1e-121  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3226  choline dehydrogenase  45.79 
 
 		 556 aa  438  1e-121  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.191345 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4081  choline dehydrogenase  40.07 
 
 		 560 aa  437  1e-121  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1144  choline dehydrogenase  43.77 
 
 		 551 aa  434  1e-120  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4810  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.07 
 
 		 534 aa  429  1e-119  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1896  choline dehydrogenase  45.25 
 
 		 550 aa  431  1e-119  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.338897 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.71 
 
 		 546 aa  429  1e-119  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2781  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.62 
 
 		 538 aa  429  1e-119  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0926901  n/a   
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4961  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.83 
 
 		 529 aa  426  1e-118  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0530  choline dehydrogenase  43.63 
 
 		 570 aa  427  1e-118  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.830173 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6414  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.66 
 
 		 569 aa  427  1e-118  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.981458 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6126  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.85 
 
 		 569 aa  425  1e-118  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939433 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0477  Choline dehydrogenase  46.97 
 
 		 531 aa  425  1e-117  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2822  choline dehydrogenase  44.02 
 
 		 551 aa  423  1e-117  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2458  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.82 
 
 		 554 aa  423  1e-117  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.144677  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3717  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.97 
 
 		 531 aa  425  1e-117  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.975922 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5443  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.49 
 
 		 542 aa  422  1e-117  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.078996  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4282  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.59 
 
 		 541 aa  424  1e-117  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0936618  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3245  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.99 
 
 		 541 aa  419  1e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0572  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.8 
 
 		 531 aa  419  1e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0931268  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3020  choline dehydrogenase  44.19 
 
 		 553 aa  421  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.754568 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0332  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.27 
 
 		 544 aa  419  1e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3434  GMC family oxidoreductase  40.53 
 
 		 539 aa  417  9.999999999999999e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3754  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.65 
 
 		 537 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.674224  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1492  choline dehydrogenase  43.69 
 
 		 556 aa  416  9.999999999999999e-116  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31690  choline dehydrogenase  42.06 
 
 		 554 aa  418  9.999999999999999e-116  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.20001  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5414  choline dehydrogenase, a flavoprotein  44.99 
 
 		 534 aa  417  9.999999999999999e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.269281 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.22 
 
 		 541 aa  416  9.999999999999999e-116  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0882717  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4211  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.61 
 
 		 559 aa  414  1e-114  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.380149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2223  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.61 
 
 		 531 aa  412  1e-114  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.487572  normal  0.417914 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3840  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.23 
 
 		 544 aa  414  1e-114  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.397758  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8399  choline dehydrogenase  44.34 
 
 		 574 aa  410  1e-113  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.553301  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0481  choline dehydrogenase  43.7 
 
 		 565 aa  411  1e-113  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2044  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.59 
 
 		 562 aa  409  1e-113  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.544058  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6778  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.45 
 
 		 539 aa  409  1e-113  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.485614  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0437  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.83 
 
 		 532 aa  409  1e-113  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.253187  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1613  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.24 
 
 		 533 aa  409  1e-113  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.604937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1635  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.48 
 
 		 534 aa  412  1e-113  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.643208  normal  0.915824 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3836  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.01 
 
 		 552 aa  407  1.0000000000000001e-112  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0082  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.45 
 
 		 578 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.111773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0102  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.21 
 
 		 518 aa  407  1.0000000000000001e-112  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5947  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.61 
 
 		 550 aa  408  1.0000000000000001e-112  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2869  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.45 
 
 		 531 aa  405  1.0000000000000001e-112  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1199  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.11 
 
 		 530 aa  406  1.0000000000000001e-112  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0877  choline dehydrogenase  43.8 
 
 		 545 aa  402  1e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.988222  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1624  choline dehydrogenase  42.51 
 
 		 558 aa  404  1e-111  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.529123  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.64 
 
 		 563 aa  405  1e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0279119  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1213  putative alcohol dehydrogenase (acceptor)  43.18 
 
 		 534 aa  404  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3792  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.24 
 
 		 535 aa  404  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0016  GMC family oxidoreductase  44.01 
 
 		 571 aa  404  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3854  choline dehydrogenase  44.8 
 
 		 546 aa  403  1e-111  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.131347  hitchhiker  0.00687272 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3579  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.32 
 
 		 539 aa  403  1e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.000745521  normal  0.65455 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1383  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.79 
 
 		 551 aa  405  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00471975  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4716  choline dehydrogenase  42.86 
 
 		 561 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.959774  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2042  L-sorbose dehydrogenase, FAD dependent, putative  43.05 
 
 		 544 aa  399  9.999999999999999e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0700873  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1639  choline dehydrogenase  42.83 
 
 		 558 aa  402  9.999999999999999e-111  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.58518 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3847  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.47 
 
 		 534 aa  401  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.917916  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.26 
 
 		 537 aa  400  9.999999999999999e-111  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.979094 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>