More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3847 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010515  Bcenmc03_3919  glucose-methanol-choline oxidoreductase  64.66 
 
 		 572 aa  662    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.326511  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4459  glucose-methanol-choline oxidoreductase  66.48 
 
 		 560 aa  699    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0573714  hitchhiker  0.00237498 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1213  putative alcohol dehydrogenase (acceptor)  77.11 
 
 		 534 aa  858    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3506  glucose-methanol-choline oxidoreductase  64.58 
 
 		 575 aa  652    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.145411  normal  0.0815254 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6778  glucose-methanol-choline oxidoreductase  62.12 
 
 		 539 aa  674    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.485614  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6848  glucose-methanol-choline oxidoreductase  64.96 
 
 		 556 aa  676    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.90225 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2513  glucose-methanol-choline oxidoreductase  64.61 
 
 		 571 aa  681    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0138495  normal  0.356512 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3847  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 534 aa  1103    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.917916  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3792  glucose-methanol-choline oxidoreductase  83.74 
 
 		 535 aa  946    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1882  glucose-methanol-choline oxidoreductase  90.64 
 
 		 534 aa  978    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1502  glucose-methanol-choline oxidoreductase  90.82 
 
 		 535 aa  985    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3601  glucose-methanol-choline oxidoreductase  64.66 
 
 		 572 aa  660    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.407231  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5337  glucose-methanol-choline oxidoreductase  64.77 
 
 		 600 aa  654    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.231686 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4186  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.53 
 
 		 546 aa  590  1e-167  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.296115 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3313  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.51 
 
 		 576 aa  587  1e-166  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0203  glucose-methanol-choline oxidoreductase:GMC oxidoreductase  55.51 
 
 		 559 aa  583  1.0000000000000001e-165  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3637  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.15 
 
 		 576 aa  579  1e-164  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.67419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0194  GMC family oxidoreductase  54.94 
 
 		 548 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0123  putative alcohol dehydrogenase oxidoreductase protein  54.74 
 
 		 574 aa  563  1.0000000000000001e-159  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1199  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.22 
 
 		 530 aa  564  1.0000000000000001e-159  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3762  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.85 
 
 		 552 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5015  choline dehydrogenase, a flavoprotein  53.33 
 
 		 557 aa  558  1e-158  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00654928  normal  0.219358 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0174  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.42 
 
 		 552 aa  555  1e-157  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5414  choline dehydrogenase, a flavoprotein  53.04 
 
 		 534 aa  557  1e-157  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.269281 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3406  GMC family oxidoreductase  54.56 
 
 		 547 aa  550  1e-155  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0228  GMC family oxidoreductase  54.56 
 
 		 547 aa  550  1e-155  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2941  GMC family oxidoreductase  54.56 
 
 		 547 aa  550  1e-155  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.44858  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3067  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.18 
 
 		 546 aa  549  1e-155  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.766547 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3275  GMC family oxidoreductase  54.56 
 
 		 547 aa  550  1e-155  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.183424  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0411  GMC family oxidoreductase  54.56 
 
 		 547 aa  550  1e-155  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0216  GMC family oxidoreductase  54.56 
 
 		 547 aa  550  1e-155  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0487725  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2148  GMC family oxidoreductase  54.56 
 
 		 613 aa  551  1e-155  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0572  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.61 
 
 		 531 aa  551  1e-155  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0931268  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3717  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.36 
 
 		 531 aa  546  1e-154  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.975922 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0477  Choline dehydrogenase  52.36 
 
 		 531 aa  547  1e-154  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6419  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.66 
 
 		 546 aa  535  1e-151  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.943392 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3089  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.85 
 
 		 546 aa  537  1e-151  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.203231  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2716  putative GMC oxidoreductase  53.3 
 
 		 562 aa  537  1e-151  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2456  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.85 
 
 		 546 aa  536  1e-151  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101134  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3115  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.42 
 
 		 546 aa  537  1e-151  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3070  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.85 
 
 		 546 aa  536  1e-151  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.606173  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4749  glucose-methanol-choline oxidoreductase:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  51.11 
 
 		 546 aa  533  1e-150  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.769541  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2981  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.04 
 
 		 546 aa  533  1e-150  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.344578 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0670  GMC family oxidoreductase  48.29 
 
 		 534 aa  528  1e-148  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2331  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.06 
 
 		 528 aa  526  1e-148  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.745478 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3826  glucose-methanol-choline oxidoreductase:Beta-lactamase-like:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  52.47 
 
 		 1290 aa  522  1e-147  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5443  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.95 
 
 		 542 aa  520  1e-146  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.078996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3651  choline dehydrogenase  50.75 
 
