More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6015 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_6015  choline dehydrogenase  100 
 
 		 570 aa  1173    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.386009  normal  0.639563 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2644  choline dehydrogenase  52.74 
 
 		 574 aa  598  1e-170  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3131  normal  0.995844 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3651  choline dehydrogenase  54.7 
 
 		 553 aa  598  1e-169  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3744  choline dehydrogenase  54.41 
 
 		 554 aa  583  1.0000000000000001e-165  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0339169  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4010  choline dehydrogenase  47.47 
 
 		 561 aa  515  1.0000000000000001e-145  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0405578  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3840  choline dehydrogenase  47.8 
 
 		 561 aa  516  1.0000000000000001e-145  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2587  choline dehydrogenase  45.89 
 
 		 556 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.676646  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2604  choline dehydrogenase  48.51 
 
 		 562 aa  504  1e-141  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142768 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0715  choline dehydrogenase  46.77 
 
 		 572 aa  504  1e-141  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00120252  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1334  choline dehydrogenase  46.58 
 
 		 560 aa  501  1e-140  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2072  choline dehydrogenase  44.88 
 
 		 562 aa  499  1e-140  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4081  choline dehydrogenase  45.89 
 
 		 560 aa  501  1e-140  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1196  choline dehydrogenase  44.74 
 
 		 565 aa  495  1e-139  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000414657 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1946  choline dehydrogenase  45.78 
 
 		 560 aa  495  1e-139  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.110511  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0991  choline dehydrogenase  48.8 
 
 		 552 aa  495  9.999999999999999e-139  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0436021  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3226  choline dehydrogenase  48.8 
 
 		 556 aa  492  9.999999999999999e-139  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.191345 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2190  choline dehydrogenase, a flavoprotein  49.44 
 
 		 541 aa  489  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1119  choline dehydrogenase  45.29 
 
 		 564 aa  489  1e-137  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0554  choline dehydrogenase  47.3 
 
 		 549 aa  489  1e-137  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02642  choline dehydrogenase  45.39 
 
 		 552 aa  488  1e-137  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3099  choline dehydrogenase  47.15 
 
 		 562 aa  488  1e-136  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0553  choline dehydrogenase  47.11 
 
 		 549 aa  487  1e-136  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.93918  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2709  choline dehydrogenase  46.75 
 
 		 549 aa  487  1e-136  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1007  choline dehydrogenase  44.64 
 
 		 565 aa  486  1e-136  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3035  choline dehydrogenase  46.4 
 
 		 561 aa  484  1e-135  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.82163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1351  choline dehydrogenase  46.4 
 
 		 561 aa  484  1e-135  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.875987  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6778  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.3 
 
 		 539 aa  484  1e-135  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.485614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1315  choline dehydrogenase  46.4 
 
 		 561 aa  484  1e-135  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1325  choline dehydrogenase  46.4 
 
 		 561 aa  484  1e-135  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000364  choline dehydrogenase  43.96 
 
 		 571 aa  476  1e-133  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3020  choline dehydrogenase  46.42 
 
 		 553 aa  478  1e-133  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.754568 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3313  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.94 
 
 		 576 aa  473  1e-132  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3637  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.28 
 
 		 576 aa  473  1e-132  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.67419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0194  GMC family oxidoreductase  48.12 
 
 		 548 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06179  choline dehydrogenase  43.93 
 
 		 569 aa  468  1.0000000000000001e-131  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1882  choline dehydrogenase  46.82 
 
 		 551 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1213  putative alcohol dehydrogenase (acceptor)  47.65 
 
 		 534 aa  467  9.999999999999999e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0562  choline dehydrogenase  46.92 
 
 		 549 aa  465  1e-129  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.55111 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2458  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.59 
 
 		 554 aa  462  1e-129  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.144677  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4282  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.77 
 
 		 541 aa  464  1e-129  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0936618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2781  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.15 
 
 		 538 aa  462  1e-129  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0926901  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4459  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.56 
 
 		 560 aa  459  9.999999999999999e-129  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0573714  hitchhiker  0.00237498 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5244  choline dehydrogenase  44.85 
 
 		 567 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.80037  normal  0.0658003 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6848  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.31 
 
 		 556 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.90225 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0481  choline dehydrogenase  45.04 
 
 		 565 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0530  choline dehydrogenase  46.24 
 
 		 570 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.830173 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0889  choline dehydrogenase  45.83 
 
 		 549 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3762  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.36 
 
