More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0572 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_0477  Choline dehydrogenase  68.12 
 
 		 531 aa  726    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0572  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 531 aa  1090    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0931268  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1199  glucose-methanol-choline oxidoreductase  66.92 
 
 		 530 aa  722    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3717  glucose-methanol-choline oxidoreductase  68.12 
 
 		 531 aa  726    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.975922 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6778  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.75 
 
 		 539 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.485614  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0203  glucose-methanol-choline oxidoreductase:GMC oxidoreductase  53.78 
 
 		 559 aa  565  1e-160  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1213  putative alcohol dehydrogenase (acceptor)  53.32 
 
 		 534 aa  562  1.0000000000000001e-159  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4459  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.51 
 
 		 560 aa  564  1.0000000000000001e-159  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0573714  hitchhiker  0.00237498 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2513  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.75 
 
 		 571 aa  555  1e-157  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0138495  normal  0.356512 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3313  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.48 
 
 		 576 aa  555  1e-157  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3637  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.11 
 
 		 576 aa  553  1e-156  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.67419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6848  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.8 
 
 		 556 aa  551  1e-155  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.90225 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5414  choline dehydrogenase, a flavoprotein  53.52 
 
 		 534 aa  549  1e-155  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.269281 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3919  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.37 
 
 		 572 aa  546  1e-154  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.326511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3792  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.37 
 
 		 535 aa  548  1e-154  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0123  putative alcohol dehydrogenase oxidoreductase protein  52.56 
 
 		 574 aa  543  1e-153  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3601  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.37 
 
 		 572 aa  543  1e-153  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.407231  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5443  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.8 
 
 		 542 aa  542  1e-153  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.078996  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3847  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.63 
 
 		 534 aa  543  1e-153  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.917916  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5337  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.25 
 
 		 600 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.231686 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4186  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.72 
 
 		 546 aa  540  9.999999999999999e-153  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.296115 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3506  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.75 
 
 		 575 aa  537  1e-151  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.145411  normal  0.0815254 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0670  GMC family oxidoreductase  49.91 
 
 		 534 aa  533  1e-150  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.85 
 
 		 541 aa  532  1e-150  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0882717  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2716  putative GMC oxidoreductase  51.47 
 
 		 562 aa  529  1e-149  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.19 
 
 		 546 aa  526  1e-148  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0174  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.13 
 
 		 552 aa  527  1e-148  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3762  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.85 
 
 		 552 aa  528  1e-148  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3067  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.73 
 
 		 546 aa  524  1e-147  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.766547 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01161  hypothetical alcohol dehydrogenase  48.68 
 
 		 550 aa  524  1e-147  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1502  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.57 
 
 		 535 aa  524  1e-147  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5015  choline dehydrogenase, a flavoprotein  50.56 
 
 		 557 aa  522  1e-147  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00654928  normal  0.219358 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1882  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.47 
 
 		 534 aa  523  1e-147  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.66 
 
 		 563 aa  519  1e-146  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0279119  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4749  glucose-methanol-choline oxidoreductase:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  50.64 
 
 		 546 aa  521  1e-146  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.769541  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2644  choline dehydrogenase  50 
 
 		 574 aa  520  1e-146  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3131  normal  0.995844 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2981  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.35 
 
 		 546 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.344578 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0159  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.2 
 
 		 560 aa  518  1.0000000000000001e-145  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0437  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.72 
 
 		 532 aa  513  1e-144  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.253187  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0194  GMC family oxidoreductase  50.85 
 
 		 548 aa  513  1e-144  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2781  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.77 
 
 		 538 aa  511  1e-144  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0926901  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3115  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.17 
 
 		 546 aa  512  1e-144  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6419  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.79 
 
 		 546 aa  509  1e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.943392 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3089  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.79 
 
 		 546 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.203231  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3070  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.6 
 
 		 546 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.606173  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2456  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.6 
 
 		 546 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101134  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2331  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.37 
 
 		 528 aa  504  1e-141  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.745478 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2148  GMC family oxidoreductase  50.66 
 
 		 613 aa  498  1e-140  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0996  alcohol dehydrogenase  50.38 
 
 		 559 aa  499  1e-140  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0228  GMC family oxidoreductase  50.66 
 
 		 547 aa  498  1e-139  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3275  GMC family oxidoreductase  50.66 
 
 		 547 aa  498  1e-139  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.183424  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0216  GMC family oxidoreductase  50.66 
 
