More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1502 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_4459  glucose-methanol-choline oxidoreductase  66.16 
 
 		 560 aa  691    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0573714  hitchhiker  0.00237498 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1882  glucose-methanol-choline oxidoreductase  88.58 
 
 		 534 aa  960    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3506  glucose-methanol-choline oxidoreductase  63.71 
 
 		 575 aa  641    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.145411  normal  0.0815254 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1213  putative alcohol dehydrogenase (acceptor)  75.8 
 
 		 534 aa  856    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6778  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.41 
 
 		 539 aa  658    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.485614  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6848  glucose-methanol-choline oxidoreductase  64.08 
 
 		 556 aa  667    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.90225 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2513  glucose-methanol-choline oxidoreductase  64.17 
 
 		 571 aa  672    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0138495  normal  0.356512 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3601  glucose-methanol-choline oxidoreductase  64.27 
 
 		 572 aa  652    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.407231  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3919  glucose-methanol-choline oxidoreductase  63.98 
 
 		 572 aa  654    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.326511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3847  glucose-methanol-choline oxidoreductase  90.82 
 
 		 534 aa  986    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.917916  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3792  glucose-methanol-choline oxidoreductase  82.74 
 
 		 535 aa  936    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1502  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 535 aa  1109    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5337  glucose-methanol-choline oxidoreductase  63.6 
 
 		 600 aa  642    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.231686 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3313  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.33 
 
 		 576 aa  579  1e-164  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4186  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.78 
 
 		 546 aa  573  1.0000000000000001e-162  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.296115 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3637  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.48 
 
 		 576 aa  571  1e-161  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.67419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0203  glucose-methanol-choline oxidoreductase:GMC oxidoreductase  53.18 
 
 		 559 aa  561  1.0000000000000001e-159  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0477  Choline dehydrogenase  53.21 
 
 		 531 aa  559  1e-158  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3717  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.21 
 
 		 531 aa  558  1e-158  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.975922 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1199  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.98 
 
 		 530 aa  555  1e-157  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0194  GMC family oxidoreductase  53.7 
 
 		 548 aa  554  1e-156  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5414  choline dehydrogenase, a flavoprotein  52.56 
 
 		 534 aa  554  1e-156  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.269281 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0123  putative alcohol dehydrogenase oxidoreductase protein  53.09 
 
 		 574 aa  551  1e-155  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3762  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.72 
 
 		 552 aa  549  1e-155  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5015  choline dehydrogenase, a flavoprotein  52.31 
 
 		 557 aa  540  9.999999999999999e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00654928  normal  0.219358 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3275  GMC family oxidoreductase  53.7 
 
 		 547 aa  535  1e-151  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.183424  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0228  GMC family oxidoreductase  53.7 
 
 		 547 aa  535  1e-151  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3406  GMC family oxidoreductase  53.7 
 
 		 547 aa  535  1e-151  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0411  GMC family oxidoreductase  53.7 
 
 		 547 aa  535  1e-151  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2941  GMC family oxidoreductase  53.7 
 
 		 547 aa  535  1e-151  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.44858  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2148  GMC family oxidoreductase  53.7 
 
 		 613 aa  536  1e-151  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0174  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.5 
 
 		 552 aa  536  1e-151  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0216  GMC family oxidoreductase  53.7 
 
 		 547 aa  535  1e-151  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0487725  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0572  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.61 
 
 		 531 aa  533  1e-150  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0931268  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0670  GMC family oxidoreductase  47.91 
 
 		 534 aa  528  1e-148  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3067  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.8 
 
 		 546 aa  525  1e-148  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.766547 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4749  glucose-methanol-choline oxidoreductase:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  50.46 
 
 		 546 aa  515  1.0000000000000001e-145  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.769541  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2716  putative GMC oxidoreductase  51.01 
 
 		 562 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5443  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.47 
 
 		 542 aa  514  1e-144  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.078996  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3070  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.47 
 
 		 546 aa  513  1e-144  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.606173  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2456  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.47 
 
 		 546 aa  513  1e-144  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101134  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3089  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.47 
 
 		 546 aa  513  1e-144  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.203231  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3115  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.04 
 
 		 546 aa  513  1e-144  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2981  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.66 
 
 		 546 aa  510  1e-143  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.344578 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6419  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.28 
 
 		 546 aa  511  1e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.943392 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3826  glucose-methanol-choline oxidoreductase:Beta-lactamase-like:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  51.18 
 
 		 1290 aa  506  9.999999999999999e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2331  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.51 
 