 		 552 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3792  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.52 
 
 		 535 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2716  putative GMC oxidoreductase  47.07 
 
 		 562 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0776  choline dehydrogenase  45.01 
 
 		 549 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0802775 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5015  choline dehydrogenase, a flavoprotein  46.88 
 
 		 557 aa  459  9.999999999999999e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00654928  normal  0.219358 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0443  choline dehydrogenase  44.4 
 
 		 568 aa  456  1e-127  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.300865  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4732  choline dehydrogenase  44.22 
 
 		 568 aa  456  1e-127  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0477  Choline dehydrogenase  47.92 
 
 		 531 aa  457  1e-127  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4749  glucose-methanol-choline oxidoreductase:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  47.71 
 
 		 546 aa  457  1e-127  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.769541  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5834  choline dehydrogenase  45.79 
 
 		 577 aa  457  1e-127  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2513  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.06 
 
 		 571 aa  456  1e-127  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0138495  normal  0.356512 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3847  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.59 
 
 		 534 aa  456  1e-127  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.917916  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0174  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.69 
 
 		 552 aa  457  1e-127  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1882  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.95 
 
 		 534 aa  458  1e-127  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3717  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.92 
 
 		 531 aa  457  1e-127  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.975922 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2310  choline dehydrogenase  47.11 
 
 		 548 aa  455  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.568209  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5064  choline dehydrogenase  44.38 
 
 		 565 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.193049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3406  GMC family oxidoreductase  46.65 
 
 		 547 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0856  choline dehydrogenase  46.84 
 
 		 548 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3275  GMC family oxidoreductase  46.65 
 
 		 547 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.183424  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0216  GMC family oxidoreductase  46.47 
 
 		 547 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0487725  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0411  GMC family oxidoreductase  46.65 
 
 		 547 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2184  choline dehydrogenase  46.84 
 
 		 548 aa  455  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2941  GMC family oxidoreductase  46.65 
 
 		 547 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.44858  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0228  GMC family oxidoreductase  46.65 
 
 		 547 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6419  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.92 
 
 		 546 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.943392 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0373  choline dehydrogenase  43.83 
 
 		 562 aa  452  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.868243  normal  0.338212 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3536  choline dehydrogenase  45.22 
 
 		 566 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2148  GMC family oxidoreductase  46.32 
 
 		 613 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4810  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.69 
 
 		 534 aa  453  1.0000000000000001e-126  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4512  choline dehydrogenase  44.85 
 
 		 566 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.422466 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3295  choline dehydrogenase  43.83 
 
 		 556 aa  451  1e-125  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2831  choline dehydrogenase  44.57 
 
 		 567 aa  449  1e-125  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.121193  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5115  choline dehydrogenase  44.2 
 
 		 565 aa  451  1e-125  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.179508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0326  choline dehydrogenase  43.83 
 
 		 556 aa  449  1e-125  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5182  choline dehydrogenase  45.04 
 
 		 566 aa  449  1e-125  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.222705  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2981  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.55 
 
 		 546 aa  449  1e-125  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.344578 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0401  choline dehydrogenase  44.38 
 
 		 563 aa  451  1e-125  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.726855 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3070  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.74 
 
 		 546 aa  450  1e-125  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.606173  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8399  choline dehydrogenase  45.65 
 
 		 574 aa  450  1e-125  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.553301  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4186  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.01 
 
 		 546 aa  450  1e-125  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.296115 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5037  choline dehydrogenase  44.85 
 
 		 566 aa  451  1e-125  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5100  choline dehydrogenase  45.04 
 
 		 566 aa  449  1e-125  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3067  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.55 
 
 		 546 aa  451  1e-125  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.766547 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0370  choline dehydrogenase  43.83 
 
 		 556 aa  449  1e-125  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2917  choline dehydrogenase  44.57 
 
 		 567 aa  449  1e-125  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.80885  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1515  choline dehydrogenase  44.57 
 
 		 555 aa  449  1e-125  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.307618  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3089  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.74 
 
 		 546 aa  450  1e-125  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.203231  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2456  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.74 
 
 		 546 aa  450  1e-125  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101134  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3268  choline dehydrogenase  45.04 
 
 		 566 aa  449  1e-125  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.121076  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3115  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.36 
 
 		 546 aa  449  1e-125  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4937  choline dehydrogenase  44.38 
 
 		 565 aa  449  1e-125  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3919  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.87 
 
 		 572 aa  450  1e-125  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.326511  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>