 		 553 aa  517  1.0000000000000001e-145  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1614  glucose-methanol-choline oxidoreductase:GMC oxidoreductase  49.34 
 
 		 547 aa  505  9.999999999999999e-143  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1846  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.72 
 
 		 547 aa  506  9.999999999999999e-143  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.845154 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0437  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.67 
 
 		 532 aa  504  1e-141  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.253187  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.67 
 
 		 563 aa  503  1e-141  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0279119  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.43 
 
 		 546 aa  503  1e-141  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0159  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.82 
 
 		 560 aa  504  1e-141  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2644  choline dehydrogenase  47.72 
 
 		 574 aa  503  1e-141  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3131  normal  0.995844 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4961  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.43 
 
 		 529 aa  498  1e-140  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.72 
 
 		 541 aa  500  1e-140  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0882717  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3744  choline dehydrogenase  49.53 
 
 		 554 aa  489  1e-137  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0339169  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2781  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.43 
 
 		 538 aa  486  1e-136  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0926901  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6015  choline dehydrogenase  47.76 
 
 		 570 aa  479  1e-134  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.386009  normal  0.639563 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3434  GMC family oxidoreductase  46.36 
 
 		 539 aa  474  1e-132  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01161  hypothetical alcohol dehydrogenase  45.64 
 
 		 550 aa  472  1.0000000000000001e-131  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0996  alcohol dehydrogenase  47.77 
 
 		 559 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10850  putative dehydrogenase  47.46 
 
 		 559 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000000202363  normal  0.801894 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2190  choline dehydrogenase, a flavoprotein  46.31 
 
 		 541 aa  461  9.999999999999999e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3836  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.37 
 
 		 552 aa  455  1e-127  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4282  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.45 
 
 		 541 aa  449  1e-125  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0936618  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3840  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.68 
 
 		 544 aa  446  1.0000000000000001e-124  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.397758  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5947  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.62 
 
 		 550 aa  446  1.0000000000000001e-124  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4519  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.65 
 
 		 542 aa  445  1.0000000000000001e-124  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0149458  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1635  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.51 
 
 		 534 aa  444  1e-123  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.643208  normal  0.915824 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0715  choline dehydrogenase  44.11 
 
 		 572 aa  442  9.999999999999999e-123  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00120252  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2587  choline dehydrogenase  43.64 
 
 		 556 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.676646  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1348  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.04 
 
 		 555 aa  439  9.999999999999999e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4010  choline dehydrogenase  43.05 
 
 		 561 aa  432  1e-120  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0405578  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5650  Choline dehydrogenase  45.6 
 
 		 559 aa  432  1e-120  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2890  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.3 
 
 		 534 aa  432  1e-120  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.561362  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3840  choline dehydrogenase  43.69 
 
 		 561 aa  433  1e-120  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2604  choline dehydrogenase  45.8 
 
 		 562 aa  435  1e-120  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142768 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0317  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.67 
 
 		 511 aa  429  1e-119  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1351  choline dehydrogenase  43.94 
 
 		 561 aa  431  1e-119  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.875987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0991  choline dehydrogenase  43.98 
 
 		 552 aa  431  1e-119  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0436021  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0054  GMC oxidoreductase  46.86 
 
 		 556 aa  430  1e-119  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.810146  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1325  choline dehydrogenase  43.94 
 
 		 561 aa  431  1e-119  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3035  choline dehydrogenase  43.94 
 
 		 561 aa  431  1e-119  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.82163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1315  choline dehydrogenase  43.94 
 
 		 561 aa  431  1e-119  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1946  choline dehydrogenase  41.7 
 
 		 560 aa  431  1e-119  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.110511  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1196  choline dehydrogenase  42.51 
 
 		 565 aa  429  1e-119  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000414657 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6414  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.13 
 
 		 569 aa  429  1e-119  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.981458 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02642  choline dehydrogenase  43.07 
 
 		 552 aa  428  1e-118  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1031  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.61 
 
 		 539 aa  428  1e-118  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3099  choline dehydrogenase  44.44 
 
 		 562 aa  428  1e-118  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0804  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.53 
 
 		 540 aa  427  1e-118  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.271201  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4810  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.74 
 
 		 534 aa  425  1e-118  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.47 
 
 		 534 aa  424  1e-117  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2072  choline dehydrogenase  42.08 
 
 		 562 aa  424  1e-117  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0102  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.98 
 
 		 518 aa  422  1e-117  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0278  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase family protein  46.67 
 
 		 556 aa  422  1e-117  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.914416  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0061  GMC oxidoreductase  46.67 
 
 		 556 aa  422  1e-117  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1613  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.66 
 
 		 533 aa  423  1e-117  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.604937  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>