 		 528 aa  500  1e-140  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.745478 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3651  choline dehydrogenase  49.44 
 
 		 553 aa  501  1e-140  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.76 
 
 		 546 aa  495  9.999999999999999e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4961  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.96 
 
 		 529 aa  493  9.999999999999999e-139  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2644  choline dehydrogenase  47.92 
 
 		 574 aa  490  1e-137  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3131  normal  0.995844 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.26 
 
 		 563 aa  486  1e-136  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0279119  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1846  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.13 
 
 		 547 aa  486  1e-136  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.845154 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0437  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.88 
 
 		 532 aa  483  1e-135  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.253187  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1614  glucose-methanol-choline oxidoreductase:GMC oxidoreductase  47.57 
 
 		 547 aa  484  1e-135  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.12 
 
 		 541 aa  484  1e-135  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0882717  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0159  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.52 
 
 		 560 aa  480  1e-134  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2781  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.86 
 
 		 538 aa  481  1e-134  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0926901  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3744  choline dehydrogenase  47.92 
 
 		 554 aa  469  1.0000000000000001e-131  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0339169  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3434  GMC family oxidoreductase  45.9 
 
 		 539 aa  462  1e-129  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01161  hypothetical alcohol dehydrogenase  44.51 
 
 		 550 aa  462  1e-129  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6015  choline dehydrogenase  46.6 
 
 		 570 aa  459  9.999999999999999e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.386009  normal  0.639563 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0996  alcohol dehydrogenase  46.57 
 
 		 559 aa  456  1e-127  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10850  putative dehydrogenase  46.62 
 
 		 559 aa  457  1e-127  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000000202363  normal  0.801894 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2190  choline dehydrogenase, a flavoprotein  46.14 
 
 		 541 aa  453  1.0000000000000001e-126  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3836  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.74 
 
 		 552 aa  449  1e-125  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4282  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.36 
 
 		 541 aa  442  1e-123  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0936618  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5947  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.08 
 
 		 550 aa  444  1e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1635  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.23 
 
 		 534 aa  442  1e-123  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.643208  normal  0.915824 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3840  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.21 
 
 		 544 aa  438  1e-121  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.397758  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5650  Choline dehydrogenase  45.97 
 
 		 559 aa  438  1e-121  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1348  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.14 
 
 		 555 aa  435  1e-120  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4519  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.7 
 
 		 542 aa  434  1e-120  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0149458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6221  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.44 
 
 		 551 aa  430  1e-119  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.768834  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0317  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.2 
 
 		 511 aa  429  1e-119  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4810  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.44 
 
 		 534 aa  426  1e-118  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0804  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.26 
 
 		 540 aa  419  1e-116  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.271201  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2604  choline dehydrogenase  44.76 
 
 		 562 aa  422  1e-116  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142768 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0698  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.57 
 
 		 551 aa  420  1e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.763915  decreased coverage  0.00316946 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2587  choline dehydrogenase  42.23 
 
 		 556 aa  421  1e-116  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.676646  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0991  choline dehydrogenase  42.67 
 
 		 552 aa  417  9.999999999999999e-116  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0436021  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0054  GMC oxidoreductase  45.82 
 
 		 556 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.810146  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3099  choline dehydrogenase  44.17 
 
 		 562 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4377  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.01 
 
 		 551 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.19 
 
 		 534 aa  417  9.999999999999999e-116  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6414  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.47 
 
 		 569 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.981458 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6126  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.28 
 
 		 569 aa  414  1e-114  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939433 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02642  choline dehydrogenase  42.23 
 
 		 552 aa  414  1e-114  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3916  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.49 
 
 		 570 aa  413  1e-114  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2005  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.52 
 
 		 551 aa  414  1e-114  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0016  GMC family oxidoreductase  43.31 
 
 		 571 aa  415  1e-114  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3595  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.21 
 
 		 549 aa  415  1e-114  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1031  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.47 
 
 		 539 aa  413  1e-114  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4657  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.71 
 
 		 537 aa  411  1e-113  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2709  choline dehydrogenase  42.21 
 
 		 549 aa  410  1e-113  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2223  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.44 
 
 		 531 aa  409  1e-113  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.487572  normal  0.417914 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0715  choline dehydrogenase  42.16 
 
 		 572 aa  410  1e-113  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00120252  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2890  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.94 
 
 		 534 aa  409  1e-113  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.561362  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4528  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.68 
 
 		 550 aa  410  1e-113  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.167866 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3929  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.18 
 
 		 528 aa  405  1.0000000000000001e-112  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>