 		 547 aa  498  1e-139  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0487725  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0411  GMC family oxidoreductase  50.66 
 
 		 547 aa  498  1e-139  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3406  GMC family oxidoreductase  50.66 
 
 		 547 aa  498  1e-139  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2941  GMC family oxidoreductase  50.66 
 
 		 547 aa  498  1e-139  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.44858  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1614  glucose-methanol-choline oxidoreductase:GMC oxidoreductase  48.88 
 
 		 547 aa  493  9.999999999999999e-139  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10850  putative dehydrogenase  49.62 
 
 		 559 aa  491  1e-137  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000000202363  normal  0.801894 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3826  glucose-methanol-choline oxidoreductase:Beta-lactamase-like:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  49.17 
 
 		 1290 aa  484  1e-135  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1846  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.77 
 
 		 547 aa  484  1e-135  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.845154 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4961  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.62 
 
 		 529 aa  479  1e-134  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2190  choline dehydrogenase, a flavoprotein  48.09 
 
 		 541 aa  478  1e-133  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4282  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.83 
 
 		 541 aa  478  1e-133  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0936618  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3836  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.58 
 
 		 552 aa  474  1e-132  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3434  GMC family oxidoreductase  45.18 
 
 		 539 aa  468  9.999999999999999e-131  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0804  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.97 
 
 		 540 aa  459  9.999999999999999e-129  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.271201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1348  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.53 
 
 		 555 aa  458  9.999999999999999e-129  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3651  choline dehydrogenase  47.77 
 
 		 553 aa  460  9.999999999999999e-129  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3744  choline dehydrogenase  47.13 
 
 		 554 aa  456  1e-127  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0339169  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3840  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.98 
 
 		 544 aa  452  1.0000000000000001e-126  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.397758  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6015  choline dehydrogenase  46.23 
 
 		 570 aa  449  1e-125  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.386009  normal  0.639563 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5947  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.79 
 
 		 550 aa  450  1e-125  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6414  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.52 
 
 		 569 aa  449  1e-125  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.981458 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3226  choline dehydrogenase  46.42 
 
 		 556 aa  446  1.0000000000000001e-124  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.191345 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6126  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.7 
 
 		 569 aa  448  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939433 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.05 
 
 		 537 aa  446  1.0000000000000001e-124  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.979094 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2072  choline dehydrogenase  44.49 
 
 		 562 aa  447  1.0000000000000001e-124  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2869  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.51 
 
 		 531 aa  442  1e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3099  choline dehydrogenase  44.34 
 
 		 562 aa  444  1e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3708  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.28 
 
 		 543 aa  444  1e-123  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3840  choline dehydrogenase  44.65 
 
 		 561 aa  444  1e-123  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3020  choline dehydrogenase  45.34 
 
 		 553 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.754568 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0102  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.03 
 
 		 518 aa  441  9.999999999999999e-123  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0715  choline dehydrogenase  44.57 
 
 		 572 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00120252  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2587  choline dehydrogenase  44.13 
 
 		 556 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.676646  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02642  choline dehydrogenase  44.13 
 
 		 552 aa  436  1e-121  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1334  choline dehydrogenase  43.82 
 
 		 560 aa  436  1e-121  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4010  choline dehydrogenase  43.87 
 
 		 561 aa  438  1e-121  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0405578  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4810  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.08 
 
 		 534 aa  436  1e-121  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1325  choline dehydrogenase  43.39 
 
 		 561 aa  437  1e-121  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1196  choline dehydrogenase  44.76 
 
 		 565 aa  437  1e-121  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000414657 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4519  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.83 
 
 		 542 aa  436  1e-121  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0149458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4377  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.18 
 
 		 551 aa  436  1e-121  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1543  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.52 
 
 		 530 aa  437  1e-121  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1315  choline dehydrogenase  43.39 
 
 		 561 aa  437  1e-121  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3035  choline dehydrogenase  43.39 
 
 		 561 aa  437  1e-121  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.82163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1351  choline dehydrogenase  43.39 
 
 		 561 aa  437  1e-121  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.875987  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0530  choline dehydrogenase  44.11 
 
 		 570 aa  433  1e-120  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.830173 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4657  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.8 
 
 		 537 aa  432  1e-120  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3754  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.24 
 
 		 552 aa  432  1e-120  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1946  choline dehydrogenase  42.72 
 
 		 560 aa  433  1e-120  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.110511  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>